Programma Biochimica Corso di laurea in Medicina e Chirurgia AA. 2009/2010 Docente: Prof. Gianfranco Pintus Tutor: Dott. ssa Anna Maria Posadino, Dott. ssa Annalisa Cossu Dipartimento di Scienze Biomediche Tel 079 228120 – e-mail [email protected] Introduzione Il corso di Biochimica si propone di fornire agli studenti i fondamenti alla base del contesto fisico, chimico e biologico in cui si inquadrano molecole, reazioni e vie metaboliche. Di esaltare le relazioni tra struttura e funzione delle principali classi di macromolecole. Di inquadrare la regolazione metabolica a livello molecolare e cellulare. Di evidenziare in maniera consequenziale le connessioni tra i vari processi su elencanti. Di studiare le interazioni tra acidi nucleici e proteine, tra proteine e proteine e le funzioni biologiche da essi svolte negli organismi viventi. Particolare attenzione sarà rivolta alla comprensione della struttura e funzionamento delle molecole atte a trasdurre i segnali extracellulari in specifiche funzioni biologiche, nonché allo studio della macromolecole responsabili dei fenomeni di controllo dell'espressione genica, della proliferazione, differenziamento e trasformazioni cellulari. Obiettivi Alla fine del corso lo studente deve aver compreso: Il ruolo esercitato dalla catalisi enzimatica nel fenomeno della vita. I Rapporti struttura-funzione delle principali molecole biologiche e i processi coinvolti nella sintesi di queste. Gli aspetti termodinamici ed elettrochimici del metabolismo cellulare e la sua regolazione. Il metabolismo delle principali classi di macromolecole la struttura delle proteine e delle molecole coinvolte nella trasduzione del segnale. I meccanismi che regolano 1) il funzionamento di tali proteine e 2) il flusso di informazione dall’esterno all’interno della cellula. Struttura e funzionamento delle molecole coinvolte nella regolazione dell’espressione genica, 1) della proliferazione, 2) trasformazione e 3) morte cellulare cellulare. Le principali tecniche per lo studio dei fenomeni suddetti. Programma del corso Fondamenti della Biochimica: Fondamenti cellulari. Gerarchia e organizzazione degli organismi viventi e delle strutture cellulari. Fondamenti chimici. Le biomolecole, I composti del carbonio, i gruppi funzionali, conformazione e configurazione. Fondamenti fisici. L’energia delle molecole. Termodinamica e Cinetica delle reazioni chimiche. Catalisi. Effetto della catalisi sulle reazioni chimiche. Effetto degli enzimi sulle reazioni sul controllo delle reazioni. Bioenergetica e Termodinamica. Energia libera di Gibbs, Entalpia, Entropia, Energia libera standard. ∆G, correlazione ∆G, Keq e concentrazione dei reagenti. ATP e il suo ruolo nelle reazioni biochimiche, trasferimento di gruppi fosforici. Composti di riserva energetica, funzione coenzimatica di altri nucleotidi. Reazioni di ossido- riduzione, potenziali di riduzione standard ∆E°, correlazione E° ed Energia Libera di Reazione. Molecole trasportatrici di elettroni. Biomolecole: L’acqua. Struttura reattività, solubilità in acqua, Kw, pH e soluzioni tampone, equazione di Henderson-Hesselbach. Aminoacidi peptidi e proteine. Struttura e classificazione degli aminoacidi, proprietà tampone degli aminoacidi. Struttura e classificazione delle proteine, proteine fibrose e globulari. Struttura primaria. Struttura secondaria ( alfa elica e foglietto beta ). Struttura terziaria e quaternaria. Cenni correlazione struttura e funzione delle proteine. Funzioni delle proteine. Generalità sulle funzioni delle proteine. Interazione proteinaligando, affinità di legame e Kd. Rappresentazione matematica interazione ligandoproteina. Mioglobina, interazione Mioglobina e Ossigeno. Interazione molecolare e rappresentazione matematica. Emoglobina e Proteine allosteriche e legame cooperativo. Interazione Emoglobina e Ossigeno. Interazione molecolare e rappresentazione matematica, equazione di Hill. Modulatori allosterici del legame Ossigeno Emoglobina. Emoglobina e Mioglobina come trasportatori di Ossigeno comparazioni. Effetto Bohr e Trasporto isoidrico di CO2. Enzimi. Sito attivo e meccanismi di catalisi. Classificazione. Cinetica enzimatica, equazione di Michaelis-Menten, Km e suo significato. Grafico degli inversi o dei doppi reciproci. Inibizione enzimatica. competitiva, in competitiva, mista ed irreversibile. Controllo dell’attività enzimatica (allosterismo omo- ed etero-tropico, modificazioni covalenti irreversibili e reversibili). Vitamine e coenzimi. (tiamina, riboflavina, vitamina b3, nicotinammide, acido pantotenico, piridossina, biotina, acido folico, vitamina B12, acido ascorbico, vitamine liposolubili A,D,E,K). Carboidrati. struttura, formule di rappresentazione, chiralità e isomeria. Monosaccaridi, disaccaridi e polisaccaridi più rappresentativi, struttura chimica e nomenclatura. Carboidrati modificati, peptidoglicani e glicosamminoglicani, struttura e funzioni. Glicoconiugati, proteoglicani, glicoproteine e glicolipi, struttura e funzioni. Proteoglicani e glicoproteine della lamina basale. Effetti sulla proliferazione cellulare e su l’espressione genica da parte dei Glicosamminoglicani. Lipidi. Acidi grassi, struttura chimica e nomenclatura. trigliceridi, fosfolipidi, sfingolipidi, cerebrosidi o glicolipidi, cere, prostaglandine, terpeni, steroidi. Lipidi strutturali, natura chimica e interazione con l’acqua. Il colesterolo, funzione del colesterolo nelle membrane cellulari. Membrane Cellulari. I modelli di membrana, composizione, proprietà e funzioni delle membrane. La membrana plasmatica. Composizione molecolare e funzioni dei componenti. Trasporto di membrana. Diffusione e osmosi. Trasporto passivo, trasporto attivo, molecole implicate e meccanismi molecolari coinvolti. Cinetica e termodinamica del trasporto di membrana. Il trasporto di grandi molecole. Esocitosi, Endocitosi, Endocitosi mediata da recettori. Metabolismo Cellulare: Generalità vie anaboliche e cataboliche, reazioni redox e potere riducente, metabolismo energetico e formazione di ATP. Respirazione Cellulare. glicolisi, ciclo di krebs, catena di trasposto degli elettroni, fosforilazione ossidativi, sintesi dell’ATP per chemiosmosi e per fosforilazione a livello di substrato. Regolazione della Respirazione cellulare. Metabolismo dei carboidrati. Decarbossilazione del Piruvato, Fermentazione lattica e alcolica, gluconeogenesi, ciclo dei pentosi fosfati, il glutatione e la sua funzione, glicogenosintesi e glicogenolisi. Regolazione locale e ormonale del metabolismo dei carboidrati. Metabolismo lipidico. Digestione dei lipidi, trasporto, β-ossidazione, sintesi dei corpi che tonici, biosintesi degli acidi grassi, sintesi dei trigliceridi, biosintesi del colesterolo. Metabolismo degli amminoacidi. digestione, transamminazione, desaminazione, decarbossilazione, sintesi della glutammina, sintesi della carbamil-fosfato, ciclo dell’urea, sintesi delle ammine biogene e loro ruolo. Biologia Cellulare e Molecolare: I segnali cellula-cellula. Segnali extracellulari, ormoni e recettori di membrana. Generalità sul meccanismo d’azione e loro ruolo biologico. Recettori e secondi messaggeri. c-AMP, ione Ca2+, proteine G, Recettori tirosinchinasici, proteine Ras. Le specie reattive dell’ossigeno (ROS) come induttori di danno cellulare o come secondi messaggeri fisiologici. Vie di trasduzione del segnale: Vie di trasduzione legate alla sopravivenza e morte cellulare, controllo della proliferazione, apoptosi e differenziamento cellulare. La via delle Mitogen-activated protein kinases (MAPK). Vie attivate da fattori di crescita, extracellular signal-regulated kinases (ERKs) e Akt/PKB. Vie attivate dagli stress c-Jun N-terminal kinases (JNKs) e P38 mitogen-activated protein kinases (p38mapk). La protein kinase C (PKC), isoforme della PKC e loro funzioni cellulari. Vie di trasduzione legate al danno e rimodellamento vascolare. La matrice extracellulare, La via di trasduzione del Transforming growth factor beta (TGF-β) e della Angiotensina II. Sistemi e tecniche di studio delle proteine Sistemi e tecniche di trasfezione delle cellule eucariotiche. Probe cellulari per lo studio dei secondi messaggeri e di funzioni biologiche della cellula (ROS, Calcio, proteine enzimatiche e del ciclo cellulare) Tecniche di base in Biologia cellulare e Molecolare: Estrazione di proteine, DNA e RNA, quantizzazione di Proteine, DNA e RNA, elettroforesi su gel di poliacrilamide e agarosio, La reazione di polimerizzazione a catena, cenni sul clonaggio, i vettori di espressione, cenni sull’utilizzo dei vettori nella sperimentazione. Testi consigliati. David L. Nelson, Michael M. Cox I PRINCIPI DI BIOCHIMICA DI LEHNINGER