Il calcolo del rischio in situazioni insolite

Fibrosi cistica
Calcolo del rischio in situazioni
“insolite”
Domande:
Intestino iperecogeno:
rischio di FC nelle seguenti situazioni
- 2 genitori negativi al pannello standard
- 1 genitore negativo al pannello standard
- 2 genitori negativi per DGGE
- 1 genitore negativo per DGGE
- feto Hz al pannello standard
- feto Hz per DGGE
Domande:
IRT (immuno reactive tripsinogen):
rischio di FC nelle seguenti situazioni
- negativo a pannello standard
- Hz a pannello standard
- Hz per DGGE
Premesse
1. E’ necessario avere i parametri di base
1. Frequenza gene FC (1/50)
2. Detection rate per pannello standard
1.
La DR dello stesso pannello può essere
differente per “origini” differenti
3. Detection rate per DGGE
(
Resta poi insoluto il quesito se mutazioni non
identificate con PS o DGGE siano capaci di essere
responsabili di alcuni quadri clinici
)
Premessa
Bisogna conoscere il calcolo delle probabilità .
Probabilità di estrarre da un mazzo di carte 1 Asso?
4/40 = 1/10
Probabilità di estrarre da un mazzo di carte 1 carta di denari?
10/40 = 1/4
Probabilità di estrarre da un mazzo di carte 1 di denari?
1/40 =
¼ * 1/10
Teorema di Bayes
P(Hi | E) = P(Hi )* P(E|Hi) /  [P(Hi )* P(E|Hi)]
Probabilità a priori [P(Hi)]
Probabilità condizionale [P(E|Hi)]
Probabilità congiunta [P(Hi )* P(E|Hi)]
Probabilità a posteriori
P(Hi )* P(E|Hi) /  [P(Hi )* P(E|Hi)]
Bisogna conoscere tutte le alternative e le Probabilità
a priori [P(Hi)] per ogni alternativa. La somma di
[P(Hi)] deve essere eguale a 1.
Si utilizza una (o più) informazione supplementare
non inclusa nella probabilità a priori (probabilità
condizionale [P(E|Hi)]). Per ciascuna la somma per le
varie alternative non deve essere eguale ad 1.
In ogni colonna si ottine il prodotto delle probabilità
e si ottiene la probabilità congiunta.
Si divide quindi ogni probabilità congiunta per la
somma si tutte le probabilità congiunte (probabilità
finale). La somma delle probabilità finali deve essere
eguale a 1.
Es. in una famiglia in cui vi sono due fratelli sani ed
uno affetto da FC.
Qual è la probabilità per ogni fratello di essere
HZ?
Aa
AA
Aa
Aa
Aa
aa
Essendo sani, possono solo avere genotipo AA, Aa, Aa,
cioè 2/3.
In realtà il calcolo che noi facciamo è:
Alternativa
Oz AA
Hz Aa
Oz aa
P. A priori
¼
½
¼
P. Condizionale (no FC)
1
1
0
P. Congiunta
¼
½
0
P. Finale
¼/( ¼ + ½ )
½/( ¼ + ½ )
¼/¾
½/¾
1/3
2/3
(¼+½+¼)=1
(1/3+2/3)=1
Probabilià di FC in caso di intestino iperecogeno ed
Hz per mutazione FC (DR = 0.85)
Alternativa
FC
non FC
P. A priori
3/100
97/100
P. Condizionale (1 mutazione)
25.5/100
3.4/100
(.85*.15)*2
1/25*.85
P. Congiunta
P. Finale
76.5/10000
76.5 (76.5 + 329.8)
0.19
329.8/10000
329.8 /(76.5 + 329.8)
0.81
1000 feti con EB
3% con FC
97% senza FC
30 feti affetti da FC
970 sani
85% detection rate
72.2% con 2
Mut. Identif.
21.7
25.5% con 1
Mut.identif.
7.65
2.25% con 0
Mut.identif.
0.65
(4% Hz=38.8)
85% DR
38.8 * 0.85 =33
33
Feti con FC ed 1 m = 7.65/(7.65+33) = 18.8%
Probabilià di FC in caso di intestino iperecogeno ed
Hz per mutazione FC (DR = 0.95)
Alternativa
FC
non FC
P. A priori
3/100
97/100
P. Condizionale (1 mutazione)
9.5/100
3.8/100
(.95*.05)*2
1/25*.95
P. Congiunta
28.5/10000
368.6/10000
P. Finale
0.07
0.93
Probabilià di FC in caso di intestino iperecogeno ed
nessuna mutazione FC (DR = 0.85)
Alternativa
FC
non FC
P. A priori
3/100
97/100
2.25/100
1
P. Condizionale (1 mutazione)
(.15*.15)
P. Congiunta
P. Finale
6.75/10000
97/100
6.75/9706.75
9700/9706.75
0.0006
1/1478
0.9994
1477/1478
Probabilià di FC in caso di intestino iperecogeno ed
nessuna mutazione FC (DR = 0.95)
Alternativa
FC
non FC
P. A priori
3/100
97/100
P. Condizionale (1 mutazione)
25/10000
1
(.05*.05)
P. Congiunta
P. Finale
0.75/10000
97/100
0.75/9700.75
9700/9700.75
0.00007
1/12974
0.99993
12973/12974
Probabilità di FC in base al genotipo parentale
(DR=.85)
AA
AA
Aa*
Aa
.96
0.035
0.005
AA
½ AA
½ Aa* 0.0168
½ AA
½ Aa
½ AA
½ Aa* 0.0168
¼ AA,
½ Aa*,
¼ a*a*
¼ AA, ¼ Aa,
¼ Aa* 0.00004
¼ aa* 0.00004
½ AA
½ Aa
¼ AA, ¼ Aa,
¼ Aa*, ¼ aa*
¼ AA, ¼ Aa,
¼ Aa, ¼ aa
0.96
Aa*
0.035
Aa
0.005
Probabilità di FC
Probabilità di FC se è identificato Int.Eperecogeno
(3/100) e una mutazione (0.0023) sulla probabilità di
essere Hz (1/25) sulla probabilità di non avere FC
0.03 * 0.0023 / 0.0004
0.03 * 0.0023/0.0004 + 0.97*0.9977/0.9996
0.1725
0.1725 + 0.9674
15%
-