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Neri Niccolai
Department of Biotechnology, Chemistry and Pharmacy, University of Siena. 53100 Siena, Italy
Abstract
Se da un lato è del tutto chiaro che gli esseri viventi funzionano grazie ad una catena di eventi in cui le proteine
giocano un ruolo primario, il modo nel quale il dialogo che le proteine instaurano con i loro intorni molecolari può
essere studiato in grande dettaglio dal momento che il repertorio di conoscenze strutturali si sta rapidamente
espandendo. Risulta, quindi, possibile un’ampia analisi dei siti di interazione tra le superfici proteiche ed i loro ligandi
allo scopo di mettere a punto algoritmi di predizione sulle possibilità che una molecola organica ha di legarsi a siti
allosterici di enzimi o per impedire interazioni tra proteine che potrebbero essere rilevanti in processi tumorali [ref a].
A questo scopo, abbiamo sviluppato procedure di tipo bioinformatico per interrogare le banche dati di competenza.
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Introduction
La Bioinformatica, infatti, è una disciplina che si trova
tra la Biologia, l’Informatica e le nuove tecnologie. È
caratterizzata dall’applicazione di metodi matematici,
statistici, computazionali all’analisi di dati biologici,
biochimici e biofisici. La Bioinformatica ha per oggetto
di studio la gestione e l’analisi dell’informazione
biologiche attraverso i computer, e si è sviluppata
grandemente sotto l’impulso del programma genoma
umano [ref b] e delle tecnologie post-genomiche che
ne sono seguite.
Questo settore della Biologia è in rapida espansione
per molte ragioni, la più importante è dovuta alla
necessità di archiviare l’enorme mole di dati che la
moderna ricerca biologica produce grazie al progresso
tecnologico recente, dovendo creare, gestire e
mantenere banche di dati specializzate. Inoltre,
accanto
all’archiviazione
dei
dati,
diventa
fondamentale la possibilità di ricavare informazioni in
modo automatico dalle banche dati. La Bioinformatica
è sempre di più utilizzata come strumento di ricerca e,
contrariamente a quanto si pensa comunemente, non
è focalizzata sull’analisi statistico\matematico e la
costruzione di modelli, come avviene invece nel caso
della Biologia computazionale.
La gestione dell’informazioni è forse l’attività
prevalente della Bioinformatica, e senz’altro la più
utilizzata e apprezzata dalla comunità scientifica. Essa
rappresenta un enorme sforzo di collaborazione che
coinvolge migliaia di persone. Lo scopo è quello di
raccogliere l’informazione biologica in banche dati,
annotarla, cioè corredarla di una varietà di
informazioni supplementari, e sviluppare i servizi
informatici necessari per l’accesso e l’utilizzo dei dati.
Di solito i dati e i software di analisi possono essere
utilizzati liberamente; la via migliore per familiarizzare
con l’universo bioinformatico ed esplorare facilmente
l’oceano dei dati biologici è entrare nei portali
bioinformatici che ospitano le banche dati e iniziare ad
utilizzare gli strumenti di ricerca che esse offrono
come advanced search.
In informatica, il termine “database”, tradotto in
italiano con banca dati, base di dati o anche base dati,
indica un insieme di dati riguardanti uno stesso
argomento, o più argomenti correlati tra loro,
strutturata in modo tale da consentire l'uso dei dati
stessi (e il loro aggiornamento) da parte di
applicazione software. Questa esigenza trova una
risposta nelle banche dati che, nel settore biologico, si
stanno diffondendo moltissimo e sono diventate uno
strumento indispensabile per la ricerca e per la
diffusione dei risultati.