Strategie e strumenti per le ricerche
bibliografiche in ambito biomedico:
da Pubmed a Google scholar
Biblioteca del Distretto Biomedico Scientifico
Università degli Studi di Cagliari
Cittadella Universitaria - 09042 Monserrato (CA)
tel. 070 6754551/4290 - fax 070 6754278 – e-mail [email protected]
http://sba.unica.it/biblioteche/Distretto-BS
Bisogno informativo e query
• L’utente che abbia uno specifico bisogno informativo lo esprime attraverso una
query (interrogazione) parole chiave che rappresentano l’informazione
richiesta
• I termini possono essere utilizzati per le ricerche bibliografiche digitandole
nella casella di ricerca di un database (=raccolta di record informatici organizzati
in modo strutturato) o di un motore di ricerca (es. Google)
• Il sistema esegue una ricerca nei suoi indici interni e fornisce in risposta uno o più
record (o nessuno, se la query è “sbagliata”)
La ricerca in ambiente elettronico
• Uno dei vantaggi principali delle fonti informative elettroniche è
sicuramente la possibilità di ricercare una grande quantità di dati, con
tecniche complesse
• Le tecniche di information retrieval sono valide in vari ambienti
basi di dati bibliografiche, motori di ricerca, cataloghi bibliografici, ...
• la ricerca deve essere precisa e conforme alla sintassi del sistema, per
evitare di recuperare un alto numero di documenti non pertinenti (il
cosiddetto rumore)
• NB: evitare refusi e le cosiddette stopwords (avverbi, articoli, etc.)
Esempio di query
1. articoli che parlino delle infezioni ospedaliere al tratto urinario:
• concetti essenziali/parole chiave: infezioni ospedaliere, tratto urinario
• in inglese: nosocomial/hospital infection, urinary tract (e sinonimi)
• Tipo risorsa (filtro): articoli
2. evidenze mediche dell’associazione causale tra vaccinazioni e
autismo:
• concetti essenziali/parole chiave: vaccini, autismo
• In inglese: vaccines, autism
• Tipo risorsa (filtro): clinical queries/evidence based medicine
Come cercare: gli operatori booleani
• consentono una ricerca complessa fra più termini correlati
logicamente tra loro
• Gli operatori booleani corrispondono alle operazioni matematiche:
•
•
•
•
AND alla moltiplicazione
OR alla somma
NOT alla sottrazione
Spesso è possibile scrivere direttamente i simboli matematici al posto degli
operatori linguistici (* + -)
AND
• Intersezione recupera solo i record che contengano entrambi i
termini specificati. Più AND si immettono in fase di ricerca, più si
restringe il numero dei risultati
OR
• Unione recupera i record che presentino almeno uno dei termini
forniti. Più OR si immettono in fase di ricerca, più si amplia il numero
dei risultati
NOT
• Complemento rintraccia i record che soddisfino un determinato
criterio escludendone altri espressi nella query. Utile per
disambiguare i termini (ad. esempio lavagna NOT luminosa)
Ulteriori strategie di ricerca
• Ricerca esatta o per frase: inserendo i termini tra virgolette (cfr. esempio
query n. 1)
• alterazione dell'ordine naturale delle operazioni (che è NOT, AND, OR):
utilizzo delle parentesi: ad esempio, salmonella AND (hamburger OR eggs)
ha risultati diversi da salmonella AND hamburger OR eggs
• Troncamento: per rintracciare parole con la stessa radice, es. natur* =
nature, natural, naturally, etc.
• *
• $
• %
• Filtri: per limitare la ricerca (es. per data, lingua, categoria di documento,
etc.)
http://www.google.com/advanced_search
Altre tipologie di ricerca
• Browsing scorrimento dell'archivio di liste organizzate, ad es. liste
di autori, titoli e soggetti nei cataloghi bibliografici
• Ricerca per argomento possibile in alcuni database e sistemi, es.
cataloghi e banche dati bibliografiche
Dove cercare
• Diversi archivi silos informativi
• Banche dati bibliografiche citazioni, spesso (ma non sempre) con
full text, di solito per argomento (poche multidisciplinari)
• Catalogo on line posseduto della biblioteca
• Web tutto quello che viene pubblicato su Internet (anche full text e
PDF)
Pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?otool=iitundclib
• Interfaccia web di Medline banca dati bibliografica della National
Library of Medicine americana
• aree: medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina veterinaria,
organizzazione sanitaria
• più di 21 milioni di record bibliografici a partire dal 1946, circa 5600
periodici biomedici indicizzati, tra le 2 mila e le 4 mila citazioni
aggiunte ogni giorno
• tutorial http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/cover.html
Ricerca semplice
utile se si conoscono già gli estremi dell’articolo (autore, titolo) e si
vuole raggiungere rapidamente il record bibliografico, oppure se si
vuole utilizzare la descrizione presente in un record per approfondire la
ricerca ( link)
• Es. Geliebter A., Supermarket discounts of low-energy density foods: effects
on purchasing, food intake, and body weight. Obesity 2013 Dec;21(12)
Link (interni ed esterni)
om’è strutturato un record
Periodico
o del’articolo
Autore/i
Abstract
ubblicazione,
olario
i argomento
Come appare l’esito di una ricerca
• In cima alla lista è indicato
il numero complessivo di
record trovati
• L’elenco presenta, per ogni
record, il titolo
dell’articolo, gli autori, gli
estremi del periodico
• I termini di ricerca sono
evidenziati in grassetto
• Cliccando su display
settings si può modificare
l’ordinamento dei record
Filtri
permettono di limitare i risultati
di una ricerca a determinati
campi, es. data di
pubblicazione, tipo di
pubblicazione, studi sull’uomo
o sull’animale, settori particolari
(susbset), disponibilità full
text/abstracts, lingua, genere,
età, ricerca su singoli campi
Ricerca avanzata
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advanced
Permette di effettuare operazioni di ricerca complesse
utilizzando gli operatori booleani e specificare in quali campi
effettuare la ricerca dei termini inseriti
MeSH
• Ogni citazione bibliografica è indicizzata utilizzando il Medical Subject
Headings (MeSH), vocabolario dei termini (26 mila) utilizzati in
ambito biomedico per descrivere l’argomento trattato da un articolo
• 16 categorie principali
• http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
• Organizzazione ad albero (gerarchica)
• Ad ogni concetto possono essere associati particolari Subheadings
che definiscono un particolare aspetto del soggetto, es. diagnosis,
surgery, metabolism, pathology
• http://www.nlm.nih.gov/mesh/topsubscope.html
• Sono presenti anche i nomi delle sostanze
Clinical queries
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/clinical
• Limita la ricerca e raggruppa i risultati per
• Clinical Study Categories
• Systematic Reviews
• Medical Genetics
• Indicato in particolare per i medici ospedalieri
Esportazione dei risultati
• Send to
• File per salvataggio e stampa, selezionare format
Abstract (Text)
• E-mail format Abstract (Text)
• My bibliography NCBI
• Registrazione gratuita
• Possibilità di salvare le strategie di ricerca più frequenti e
ricevere aggiornamenti quando vengono aggiunti nuovi record
pertinenti
• Selezionare «outside tool» Unica
Dalla bibliografia al recupero del documento
• Monografia ricerca nel catalogo on line delle biblioteche della
regione Sardegna (autore, titolo, soggetto)
http://opac.regione.sardegna.it/SebinaOpac/Opac
• Periodico cartaceo
catalogo italiano dei periodici
http://acnp.unibo.it/cgi-ser/start/it/cnr/fp.html
Ricerca per titolo del periodico, verificare se è posseduto dalla biblioteca, se sì
generalmente si può consultare e si possono fotocopiare gli articoli
• Periodico elettronico
dall’Ateneo
elenco titoli area biomedica sottoscritti
http://sba.unica.it/biblioteche/Distretto-BS/biblioteche/Distretto-BS/risorselocali/periodici-elettronici-darea-disciplinare
Accesso on line al full text
Unicasearch
www.unicasearch.unica.it
• partendo da un unico box di ricerca si possono esplorare le risorse digitali e
cartacee dell'Università (NB: attualmente non i periodici cartacei) presenti nei
diversi «contenitori» di documenti (cataloghi, banche dati, periodici
elettronici, etc.)
• Accesso diretto al full text quando disponibile
dell’articolo
ricerca per titolo
Altri accessi al full text elettronico
• Molti articoli sono disponibili gratuitamente in Pubmed Central
archivio aperto che contiene più di 3 milioni di documenti
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
• Accesso a Pubmed settato su posseduto UniCA
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?otool=iitundclib
Autenticazione per accesso alle risorse
• Dall’Università: uffici, laboratori, biblioteche, aule etc.
• Con PC connessi alla rete di Ateneo (anche wireless) riconoscimento
automatico
• Da casa:
• per le risorse disponibili tramite autenticazione federata
http://people.unica.it/idem/servizi-idem/ a partire dalla pagina di accesso alla
risorsa cliccare su Sign in/login > [Other] Institution login (o Shibboleth
login) > digitare la parola 'cagliari' nel form di ricerca o cercare federazione
IDEM > inserire le proprie credenziali di accesso a Esse3 (studenti) posta
elettronica @unica.it (docenti, ricercatori, personale TA, etc.)
• Docenti e ricercatori: VPN http://sba.unica.it/servizi/vpn
Banche dati
http://sba.unica.it/risorse-digitali/banche-dati
MEDLINE: accessibile, oltre che tramite Pubmed, anche tramite altri
fornitori
• OVID
http://ovidsp.ovid.com/autologin.html
oltre a Medline, la piattaforma OVID contiene anche altre risorse utili in
ambito biomedico, ovvero Primal Pictures (atlante anatomia 3D),
OvidMD (strumento clinico per fornisce risposte rapide), Evidence Based
Medicine reviews Gdatabase con Cochrane e altro)
• EBSCO
http://search.ebscohost.com
versione Complete, fornisce il full text per oltre 2,000 periodici indicizzati
in MEDLINE. Sulla piattaforma EBSCO è presente anche la banca dati
bibliografica di ambito infermieristico CINHAL
E se non trovo il full text in nessuna banca dati?
Perché non provare a fare una ricerca su Google?
• Es. Archivos Latinoamericanos de Nutrición 2013 Jun;63(2):164-72.
[Arcobacter: a foodborne emerging pathogen]. Calvo G, Arias ML, Fernández
H. [Article in Spanish]. PMID: 24934073
Google scholar
• effettua la ricerca tra fonti
classificate come
“scientifiche”: documenti, tesi,
libri, abstract e articoli di case
editrici accademiche, ordini
professionali, database di studi
non ancora pubblicati,
università e altre
organizzazioni accademiche
• Es. J Endod. 2008 Nov;34(11).
A new periapical index based
on cone beam computed
tomography. Estrela C, Bueno
MR, Azevedo BC, Azevedo JR,
Pécora JD
