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Transcription termination
• RNA polymerase I terminates transcription at an
18 base terminator sequence.
• RNA polymerase III terminates transcription in
poly(U)4 sequence embedded in a G·C-rich
sequence.
• In pol II transcripts the sequence AAUAAA is a
signal for cleavage to generate a 3 end of mRNA
that is polyadenylated.
Biologia molecolare - Robert F. Weaver
Copyright © 2005 – The McGraw-Hill Companies srl
RNA polymerasi II termination
• The reaction requires a protein complex that
contains a specificity factor, an endonuclease,
and poly(A) polymerase.
• The specificity factor and endonuclease cleave
RNA downstream of AAUAAA.
• The specificity factor and poly(A) polymerase
add ~200 A residues processively to the 3 end.
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
“Fabbrica dell’RNA” (RNA factory)
• Interdipendenza tra trascrizione e modificazioni
post-trascrizionali
• Pol II senza CTD inibisce splicing, terminazione e
poliadenilazione
• CPSF e CstF legano il CTD
• CPSF si trova associato a TFIID
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
Complessità genoma-proteoma
• Percentuale di geni con splicing alternativo varia
tra 35 e 59
• Il gene Dscam di Drosofila (recettore per la guida
degli assoni) contiene 95 possibili esoni che
fanno splicing alternativo per un totale di 38000
isoforme proteiche possibili
• Il 15% delle mutazioni che causano malattie
genetiche provocano difetti di splicing
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
tra
sxl
dsx
Alternative splicing
• Specific exons may be excluded or included in
the RNA product by using or failing to use a pair
of splicing junctions.
• Exons may be extended by changing one of the
splice junctions to use an alternative junction.
• Alternative splicing may depend on SR proteins
or specific factors
Ruolo della poliadenilazione alternativa
• stabilità dell'mRNA
• localizzazione dell'mRNA
• espressione di proteine diverse
• regolazione della traduzione
Figure 2 . Regulation of Immunoglobulin Expression Low affinity binding of CstF to the
upstream ms site is indicated by a hatched pattern.