BIOINFORMATICA – Esame scritto del 25 Luglio 2007
1) Descrivere l’algoritmo di Smith-Waterman
2) Descrivere il metodo di database searching utilizzato da BLAST
3) Strategia del progetto genoma
4) Quale algoritmo si presta meglio per ricercare sequenze ortologhe in organismi
anche filogeneticamente distanti?
a) blastx
b) tblastx
c) psi-blast
d) blastn
5) Nel database CATH
a) Le classi sono assegnate in base alla struttura secondaria
b) Le classi sono assegnate in base alla funzione
c) le architetture sono assegnate in base a relazioni di omologia
6) Il valore di bootstrap
a) indica la percentuale di identità tra le due sequenze che formano il nodo
dell’albero
b) indica la percentuale di probabilità di trovare le stesse due sequenze che
formano il nodo dell’albero
c) indica la distanza tra le due sequenze che formano il nodo dell’albero
7) La matrice PAM30
a) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
blocchi di 30 sequenze ortologhe
b) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
sequenze con il 30% di identità
c) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
sequenze omologhe divergenti per il 30% inteso come frequenza di
mutazione
