Prova Intercorso

Prova Intercorso 30 Aprile 2007
Cognome
Nome
1. Quanti sistemi di interrogazione di banche dati sono disponibili in rete e come si chiamano?
2. Quante sequenze nucleotidiche di myoglobin sono riportate nella banca dati EMBL?
3. Quante sequenze proteiche di myoglobin sono riportate nella banca dati UniProt/SwissProt?
4. Scrivere l’accession number della sequenza proteica della mioglobina di maiale (pig). Valutare
come questa proteina viene classificata da SMART e dove è localizzata nella cellula
mediante PSORT II.
5.
Quante strutture di mioglobina di capidoglio (sperm whale myoglobin) sono depositate in
PDB?
6. Rispondere alle seguenti domande sulla struttura 1J1R in PDB:
- scrivere il nome della proteina:
- scrivere il nome dell’organismo:
- con quale metodo è stata determinata questa struttura?
- Scrivere la risoluzione della struttura:
- quante catene proteiche sono comprese nel file?
- quante molecole d’acqua sono comprese nel file?
- il file contiene altre molecole indicate come eteroatomi? Se sì, scrivi quali?
-come è classificata questa struttura in CATH?
-come è classificata questa struttura in SCOP?
- Quante eliche comprende?
- Quanti -strands?
- Quante eliche 310?
- A quale famiglia di proteine appartiene? Quale database utilizzo?
- Quante strutture simili sono presenti in PDB?
7. Valutare la distanza di Hamming tra le due sequenze nucleotidiche:
agtcttcaga
cggtctgtca
8.Valutare la distanza di Levenshtein tra le due sequenze proteiche:
VALIGTRKVCDFRET
GSL-TTIKLITG-YT
9. Ricercare tutte le sequenze di mioglobina in SwissProt simili a quella bovina umana (bovine).
Quale programma usi per la ricerca di similarità?
Quale matrice di sostituzione viene utilizzata di default dal programma?
Quante sequenze di miglobina trovi?
Scrivi la percentuale di identità di sequenza tra la mioglobina bovina e quella umana.
Scrivi la percentuale di similarità tra la mioglobina bovina e quella di cavallo (horse).
10. Allineare le due sequenze di mioglobina di cane di cavallo:
Quale programma usi?
Scrivere la percentuale di identità tra le due sequenze.
Quanti gap sono stati inseriti?
Quanti amminoacidi di differenza ci sono?
11. Fare un allineamento multiplo delle sequenze di mioglobina umana, di topo (mouse), di ratto
(rat) e di cavallo (horse).
Quale programma usi per l’allineamento multiplo?
Quale amminoacido è più abbondante nella posizione 28? Scrivi anche quale programma usi
per trovare l’amminoacido più abbondante.
Fare un albero filogenetico con radice e senza radice dell’allineamento di queste 4 sequenze di
mioglobina.
12. Ricerca i geni nella sequenza genomica indicata come scaffold S000194
Quale programma utilizzate?
Quanti geni vengono predetti?
13. Scrivere almeno 3 sequenze che rispettano il seguente pattern di Prosite:
LIP [A,G]x2GK{S,T}
14. Data la sequenza del gene della b-emoglobina umana:
gttctcgcccacaagtatcactacccg
Scrivere la traduzione di questa sequenza in una sequenza amminoacidica:
Scrivere la sequenza nucleotidica per un cambiamento di una singola base che produca una
mutazione silente in questa regione
Scrivere la sequenza nucleotidica e la traduzione in sequenza amminoacidica per un
cambiamento di una singola base che produca una mutazione di un amminoacido.