I rotavirus di gruppo A sono riconosciuti come una delle maggiori cause di gastroenterite acuta
negli individui giovani di molte specie animali. Negli allevamenti, la diarrea da rotavirus
rappresenta un ingente danno economico dovuto all’elevata morbosità e mortalità della patologia
nei suini neonati. La classificazione dei rotavirus si basa su un sistema binario in cui si riconoscono
distinti sierotipi e genotipi delle proteine capsidiche VP7 e VP4. La genotipizzazione tramite
Reverse-Transcription (RT) dei frammenti genici codificanti per queste due proteine e successiva
semi nested-PCR, utilizzando primers genotipo-specifici, è ampiamente impiegata negli studi di
epidemiologia. Ad oggi, tramite caratterizzazione molecolare, sono stati identificati 25 genotipi per
la VP7 (G) e 32 genotipi per la VP4 (P), alcuni dei quali sono condivisi tra animali e uomo. Nei
suini, rotavirus con genotipo G3, G4, G5 e G11 in associazione con i tipi P[6] e P[7], sono comuni,
sono stati anche riscontrati ceppi appartenenti ai tipi P[13], P[19], P[23], P[26] e P[27]. Più
raramente sono stati anche identificati tipici genotipi umani (G1, G2, G9, P[6] e P[8]) e bovini (G6,
G8, G10, P[1], P[5] e P[11]). Il campionamento è stato effettuato nel 2009 in allevamenti della
Lombardia e dell’Emilia Romagna. Dopo conferma diagnostica di rotavirus tramite saggio ELISA e
microscopia elettronica, si è proceduto all’estrazione dell’RNA virale utilizzando un kit
commerciale (QIAamp RNA Mini kit, Qiagen). L’RNA totale è stato retro trascritto tramite random
hexamers (SuperScript III 1st Strand Synthesis System, Invitrogen) ed è stata eseguita una reazione
di PCR (Platinum Taq DNA Polymerase, Invitrogen) utilizzando primers specifici per i diversi geni
in analisi (gene 4 codificante per la proteina VP4, gene 9 per la VP7, gene 6 per la VP6, e gene 10
per la NSP4). I prodotti di PCR positivi ad analisi su gel sono stati sottoposti a sequenziamento
nucleotidico per entrambi i filamenti (sequenziatore a capillare ABI3130; Applied Biosystems).
L’analisi di sequenza ha mostrato la presenza di isolati con genotipo G9 e genotipi P[6], P[23].
Considerata l’ampia diffusione del genotipo G9 in Italia anche nella popolazione umana, per
valutare una possibile relazione evolutiva, i geni codificanti per VP4, VP6, VP7 e NSP4 sono stati
sequenziati e confrontati con ceppi di rotavirus suini presenti in GenBank e con ceppi umani
circolanti in Italia. Per questi campioni è stata anche effettuata un’analisi filogenetica per valutare
una possibile origine comune con i G9 umani e quindi una eventuale trasmissione zoonotica
