DISS. ETH NO. 23419 FUNCTIONS OF HUMAN CACTIN IN PRE-mRNA SPLICING AND CHROMOSOME STABILITY A thesis submitted to attain the degree of DOCTOR OF SCIENCES of ETH ZURICH (Dr. sc. ETH Zurich) presented by ISABELLA MARTINA YVONNE ZANINI MS sc. in Biology, University of Zurich, Switzerland born on 09.02.1985 citizen of Bellinzona, Ticino, Switzerland accepted on the recommendation of Prof. Dr. Claus M. Azzalin, examiner Prof. Dr. Massimo Lopes, co-examiner Prof. Dr. Vikram Panse, co-examiner 2016 SUMMARY Cactin proteins are evolutionarily conserved, essential nuclear proteins implicated in different molecular pathways apparently unrelated to each other, including control of gene expression, inflammatory response, cell cycle progression, development and embryogenesis, and pre-mRNA splicing. A screen of a S. pombe deletion library performed in our laboratory identified fission yeast Cactin (Cay1) as a regulator of telomeric chromatin. Further analyses showed that Cay1 regulates telomere length and telomeric transcription via stabilisation of the telomeric protein Rap1, principally by promoting Rap1 pre-mRNA splicing. The C-terminal domain, which has been shown to mediate protein-protein interactions in different organisms, is 46% identical in Cay1 and human Cactin (hCactin), suggesting that Cay1 and hCactin are orthologs. We show that hCactin is an essential nuclear protein necessary for preserving genome stability, chromosome integrity and promoting cell proliferation in human cells. Differently from its fission yeast ortholog Cay1, hCactin does not participate in maintaining telomere homeostasis in human cells. We provide evidence that hCactin sustains premRNA splicing and it physically interacts with the ATPase/RNA helicase DHX8 and with the SR protein SRRM2. Importantly, these factors function with hCactin in promoting pre-mRNA splicing of the cohesin regulatory factor Sororin. Deregulated Sororin pre-mRNA splicing in hCactin-depleted cells leads to cohesion loss and premature sister chromatid separation, as Sororin overexpression in the same cells reverses these phenotypes. hCactin depletion also leads to accumulation of DNA damage and impaired cell proliferation independently of Sororin splicing defects. In addition, hCactin physically interacts with the cullin protein CUL7 and enhances its stability. hCactin interaction with a multitude of proteins involved in independent cellular pathways is likely to explain the pleiotropic phenotypes observed upon its depletion in human cells. 3 RIASSUNTO Le proteine della famiglia Cactin sono proteine essenziali conservate durante l'evoluzione. Diversi studi hanno dimostrato il coinvolgimento di queste proteine in processi molecolari apparentemente indipendenti tra loro, quali il controllo dell'espressione genica, la risposta infiammatoria, la promozione del ciclo cellulare, lo sviluppo e l'embriogenesi ed il processo di trasformazione dell'acido ribonucleico precursore (pre-mRNA) nell'acido ribonucleico messaggero (mRNA) mediante uno specifico meccanismo chiamato splicing del pre-mRNA. Il nostro laboratorio, tramite lo screening di un'intera biblioteca di soppressioni geniche nel lievito S. pombe, ha individuato la proteina Cactin Cay1 quale regolatore della cromatina telomerica. Ulteriori analisi hanno dimostrato che Cay1 regola lunghezza e trascrizione dei telomeri stabilizzando la proteina telomerica Rap1, principalmente promuovendo il processo di splicing. Alcuni studi hanno suggerito che la porzione terminale della proteina Cactin possa promuovere l'interazione tra proteine in diversi organismi. Questa regione è identica al 46% in Cay1 e nella proteina umana Cactin (hCactin), suggerendo che Cay1 e hCactin siano ortologhi. In questa tesi documentiamo che hCactin è una proteina nucleare necessaria alla proliferazione cellulare e alla salvaguardia dell'integrità chromosomica e della stabilità genomica nelle cellule umane. A differenza di Cay1, hCactin non partecipa direttamente alla conservazione dell'omeostasi telomerica nelle cellule umane. Forniamo invece prova della partecipazione di hCactin nella promozione dello splicing del mRNA tramite l'interazione fisica con l'ATPasi/RNA elicasi DHX8 e la proteina SRRM2. Nello specifico, queste proteine sembrerebbero funzionare con hCactin nel promuovere lo splicing di Sororin, una proteina che regola la coesione tra i cromatidi fratelli. Nelle cellule umane con indotta insufficienza della proteina hCactin si osserva una deregolamentazione del processo di splicing di Sororin e una conseguente prematura separazione dei cromatidi fratelli. Per quanto l'overespressione di Sororin compensi per la perdita di coesione, l'accumulazione di danni all'acido deoxiribonucleico (DNA) e la compromissione della proliferazione cellulare non sono compensati dal ripristino dei livelli di Sororin nelle cellule carenti di hCactin. Dimostriamo inoltre che hCactin interagisce fisicamente con la proteina Cullin7 promuovendone la stabilità. Proponiamo quindi che simili interazioni tra hCactin e proteine coinvolte in diversi processi cellulari spieghino i fenotipi pleiotripici associati all'insufficienza di hCactin nelle cellule uman 5