"Tecniche della ricerca nelle banche dati online" Corso di

TECNICHE DELLA RICERCA
NELLE BANCHE DATI ONLINE
MATERIALE DIDATTICO A CURA DI:
S. FACCO, P. GARDOIS, G. GRILLO,
B. MARTIN, C. RUFFINENGO,
C. VILLANACCI
I PARTE (STRATEGIE / MEDLINE)
Corso di formazione Tutoriale – 11° ed. Torino, 5 novembre 2010
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA
IN DUE PASSAGGI
STRATEGIA
PROGETTAZIONE
quesito Æ scomposizione
databaseÆ quale utilizzare?
parole chiave Æ PICO
i tesauri Æ il MESH e non solo
operatori booleani Æ
concatenazione delle parole
la ricerca Æ per voce di
tesauro /termine libero
i sottodescrittori Æ da quale punto di
vista affrontare l’argomento cercato
Focus/explode Æ le voci di soggetto
principali, l’inclusione delle diramazioni
secondarie di un soggetto
i limiti e tipi di pubblicazione
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
LA PROGETTAZIONE
quesito Æ scomposizione
fase preliminare
Focalizzare il problema
Scomporlo in termini essenziali
Tradurre i termini in inglese
esecuzione
Cercare i termini MESH che rappresentano i concetti e i subheading
relativi ad ogni termine
Combinare i termini scegliendo gli operatori booleani adeguati
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
LA PROGETTAZIONE
Operatori booleani Æ concatenazione delle parole
AND
In Ovid può
essere
sostituito
dall’opzione
“Combine”
a
A+B
OR
NOT
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
b
LA PROGETTAZIONE
Parole chiaveÆPICO
In EBM viene richiesta la capacità di trasformare lo
scenario o caso clinico in domande (quesiti clinici)
correttamente formulate. Saranno caratterizzate dalla
peculiarità di:
•Essere centrate sul paziente
•Generare risposte appropriate e precise
I quesiti clinici dovrebbero contenere 4 elementi:
Il modello PICO : Patient group(s)
Intervention treatment
Comparison
Outcome
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
“TRADURRE” il PICO
Patient and Problem
Come descriveresti un gruppo di pazienti simili a colui che stai trattando? Quali
sono le principali caratteristiche del paziente? Considera il problema primario,
ma anche condizioni correlate: età, sesso, talvolta il gruppo sociale o etnico a
cui appartiene, la sua storia personale. (es: è un fumatore? è stato esposto a
sostanze tossiche? etc.)
Intervention
Quale intervento fondamentale stai per prendere in considerazione?
Prescrizione di un farmaco? di un test diagnostico? di un intervento
chirurgico? Quali altri fattori possono influenzare la prognosi del paziente
(vedi sopra)?
Comparison
Quali sono le alternative prinicipali all’intervento preso in esame? Stai
per scegliere tra due farmaci, un farmaco ed un placebo, due test
diagnostici?
Non sempre è presente un paragone specifico
Outcome
Che cosa vuoi ottenere, misurare, migliorare o modificare? Cosa stai
cercando di fare per il tuo paziente? Ridurre il numero di eventi avversi?
Migliorare i risultati funzionali?
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
LA STRATEGIA
databaseÆquale utilizzare
MEDLINE
Caratteristiche della banca dati:
Parte dal 1950, prodotto dalla National Library of Medicine
Indicizza solo articoli di riviste
(5.197 riviste biomediche internazionali, 80% del contenuto in lingua
inglese)
Settori:
Medicine, Biology,Environmental science, Marine biology, Plant and
animal, science, Biophysics, Chemistry, Nursing, Dentistry, Veterinary
medicine, Allied health, Pre-clinical sciences
Thesaurus:
MESH (Medical Subject Headings della NLM)
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
LA STRATEGIA
I tesauri Æ il MeSH e non solo
Le pubblicazioni specifiche di una disciplina vengono recensite o indicizzate e
successivamente raccolte in un repertorio bibliografico (cartaceo: soggettiautore; elettronico: database) che ne agevola il ritrovamento.
Il metodo più efficace per interrogare un repertorio bibliografico è l’utilizzo di
parole chiave (o termini di soggetto) che formano un tesauro (o soggettario):
vocabolario controllato con l’abolizione dei sinonimi in cui le varie voci sono
strutturate tra loro in una rete di relazioni gerarchiche: “struttura ad albero”
Nell’ambito delle scienze mediche ed infermieristiche il repertorio principale è:
MEDLINE (Pubmed gratuito http://www.pubmed.gov)
N.B. Per l’accesso al testo pieno, al catalogo e ad altri servizi
ricordarsi l’integrazione con
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
LA STRATEGIA
La ricerca Æ per voce di tesauro
e/o termine libero
Ricerca libera sconsigliabile in genere poiché riduce il controllo.
Implica una ricerca in tutti i campiÆ[Tag] (TIAB, Text Word,
MeSH Terms, etc.)
Thesaurus
livello ottimale di controllo, consente univocità
nei termini di ricerca
IMPORTANTE!
La ricerca può anche essere effettuata tramite parole troncate,
in questo caso il sistema ricerca tutti i termini che iniziano con la stringa data,
es.: inserendo: bacter*
il sistema ritrova bacteria, bacterium, bacterophage etc…
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
LA STRATEGIA
I sottodescrittoriÆda quale punto di
vista affrontare l’argomento cercato
Gli indicizzatori possono anche assegnare un
ulteriore elemento descrittivo ad un termine MeSH: i
subheadings o sottodescrittori.
La loro funzione è di dettagliare ulteriormente un aspetto
specifico di un termine MeSH.
Es.:
Diagnosis
Surgery
Metabolism
Pathology
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LA STRATEGIA
explodeÆl’inclusione delle diramazioni
secondarie di un soggetto
Quando si sceglie un
termine MeSH in
Medline/PubMed viene
selezionata in
automatico l’opzione
“explode”.
Occorre deselezionare,
se si vuole fare la
ricerca solo sul termine
scelto es.: Infection
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LA STRATEGIA
Major Topic headings Æuna
possibilità di restringere la ricerca
Restringere la ricerca agli articoli che hanno il
soggetto scelto come soggetto rilevante
(in PubMed es. = infection*, l’asterisco indica
che il soggetto è argomento principale )
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LA STRATEGIA
i limiti
•Età
•Specifici sottoinsiemi (subsets: systematic reviews…)
•Tipo di pubblicazione
•Lingua
•Data
•Altro…
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LA STRATEGIA
tipi di pubblicazione
Tra i vari generi di pubblicazioni utilizzati dalla National Library of Medicine per la recensione del
materiale bibliografico (e utilizzabili come limiti nella ricerca) , ricordo i principali:
Clinical Trial rapporto di uno studio clinico pre-organizzato sulla sicurezza, efficacia o dosaggio ottimale di
uno o più farmaci, dispositivi o tecniche diagnostiche terapeutiche o profilattiche in esseri umani selezionati in
base a criteri predeterminati di idoneità e osservati per verificare l’evidenza di effetti favorevoli o sfavorevoli.
Controlled Clinical Trial lavoro che consiste in un esperimento clinico che implica uno o più
trattamenti di prova, almeno un trattamento di controllo, misure specifiche dei risultati per valutare l’intervento e
una metodologia priva di pregiudizi finalizzata ad assegnare i pazienti al trattamento.
Meta-Analysis lavoro che consiste in studi che utilizzano un’analisi quantitativa per combinare i risultati
di studi indipendenti e riassunti e conclusioni che possono essere usati per valutare l’efficacia terapeutica.
Practice Guideline lavoro che consiste in un insieme di direttive o principi per indirizzare il personale
medico in decisioni sanitarie circa le procedure diagnostiche, terapeutiche o cliniche da adottare in specifiche
circostanze cliniche. Possono essere sviluppate da agenzie governative a qualunque livello, istituzioni quali
società professionali o comitati governativi.
Randomized Controlled Trial lavoro che consiste in un esperimento clinico che include fasi
specifiche e preordinate di gestione dello stesso.
Revisione sistematica differiscono dalle revisioni tradizionali della letteratura in quanto riuniscono
risultati di tutti gli studi clinici condotti su un determinato argomento, ottenendo una stima basata su un
Tecniche
della ricerca
banche
dati online
numero maggiore di soggetti, quindi
statisticamente
più nelle
stabile
e clinicamente
più affidabile.
Strumenti di ricerca
•
•
•
•
•
•
•
Database bibliografici
Cataloghi
Subject gateways
Motori di ricerca
Mailing list e rispettivi archivi
Forum di discussione
Siti di associazioni professionali
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Le fonti per la ricerca bibliografica online
in ambito biomedico:
I database: definizione
• La gestione dell’informazione è lo scopo
principale di un database
• Esso è un insieme di descrizioni standard,
strutturate e organizzate, accessibile
all'utenza attraverso interfacce che ne
permettano l'interrogazione e il recupero di
dati
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Una tabella di database
• Sono visibili i campi (colonne) in verticale e i
record (righe) in orizzontale
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Relazione tra tabelle
• Esempio di database relazionale, in cui le
tabelle sono collegate tra loro
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Ricercare in un database bibliografico
• Vanno distinti:
– la struttura del database
– il software di IR (= information
retrieval, recupero dell’informazione)
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Ricapitolando:
cosa sono i database bibliografici?
• In un database bibliografico i dati sono divisi in
campi e record
• I record rappresentano le citazioni bibliografiche
(che derivano dallo spoglio di articoli di riviste
prese in considerazione dal database)
• Per ogni articolo viene prodotta una citazione
bibliografica che comprende una serie di elementi
(metadati). Questi riferimenti bibliografici sono
relativi alla letteratura biomedica (prevalentemente
periodici)
Le singole citazioni bibliografiche sono organizzate
in campi (Autore, titolo, rivista …)
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
RISORSE A PAGAMENTO
ACCESSO DA CASA
http://proxy-medicina.unito.it
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
TROVA@UNITO E PUBMED
Come posso accedere ai servizi di trova@unito
Collegarsi a Pubmed da link presenti su pc universitari
oppure da casa tramite proxy
http://proxy-medicina.unito.it
inserendo le proprie credenziali SCU:
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
?
MEDLINE IN PUBMED
tutorial e FAQ
strumenti
risorse utili
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
La ricerca per parole “libere”
inserendo le parole della ricerca, Pubmed procede con la
funzione di completamento automatico, suggerendo i termini
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
gli esiti della ricerca:
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
selezionando gli articoli, posso gestirli in vario modo, posso (cliccando su
send to):
mandare le citazioni in un file,
mandarle in una collection virtuale all’interno di MY NCBI,
mandarle nel “clipboard”=parcheggio temporaneo (max 8 ore) di citazioni
inviarle via mail
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Sulla destra della schermata trovo:
La possibilità di
gestire i risultati
e di
filtrarli
La possibilità di
capire come il
sistema ha
interpretato la mia
ricerca
La possibilità di
visualizzare
le ultime ricerche
effettuate
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Come Pubmed ha interpretato la ricerca – tramite
parole libere - di
hospital infections:
"cross infection"[MeSH Terms] OR ("cross"[All Fields] AND
"infection"[All Fields]) OR "cross infection"[All Fields] OR ("hospital"[All
Fields] AND "infections"[All Fields]) OR "hospital infections"[All Fields]
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
La chiave per accedere: a. all’eventuale full-text
b. al catalogo d’Ateneo
Questa citazione era stata selezionata per l’invio in clipboard, resta
segnalato anche nel corso di ulteriori ricerche
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Fornisce informazioni importanti per l’articolo:
a. Tipo di disegno di studio
b. Termini MeSH correlati
c. Sostanze correlate
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Consente di impostare formati diversi
di visualizzazione dei dati
Importante: Medline, contiene tutti i
tag relativi all’articolo, da utilizzare
per importare i dati in un sistema di
gestione della bibliografia
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
In Advanced Search trovo:
la “search history”
cliccando sui numero di esiti
di ogni ricerca, ritorno
all’elenco complessivo
cliccando sul numero progressivo di ogni ricerca, posso:
combinare le ricerche con gli operatori,
cancellarle,
rilanciarle,
vedere come il sistema ha interpretato la ricerca,
salvarla in MY NCBI
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
In Advanced Search posso limitare una ricerca per autore,
rivista, data di pubblicazione o altri campi a scelta
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
In Advanced Search, posso gestire ulteriori limiti
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
La ricerca per termini MeSH
Opzione di ricerca tramite termini MeSH
Tecniche della ricerca nelle banche dati online
Inserimento termine “libero”
Il sistema “interpreta” il termine,
suggerendo il termine di vocabolario
controllato semanticamente più vicino al
termine di partenza
Sottodescrittori: essenziali per capire da
quale punto di vista ci interessa
l’argomento cercato
2 funzioni importanti:
a. Restringere la ricerca ai soli articoli aventi questo soggetto come argomento PRINCIPALE
b. Non esplodere: non includere nella ricerca gli articoli soggettati con le diramazioni “figlie” di
questo termine
Nella parte sottostante della schermata, trovo:
a. Tutti i termini che,
inseriti, avrebbero
portato a quel termine
MeSH, utili
(correlandoli con OR)
per ricerche per
parole libere in
database o altri
sistemi non provvisti
di tesauro
b. La ramificazione
del MeSH all’interno
della quale si trova il
termine cercato, utile
per sapere se ci
interessa anche il
termine “figlio” nella
funzione Explode
“figlio” di “cross infection”
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Selezionando da qui il termine, lo ricerco comprensivo di tutti i sottodescrittori
Possibilità di lanciare la ricerca direttamente in Pubmed
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Invio della ricerca (dopo aver selezionato le opzioni desiderate) nel
box di ricerca con gli operatori più opportuni
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La ricerca è ora impostata all’interno del box, possibilità di verificarla e eventualmente
modificarla, poi invio cliccando su
Stringa di ricerca lanciata e relativi risultati
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La “carta d’identità” di un articolo
Dati
bibliografici
Mesh
attribuiti
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Non utilizzare i MeSH per:
Argomenti recenti
Argomenti poco studiati o poco consueti
Articoli inseriti nel database nel corso
delle ultime settimane
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Registrazione per apertura account in Pubmed, che consente di:
Salvare le ricerche (anche in modalità alert = con avviso automatico di ulteriori pubblicazioni
inerenti la ricerca salvata)
Salvare collezioni di citazioni bibliografiche
Salvare la propria bibliografia, anche di altra letteratura non indicizzata in Pubmed
Visionare le ricerche svolte negli ultimi 6 mesi (solo se collegati nel corso di sessioni in My NCBI)
Personalizzare i filtri di ricerca
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Ricerche salvate
Collezioni salvate
Bibliografia salvata
Attività recente (ultimi 6 mesi)
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Da qui posso salvare la ricerca in My NCBI
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Da qui, dopo averli selezionati, invio gli articoli nelle “Collections”
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Esempio di comunicazione dell’avvenuto inserimento di nuova citazione
all’interno di una ricerca salvata in Pubmed con funzione di “alert”
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Le collections possono essere rese “pubbliche”, in questo modo posso
comunicare il link a dei colleghi o inserire l’URL all’interno di blog, pagine web…
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TROVA@unito
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TROVA@UNITO: COS’È
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I SERVIZI DI TROVA@UNITO
SERVIZI DI BASE 1
TESTO COMPLETO Guida all'uso di
TROVA@unito
Tutti i possibili
accessi per UNITO
al full-text
dell’articolo
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I SERVIZI DI TROVA@UNITO
SERVIZI DI BASE 2
CERCA DOCUMENTO CARTACEO PRESSO
Ricerca la rivista
nel catalogo di
ateneo
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LE RIVISTE ON-LINE
Tutte offrono gratuitamente:
Abstracts, norme per gli autori, indici…
MA
La maggior parte sono a pagamento.
L’abbonamento per l’accesso è pagato da
UNITO /FACOLTÀ DI MEDICINA/ASO
Un esempio:
NATURE
http://www.nature.com/
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IL SISTEMA BIBLIOTECARIO D’ATENEO - SBA
http://www.unito.it/SBA.htm
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LA LISTA A-Z
PER CERCARE UN PERIODICO ELETTRONICO
IN ABBONAMENTO O GRATUITO
http://malachia.unito.it:3210/unito/a-z/unito
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IN ABBONAMENTO O GRATUITO
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LA LISTA A-Z
RICERCA PER TITOLO DI PERIODICO = RIVISTA
Ricerca per
ordinamento alfabetico
lanciare
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Scrivere il titolo del periodico
per esteso o abbreviato
Selezionare prima di lanciare
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LA LISTA A-Z
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UN ESEMPIO
Accesso ai
servizi di
trova@Unito
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ricerca
semplice
Possibilità di
creare un’area
personale dove
salvare
ricerce e
bibliografie
ricerca avanzata
Catalogo Unico di Ateneo
Accedendo all'interfaccia on-line del
catalogo si possono ricercare, utilizzando i
campi disponibili, i libri e/o i periodici e/o altri
documenti, materiali multimediali, etc.
posseduti dalle biblioteche dell'Università di
Torino e verificarne la localizzazione e la
disponibilità per il prestito e/o la
consultazione.
Ricerca avanzata:
•ha un maggior numero
di campi interrogabili
•è possibile effettuarla
anche ponendo dei limiti
su: biblioteca, natura,
tipologia del documento
...le riviste online gestite dalla Biblioteca DSPM:
Per le riviste:
Esito:
Il primo è la versione cartacea,
cliccando su
arrivo
ai dati sulla localizzazione e sul posseduto
Il secondo è la versione online, cliccando su
vedo i
dati catalografici del periodico, cliccando su questi ultimi
accedo al periodico online
Per i libri:
Oltre alla normale ricerca per autore e/o titolo, è possibile ricercare
tutti i libri catalogati presso questa biblioteca tramite voci di soggetto
MeSH, inserendo la voce in “Ricerca libera”
Cliccando sul titolo
si accede ai dati catalografici
e all’indicazione relativa
alla localizzazione
Cliccando su
si accede all’indicazione
relativa alla localizzazione