Il mappaggio dei geni Mappaggio per linkage Studi di co-segregazione nelle famiglie Linkage Disequilibrium Mappaggio fisico Mappaggio con ibridi somatici Mappaggio mediante dosaggio genico Mappaggio mediante FISH Principio del “linkage” La probabilità che un locus B cosegreghi con un locus marcatore A è funzione della distanza tra i due loci Necessita di marcatori genetici polimorfici Marcatori genetici Un marcatore è un qualsiasi carattere mendeliano polimorfico che possa essere usato per seguire un segmento cromosomico nelle generazioni in un dato albero genealogico Tipo di marcatore N° di loci Caratteristiche Gruppi sanguigni 1910-1960 Circa 20 Genotipo non facilmente desumibile. Posizioni fisiche dei geni non note. Varianti mobilità elettroforetica proteine sieriche 1960-1975 Circa 30 Posizioni fisiche dei geni non note. Polimorfismo limitato Tipi HLA 1970- 1 Un solo gruppo di associazione RFLP del DNA 1975- > 105 potenzialmente 2 alleli/locus. Southern o PCR. Facile localizzazione fisica VNTR del DNA (minisatelliti) 1985- > 104 potenzialmente Molti alleli/locus. Southern. Più frequenti alle estremità dei cromosomi VNTR del DNA (microsatelliti) 1989- > 105 potenzialmente Molti alleli/locus. PCR automatizzata. Tutto il genoma. SNPs del DNA (minisatelliti) 1998- > 4.106 Arrays eteromorfismo Gruppo sanguigno Duffy Primo locus autosomico posizionato su un cromosoma (1968) Linkage tra il gene della Distrofia miotonica e il locus Secretore dei gruppi sanguigni RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphysm) 07_05.jpg Southern blotting 06_12.jpg 06_12_2.jpg 07_06.jpg Analisi RFLP mediante PCR Analisi di linkage mediante RFLP Eterozigote Linkage tra il gene D e l’RFLP Omozigote Associazione tra un RFLP ed un gene Ricombinanti: 1/8 Ricombinanti e non ricombinanti 13_01.jpg VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) Minisatelliti 07_05_2.jpg Analisi per Southern VNTR-Microsatelliti 07_07.jpg 07_08.jpg Tipizzazione di un microsatellite Genotipi: 3,6 1,5 3,5 2,5 3,6 2,5 3,5 3,6 3,5 5,7 3,3 2,4 3,3 3,6 3,3 3,4 Mappaggio mediante i Microsatelliti D,d 2,3 D,d 2,4 D,d 1,2 d,d 1,4 d,d 1,3 d,d 3,4 D,d 1,2 D,d 2,4 Ricombinanti: 1/17 (0.0588) Analisi statistica Calcolo del LOD score Gene Neurofibromatosi: Locus A RFLP: Locus B LOD = log10 Probabilità che i loci A e B siano in linkage a distanza θ Probabilità che i loci A e B non siano in linkage Mappaggio mediante Linkage Disequilibrium Associazione preferenziale di alleli di loci diversi dovuti alla presenza di comuni segmenti di cromosomi ancestrali Identificazione e clonaggio del gene DMD 1. Traslocazioni Xautosoma Inattivazione preferenziale X normale 2. Microdelezione in Xp21.2 in individui affetti da DMD e altri fenotipi X-linked DMD: Distrofia muscolare di Duchenne CGD: Malattia granulomatosa cronica RP: Retinite pigmentosa OTC: Deficit di ornitina decarbossilasi Conferma che il DNA clonato è sul Crm X ed è deleto nella DMD Clonaggio gene HD mediante linkage con marcatori polimorfici Clonaggio gene CF Linkage disequilibrium Clonaggio posizionale Single Nucleotide Polymorphisms SNPs SNP Array GWAS (genome-wide association study) Mappaggio fisico Mappatura mediante Ibridi somatici. Cariotipo di ibrido uomo-topo Metodi di mappaggio negli ibridi somatici Assegnazione del gene MET al cromosoma 7 Ibridi da radiazione La probabilità che due loci siano presenti nello stesso ibrido è funzione inversa della distanza Ibridazione in situ con sonde fluorescenti (FISH)