PROTEINE dal greco “al 1° posto” • costituiscono il 50% circa del peso secco della maggior parte degli organismi viventi • composti quaternari (C, H, O, N) • macromolecole organiche, molecole informazionali, polimeri di aminoacidi • molecole estremamente varie dal punto di vista funzionale (la flessibilità di funzione è dovuta a quella di struttura) Flavia Frabetti Tecnici di laboratorio 2010/2011 FUNZIONI DELLE PROTEINE STRUTTURALI CONTRATTILI DI TRASPORTO DI DIFESA ENZIMATICHE ORMONALI RECETTORIALI FATTORI DI TRASCRIZIONE 1 PROTEINE AMINOACIDI H NH3+ gruppo aminico C R catena laterale COOgruppo carbossilico 20 aa diversi: APOLARI (R idrofobici) POLARI (R idrofilici) IONIZZABILI ACIDI (R carico -) BASICI (R carico +) In base alla catena laterale si possono distinguere 3 gruppi di aa: Catena laterale: non polare, aa idrofobici polare non carico, aa idrofili polare carico, aa idrofili aa basici (+) aa acidi (-) 2 Aa aggiuntivi: selenocisteina e pirrolisina UGA In enzimi quali glutatione-perossidasi, alcune idrogenasi ecc UAG In enzimi degli archea metanogeni 3 PROTEINE CATENE POLIPEPTIDICHE da decine a migliaia di monomeri H NH2 H C C N H C C N R O H COOH R H2O H LEGAME PEPTIDICO COOH C R H C N O H C R C H H NH2 H O R NH2 OH C R H C N O H amminoacido 1 Formazione del legame peptidico COOH C R amminoacido 2 legame covalente forte estremità N-terminale La sintesi è direzionata: una estremità con gruppo amminico libero, mentre l’opposta con gruppo carbossilico. estremità C-terminale catena polipeptidica la sequenza ripetitiva degli atomi lungo la catene polipeptidica (N-C-C-N-C-C-) è detta scheletro polipeptidico. 4 La lunghezza dei polipeptidi varia alcuni esempi: PROTEINA p.m. (dalton) N° di aa N° di catene polipep. Insulina bovina 5.733 51 2 Emoglobina umana 64.500 574 4 DNA polimerasi I di E.Coli 109.000 975 1 Fibrinogeno umano 340.000 2994 6 sequenza degli aminoacidi peculiare conformazione FUNZIONE CONFORMAZIONE PROTEINE PRIMARIA 4 LIVELLI DI STRUTTURA SECONDARIA TERZIARIA QUATERNARIA 5 LIVELLI DI STRUTTURA Struttura primaria • sequenza specifica di aa legati da LEGAMI COVALENTI • l’ordine degli aa non è casuale dipende dall’informazione genetica • il cambiamento anche di un solo aa può influenzare la funzione La funzione di una proteina dipende dalla specifica conformazione. Per “conformazione” si intende la forma tridimensionale Quando una cellula sintetizza un polipeptide, questo si ripiega spontaneamente per assumere la conformazione funzionale specifica, detta CONFORMAZIONE NATIVA 6 Dunque la struttura primaria si complica... Struttura secondaria • “strutture” date dall’avvolgimento e/o ripiegatura di segmenti • stabilizzate da legami a H tra il gruppo -NH- e -CO- di legami peptidici diversi, disposti regolarmente lungo lo scheletro peptidico. Le principali sono: α−elica legami a idrogeno β-foglietto o foglietto β struttura TERZIARIA RIPIEGAMENTO IRREGOLARE DELLE CATENE R E DEI VARI AMINOACIDI LEGAMI: - legami a H - legami ionici - interazioni idrofobiche - ponti disolfuro (S-S) tra cisteine α-elica β-foglietto 7 STRUTTURA TERZIARIA: interazioni e stabilità legami a idrogeno α- elica β- foglietto Struttura quaternaria • data dall’unione di 2 o più catene polipeptidiche • in questo caso le singole catene si chiameranno “subunità” della Proteina. Proteine oligomeriche o multimeriche. collageno = proteina fibrosa costituita da 3 subunità elicoidali superavvolte emoglobina = proteina globulare costituita da 4 subunità, 2 di tipo α e 2 di tipo β 8 50-350 aa α-elica dominio β-foglietto struttura secondaria subunità proteica struttura terziaria molecola proteica (dimero) struttura quaternaria 9 Proteine diverse come patchwork di domini simili sequenza ordinata di aa conformazione nativa Esempi: ormone R specifico neuropeptidi R specifico anticorpo sostanza estranea (antigene) enzima substrato funzione proteica proteina A spesso dipende dal riconoscimento di un’altra struttura proteica di conformazione complementare proteina B 10 DENATURAZIONE PROTEINE PERDITA DELLA STRUTTURA TERZIARIA INATTIVITA’ FUNZIONALE VARIE CAUSE -t° alta - radiazioni ionizzanti - pH - alta conc. salina ROTTURA DEI LEGAMI Si possono alterare le proteine? Agenti denaturanti denaturazione (urea e β-mercaptoetanolo) rinaturazione 11