diagnostica biomolecolare

DIAGNOSTICA BIOMOLECOLARE
Cod
Esame
Campo di
applicazione
Descrizione Analitica
Tecnica
Tempo
medio
di
risposta
(gg)
PCR
90
POOL, LINFONODO,
ANIMALE MORTO, ORGANI
PCRSEQUENZIAMENTO
20
MOLLUSCHI BIVALVI IN
GUSCIO (DEPURABILI)
RT-PCR
10
LIQUIDO BIOLOGICO
2
ANNESSI CUTANEI,
COLTURA BATTERICA,
BIOTERRORISMO,
SANGUE, ORGANI
Matrice
note
10PB025 - Mycobacterium tb complex /
PCRMTES
Mycobacterium tb Heminested PCR (Ricerca) - MI 10PB025 rev 1/1
complex
2008
SEQNOR
Norovirus
genotipo
PCREAV
Arterite equina
PCRACRO
PCRBTV
PCRBSP
Identificazione di Norovirus genotipo mediante
analisi di sequenza amplicone NORVPCR (M.I.)
Identificazione di virus dell'Arterite equina
mediante RT-PCR
10PB036 - Bacillus anthracis / Multiplex PCR
(Ricerca ed identificazione) - MI 10PB036 rev 1/2
2007 [DNA cromosomiale (limite di rilevazione:
Bacillus anthracis 12,5 pg DNA bersaglio Ba 813 R1/R2)]
Blue tongue
10PB039 - 0/0 - 2006 - Ricerca del virus della
Blue tongue mediante RT-PCR One Step (M.I.) (limite di rilevazione: 10^3.7 TCID50 /ml) +
10PB042 - 0/0 - 2006 - Estrazione di RNA da:
sangue intero, tessuti d'organo, insetti (M.I.)
Brachyspira
Ricerca e identificazione di DNA di Brachyspira
spp mediante PCR - Kit Adiavet?Brachy (M.I.) Prova in validazione
PCR
SANGUE, ORGANI,
SISTEMA NERVOSO
CENTRALE, LIQUIDO
BIOLOGICO
RT-PCR
PCR
10
COLTURA BATTERICA, FECI
81
DIAGNOSTICA BIOMOLECOLARE
Cod
Esame
Campo di
applicazione
Descrizione Analitica
Tecnica
Tempo
medio
di
risposta
(gg)
Matrice
Brucella spp
10PB048 - 0/1 - 2007 - Ricerca DNA di Brucella
spp. mediante Heminested-PCR (limite di
rilevazione: 0,005 ng di DNA bersaglio) (M.I.) +
10PB027 - 1/0 - 2008 - Estrazione di DNA
genomico da tessuti e fluidi biologici (M.I.)
PCR
15
FORMAGGI LATTICINI,
LATTE, COLTURA
BATTERICA, ORGANI
Brucella spp
10PB049 - 0/1 - 2007 - Identificazione Brucella
spp. mediante Simplex-PCR (M.I.) + 10PB024 1/0 - 2005 - Estrazione di DNA genomico
batterico da ceppi isolati (M.I.)
PCR
3
BIOTERRORISMO
SEQCPV2
Canine Parvovirus 2 (CPV2): Identificazione
genotipica della variante di CPV2 mediante
Canine Parvovirus analisi di sequenza del gene VP2 (aa 426 - 555) PCR2 (CPV2)
(M.I.) - Prova eseguita a scopo di ricerca
SEQUENZIAMENTO
15
ORGANI, FECI
SEQCPVV
Canine Parvovirus 2 (CPV2): Identificazione
genotipica della variante vaccinale / di campo
mediante amplificazione e analisi di sequenza del
Canine Parvovirus gene VP2 (aa 297) - (M.I.) - Prova eseguita a
PCR2 (CPV2)
scopo di ricerca
SEQUENZIAMENTO
15
ORGANI, FECI
PCRBRC
PCRBRCS
PCRPV
PCRTBCA
Canine Parvovirus
2 (CPV2)
Ceppi
Mycobacterium tb
complex
Ricerca di DNA di Canine Parvovirus 2 (CPV2)
mediante Simplex-PCR - (M.I.) - Prova eseguita a
scopo di ricerca
PCR
15
SISTEMA NERVOSO
CENTRALE, ORGANI, FECI,
LINFONODO, POOL
10PB065 - Ceppi Mycobacterium tb complex:
spoligotipo / RLB-PCR (Identificazione) - MI
10PB065 rev 0/0 2008
PCR
90
COLTURA BATTERICA
note
82
DIAGNOSTICA BIOMOLECOLARE
Cod
Esame
PCRCACB
PCRCIRV
Campo di
applicazione
Chlamydophila Ricerca di Chlamydophila abortus e Coxiella
abortus e Coxiella burnetii mediante Multiplex PCR - Prova eseguita
burnetii
a scopo di ricerca
Circovirus
Matrice
PCR
15
PORZIONI ANATOMICHE,
ORGANI, SISTEMA
NERVOSO CENTRALE
PCR
10
POOL, SANGUE, VISCERI,
ORGANI, LINFONODO
RT-PCR
RT-PCR
15
LINFONODO, SISTEMA
NERVOSO CENTRALE,
ORGANI
DNA animale
10PB022 - 0/2 - 2005 - Ricerca DNA animale:
identificazione molecolare mediante SimplexPCR (M.I.) e 10PB032 - 0/0 - 2004 - Controllo
amplificabilita del DNA estratto di origine animale
(M.I.) + 10PB014 - Estrazione di DNA genomico
con metodo CTAB (UNI EN
PCR
30
ORGANI, SANGUE,
ANNESSI CUTANEI
DNA animale
10PB029 - 0/1 - 2004 - Ricerca DNA animale Identificazione molecolare di specie animale
mediante Simplex-PCR (M.I.): specie bovina
PCR
30
ORGANI, SANGUE,
ANNESSI CUTANEI
PCR
40
ORGANI, SANGUE,
ANNESSI CUTANEI
PCR
10
COLTURA BATTERICA
Coronavirus
PCRDV
Distemper virus
(Cimurro)
PCRDNAB
Identificazione molecolare di Circovirus tipo II
mediante PCR
Tecnica
FECI, POOL, SISTEMA
NERVOSO CENTRALE,
ORGANI, LINFONODO
PCRCV
PCRDNAA
Descrizione Analitica
Tempo
medio
di
risposta
(gg)
PCRDNAO
DNA animale
PCRO157
E. coli O157
Ricerca di RNA di Coronavirus mediante RT-PCR
- Prova eseguita a scopo di ricerca
Ricerca di RNA di Distemper virus (Cimurro)
mediante RT-PCR - Prova eseguita a scopo di
ricerca
10PB029 - 0/1 - 2004 - Ricerca DNA animale Identificazione molecolare di specie animale
mediante Simplex-PCR (M.I.): specie ovina
Identificazione molecolare di E. coli O157:H7
mediante PCR
note
83
DIAGNOSTICA BIOMOLECOLARE
Cod
Esame
PCRVT
PCRVT1
PCRVT2
Descrizione Analitica
Tecnica
Tempo
medio
di
risposta
(gg)
E. coli
verocitotossici
10PB023 - 0/5 - 2007 - Identificazione su base
genetica di E. coli verocitotossici da ceppi isolati (M.I.): gene per la produzione di VT + 10PB024 1/0 - 2005 - Estrazione di DNA genomico
batterico da ceppi isolati (M.I.)
PCR
4
COLTURA BATTERICA
E. coli
verocitotossici
10PB023 - 0/5 - 2007 - Identificazione su base
genetica di E. coli verocitotossici da ceppi isolati (M.I.): gene per la produzione di VT1 + 10PB024
- 1/0 - 2005 - Estrazione di DNA genomico
batterico da ceppi isolati (M.I.)
PCR
4
COLTURA BATTERICA
E. coli
verocitotossici
10PB023 - 0/5 - 2007 - Identificazione su base
genetica di E. coli verocitotossici da ceppi isolati (M.I.): gene per la produzione di VT2 + 10PB024
- 1/0 - 2005 - Estrazione di DNA genomico
batterico da ceppi isolati (M.I.)
PCR
4
COLTURA BATTERICA
PCR
10
COLTURA BATTERICA
PCR
10
COLTURA BATTERICA
Campo di
applicazione
Matrice
note
Escherichia coli enterotossigenici: identificazione
PCRK88
Escherichia coli su base genetica dell'antigene fimbriale K88 enterotossigenici Prova eseguita a scopo di ricerca
PCRK99
Escherichia coli su base genetica dell'antigene fimbriale K99 enterotossigenici Prova eseguita a scopo di ricerca
Escherichia coli enterotossigenici: identificazione
PCRFSP
Francisella
10PB040 - Francisella spp / Simplex PCR
(Ricerca ed identificazione) - MI 10PB040 rev 1/0
2008
PCR
15
VISCERI, POOL,
BIOTERRORISMO, ORGANI
Per
bioterrorism
o il tempo è
di 4 gg
84
DIAGNOSTICA BIOMOLECOLARE
Cod
Esame
Campo di
applicazione
Descrizione Analitica
Tecnica
Tempo
medio
di
risposta
(gg)
Matrice
10PB038 - 0/0 - 2005 - Identificazione genetica
dei bovini: genotipizzazione mediante
Stockmarks PCR typing kit (M.I.)
PCRSEQUENZIAMENTO
30
SANGUE, ANNESSI
CUTANEI, ORGANI
10DG083 - Isolati batterici / Microseq 500 del
16S rDNA - MI 10DG083 rev 1/0 2009
PCRSEQUENZIAMENTO
15
COLTURA BATTERICA
SEQ16S
genotipizzazione
bovini
Identificazione
genotipica batteri
SEQFU
Identificazione
genotipica di
specie fungine
Identificazione genotipica di specie fungine
mediante analisi con Microseq D2 LSUrDNA
fungal sequencing kit - (M.I.) - Prova eseguita a
scopo di ricerca
PCRSEQUENZIAMENTO
15
COLTURA MICETI
Lawsonia
intracellularis
10PB028 - 0/1 - 2004 - Identificazione su base
genetica di Lawsonia intracellularis (M.I.) +
10PB058 - 0/0 - 2007 - Estrazione di DNA
genomico mediante QIAamp DNA stool minikit
quiagen (M.I.)
PCR
15
ORGANI, FECI
GENBVSE
PCRLAW
QPCRLEI
Leishmania
PCRLPT
Leptospira
PCRTBC
Mycobacterium
Determinazione quantitativa di Leishmania spp
mediante Real-time PCR (M.I.) Prova eseguita a
scopo di ricerca
Ricerca di DNA di Leptospira spp mediante RtiPCR - Prova eseguita a scopo di ricerca
10PB026 - Mycobacterium / Multiplex PCR
(Ricerca) - MI 10PB026 rev 0/5 2007
REAL-TIME PCR
10
REAL-TIME PCR
10
ORGANI, SANGUE,
LINFONODO, LIQUIDO
BIOLOGICO
ANIMALE MORTO, LIQUIDO
BIOLOGICO, URINA,
ORGANI
PCR
90
COLTURA BATTERICA
PCR
90
COLTURA BATTERICA
PCR
90
COLTURA BATTERICA
note
10PB037 - Ceppi Mycobacterium tb complex:
PCRTBGE
Mycobacterium "tb ETR loci / PCR (Identificazione) - MI 10PB037
complex"
rev 0/0 2006
PCRTBSP
Mycobacterium "tb Mycobacterium "tb complex" mediante
complex"
spoligotyping del locus DR
Caratterizzazione molecolare di specie per
85
DIAGNOSTICA BIOMOLECOLARE
Cod
Esame
PCRTBCO
PCRMPT
Campo di
applicazione
Mycobacterium "tb
complex"
Mycobacterium
avium subsp
paratuberculosis
PCRMCNJ
Mycobacterium
avium susp.
paratuberculosis
Mycoplasma
conjunctivae
PCRMHY
Mycoplasma
hyopneumoniae
PCRPT
PCRNCAN
Mycoplasma spp
Neospora
Caninum
PCRPRRS
PRRS virus
PCRMYCP
Descrizione Analitica
Tecnica
Tempo
medio
di
risposta
(gg)
Mycobacterium "tb complex": differenziazione su
base genetica di specie e sottospecie - Prova
eseguita a scopo di ricerca
PCR
90
COLTURA BATTERICA
Ricerca di DNA di Mycobacterium avium subsp
paratuberculosis mediante Heminested PCR
(M.I.) - Prova in validazione
PCR
120
FECI
10PB054 - 0/0 - 2006 - Identificazione su base
genetica di Mycobacterium avium susp.
paratuberculosis mediante Simplex-PCR (M.I.) +
10PB024 - 1/0 - 2005 - Estrazione di DNA
genomico batterico da ceppi isolati (M.I.),
10PB052 - 0/0 - 2006 - Estrazione di D
PCR
120
COLTURA BATTERICA
Identificazione molecolare di Mycoplasma
conjunctivae mediante Nested-PCR
PCR
25
ORGANI, TAMPONI
REAL-TIME PCR
20
ORGANI
PCR
20
COLTURA BATTERICA,
LIQUIDO BIOLOGICO
PCR
15
RT-PCR
15
Ricerca di DNA di Mycoplasma hyopneumoniae
mediante Rti-PCR - Prova eseguita a scopo di
ricerca
Identificazione molecolare di Mycoplasma spp.
mediante Simplex-PCR
10PB061 - Neospora Caninum / Simplex PCR
(Ricerca) - MI 10PB061 rev 1/0 2008
Identificazione molecolare di PRRS virus
mediante RT-PCR
Matrice
note
POOL, SISTEMA NERVOSO
CENTRALE, ORGANI
SANGUE, LIQUIDO
BIOLOGICO, VISCERI,
POOL, LINFONODO,
ORGANI
86
DIAGNOSTICA BIOMOLECOLARE
Cod
Esame
Campo di
applicazione
Descrizione Analitica
Tecnica
Tempo
medio
di
risposta
(gg)
PCRM112
Stafilococchi
meticillinoresistenti
Stafilococchi meticillino-resistenti: identificazione
molecolare del gene mecA - marker 112
mediante Simplex-PCR - Prova eseguita a scopo
di ricerca
PCR
20
COLTURA BATTERICA
PCRM147
Stafilococchi
meticillinoresistenti
Stafilococchi meticillino-resistenti: identificazione
molecolare del gene mecA - marker 147
mediante Simplex-PCR - Prova eseguita a scopo
di ricerca
PCR
20
COLTURA BATTERICA
PCRM533
Stafilococchi
meticillinoresistenti
Stafilococchi meticillino-resistenti: identificazione
molecolare del gene mecA - marker 533
mediante Simplex-PCR - Prova eseguita a scopo
di ricerca
PCR
20
COLTURA BATTERICA
PCRSTMR
Stafilococchi
meticillinoresistenti
Stafilococchi meticillino-resistenti: identificazione
molecolare del gene mecA / gene nucA mediante
Multiplex-PCR - Prova eseguita a scopo di
ricerca
PCR
20
COLTURA BATTERICA
Staphylococcus
aureus
Staphylococcus aureus: identificazione
molecolare mediante rilevamento del gene nucA
con Simplex-PCR - Prova eseguita a scopo di
ricerca
PCR
10
COLTURA BATTERICA
Toxoplasma
gondii
Ricerca di DNA di Toxoplasma gondii mediante
Nested-PCR - (M.I.) - Prova eseguita a scopo di
ricerca
15
SISTEMA NERVOSO
CENTRALE, FECI, ORGANI,
PORZIONI ANATOMICHE
PCRNUCA
PCRTOX
PCR
Matrice
note
87