BIOINFORMATICA: UTILIZZO DEI PORTALI DI PROTEOMICA
1) STUDIO DELLA SEQUENZA DELL’ENZIMA Lipossigenasi 1 (LOX-1) di soia (Glycine Max)
Scopo di questa esercitazione è apprendere l’utilizzo di un portale di proteomica per trovare nei database
opportuni la struttura primaria di un enzima o proteina di nostro interesse e ricavare alcuni parametri
importanti per analisi di tipo biochimico.
Connettersi al portale expasy (www.expasy.org).
Cercare il file della sequenza primaria della Lipossigenasi di soia.
.
1) Accertarsi l’origine dell’enzima
2) Verificare se esistono isoforme
QUANTE ISOFORME ESISTONO?______________
Trovato il file giusto, iniziamo ad analizzarlo.
NOME FILE TROVATO:___________________
ORIGINE:___________________________
RICOMBINANTE?____________________
N. aminoacidi________________________
E’ un enzima solubile? _________
Quali aminoacidi compongono il sito attivo? _________
Presenta modificazioni post traduzionali (PTM)?
TOOL “PROT PARAM”
La sequenza presenta peptidi segnale?______________
PESO MOLECOLARE______________
PUNTO ISOELETTRICO_____________
COEFFICIENTE DI ESTINZIONE (mg/ml)____________________
COEFFICIENTE DI ESTINZIONE MOLARE _____________________
TOOL BLAST
Facciamo un’analisi per trovare enzimi con sequenze con alta omologia
Qual è l’omologia con l’equivalente enzima animale?
2) STUDIO DI UN GEL 2D-PAGE
Questo è un GEL 2D-PAGE di proteine standard
4.5
pI
8.5
1. Identificate gli standard nel gel
2. Volete ora identificare una particolare proteina in un vostro gel 2D. Dopo aver trasferito il
gel 2D in membrana e ritagliato lo spot di interesse, avete ottenuto la seguente sequenza
N-terminale da un sequenziatore di aminoacidi:
MFSAGHKIKGTVVL
- Effettuate una ricerca nel database di sequenze primarie per trovare a quale proteina
appartiene tale sequenza.
- Disegnate nel gel dove vi aspettate di trovare tale proteina
STANDARD PRESENTI:
proteina
1 Hen egg conalbumin
2 Bovine Serum Albumin (BSA)
3 Bovine muscle actin
Rabbit muscle GAPDH
(Glyceraldehyde-3-phosphate
4 dehydrogenase)
5 Bovine carbonic anhydrase
6 Soybean Trypsin Inhibitor
7 Equine myoglobin
SP ID
Num. aa
MW
pI
