Laboratorio di
Bioinformatica I
Banche dati
Parte 2
Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015)
Google Scholar
https://scholar.google.it/
E’ un motore di ricerca di Google, specializzato nella ricerca di articoli scientifici.
Risultati
Stringa di ricerca
Filtro x anno
Come citare
Quanti hanno
citato questo
articolo
Esercizio 1 Google Scholar
Parte A:
Trovare l’articolo originale nel quale Watson and
Crick formularono l’ipotesi della struttura del DNA.
In quale anno è stato pubblicato ?
Da quanti è stato citato ?
Parte B:
Trovare l’articolo di Nature Genetics con DOI
(Document of Interest) 10.1038/75556.
A cosa è riferito l’articolo?
Chi è il primo nome dell’articolo?
A quale istituto appartiene (apparteneva) il primo nome ?
Uniprot
www.uniprot.org
Swiss-Prot
TrEMBL
Stringa di ricerca
Ricerca avanzata
Uniprot – Risultato ricerca (TFR1)
Filtri
UNIPROT
entry
Swiss-Prot
TrEMBL
Uniprot – Protein Entry (TFR1)
Sezioni
Uniprot – Sezioni
Function: Funzione della proteina e processi biologici.
Names & Taxonomy: Diversi nomi della proteine, del gene e gli organismi.
Subcellular location: Localizzazione della proteina nella cellula e topologia.
Pathology & Biotech: Malattie correlate ed esperimenti di mutagenesis.
PTM / Processing: Modificazioni Post-traduzionali ed eventi di processamento.
Expression: Dove viene espressa la proteina.
Interaction: Con cosa interagisce la proteina.
Structure: Collegamenti ai database con la struttura 3D della proteina (se c’è)
Family & Domains: Domini strutturali della proteina, motif, filogenetica.
Sequence: Sequenza della proteina (delle diverse isoforme)
Cross-references: Collegamenti ad altri database.
Publications: Pubblicazioni.
Entry information: Informazioni di UNIPROT sul entry.
Miscellaneous: Qualsiasi altri informazione non compressa nelle precedenti.
Similar proteins: Collegamento a UNIREF (cluster di UNIPROT).
Esercizio 2 UNIPROT
Nel database Uniprot si cerchi “hemoglobin subunit beta”
limitando la ricerca (advanced search) a Homo sapiens (si noti
l’autocompletamento).
Si selezioni il primo record (P68871)
Notare la differenza con l’entry di NCBI Proteins NP_000509.1.
Come sono annotati le diverse regioni della sequenza in NCBI
Proteins e in UNIPROT?
In quali processi biologici è coinvolta?
Quanti riferimento bibliografici sono presenti?
Come sono annotate gli SNP?
Quante strutture sono risolte per NMR?
Si trovano facilmente informazioni su patologie mendeliane?
Selezionare i cluster con identità al 90% ed analizzarlo.
Esercizio 3 UNIPROT
Nel database Uniprot si cerchi la proteina Transferrin
receptor (TFR1) per l’uomo (P02786).
Quante isoforme ha ?
Ha la struttura risolta ? Se si, a partire da quale aminoacido è
risolta.
Quale è il nome del gene che la codifica (entrare in HGNC)
Nel database Uniprot si cerchi la proteina Transferrin
receptor 2 (TFR2) per l’uomo (Q9UP52).
Quante isoforme ha, se ne ha più di una perche ?
Ha la struttura risolta ? Se si, a partire da quale aminoacido è
risolta.
Quale è il nome del gene che la codifica (entrare in HGNC)
ExPASy
Bioinformatics Resource Portal (SIB)
http://www.expasy.org/
Esercizio 4 ExPASy Translate
Scaricare il fasta della sequenza genomica di human
hemoglobin subunit beta (NM_000518.4).
Visitare il sito di ExPASy (expasy.org):
Provare il tools TRANSLATE (resources A..Z) per
tradurre automaticamente una sequenza genica
in una proteica.
Sottomettere la sequenza genomica scaricata
Quale frame è corretto (confrontare la sequenza
predetta con quella reale NP_000509.1)?
Perché ci sono 6 frames?
Esercizio 5
Individuare codice RefSeq di gene e proteina
per RAC1 in Homo sapiens.
Scaricare le sequenze FASTA
Indicare la prima voce di funzione, processo e
componente nella Gene Ontology
In Uniprot individuare RAC1 in Homo sapiens.
Qual è il suo codice Uniprot?
Interagisce con la proteina ARFIP2?
Esistono strutture risolte per NMR per la proteina?
Secondo la risoluzione quale è la miglior struttura risolta?
Ci sono isoforme della proteina, quante ?
Esercizio 6
In PubMed individuare gli articoli con primo
autore “Smith” e che hanno tra gli argomenti
principali la malattia di Alzheimer e con
l’incremento di ferro, pubblicati dal 2010 a
oggi.
Ripetere la ricerca utilizzando Google
Scholar.
Su quale rivista è stato pubblicato ?
