scritto2006_3

BIOINFORMATICA – Esame scritto del 20 Luglio 2006
1) Alberi filogenetici ed orologio molecolare
2) Il Protein Data Bank
3) BLAST: principi del metodo
4) Il valore di bootstrap
a) indica la percentuale di identità tra le due sequenze che formano il nodo
dell’albero
b) indica la percentuale di probabilità di trovare le stesse due sequenze che
formano il nodo dell’albero
c) indica la distanza tra le due sequenze che formano il nodo dell’albero
5) Il Dictionary of secondary structure in proteins (DSSP)
a) assegna la struttura secondaria a partire dalle coordinate PDB
b) classifica gerarchicamente la struttura secondaria delle proteine
c) predice la struttura secondaria a partire dalla sequenza
6) Nel database CATH
a) Le classi sono assegnate in base alla struttura secondaria
b) Le classi sono assegnate in base alla funzione
c) le architetture sono assegnate in base a relazioni di omologia
7) L’espressione [A,G]X(4)GK[S,T] è:
a) un motivo (pattern)
b) una sequenza consenso
c) una weight (scoring) matrix