carta dei servizi

Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare
Dipartimento di Medicina Molecolare e Traslazionale
Università degli Studi di Brescia
CARTA DEI SERVIZI
2015
M-AMM-01
Rev. 7 del 20.01.2015
1 di 8
Il Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare (LCGM) dell’Università di Brescia è situato
presso il Dipartimento di Medicina Molecolare e Traslazionale, viale Europa 11, corpo A, piano
terra (tel 030.3717269, fax 030.3717382, mail [email protected], web lcgmgeneticamedica.unibs.it), è un Servizio di Genetica Medica specializzato, accreditato al Servizio
Sanitario Regionale (SSR Lombardia n. 399).
Eroga prestazioni nelle seguenti branche:
- citogenetica
- citogenetica molecolare
- genetica molecolare
- genetica clinica (consulenza genetica)
1. CITOGENETICA
La citogenetica è la branca della genetica umana che studia il patrimonio cromosomico degli
individui, cariotipo, per identificare eventuali anomalie, numeriche o strutturali, dei cromosomi
stessi che sono alla base di condizioni patologiche specifiche, inclusa l’infertilità. L’analisi del
cariotipo può essere eseguita sia in epoca prenatale, sia in epoca postnatale.
In epoca prenatale l’analisi del cariotipo viene eseguita sulle cellule del liquido amniotico o su
quelle dei villi coriali e permette di capire se il feto è portatore di alterazioni cromosomiche.
In epoca postnatale l’analisi del cariotipo viene generalmente eseguita sui linfociti del sangue
periferico e permette di riconoscere anomalie cromosomiche che si associano ad una condizione
patologica, ad una riduzione della fertilità o ad una maggiore probabilità di generare figli affetti da
patologia cromosomica.
In ambito oncoematologico lo studio del cariotipo su sangue midollare è impiegato per
l’identificazione di riarrangiamenti cromosomici acquisiti tipici delle neoplasie ematologiche, per il
monitoraggio della terapia e del trapianto midollare.
Prenatale
Cariotipo costituzionale su liquido amniotico (metodo in situ)
Cariotipo costituzionale su villi coriali (metodo diretto e coltura)
Cariotipo costituzionale su sangue fetale
Cariotipo costituzionale su materiale abortivo
Postnatale
Cariotipo costituzionale su sangue periferico (standard e/o alta risoluzione)
Cariotipo costituzionale su sangue periferico per :
studio riarrangiamenti cromosomici indotti (Bleomicina e/o DEB)
studio del mosaicismo cromosomico
Cariotipo costituzionale su fibroblasti cutanei
Oncoematologica
Cariotipo su sangue midollare
Cariotipo su sangue periferico non stimolato
M-AMM-01
Rev. 7 del 20.01.2015
2 di 8
2. CITOGENETICA MOLECOLARE
Le indagini di citogenetica molecolare, FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) ed Array CGH,
si basano sul legame selettivo di sonde di DNA, coniugate con coloranti fluorescenti (fluorocromi),
che riconoscono sequenze complementari a quelle presenti su un cromosoma o su un suo
segmento.
Analisi FISH
Possono essere utilizzate sonde: centromeriche, che permettono rapidamente di evidenziare
anomalie numeriche dei cromosomi; painting, che colorano l’intero cromosoma, utili per
classificare anomalie cromosomiche strutturali; locus-specifiche, che consentono di riconoscere
specifici loci evidenziando delezioni e/o duplicazioni submicroscopiche; telomeriche, che
identificano specificamente le regioni subtelomeriche presenti alle estremità dei cromosomi.
La FISH offre una maggior risoluzione rispetto al cariotipo convenzionale, consente una migliore
definizione di riarrangiamenti cromosomici, la caratterizzazione di anomalie strutturali non
evidenziabili alla citogenetica classica che includono sindromi da microdelezioni, duplicazioni,
traslocazioni criptiche, riarrangiamenti complessi, marcatori cromosomici.
Limite della metodica è la specificità per il solo tratto di DNA interrogato.
Tra le sindromi da microdelezione/microduplicazione indagate le principali sono:
Geni analizzati /regione
cromosomica
Patologia
Angelman Sindrome di
SNRPN/UB3A (15q11-q13)
Catch 22 (Di George Sindrome di)
TUPLE/TBX1 (22q11.2)
Cri Du Chat Sindrome di
CTNND2/D5S2874 (5p15.2)
Di George II Sindrome di
DGCRII/D10S547(10p14)
Kallmann Sindrome di
KAL (Xp22.3)
Miller Dieker Sindrome di
PAFAH1B1 (17p13.3)
Pallister Killian Sindrome di
Telomero (12p)
Prader Willi Sindrome di
SNRPN (15q11-q13)
Smith Magenis Sindrome di
RAI1 (17p11.2)
Williams Sindrome di
ELN (7q11.23)
Wolf Hirschorn Sindrome di
WHSC1 (4p16.3)
Ritardo Mentale idiopatico isolato o sindromico
Riarrangiamenti regioni
subtelomeriche (telomeri)
Sul versante oncoematologico i principali riarrangiamenti indagati sono:
Patologia
Geni analizzati /regione cromosomica
Traslocazione PML/RARA t(15;17) (q22;q21)
Traslocazione AML/ETO t(8;21) (q21;q22)
Leucemia Mieloide Acuta (LMA)
Inv (16) (p13;q23)
Delezioni FIP/Chic/PDGFRA (4q12)
Delezione PDGFRB (5q33)
M-AMM-01
Rev. 7 del 20.01.2015
3 di 8
Studio MLL (11q23)
Traslocazione M-bcr/abl t(9;22) (q34;q11)
Leucemia Mieloide Cronica (LMC)
Iso 17q
Mieloma Multiplo
Delezione/Traslocazioni (13q14)/t(11;14)/t(4;14))
Retinoblastoma
Delezione RB1 (13q14.2)
Altre prestazioni della branca
Studi interfasici post-trapianto di midollo osseo (allogenico/autologo)
Array-CGH ( Comparative Genomic Hybridization)
L’ Array-CGH viene impiegata per identificare perdite o acquisizionI di sequenze genomiche lungo
l’intero genoma in un unico esperimento con una risoluzione superiore a quella possibile con le
tradizionali tecniche di citogenetica classica su metafasi. Questa tecnologia è basata sull’uso di un
campione di DNA test e uno di controllo, marcati con fluorocromi diversi e ibridati
contemporaneamente a DNA targets legati (“spottati”) su un supporto di vetro.
Analisi Array CGH
3. GENETICA MOLECOLARE
Le indagini di genetica molecolare consistono nello studio del DNA e dei suoi prodotti, RNA e
proteine, le cui alterazioni possono essere correlate o responsabili di una particolare condizione
genetica. Attraverso l’analisi molecolare è possibile identificare mutazioni geniche responsabili o
predisponenti a malattie genetiche.
Le analisi molecolari possono essere eseguite in epoca prenatale o postnatale a partire da diversi
tipi di materiale biologico.
Tali indagini sono svolte a fini assistenziali (inquadramento diagnostico e ottimizzazione
terapeutica), di prevenzione (consulenza genetica preconcezionale e prenatale), e di ricerca
(identificazione di nuove mutazioni, ricerca di correlazioni genotipo/fenotipo).
Le analisi molecolari in epoca prenatale possono essere eseguite a partire da:
villi coriali, cellule del liquido amniotico, sangue fetale, biopsia cutanea fetale, materiale abortivo
Le analisi molecolari in epoca postnatale possono essere eseguite a partire da:
sangue periferico, biopsie tissutali.
Le analisi molecolari disponibili sono:
Patologia
Geni indagati
Metodo
Anemia Falciforme (drepanocitosi)
HBB
seq
Aneuploidie 13,18,21 X e Y
Polimorfismi cromosomi
13,18,21,X e Y
QF-PCR
Angelmann, Sindrome di
Regione 15p11.2
M-AMM-01
Rev. 7 del 20.01.2015
Test di
Metilazione
4 di 8
MS-PCR
Aortic Valve Disease di tipo 1 (AOVD1)
NOTCH1
seq
Arterie tortuose (ATS) Sindrome delle
SLC2A10
seq
Artrogriposi distale
TNNI2, TNNT3, MYH3, TPM2
seq
Atassia di Friedreich
X25
dim.all.
LR PCR
Atassia Spinocerebellare tipo 1 – SCA1
ATXN1
dim.all.
Atassia Spinocerebellare tipo 2 – SCA2
ATXN2
dim.all.
Atassia Spinocerebellare tipo 3 – SCA3
Machado-Joseph-disease (MJD)
ATXN3
dim.all.
Atassia Spinocerebellare tipo 6 – SCA6
CACNA1A
dim.all.
Atassia Spinocerebellare tipo 7 – SCA7
ATXN7
dim.all.
Atassia Spinocerebellare tipo 17 – SCA17
TBP
dim.all.
Beals-Hecht Sindrome di (Contratture
congenite con aracnodattilia)
FBN2 (mutazioni ricorrenti)
seq.
BRCA1
seq. e MLPA
BRCA2
seq. e MLPA
Carcinoma renale papillare
c-met
seq.
Corea di Huntington
IT15
dim.all
Cutis laxa dominante di tipo 1 (ADCL1)
ELN (mutazioni ricorrenti)
seq.
Cutis laxa recessiva di tipo 2A (ARCL2A)
ATP6V0A2
seq.
Deficit di α1 Antitripsina
SERPINA
seq.
Deficit di G6PD
G6PD
seq.
Disgenesia Gonadica
Sequenze Y Relate
PCR
Disomia Uniparentale- UPD
cromosomi 7, 9, 11, 14, 15
dim.all.
Dispalsia acromicrica/geleofisica
FBN1 esoni 41-41
seq.
B3GALT6
seq.
Distrofia Miotonica di Steinert
DM1
dim.all. e S.B.
Ehlers-Danlos di tipo classico
COL5A1*; COL5A2
*seq. e MLPA
Carcinoma mammella e ovaio,
predisposizione a
Displasia spondiloepimetafisaria con
lassità legamentosa tipo 1
M-AMM-01
Rev. 7 del 20.01.2015
5 di 8
seq.
Ehlers-Danlos forma progeroide tipo 1
B4GALT7
seq.
Ehlers-Danlos forma progeroide tipo 2
B3GALT6
seq.
Ehlers-Danlos di tipo vascolare
COL3A1
seq. e MLPA
Ehlers-Danlos tipo cifoscoliotico
PLOD1
LR PCR, seq,
MLPA
COL1A1 (esone 6),
Ehlers-Danlos tipo artrocalasico
seq.
COL1A2 (esone 6)
Ehlers-Danlos tipo dermatosparassi
ADAMTS2
seq.
Ehlers-Danlos atipica
COL1A1, COL1A2
seq, MLPA
Ehlers-Danlos tipo cardiaco-valvolare
COL1A2
seq. MLPA
Epidermolisi Bollosa Distrofica
COL7A1
seq.
Fibrosi Cistica
CFTR
RDB
seq.
dim.all.
FXTAS, Sindrome di
FMR1
Gaucher, Sindrome di
GBA
seq.
Kennedy Malattia di (SBMA)
AR
dim.all.
TGFBR1*, TGFBR2*,
*seq, MLPA
SMAD3, TGFB2
seq.
FBN1
seq. MLPA
MT-TL1
seq.
Microdelezioni sul Cromosoma Y (Yq)
AZF a-b-c
PCR
Noonan/Leopard Sindrome di
PTPN11
seq.
Osteogenesi imperfecta
COL1A1 COL1A2
seq. MLPA
SNCA, α-sinucleina, PARK1
seq. MLPA
LRRK2 dardarina
seq. MLPA
Loeys-Dietz Sindrome di (LDS)
Marfan Sindrome di
MELAS Mitochondrial myopathy–
encephalopathy–lactic acidosis–stroke
syndrome
Parkinson Malattia di
M-AMM-01
Rev. 7 del 20.01.2015
6 di 8
Polimorfismi fetali per esclusione
contaminazione materna
PARK 2 parkina
seq. MLPA
PINK1, p-ten, PARK6
seq. MLPA
Polimorfismi vari cromosomi
dim.all.
Test di
Regione cromosomica
Prader Willi Sindrome di
Metilazione
CR15p11.2
MS-PCR
Pseudoxantoma elastico
ABCC6
LR PCR, seq.
Shprintzen-Goldberg Sindrome di (SGS)
SKI
seq.
gene GJB2 (connessina 26)
delezioni gene GJB6
(connessina 30)
Sordità (Ipoacusia)
gene GJB6 (connessina 30)
DNA mitocondriale
seq.
PCR
seq.
PCR e dig.enz.
Swyer Sindrome di (Disgenesia Gonadica)
SRY
seq.
Talassemia Alfa
HBA1, HBA2
RDB
Talassemia Beta
HBB
seq.
Talassemia Delta
HBD
seq.
Talassemia HPFH e Lepore
HBB e HBD
PCR
Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 4 (AAT4)
MYH11
seq.
Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 6 (AAT6)
ACTA2
seq.
Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 7 (AAT7)
MYLK
seq.
Tossicità al 5 fluorouracile
DPYD
seq.
Thrombo-test resistenza al warfarin
VKORC1, CYP2C9
RDB
Vohwinkel Malattia di (Cheratoderma
ereditario da difetto di loricina)
LOR
seq.
Weill-Marchesani sindrome di
FBN1
seq. MLPA
X fragile Sindrome di (o Sindrome di Martin
Bell)
FMR1
FRAXE
AFF2
M-AMM-01
Rev. 7 del 20.01.2015
dim.all. e
South.Blot.
dim.all.
7 di 8
Atre prestazioni della branca.
Conservazione del DNA.
LEGENDA:
seq:
sequenziamento automatico del DNA
MS-PCR:
metilation sensible PCR
LR PCR:
long range PCR
QF-PCR:
quantitative-fluorescent PCR
dim.all: dimensionamento allelico
S.B:
southern blot
dig.enz:
digestione con enzimi di restrizione
Il laboratorio si riserva, ai sensi D.D.G. n. 34330 del 7 luglio 1999, di reperire ed inviare mediante
“service” campioni biologici a centri di riferimento nazionali ed internazionali per l’esecuzione dei
test non direttamente forniti.
Tale procedura NON potrà essere applicata quando il laboratorio stesso funge da service per altre
strutture.
Le modalità di prelievo, conservazione e trasporto del materiale biologico da analizzare sono
disponibili: sul sito lcgm-geneticamedica.unibs.it
su richiesta da inviarsi via mail a: [email protected] o via fax allo: 030.3717382.
4. GENETICA CLINICA (CONSULENZA GENETICA)
Il Servizio di Consulenza e Genetica Clinica si rivolge a persone affette o a rischio di malattie
genetiche, assicurando un corretto inquadramento diagnostico di malattia, l’impostazione del
follow-up assistenziale, la consulenza genetica in merito alle modalità di trasmissione della
malattia, alla definizione del rischio riproduttivo dell’affetto e dei familiari, alle possibili terapie
incluse le opzioni riproduttive.
Durante la visita viene raccolta l’anamnesi familiare e personale del probando, viene ricostruito
l’albero genealogico, viene esaminata la documentazione clinica e strumentale relativa alla
patologia in esame, quando necessario, viene visitato il paziente.
In base all’indicazione si effettuano le seguenti consulenze genetiche:
Preconcezionale
Valuta, in una coppia, il rischio di ricorrenza di una malattia ereditaria presente nella famiglia, o il
rischio riproduttivo di una coppia che desideri pianificare una gravidanza.
Prenatale
Correlata alla diagnosi prenatale di una malattia genetica in presenza di una patologia genetica
familiare o di un’anomalia riscontrata in ambito prenatale.
Postnatale
finalizzata all’inquadramento clinico diagnostico, alla prognosi e al rischio di
ricorrenza/occorrenza di una patologia genetica in un bambino o in un adulto.
correlata ai test genetici, atta cioè a fornire informazioni relative ai test genetici richiesti e
all’interpretazione dei risultati degli stessi .
Oncologica:
permette di identificare persone ad alto rischio di insorgenza di tumori attraverso l'analisi della
storia familiare e/o attraverso l'applicazione di test genetici, si propone: .
L’attività si avvale dell’interazione tra diversi specialisti che, in alcuni casi, sono organizzati in unità/
equipe dedicate.
Per accedere all’ambulatorio chiamare il numero 030.3717269 tutti i giorni feriali dalle 8.00 alle
13.00.
M-AMM-01
Rev. 7 del 20.01.2015
8 di 8