Polmoniti virali: epidemiologia e ruolo del laboratorio Prof. Pierlanfranco D’Agaro UCO Igiene e Medicina Preventiva SS Virologia Polmoniti • Definizione di caso: febbre, segni e sintomi di distress respiratorio e radiologia torace positiva • Le polmoniti virali sono molto diverse per gravità in funzione dell’agente, dell’età dell’ospite e del suo stato immunitario Respiratory Infants rate Children WHO severe pneumonia BTS severe pneumonia > 50 / min > 70 / min > 40 / min > 50 / min Prayle A. et al. Paed. Resp. Rev. 2011,12: 60–69 Problema di definizioni • LRTI was defined as the onset or increase of cough, sputum production, shortness of breath, wheezing, chest pain, or focal or diffuse signs on chest examination, as well as the presence of at least 1 constitutional symptom, including fever, confusion, sweating, headaches, and leukocytosis. • Pneumonia was defined as LRTI with a new or progressive infiltrate detected on a chest radiograph. Oosterheert JJ, Clin Infect Dise 2005; 41:1438–44 Questione di definizioni P. R. Myles and others, Epidemiol. Infect. (2009), 137, 709–716. P. R. Myles and others, Epidemiol. Infect. (2009), 137, 709–716. Polmoniti virali Origine dell’infezione Agente virale ospite Virus respiratori virus P. incubazione P. infettivo trasmissione Influenza 1-4 7 gg Diretta, droplets PIV 1-7 1-3 sett. Diretta, droplets RSV 2-8 3-8 gg > 3-4 sett Diretta, droplets Adenovirus 2-14 Gg > sett Diretta, droplets Rhinovirus 2-3 7-10 gg Diretta, droplets hMPV 4-6 5 gg CoV 2-4 3 sett.? Diretta, droplets SARS CoV 2-10 ? Droplets, fecale Bocavirus ? ? ? Parvov. 4/5 ? ? ? Mimiv. ? ? ambientale droplets Mahony JB. Clin. Microbiol. Rev. 2008, 21:716–747 Virus respiratori virus Prevalenza (%) N. studi/ N. paesi Influenza 6-40 7/5 PIV 15-30 4/4 RSV 16-30 4/4 Adenovirus 2-4 4/4 Rhinovirus 12-45 6/5 hMPV 1.5-30 18 / 10 HCoV-OC43 5-30 5/4 HCoV-229E 1-5 3/3 HCoV-NL63 1.7-9.3 12 / 9 HCoV-HKU1 1-11.3 9/8 2.1-11.3 14 / 12 Bocavirus Mahony JB. Clin. Microbiol. Rev. 2008, 21:716–747 Origine dell’infezione Comunitaria (CAP) Nosocomiale Ospite Bambino Adulto immunocompetente Paziente critico Ad. immunocompromesso Anziano Incidenza CAP per età P. R. Myles and others, Epidemiol. Infect. (2009), 137, 709–716. Cause di polmonite pediatrica 2001-2 2001-2 2000 Prayle A. et al. Paed. Resp. Rev. 2011,12: 60–69 Polmoniti in età pediatrica Lahti E, Thorax 2009;64:252–257 Stagionalità • Stagionali – Influenza – RSV – Metapneumov. • Non stagionali – Adenovirus – Rhinovirus – Parainfluenza Figure 1. Seasonal distribution of viruses associated with radiologically diagnosed CAAP over the 4 study years. NW, nasopharyngeal wash. Wolf et al. J Pediatr 2010;156:115-20 Etiologia virale per età 1296 casi di polmonite CA confermate radiologicamente (Israele) Wolf et al. J Pediatr 2010;156:115-20 Polmoniti (CAP) nell’adulto • Le conoscenze sulle polmoniti virali nell’adulto sono scarse • L’incidenza delle polmoniti in questa fascia di età è relativamente bassa (~1-2/1000) Etiologia virale nelle CAP Figueiredo LTM, J Bras Pneumol. 2009;35(9):899-906 Etiologia virale nelle CAP area Nuova Zelanda Spagna Grecia Olanda periodo 1999-2000 1996-2001 2002? 2002-2004 soggetti Tutti i soggetti >18a ricoverati con CAP Soggetti >18a ricoverati con CAP e completo accertamento microbiologico Soggetti di 5–14a ricoverati con CAP in un anno Soggetti >18a ricoverati con LRTI Età: 63.6±16.3 campione 304 338/1356 75 107 Tecniche virologiche Miste: sierologia, IF diretta, Coltura, molecolare sierologica molecolare molecolare Positivi per virus 88 (29%) 61 (18%) 49 (65%) 24 (22%) Infezioni miste b/v 45 (51%) 30 (49%) 21 (43%) 6 (25%) referenza Jennings LC, et al. Thorax 2008, 63:4248 De Roux A, et al. Chest 2004, 125:1343-51 Tsolia MN, et al. Clin. Infect. Dis. 2004; 39:681–6 Oosterheert JJ, et al. Clin. Infect. Dis. 2005; 41:1438–44 Polmoniti in pazienti immuno-compromessi Vigil et al. J Intensive Care Med , 2010, 25 307-326 Sede: Barcellona Pazienti: 92 tecnica: Multiplex PCR diagnosi etiologica: 61 (66%) non virale: 38 (41%) mista: 11 (12%) virale: 12 (13%) M. Camps Serra ET AL. Eur Respir J 2008; 31: 618–624 M. Camps Serra ET AL. Eur Respir J 2008; 31: 618–624 Infezioni respiratorie in pazienti ematologici Williams JV, The J Infect Dis 2005; 192:1061–5 Citomegalovirus • Incidenza di 10-30% in HSCT allogenici • Incidenza in trapianti di organo (SOT) – Polmone 10-55% (con profilassi) – Polmone 86-100% (senza profilassi) – Fegato 0-9.2% – Cuore 0.8-8% – Rene <1% Sede: Cleveland Tecnica: ibridazione • • • • Sede: Vienna Pazienti: trapianto polmone (25) Campioni: 97 campioni appaiati BAL, sangue Tecnica: real time PCR Herpes Simplex Virus • HSV viene dimostrato frequentemente mediante PCR nelle basse vie respiratorie di pazienti critici: patogeno reale o presenza bystander? • HSV nel BAL potrebbe essere espressione di contaminazione dalle vie alte o di riattivazione locale. • Lesioni alla mucosa da intubazione e ventilazione meccanica possono stimolare la riattivazione del virus. • Non sono stati evidenziati patterns radiologici specifici associati ad elevati livelli di HSV Sede: Maastricht Pazienti: 462 in T.I. Campioni BAL Tecnica: real time PCR HSV-1+: TI, 32% non TI, 15% CA, 4.3% De Vos et al. Clin Microbiol Infect 2009; 15: 358–363 Polmoniti nell’anziano Falsey AR, Walsh EE, Clin Infect Dis, 2006; 42:518-24 RSV vs INFLUENZA • Studio di coorte, Rochester, NY • Campione – Soggetti sani >65 – pazienti >21 con patologie cardiache o polmonari croniche (gruppo ad alto rischio) – Soggetti >65 ospedalizzati con sint. Respiratoria acuta • Periodo: autunno 1999-primavera 2003 (4 stagioni epidemiche) • Outcome: infezioni respiratorie e accesso servizi sanitari Ann R. Falsey et al. N Engl J Med 2005;352:1749-59. Incidenza di infezioni respiratorie N° casi (incidenza) Paz. a Paz. >65 sani rischio ospedalizzati 519 (10.4% 524 (14.3% 1471 pers.-mese) pers.-mese) RSV 46 (8.9%) 56 (10.7%) 142 (9.7%) Influenza A 24 (4.6%) 20 (3.8%) 154 (10.5%) Influenza B 7 (1.3%) 12 (2.3%) 16 (1.1%) Falsey AR et al. N Engl J Med 2005;352:1749-59. RSV influenza Paz. a Paz. a >65 sani rischio Sani >65 rischio (N=24) (N=46) (N=20) (N=56 ) Ricovero 0 9 (16%) 0 4 (20%) ospedale morti 0 2 0 0 Falsey AR et al. N Engl J Med 2005;352:1749-59. Ricerca qualitativa di agenti virali in 235 campioni di BAL a Trieste (2009-2010) AGENTE TOTALE NEGATIVI POSITIVI % POS CMV 235 190 46 19.6% EBV 56 40 16 28.6% HSV 100 78 22 22.0% ADENO 76 75 1 1.3% Influenza 73 70 12 16.4% Infl H1v 10 Infl H3 1 Infl B 1 RSV 72 71 1 1.4% MPV 59 59 0 0.0% Parainfluenza 66 66 0 0.0% Chl PN 76 74 2 2.6% Myc PN 77 73 4 5.2% 232 199 33 14.2% PN Jer Positività per singolo patogeno agente totale positivi % Pos CMV 235 26 11.1% EBV 56 6 10.7% HSV 100 9 9.0% Adenovirus 76 1 1.3% Influenza 73 7 9.6% A/H1v 6 8.2% A/H3 1 1.4% RSV 72 1 1.4% Chlam pneum 76 1 1.3% Mycopl pneum 77 3 3.9% 232 14 6.0% Pneum jerovecii Campioni con positività per più di un patogeno numero di patogeni Numero di nel campione campioni DUE TRE QUATTRO 25 5 1 tipi di patogeno CMV + Pneumoc. jerov. numero 12 CMV + EBV 3 CMV + HSV 1 CMV + FLU 1 EBV + HSV 2 HSV + Pneumoc. jerov. 3 HSV + FLU 2 FLU + MYC PN 1 CMV + EBV + HSV 1 CMV+EBV + PN JER 1 CMV + HSV + PN JER 1 EBV + HSV + FLU 1 EBV + HSV +PN JER 1 EBV + HSV + CHL PN + PN JER 1 Analisi quantitativa AGENTE TOTALE POSITIVI % BASSI (<E3) INTERMEDI (E3-E4) ALTI (>E4) CMV 96 12 12.5% 4 2 6 (50%) HSV 87 17 19.5% 7 3 7 (41%) EBV 56 16 28.6% 8 4 4 (25%) Diagnosi di laboratorio delle polmoniti virali • Uso appropriato di antibiotici • Controllo delle infezioni ospedaliere • Trattamenti specifici Vigil et al. J Intensive Care Med , 2010, 25 307-326 Laboratorio • Diagnosi sierologica • Isolamento in colture cellulari – Metodo tradizionale – Metodo rapido (SVC) • • • • ELISA Immunofluorescenza diretta Test rapidi Metodi molecolari – – – – – PCR/RT PCR Nested PCR/RT PCR Real time PCR/RT PCR Multiplex PCR/real time PCR Microarray Indagini sierologiche • Metodiche con diversa sensibilità – Elisa – Immuno-fluorescenza indiretta – Fissazione del complemento • Scarsa utilità della ricerca delle IgM specifiche • Necessità di determinazione su doppio siero Colture cellulari • Isolamento in diverse linee cellulari suscettibili (p.e. Vero, Hep-2, LLC-Mk2, MDCK-Siat) • Identificazione con tecniche sierologiche o molecolari • Deve essere effettuata in ambiente sicuro (BSL 2/3) • Bassa sensibilità, colture negative non escludono la diagnosi • Tempi generalmente lunghi Metodi molecolari primers (BN-1) esterni -2 -4 -6 -8 -10 cn interni -2 -4 -6 -8 -10 195 bp 110 bp Home made SARS-CoV Nested PCR (primers da Drosten, BNI) • RT-PCR – Buona sensibilità – Campioni adeguati – Rischio contaminazioni – Pannello di controlli – Tempi brevi (24-48 ore) Diagnosi: real time PCR • Real time PCR – Tempi brevi (<6 ore) – Buona Sensibilità – Buona Specificità – Ridotte contaminazioni – Semplificazione delle tecniche quantitative Flu A (M) Flu A Sw (NP) H1 Sw (HA) RnaseP QUANTIFICAZIONE • Quantificazione assoluta, confronto con curva standard • Determinazione del viral load • Standardizzazione delle metodiche di estrazione e di analisi • Cut-off variabili in funzione di substrato e tipo dipaziente Microarray per influenza H1N1 pandemica Multiplex Sensibilità e specificità Krunic et al. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1222 (2011) 6–13 Variabili biologiche che condizionano i risultati di laboratorio • Età del paziente: i bambini hanno un viral load più elevato degli adulti/anziani • Timing del prelievo: generalmente più precoce è il prelievo più elevata è la sensibilità • Sede del prelievo: – – – – – tampone/aspirato naso-faringeo, t. faringeo, aspirato tracheale, escreato, BAL Valutazione economica Oosterheert JJ, et al. Clin. Infect. Dis. 2005; 41:1438–44 Conclusioni 1 • Le polmoniti CAP sono sostenute dai stessi virus responsabili delle infezioni respiratorie acute • Le polmoniti nel paziente critico e in quello immunodepresso sono spesso dovute ad infezione/riattivazione di virus herpetici (CMV, HSV, EBV?) • Nell’anziano e nel bambino il RSV è un patogeno importante • Nuovi virus sono emersi recentemente la cui importanza non è ancora ben definita: Metapneumovirus, Bocavirus, Coronavirus, Mimivirus Conclusioni 2 • Il laboratorio può svolgere un ruolo importante nell’accertamento diagnostico delle polmoniti virali • E’ importante la comunicazione clinico laboratorista per una diagnosi corretta ed appropriata • Le notizie cliniche ed epidemiologiche sono essenziali per indirizzare la ricerca dell’agente Grazie per l’attenzione UCO Igiene e Medicina Preventiva Università degli Studi di Trieste IRCCS “Burlo Garofolo” Laboratorio di Virologia • • • • • Comar M. Santon D. Zanotta N. Samar E. Cortini E.