Esame scritto del 4 Settembre 2009
BIOINFORMATICA – Nome Cognome ____________________
1) Descrivere l’algoritmo di Smith-Waterman
2) Descrivere la costruzione di un modello strutturale per fold recognition
3) Metodi euristici di allineamento multiplo
4) Quale database NON contiene profili?
a) SMART
b) TrEMBL
c) PFAM
5) La costruzione di un modello di similarità
a) assume che il templato abbia omologia superiore al 30% rispetto alla
sequenza da modellare
b) assume che similarità di sequenza superiore al 30% tra templato e sequenza
da modellare indichi conservazione di struttura
c) assume che proteine omologhe abbiano necessariamente più del 30% di
residui conservati
6) Il valore di bootstrap
a) indica la percentuale di identità tra le due sequenze che formano il nodo
dell’albero
b) indica la percentuale di probabilità di trovare le stesse due sequenze che
formano il nodo dell’albero
c) indica la distanza tra le due sequenze che formano il nodo dell’albero
7) La matrice BLOSUM65
a) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
blocchi di 65 sequenze ortologhe
b) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
blocchi di sequenze con almeno il 65% di identità
c) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
sequenze omologhe divergenti per il 65% inteso come frequenza di
mutazione
