le proteine - Share Dschola
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La Struttura Primaria È lo scheletro della proteina, • si ripetono un atomo di azoto con due di carbonio, • la semplice sequenza amminoacidica costituisce la struttura base della proteina. • La Struttura Primaria • La struttura primaria di una proteina è una lunga sequenza di amminoacidi legati per mezzo del legame peptidico: il gruppo carbossilico di un amminoacido si lega al gruppo amminico di quello adiacente con la liberazione di una molecola d'acqua. Reazione di condensazione La Struttura Primaria • Sequenza primaria di amminoacidi differenti. Dalla proteina possiamo risalire alla struttura a seconda: • del tipo di amminoacidi presenti, • dalla quantità di amminoacidi presenti, • della sequenza amminoacidica (ossia da come gli amminoacidi si dispongono). La Struttura Secondaria • Gli angoli e le lunghezze di legame sono ben definite: • Il gruppo ammidico sta su un piano, • L’azoto è ibridato sp2 e il legame peptidico ha un carattere di doppio legame, • Ciascun gruppo amminico è planare Ma non è detto che due gruppi amminici adiacenti siano coplanari (nello stesso piano). La Struttura Secondaria Essenziale per la determinazione della struttura. • È molto facile formare dei legami idrogeno • La catena si avvolge in modo che l’idrogeno di un ammino gruppo si leghi con legame ad idrogeno col carbonile di un altro residuo aa. La Struttura Secondaria • Studi ai raggi X. • Ipotesi di Pauling: la catena polipeptidica si avvolge su se stessa per formare un’ ELICA! • Tenuta rigida da legami ad idrogeno α- elica La Struttura Secondaria • • L' α-elica ha un passo di 5.4 Å e ogni spira dell'elica è costituita da 3.6 residui amminoacidici. L'eccezionale stabilità di questa conformazione dipende dal fatto che tutti gli NH e i C=O dei gruppi peptidici sono impegnati in legami a ponte di idrogeno. L'α-elica è il risultato del ripiegamento probabilmente più "naturale" che una catena peptidica possa assumere. La Struttura Secondaria • L' α-elica presente nelle proteine è quasi sempre destrogira (l'andamento è quello della filettatura di una vite tradizionale). La Struttura Secondaria • Perché è destrogira? • È dovuto al fatto che gli amminoacidi proteici sono tutti nella configurazione "L" e in un'elica sinistrorsa i gruppi laterali R risulterebbero troppo vicini ai gruppi C=O, destabilizzando l'elica. La Struttura Secondaria • Le catene laterali R dei residui amminoacidici sono tutte rivolte verso l'esterno dell'elica. • Procedendo dall’azoto terminale, tutti i gruppi carbonilici sono rivolti verso il basso. • Sono legati con legami ad idrogeno a gruppi N-H che di trovano avanti lungo la catena. La Struttura Secondaria • I legami ad idrogeno sono allineati lungo l’asse maggiore dell’elica. Alfa- elica vista dall’alto La Struttura Secondaria Le catene peptidiche sono affacciate e sono tenute assieme da legami ad idrogeno fra le diverse catene. • Studiando ai raggi X altre strutture si è trovato un sistema ripetitivo diverso. • Con passo di 7 Å. Struttura a foglietto a La Struttura Secondaria • Le catene adiacente possono svilupparsi in direzione opposta. Beta foglietto anti-parallelo La Struttura Secondaria • Le catene adiacente possono svilupparsi nella stessa direzione. Beta – foglietto parallelo La Struttura Secondaria • I gruppi R delle due catene si trovano una volta sopra e una volta sotto il piano. • Possono dare repulsioni. • Quindi la struttura beta si trova in proteine con amminoacidi che presentano R piccoli. La Struttura Secondaria • Le catene laterali di residui adiacenti sono su lati opposti del foglietto. La Struttura Secondaria
