Analisi quantitativa delle immagini biologiche, un approccio pratico
finalizzato alla estrazione di misure
Sessione teorica
Installazione e configurazione di IMAGEJ sul proprio computer. Campi di utilizzo del programma Panoramica della struttura logica e funzionale di IMAGEJ Interfaccia utente: dove sono collocate le funzioni di maggior utilizzo Tipologie di immagini gestite da IMAGEJ (colore / scala di grigio – dinamica)
I formati grafici supportati direttamente da IMAGEJ (esclusi plugin)
La gestione interna delle immagini complesse (Colore, Z Stack, multicanale, estensione nel tempo)
Migliorare una immagine: Concetti di base teorici
Come e quando regolare la luminosità ed il contrasto di una immagine
Tabelle falsi colore, modifica della profondità dinamica (livelli di grigio), curve di distribuzione predefinite.
Processare una immagine: Concetti di base teorici
Utilizzo dei filtri spaziali lineari e non, operazioni matematiche, operazioni puntiformi e trasformazioni
geometriche (rotazione, scalatura, prospettiva)
Concetti di automazione dei processi di analisi (Macro e Plugins)
Analizzare una immagine – Concetti di base teorici
- Come impostare la calibrazione spaziale e di intensità
- Selezione dei parametri da misurare
- Misurazioni manuali
- Definizione della soglia – significato e metodi disponibili
- Conta e misura automatica
- Analisi di intensità/densità
- Analisi di colore (IHC)
- Visualizzazione ed esportazione dei risultati
Sessioni pratiche
IHC – Analisi di preparati di ImmunoIstochimica (Applicazioni in ricerca e diagnostica)
Conta nucleare, valutazione della positività citoplasmatica e di membrana (Intensità di reazione). 2. Fluorescenza (FL) – Analisi di campioni marcati con sonde fluorescenti (Microscopia Widefield e Confocale)
Identificazione delle strutture, conta nucleare e/o cellulare, intensità di segnale (relativa), co-localizzazione di
oggetti e di segnale
Gestione di immagini 3D/4D (senza ricostruzione). 3. EM – Analisi di preparati ripresi al microscopio elettronico (TEM & SEM)
Analisi automatica e/o manuale di strutture, miglioramento delle immagini. 4. Biologia Molecolare (BM) – Analisi di Gel e Membrane (Visibile, fluorescenza e bioluminescenza) _____________________________________________________________________________ 1.
Docente del corso: Dott. Maurizio Abbate – Immagini & Computer Snc
Durata: 12 ore suddivise in lezioni da 4 ore ciascuna. Non è previsto un test finale.
Destinatari: Tecnici che si occupano di microscopia
Periodo di svolgimento: da marzo 2017
