Biotecnologie applicate alla progettazione e sviluppo di molecole biologicamente attive A.A. 2010-2011 Modulo di Biologia Strutturale Catalisi Marco Nardini Dipartimento di Scienze Biomolecolari e Biotecnologie Università di Milano Enzimi e catalisi • Enzimi = catalizzatori = sostanza che accelera una reazione chimica senza essere essa stessa modificata in modo permanente nel processo (possibili modificazioni transitorie con rigenerazione finale dell’enzima) • accelerazione sia della reazione diretta che inversa ⇒ aumento della velocità con cui si raggiunge l’equilibrio, ma non alterazione delle concentrazioni finali di reagente/prodotto o della costante di equilibrio • Enzimi = proteine e ribozimi (es: rRNA) • accelerazioni dell’ordine di >109 ⇒ vita organismi a T moderate • enzimi primordiali poco efficienti funzionalità acquisita evolutivamente mediante mutazioni casuali (miliardi anni) ⇒ organismi viventi più antichi termofili estremi Enzimi e catalisi Esempio: Orotidina 5’-monofosfato decarbossilasi • decarbossilazione fondamentale nella biosintesi delle purine • reazione non catalizzata ⇒ stima 78 milioni di anni per essere completata per metà • reazione catalizzata ⇒<1s • aumento velocità di 1017 volte Proprietà generali degli enzimi Differenze rispetto ai normali catalizzatori chimici (1) velocità di reazione più elevate (2) condizioni di reazione più blande: T < 100 °C, P = Patm, pH ~ neutro (una catalisi chimica efficiente invece può richiedere T e P elevate e pH estremi) (3) capacità di regolazione: - controllo allosterico - modificazione covalente degli enzimi - variazione della quantità di enzima sintetizzato (4) elevata specificità di reazione: nel riconoscimento dei substrati e prodotti (raramente si hanno prodotti collaterali) Enzimi e catalisi Fattori che contribuiscono alla catalisi • fattori di natura fisica ⇒ struttura e proprietà fisiche dell’enzima ⇒ capacità di orientare opportunamente il ligando nel sito attivo • fattori di natura chimica ⇒ proprietà chimiche degli a.a. dell’enzima e dei cofattori (se presenti) - stabilizzazione specie instabili - polarizzazione di legami - formazione addotti covalenti Enzimi e catalisi Energia di attivazione di una reazione • reazione chimica ⇒ il substrato può subire riarrangiamenti - nella stereochimica - nella distribuzione di carica - nella struttura covalente se il substrato è un composto stabile, allora esiste una barriera di energia libera che si oppone alla trasformazione più è alta la barriera (barriera di attivazione) più è difficile che la conversione chimica avvenga e più lenta è la reazione si definisce stato di transizione: punto di massima energia libera nel percorso della reazione dal substrato a prodotto chimicamente corrisponde ad una specie che esiste per t~10-15 s (tempo di una singola vibrazione atomica) IMPORTANTE: è possibile che la stereochimica e la distribuzione di carica dello stato di transizione siano diverse da quelle del substrato e del prodotto Enzimi e catalisi Energia di attivazione di una reazione Per catalizzare una reazione chimica l’enzima diminuisce la barriera energetica di attivazione. Ciò può essere fatto in vari modi. - aumento dell’energia libera (o “stato fondamentale”) del reagente (o del prodotto, nel caso della reazione inversa) - diminuzione dell’energia libera dello stato di transizione (cioè sua stabilizzazione) - presenza di più intermedi (molecole metastabili ad energia libera piuttosto alta) ⇒ lungo la reazione tutte le barriere di attivazione sono inferiori a quella della reazione non catalizzata Poiché TSC2 è lo stato di transizione più alto nella reazione catalizzata, la velocità a cui i reagenti superano questa barriera determina la velocità complessiva Enzimi e catalisi Destabilizzazione stato fondamentale • legame del substrato in una conformazione meno stabile ⇒ aumento dell’energia libera del substrato verso quella dello stato di transizione ⇒ aumento della velocità di reazione attraverso la destabilizzazione dello stato fondamentale Esempio: Orotidina 5’-monofosfato decarbossilasi - il gruppo carbossilato del substrato (carico -) non interagisce con gruppi carichi + nel sito attivo ma è situato in una tasca idrofobica ⇒ ambiente sfavorevole per substrato legato ⇒ aumento energia libera substrato legato ⇒ facilitazione trasformazione nel prodotto neutro CO2 (energia libera inferiore in un sito idrofobico rispetto al substrato) Enzimi e catalisi Stabilizzazione stato di transizione • siti attivi complementari agli stati di transizione, sia nella stereochimica sia nella configurazione di carica (o lo diventano durante la reazione) ⇒ se lo stato di transizione viene legato più strettamente del substrato allora la barriera di attivazione viene ridotta e la reazione diventa più probabile la complementarità per lo stato di transizione spesso implica: - la presenza di gruppi carichi in posizioni del sito attivo in cui si svilupperanno cariche di segno opposto durante lo stato di transizione - la presenza di donatori/accettori di legami a H disposti in modo appropriato ⇒ i siti attivi si adattano stericamente agli stati di transizione meglio di quanto essi facciano per i substrati ⇒ l’enzima può subire cambi conformazionali che migliorino la complementarità allo stato di transizione una volta che si lega il substrato Enzimi e catalisi Specificità di legame formazione complesso enzima-substrato - interazioni di solito non covalenti contatti di van der Waals fra substrato e gruppi non polari dell’enzima complementarità fra gruppi polari e carichi intorno alla molecola legata - costanti di dissociazione complesso enzima-substrato variabili 10-3M -10-9M se l’enzima trattiene troppo strettamente substrato o prodotto si riduce la sua efficienza come catalizzatore - aumento della probabilità di contatti produttivi fra molecole interagenti, se orientate favorevolmente a seguito del legame nel sito attivo - siti attivi evoluti per attrarre i loro substrati in modo che la ricerca del sito attivo non sia un processo casuale (campo elettrostatico) - l’enzima può fornire gruppi chimici che partecipano alla catalisi (già opportunamente orientati prima che avvenga il legame col substrato o lo diventano dopo) Enzimi e catalisi Specificità di legame Esempi: Enzimi e catalisi Specificità di legame • sottositi di specificità • sottosito di reazione - durante la reazione catalitica parti del substrato possono subire cambiamenti in geometria, carica e legami covalenti - se un enzima presenta interazioni di legame con parti del substrato destinate a subire variazioni, queste interazioni dovranno essere rotte prima che il substrato cambi conformazione ⇒ rallentamento dell’enzima - mutazioni nel sottosito di specificità senza influenzare il sottosito di reazione possono consentire di operare la stessa reazione chimica su substrati molto diversi ⇒ applicazione in medicina ed industria per progettare nuovi catalizzatori Meccanismi di Catalisi Meccanismi di Catalisi • i catalizzatori riducono l’energia libera dello stato di transizione (ΔG‡ ) stabilizzando lo stato di transizione della reazione catalizzata • l’efficienza degli enzimi è dovuta alla loro specificità nel legare i substrati combinata alla disposizione dei gruppi catalitici classificazione meccanismi di catalisi 1) Catalisi acido-base 2) Catalisi covalente 3) Catalisi favorita da ioni metallici 4) Effetti di prossimità e orientamento 5) Legame preferenziale dello stato di transizione Enzimi e catalisi Prossimità e orientamento • molecole di substrato intrinsecamente reattive ⇒ mantenerle vicine nella corretta orientazione può essere sufficiente per facilitare la chimica appropriata di reazione (“fattore di prossimità” o “fattore di vicinanza”) Esempio: Aspartato transcarbamilasi condensazione di carbamil fosfato ed acido aspartato ⇒ carbamil aspartato chimica dovuta alla reattività delle molecole non sono presenti catene laterali chimicamente reattive nelle vicinanze del punto in cui si forma il legame fra i substrati (regolazione allosterica) Enzimi e catalisi Esempio: fosfoglicerato chinasi formazione di ATP e di 3-fosfoglicerato (3PG) (reazione 7 della glicolisi) reazione: “chinasi” perché la reazione inversa è il trasferimento di un gruppo fosforico a 3PG Enzimi e catalisi Esempio: fosfoglicerato chinasi - struttura bilobata - sito di legame Mg2+-ADP su un dominio - sito di legame 1,3-BPG sull’altro dominio (distanza ~10Å) - avvicinamento dei 2 domini ⇒ creazione sito di legame per ione metallico ⇒ reazione in ambiente privo di acqua (come nel caso dell’esochinasi, ma strutture scorrelate) Enzimi e catalisi Esclusione acqua ed accessibilità alcune reazioni chimiche non possono procedere rapidamente o non possono avvenire del tutto in presenza di acqua ⇒ cambiamenti conformazionali che schermano il sito attivo dal contatto col solvente sito attivo in conformazione chiusa: - ciò che è legato è protetto dall’acqua, ma i substrati non possono entrarvi ed i prodotti uscirne sito attivo in conformazione aperta: - l’enzima non è un efficace catalizzatore ⇒ l’enzima a riposo è nello stato aperto ⇒ il legame del substrato provoca il cambio conformazionale responsabile per la chiusura del sito attivo (può limitare la velocità di catalisi) Enzimi e catalisi Esclusione acqua ed accessibilità i movimenti del coperchio sono guidati da moti termici caratteristici di tutte le molecole in soluzione il coperchio è tenuto chiuso solo da poche interazioni deboli col substrato e con il resto dell’enzima. Quando tali interazioni si interrompono (accade periodicamente a T ordinarie) il coperchio si può aprire ed il prodotto uscire (non esiste un unico meccanismo comune a tutti gli enzimi che escludono H2O) movimento di apertura del coperchio non deve essere troppo veloce Es: GAPDH (gliceraldeide-3-fosfato deidrogenasi: reazione 6 della glicolisi) - trasferimento di ~1000 ioni idruro ogni secondo ⇒ movimento 10Å ogni 10-3 s 10-10 m / 10-3 s = 36 10-13 km / 10-5 h ~ 10-6 km/h le transizioni conformazionali di un peptide in soluzione sono 104 volte più veloci