BIOINFORMATICA – Esame scritto del 10 Aprile 2006
1) Descrivere l’algoritmo di Smith-Waterman
2) Descrivere il metodo di database searching utilizzato da BLAST
3) Metodi euristici di allineamento multiplo
4) Quale algoritmo si presta meglio per ricercare sequenze ortologhe in organismi
anche filogeneticamente distanti?
a) blastx
b) tblastx
c) psi-blast
d) blastn
5) Data la sequenza di un cDNA, come identifico i tratti corrispondenti agli esoni?
a) BLASTX contro database proteico
b) BLASTN contro database di EST
c) BLASTN contro database genomico
6) Il valore di bootstrap
a) indica la percentuale di identità tra le due sequenze che formano il nodo
dell’albero
b) indica la percentuale di probabilità di trovare le stesse due sequenze che
formano il nodo dell’albero
c) indica la distanza tra le due sequenze che formano il nodo dell’albero
7) La matrice PAM30
a) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
blocchi di 30 sequenze ortologhe
b) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
sequenze con il 30% di identità
c) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
sequenze omologhe divergenti per il 30% inteso come frequenza di
mutazione
