scritto2008_3

BIOINFORMATICA – Esame scritto del 27 Giugno 2008
Nome Cognome: _________________________
1) Descrivere l’algoritmo di Needleman-Wunsch e la sua applicazione
2) Descrivere la costruzione di un modello strutturale per omologia/similarità
3) Descrivere il metodo alla base di PSI-BLAST ed il suo significato biologico
4) Nel database CATH
a) Le classi sono assegnate in base alla struttura secondaria
b) Le classi sono assegnate in base alla funzione
c) le architetture sono assegnate in base a relazioni di omologia
5) Quale dei seguenti criteri è considerato sufficiente per l’identificazione di una
proteina?
a) La massa di tre peptidi interni
b) La sequenza di tre peptidi interni
c) La massa del peptide N-terminale
6) Nei file PDB di strutture x-ray alcuni residui non sono definiti
a) perché la risoluzione cambia da residuo a residuo
b) perché la conformazione della proteina cambia da cella a cella
c) perché i raggi x hanno modificato la proteina
d) tutti i residui sono sempre definiti, ma nella entry ci sono più conformeri
che non coincidono
7) La matrice BLOSUM65
a) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
blocchi di 65 sequenze ortologhe
b) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
blocchi di sequenze con almeno il 65% di identità
c) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
sequenze omologhe divergenti per il 65% inteso come frequenza di
mutazione