Corso integrato di Genetica e Biologia Molecolare GENETICA a.a.2015-2016 Pier Franco Pignatti 13.10.2015 Lezioni N. 7-8 Malattie XL, YL, Mitocondriali (Neri Genuardi cap. 6, 7, 31) inattivazione, ereditarietà oloandrica, ereditarietà materna, eteroplasmia, aplotipo, aplogruppo, evoluzione umana ECCEZIONI A INCROCI EQUIVALENTI • Ereditarietà legata ai cromosomi sessuali • Ereditarietà mitocondriale (citoplasmatica) • Imprinting genetico (silenziamento genico genitore specifico) • Disomia uniparentale (trasmissione di entrambi i cromosomi di una coppia da un solo genitore) MALATTIE XL Inattivazione del cromosoma X Mary Lyon (1961) Inattivazione: precoce (3-7 gg da fertilizzazione, 16-54 cellule), casuale, permanente, reversibile nei gameti. Non comprende la regione pseudoautosomica. Conseguenze: compenso di dose (tranne alcuni geni), espressione variabile nelle femmine eterozigoti, mosaicismo. Mappa parziale del cromosoma X umano Inattivati: DMD (Distrofia Muscolare di Duchenne), AR (Recettore per gli Androgeni), HPRT (Ipoxantina Fosfo Ribosil Trasferasi), FMR1 (Ritardo Mentale legato all’X tipo 1), G6PD (Glucoso-6-Fosfato Deidrogenasi). Non inattivati: STS (Steroido Solfatasi), XIST (X Inactivation Specific Transcript), XIC (Centro di Inattivazione dell’X). La inattivazione è mantenuta dalla espressione di XIST e dalla metilazione del DNA e non comprende la regione pseudoautosomica. Inattivazione sbilanciata della X INATTIVAZIONE CASUALE : X paterno inattivato; INATTIVAZIONE SBILANCIATA : X materno inattivato Dallapiccola e Novelli, Genetica Medica Essenziale, Il Minotauro 2006 Albero genealogico ereditarietà XR Genetic counseling aids, 6° ed., Greenwood Genetic Center 2013 Segregazione di un carattere XR Counseling aids for geneticists, Greenwood Genetic Center 1955 Criteri per distinguere la ereditarietà XR • L’incidenza del carattere è molto maggiore nei maschi che nelle femmine • Tutte le figlie di un maschio affetto sono portatrici • I figli maschi delle femmine portatrici hanno il 50% di probabilità di essere affetti • Non c’è trasmissione del carattere da padre a figlio Famiglia con femmina affetta da malattia XR Apparente trasmissione da maschio a maschio Thompson & Thompson Genetics in Medicine, Saunders 1991 Frequenza di alcune malattie XR Connor e Ferguson-Smith Principi di Genetica Medica, Esculapio 1986 Distrofia Muscolare di Duchenne (DMD) (a): manovra di Gower, (b): muscolo normale, (c): muscolo di bambino affetto Incidenza mondiale stimata: circa 1/3.500 nati maschi Read A e Donnai D, Genetica clinica, Zanichelli 2007 Immunocolorazione della distrofina in DMD Femmina portatrice Maschio affetto x240 x480 Femmina non affetta x480 Il muscolo della portatrice DMD mostra zone positive e negative di immunocolorazione della distrofina che indicano la inattivazione della X Thompson & Thompson, Genetics in Medicine, Saunders 1991 La distrofina e le distrofinopatie La distrofina (in rosso) ancora il citoscheletro delle cellule muscolari alla matrice extracellulare mediante il complesso distrofina-glicoproteine. A: muscolo normale; B: alterazioni proteiche che si possono osservare nel muscolo distrofico Allen DG e NP Whitehead, 2011 Mutazioni del gene della distrofina in DMD, BMD, cardiomiopatia legata alla X Regola della cornice di lettura: le delezioni in DMD determinano lo spostamento del modulo di lettura, in BMD no. Ci sono eccezioni: uno studio indica il 30% di delezioni/ duplicazioni out of frame in BMD (Kesari A et al 2008) Burke W 2003 Alberi genealogici ereditarietà XD Letale prenatale nei maschi emizigoti Thompson & Thompson, Genetics in Medicine, Saunders 1986 Caratteristiche della ereditarietà XD I maschi affetti hanno figlie affette e figli sani Le femmine affette hanno il 50% delle figlie e dei figli affetti Le femmine hanno solitamente espressione più lieve della malattia Alcune malattie XD S.Rett: regressione sviluppo sistema nervoso con ritardo mentale, scoliosi, spasticità. Solo femmine affette. Bimba con caratteristico strizzamento delle mani. Mutazioni con perdita di funzione del fattore di trascrizione MeCP2, proteina che lega Metil-CpG e Metil-CpA/C/T e determina il silenziamento di geni bersaglio nei neuroni e nelle cellule gliari. Ereditarietà legata all’Y Ereditarietà oloandrica o “paterna” Una possibile malattia legata all’Y Nella generale mancanza di malattie ereditarie legate all’Y, è stata recentemente riportata una malattia in una grande famiglia cinese : una rara forma di sordità legata all’Y (DFNY1). DFNY1 è dovuta alla inserzione nel cr.Y di 160kb di DNA di un gene della sordità già noto (DFNA49, situato sul cr.1). La FISH metafasica mostra l’inserzione Y normale: sonda solo su cr.1 Y riarrangiato: sonda anche su Y Wang Q et al 2013 Geni per la determinazione del sesso e della fertilità SRY: Sex determining region SRY on the Y. Differenziazione sessuale in senso maschile AZFa AZFb AZFc AZF: Azoospermia factor. Produzione di spermatozoi. Delezioni causa di infertilità La determinazione del sesso In assenza di SRY aumenta il livello di RSPO1 che stimola WNT4 e beta-catenina producendo un ovario Nella gonade SRY positiva bipotente, SRY con DAX e SF1 attiva SOX9. SRY eSOX9 reprimono la via ovarica Matzuk MM e Lamb DJ, 2008 Appaiamento meiotico dei cromosomi X e Y Read A e D Donnai New Clinical Genetics 2° ed. Scion 2011 Maschi XX e femmine XY Inversione del sesso per scambio anomalo di sequenze X e Y, seguito da fecondazione con spermatozoo ricombinante. Maschi XX: fenotipo maschile o ambiguo o ermafroditi. Femmine XY: infertili (tipo Turner) Thompson & Thompson, Genetics in Medicine, Saunders 1986 Traslocazione di SRY sull’X La FISH mostra una traslocazione t(X;Y) (p22.3; p11.2) in un maschio XX. La sonda per SRY è un mix di sequenze locus specifiche (in rosso). Il centromero di X è ibridato con una sonda di sequenze alfa-satelliti (in verde). In cellule normali il segnale rosso si osserva solo sull’Y Thompson & Thompson, Genetica in Medicina, Idelson-Gnocchi 2005 Ereditarietà mitocondriale Segregazione replicativa del mtDNA Counseling aids for geneticists Greenwood Genetic Center 1989 Eteroplasmia Variabilità fenotipica dovuta a mosaicismo somatico 90% of the 1000 Genomes Project population has detectable heteroplasmy (Ye K et al 2014) Caratteristiche della ereditarietà mitocondriale o materna o citoplasmatica I figli e le figlie di donne affette sono a rischio di essere affetti I maschi non trasmettono il carattere C’è variabilità di espressione del carattere Degradazione dei mitocondri paterni Poco dopo la fertilizzazione gli autofagosomi (in verde) confluiscono attorno al sito di penetrazione degli spermatozoi nel citoplasma dell’oocita e inglobano selettivamente i mitocondri paterni (in rosso) che vengono poi degradati nei lisosomi durante la embriogenesi Sato M e Sato K, 2011 Confronto fra mtDNA e nDNA umani mtDNA nDNA 16.569 bp circolare 2-10 molecole/mit 37 geni 3.000.000.000 bp lineare 23 coppie cromosomi c. 21.000 geni nDNA/mtDNA=180.000x; geni n/geni mt=567x I geni mitocondriali sono più condensati dei geni nucleari Il genoma mitocondriale umano (il “mitogenoma”) 13 OXPHOS 2 rRNA 22 tRNA 37 geni totale MIM 9th ed Johns Hopkins Un Press 1990 Alcune mitocondriopatie MALATTIA MUTAZIONI S.Kearns-Sayre oftalmoplegia retinopatia Del varie S.Pearson anemia pancitopenia insufficenza pancreatica Del varie PEO oftalmoplegia progressiva esterna Del varie MELAS encefalop mitocondriale acidosi lattica ictus tRNA MERRF epilessia mioclonica con fibre rosse striate tRNALys NARP neuropatia atassia retinite pigmentosa ATPasi 6 S. Leigh encefalomiopatia necrotizzante ATPasi 6, g.nucl Cardiomiopatia ipertrofica tRNA LHON neuropatia ottica ereditaria Leber Geni OXPHOS Patologie mitocondriali Le patologie mitocondriali sono malattie multisistemiche dovute a mutazioni di geni nucleari o mitocondriali Johns DR, NEJM 1995 Epilessia mioclonica con fibre muscolari rosse striate (MERRF) Gelehrter e Collins, Manuale di Genetica Medica, Masson 1993 “Ragged Red Fibers” Le fibre rosse striate riflettono una massiccia proliferazione subsarcolemmatica di mitocondri anomali con alterazione della fosforilazione ossidativa. Colorazione Gomori tricromica modificata MERRF: eterogeneità fenotipica Gelehrter Collins Ginsburg, Genetica medica, Masson 1999 INS/DEL mtDNA * * *Due ripetizioni dirette di 13 bp al n.8470 e n.13447 causano la delezione più frequente: 4977del Wallace D, Ann Rev Biochem 1992 4977del e invecchiamento Le mutazioni mitocondriali aumentano con l’età: causa o effetto? - Mutazioni somatiche mtDNA sono legate a caratteri complessi, come invecchiamento, malattie neurodegenerative e cancro (Schon et al 2012) - Nel topo aumentano con l’età ma non determinano la durata della vita (Vermulst M et al 1997) Associazione fra varianti del mtDNA e alcune malattie complesse Hudson G et al 2014 Aplotipo Aplotipo: una serie di alleli strettamente concatenati su un cromosoma, una combinazione gametica che viene normalmente ereditata in blocco. Termine originariamente usato da Ceppellini per descrivere la combinazione di alleli MHC. Aplotipo è un termine corretto per il DNA mitocondriale perché mtDNA non è sottoposto a ricombinazione e tutti i geni mitocondriali vengono ereditati assieme Filogenesi degli aplogruppi del mtDNA La lunghezza dei rami corrisponde al numero di mutazioni che differenziano un aplogruppo dall’altro Cavalli-Sforza LL e M Feldman 2003 Filogenesi degli aplogruppi del Y-DNA Cavalli-Sforza e Feldman 2003 La migrazione di Homo Sapiens Risultati dello studio degli aplogruppi di cr.Y e mtDNA (Cavalli-Sforza e Feldman 2003), confermati da ricerca DNA clock con NGS (Scally e Durbin 2012) National Geographic Upgrades Genographic Consumer Genomics Service, Pledging Better Y, mtDNA Coverage Thanks to a new array, the project will now offer customers expanded Y chromosome and mitochondrial DNA analyses, setting it apart in a competitive consumer genomics market that includes offerings from Ancestry.com, 23andMe, and Family Tree DNA. The new service is currently priced at $199, and is available for order. National Geographic will commence shipment of kits for the new service in September. Geno 2.0: Next Generation contains closer to 20,000 Y markers. The new array also contains 4,000 mtDNA SNP markers (and 650.000 SNPs) "As a single product, Geno 2.0: Next Generation will be the best Y chromosome calling, best mtDNA calling that you can get, other than whole-chromosome sequencing or mtDNA sequencing, in one analysis." Genomeweb Daily News Aug 13, 2015