capitolato tecnico

Procedura negoziata per la fornitura di diagnostici per Laboratorio di
Genetica Molecolare – settore Oncoematologia
Numero di gara
6581966
CAPITOLATO TECNICO
Item
1.1
1.2
1.3
2.1
2.2
2.3
2.4
2.5
Voce
Descrizione
Lotto 1 Reagenti per estrazione di acidi nucleici
CIG 6879080C63
Sistema per l’estrazione di
Compatibile con un sistema di retrotrascrizione ad alta
RNA genomico totale da
efficienza con random primers, possibilità di consentire la
sangue periferico, midollare, raccolta dell'estratto in volumi diversi, personalizzabili in
buffy coat
base alla cellularità del campione di partenza.
Sistema per l’estrazione di
Il sistema deve permettere di ottenere DNA amplificabile
DNA genomico da sangue
con alta efficienza tramite Real Time PCR,
periferico e midollare
deve avere brevi tempi di esecuzione
Sistema di sintesi di cDNA
Sistema di retro trascrizione ad alta efficienza con enzima
(retro-trascrizione) con
del M-MLV RT di ultima generazione ad alta efficienza.
random primers
Compatibile con le applicazione di Real Time PCR.
Sistema di identificazione
della traslocazione t(9;22)
BCR-ABL
(varianti P210, P190 e P230)
Sistema di identificazione del
trascritto derivato dalla
traslocazione t(15;17) PMLRARA (variante BCR1, BCR2 e
BCR3).
Sistema di identificazione e
quantificazione del trascritto
derivato dalla traslocazione
t(9;22) BCR-ABL (variante
P210) tramite metodica Real
Time Quantitative PCR e
standard interni di
amplificazione.
Sistema di identificazione e
quantificazione del trascritto
derivato dalla traslocazione
t(9;22) BCR-ABL (variante
P190) tramite metodica Real
Time Quantitative PCR e
standard interni di
amplificazione
Sistema di identificazione e
quantificazione del trascritto
derivato
dalla traslocazione t(15;17)
PML-RARa (varianti variante
BCR1, BCR2 e BCR3) tramite
Lotto 2 Studi di BCR
GIG 687908722D
Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su
acidi nucleici provenienti da diversi campioni.
Metodologia di utilizzo: PCR nested o multiplex
Il kit deve essere completo di “sistema di controllo gene
housekeeping” e di opportuni controlli di reazione; deve
consentire la contemporanea amplificazione delle varianti
p210, p190 e p230
Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su
acidi nucleici provenienti da diversi campioni.
Metodologia di utilizzo: PCR nested o multiplex
Il kit deve essere completo di “sistema di controllo gene
housekeeping” e di opportuni controlli di reazione;
deve consentire la contemporanea amplificazione delle
varianti bcr1, bcr2 e bcr3
Marchio CE/IVD. Possibilità di eseguire la reazione di
amplificazione su RNA o cDNA provenienti da diversi
campioni. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR tramite
sonde TaqMan. Compatibilità multi strumentale e
possibilità di calcolo della percentuale BCR-ABL riferito
all’International Scale; RNA reference incluso nel kit;
primer e probe in accordo con Europe Against Cancer
(EAC) program. Il kit deve essere completo di: “sistema di
controllo gene housekeeping” e di opportuni controlli di
reazione; standard unici per il gene BCR-ABL ed il gene di
controllo ABL per generare curve standard di almeno 4
punti a diluizione nota. Il kit per la quantificazione del
trascritto p210 deve seguire linee guida EAC e le Standard
Operating Procedures (Versione 1.0 del 20-10-2011) del
circuito LabNet*; in particolare deve essere conforme alle
caratteristiche minime di specificità e sensibilità definite
in tali linee guida.
Marchio CE/IVD. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR
tramite sonde TaqMan. Il kit deve essere completo di:
“sistema di controllo gene housekeeping” e di opportuni
controlli di reazione; sistema UNG in grado di abbassare il
rischio di contaminazione da carry-over; fluoroforo
passivo (ROX) per la normalizzazione delle fluttuazioni di
fluorescenza non specifica; standard unici per il gene BCRABL ed il gene di controllo ABL per generare curve
standard di almeno 3 punti a diluizione nota. Il kit per la
quantificazione del trascritto p190 deve seguire linee
guida EAC in particolare deve essere conforme alle
caratteristiche minime di specificità e sensibilità definite
da tali linee guida.
Marchio CE/IVD. Possibilità di eseguire la reazione di
amplificazione su cDNA proveniente da diversi campioni;
Metodologia di utilizzo: Real Time PCR tramite sonde
TaqMan. Il kit deve essere completo di: “sistema di
controllo gene housekeeping” e di opportuni controlli di
reazione; sistema UNG in grado di abbassare il rischio di
Quantità/anno
Base d’asta
lotto
Euro
16.080,00
300 estrazioni
300 estrazioni
500 reazioni
Euro
37.171,24
150 referti =
300 test
12 referti =
24 test
20 referti =
40 test
20 referti =
40 test
12 referti /
mutazione =
24 test BCR1 +
24 test BCR2 +
24 test BCR3
metodica Real Time
Quantitative PCR, e standard
interni di amplificazione
contaminazione da carry-over; fluoroforo passivo (ROX)
per la normalizzazione delle fluttuazioni di fluorescenza
non specifica. Il kit deve essere completo di curva
standard di almeno 3 punti per il gene di controllo ABL e 5
punti per il trascritto di fusione.
*LabNet, rete di laboratori, coordinata dal GIMEMA (Gruppo Italiano Malattie Ematologiche nell'adulto) in collaborazione con l’ELN (European
Leukemia Network), che effettuano il monitoraggio della risposta molecolare nelle Leucemie Mieloidi Croniche attraverso metodiche
standardizzate
3.1
3.2
4.1
4.2
4.3
5.1
Lotto 3. Analisi AML1
CIG 6879098B3E
Sistema di
Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su cDNA
identificazione e
proveniente da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: Real time
quantificazione del
PCR. Il kit deve essere completo di sonde e primer per ABL, almeno
3
4
5
trascritto derivato
3 diluizioni seriali (10 -10 -10 ) del plasmide contenente la sequenza
ABL, sonde e primer del gene di fusione AML1/ETO e almeno 4
dalla traslocazione
diluizioni seriali del gene di fusione AML1/ETO.
t(8;21) AML1-ETO
Sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da
carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle
fluttuazioni di fluorescenza non specifica se richiesto dalla
strumentazione in utilizzo. Primer e probe in accordo con Europe
Against Cancer (EAC) program
Sistema di
Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su cDNA
identificazione del
proveniente da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: Real time
trascritto derivato
PCR con sonde TaqMan. Il kit deve essere dotato di sonde e primer
3
4
5
dalla traslocazione
per ABL, almeno 3 diluizioni seriali (10 -10 -10 ) del plasmide
t(12;21) TEL-AML1
contenente la sequenza ABL, sonde e primer del gene di fusione e
almeno 4 diluizioni seriali del gene di fusione.
Sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da
carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle
fluttuazioni di fluorescenza non specifica se richiesto dalla
strumentazione in utilizzo . Primer e probe in accordo con Europe
Against Cancer (EAC) program
Lotto 4. Analisi gene NPM1
CIG 68791126CD
Sistema di identificazione Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su acidi
delle mutazioni A, B e D,
nucleici provenienti da diversi campioni. Metodologia di
del gene NPM1 tramite
utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve
metodica Allele Specific
essere completo di: sistema di arricchimento per le sequenze
Real Time PCR
mutate, “sistema di controllo gene housekeeping” , di
comprensivo di standard
opportuni controlli di reazione e sistema UNG in grado di
interni di amplificazione.
abbassare il rischio di contaminazione da carry-over;
fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle
fluttuazioni di fluorescenza non specifica. Il kit deve
permettere di discriminare contemporaneamente almeno tra
le mutazioni A, B e D (specificità) ed, eventualmente
evidenziare altre mutazioni.
Sistema di identificazione Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su acidi
nucleici provenienti da diversi campioni. Metodologia di
e quantificazione della
sola mutazione A, del
utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve
gene NPM1 tramite
essere completo di: “sistema di controllo gene housekeeping”
metodica Allele Specific
e di opportuni controlli di reazione; sistema UNG in grado di
Real Time PCR,
abbassare il rischio di contaminazione da carry-over;
comprensivo di standard
fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle
interni di amplificazione.
fluttuazioni di fluorescenza non specifica. Il kit deve contenere
le curve standard con almeno 4 diluizioni seriali del gene, per il
gene mutato ed il wild type.
Sistema di identificazione Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su acidi
e quantificazione delle
nucleici provenienti da diversi campioni. Metodologia di
mutazioni B e D, del gene
utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan.
NPM1 tramite metodica
Il kit deve essere completo di: “sistema di controllo gene
Allele Specific Real Time
housekeeping” e di opportuni controlli di reazione; sistema
PCR comprensivo di
UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da
standard interni di
carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione
amplificazione.
delle fluttuazioni di fluorescenza non specifica
Lotto 5. Analisi Jak2
CIG 6879120D65
Sistema di
Marchio CE/IVD. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR allele
Euro
4.500,00
12 referti =
24 test
12 referti =
24 test
Euro
40.019,42
18 referti/
mutazione =
36 test per “A”+
36 test per “B” +
36 test per “D”
16 referti =
32 test
16 referti /
mutazione =
32 test per “B”+
32 test per “D”
Euro
52.858,00
190 referti =
identificazione della
mutazione V617F del
gene JAK2 tramite
metodica Allele Specific
Real Time PCR e
controlli interni di
reazione.
6.1
6.2
6.3
6.4
7.1
7.2
8.1
Sistema di identificazione
dei riarrangiamenti
clonali della regione VDJ
IgH FR1, FR2, FR3 del
gene IgH
Sistema di identificazione
dei riarrangiamenti
clonali della regione del
gene TCR gamma Linfomi
T
Sistema di identificazione
dei riarrangiamenti
clonali della regione VJA,
VJB, VDJ del gene TCR
beta Linfomi T
Sistema di identificazione
dei riarrangiamenti
clonali delle regioni del
gene V d + Dd +j d e VJ
A+VJB TCR delta
Sistema di identificazione
del DNA derivato dalla
traslocazione t(11;14)
BCL1 – IgH
Sistema di identificazione
del DNA derivato dalla
traslocazione
t(14;18)BCL2 – IgH MBR e
mcr
Sistema di identificazione
specifica. Il kit deve essere completo di: “sistema di controllo
gene housekeeping” e campioni di riferimento per controllo
positivo e negativo; sistema UNG in grado di abbassare il rischio
di contaminazione da carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la
normalizzazione delle fluttuazioni di fluorescenza non specifica.
Taq polimerasi inclusa
Lotto 6. Studio clonalità
CIG 6879128402
Dovranno essere forniti kit a marchio CE-IVD per l’analisi
molecolare di riarrangiamenti clonali del gene IgH.
I kit devono comprendere: controlli mono- e poli-clonali, mix
pronta all’uso, enzima, sistema controllo gene house-keeping
di reazione per la fase di estrazione e amplificazione.
Kit ottimizzati per PCR elettroforesi o per elettroforesi
capillare.
Conforme alle linee guida Biomed 2 (con dichiarazione del
produttore).
Dovranno essere forniti kit a marchio CE-IVD per l’analisi
molecolare di riarrangiamenti: del gene TCR-γ. Metodica di
utilizzo: PCR gel elettroforesi. I kit devono comprendere:
controlli mono- e poli-clonali, mix pronta all’uso, enzima,
sistema controllo gene house-keeping di reazione per la fase di
estrazione e amplificazione. I kit devono prevedere una fase di
rivelazione mediante analisi mediante gel di agarosio, gel di
acrilamide ed elettroforesi capillare sullo stesso amplificato. I
protocolli di amplificazione devono essere comuni per i
differenti kit offerti.
Conforme alle linee guida Biomed 2 (con dichiarazione del
produttore).
Dovranno essere forniti kit a marchio CE-IVD per l’analisi
molecolare di riarrangiamenti clonali del gene TCR-β. I kit
devono comprendere: controlli mono- e poli-clonali, mix
pronta all’uso, enzima, sistema controllo gene house-keeping
di reazione per la fase di estrazione e amplificazione. I kit
devono prevedere una fase di rivelazione mediante analisi
mediante gel di agarosio, gel di acrilamide ed elettroforesi
capillare sullo stesso amplificato. I protocolli di amplificazione
devono essere comuni per i differenti kit offerti. Conforme alle
linee guida Biomed 2 (con dichiarazione del produttore).
Dovranno essere forniti kit a marchio CE-IVD per l’analisi
molecolare di riarrangiamenti clonali del gene TCR-delta. I kit
devono comprendere: controlli mono- e poli-clonali, mix
pronta all’uso, enzima, sistema di controllo gene housekeeping di reazione per la fase di estrazione e amplificazione.
Conforme alle linee guida Biomed 2 (con dichiarazione del
produttore).
Lotto 7. Studio BCL
CIG 6879136A9A
Marchio CE/IVD. Possibilità di eseguire la reazione di
amplificazione su DNA genomico provenienti da diverse
tipologie di campioni (incluso paraffinato). Metodologia di
utilizzo: PCR
Il kit deve essere completo di “sistema di controllo mono e
policlonale, di gene housekeeping” per verificare l’integrità del
materiale. Conforme alle linee guida Biomed2 (con
dichiarazione del produttore)
Marchio CE/IVD. Possibilità di eseguire la reazione di
amplificazione su su DNA genomico provenienti da diverse
tipologie di campioni (incluso paraffinato). Amplificazione
delle seguenti regioni BCL2Mbr+IGH JH, BCL2 3’ Mbr +IGH JH,
BCL2 mcr +IGH JH. Metodologia di utilizzo: PCR
Il kit deve essere completo di: controllo monoclonale per ogni
riarrangiamento, controllo policlonale, “sistema di controllo
gene housekeeping.
Lotto 8. Studio di altre alterazioni
CIG 6879149556
Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su cDNA
380 test
Euro
18.535,04
120 reazioni
60 reazioni
20 reazioni
20 reazioni
Euro
6.332,00
40 reazioni
40 reazioni
Euro
16.107,54
12 referti =
e quantificazione del
trascritto derivato dalla
inversione inv(16) CBF bMYH11 A
8.2
8.3
9.1
proveniente da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: Real
time PCR con sonde TaqMan. Il kit deve essere dotato di
3
4
sonde e primer per ABL, almeno 3 diluizioni seriali (10 -10 5
10 ) del plasmide contenente la sequenza ABL, sonde e primer
del gene di fusione inv16 e almeno 4 diluizioni seriali del gene
di fusione inv16.
Sistema UNG in grado di abbassare il rischio di
contaminazione da carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la
normalizzazione delle fluttuazioni di fluorescenza non
specifica se richiesto dalla strumentazione in utilizzo . Primer e
probe in accordo con Europe Against Cancer (EAC) program
Sistema di identificazione Marchio CE/IVD. Possibilità di eseguire la reazione di
e quantificazione del
amplificazione su acidi nucleici provenienti da diversi
gene WT1, esone 1 e 2,
campioni.
tramite metodica Real
Metodologia di utilizzo: Real Time PCR tramite sonde
Time Quantitative PCR
TaqMan.
comprensivo di standard
Il kit deve essere completo di: reagenti per curva standard di
interni di amplificazione.
almeno 3 punti per il gene di controllo ABL e per il gene WT1;
sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione
da carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione
delle fluttuazioni di fluorescenza non specifica. Deve essere
conforme alle caratteristiche minime di specificità e sensibilità
definite dal circuito ELN (European Leukemia Net) (Cilloni D. et
al. JCO 2009)
Sistema di identificazione Il kit deve consentire la rilevazione delle mutazioni MPL
delle mutazioni a carico
W515L e W515K separatamente. Metodologia di utilizzo: Real
del gene MPL (W515 e
Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve essere completo
W515K) tramite
di: “sistema di controllo gene housekeeping” e di opportuni
metodica Allele Specific
controlli di reazione positivo e negativo; sistema UNG in grado
Real Time PCR e controlli
di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over;
interni di amplificazione.
fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle
fluttuazioni di fluorescenza non specifica.
Lotto 9. Studio di mutazioni di FLT3
CIG 6879150629
Sistema di rilevazione
Marchio CE/IVD. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR.
delle mutazioni FLT3 ITD
Il kit deve comprendere controlli mono e policlonali, controllo
e D835
housekeeping, mix pronta all’uso, Taq Polimerasi ed enzima di
restrizione.
24 test
18 referti =
36 test
16 referti /
mutazione =
32 test per W515L+
32 test per W515K
Base d’asta
12 referti =
24 test
Euro 6.228,00