Transcription termination • RNA polymerase I terminates transcription at an 18 base terminator sequence. • RNA polymerase III terminates transcription in poly(U)4 sequence embedded in a G·C-rich sequence. • In pol II transcripts the sequence AAUAAA is a signal for cleavage to generate a 3 end of mRNA that is polyadenylated. Biologia molecolare - Robert F. Weaver Copyright © 2005 – The McGraw-Hill Companies srl RNA polymerasi II termination • The reaction requires a protein complex that contains a specificity factor, an endonuclease, and poly(A) polymerase. • The specificity factor and endonuclease cleave RNA downstream of AAUAAA. • The specificity factor and poly(A) polymerase add ~200 A residues processively to the 3 end. Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005 “Fabbrica dell’RNA” (RNA factory) • Interdipendenza tra trascrizione e modificazioni post-trascrizionali • Pol II senza CTD inibisce splicing, terminazione e poliadenilazione • CPSF e CstF legano il CTD • CPSF si trova associato a TFIID Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005 Complessità genoma-proteoma • Percentuale di geni con splicing alternativo varia tra 35 e 59 • Il gene Dscam di Drosofila (recettore per la guida degli assoni) contiene 95 possibili esoni che fanno splicing alternativo per un totale di 38000 isoforme proteiche possibili • Il 15% delle mutazioni che causano malattie genetiche provocano difetti di splicing Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005 tra sxl dsx Alternative splicing • Specific exons may be excluded or included in the RNA product by using or failing to use a pair of splicing junctions. • Exons may be extended by changing one of the splice junctions to use an alternative junction. • Alternative splicing may depend on SR proteins or specific factors Ruolo della poliadenilazione alternativa • stabilità dell'mRNA • localizzazione dell'mRNA • espressione di proteine diverse • regolazione della traduzione Figure 2 . Regulation of Immunoglobulin Expression Low affinity binding of CstF to the upstream ms site is indicated by a hatched pattern.