Allegato 01 Pag 1 di 22 Rev. 05 01/10/2012 CRITERI DI SCELTA DA ADOTTARE NELLA RICHIESTA DI INDAGINI MICROBIOLOGICHE IN RAPPORTO ALLA PATOLOGIA APPARATO CARDIOVASCOLARE (1) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO Agenti più frequenti: streptococchi α emolitici Emocoltura: Alcuni agenti di endocardite enterococchi, (anaerobi, brucelle, ecc possono crescere lentamente, nei streptococchi microaerofili Streptococchi β emolitici ENDOCARDITE (gruppo B, C, G, S), ACUTA staphilococcus aureus, 2 o 3 emocolture staphilococchi coagulasi prelevate prima di negativi (SCN) iniziare la terapia Agenti più rari: antibiotica (positività 85-95%) Endocardite P. aeruginosa, infettiva enterobatteri, SANGUE S. pneumoniae, betteri del ENDOCARDITE gruppo HACEK, SUBACUTA Bacteroides spp., 6 emocolture in 2 Brucella spp., altri. Giorni prima di Nei portatori di protesi iniziare la terapia valvolari: antibiotica S. epidermidis, S. aureus, (positività >90%) Enterobatteriacee, miceti, enterococchi, difterioidi, batteri gram negativi “fastidious”. Nei tossicodipendenti: S. aureus, streptococchi, batteri gram negativi, miceti. OSSERVAZIONI Il problema principale risiede nelle endocarditi di origine fungina ove il 50% delle emocolture risulta negativa terreni di coltura. In questi casi occorre segnalare al Laboratorio il sospetto diagnostico e prolungare l’osservazione a 21 giorni. OTTIMO, interpretando criticamente i risultati ottenuti dalla coltura Allegato 01 Pag. 2 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 APPARATO CARDIOVASCOLARE (2) VALORE DIAGNOSTICO INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI Pericarditi Eziologia virale LIQUIDO Coxsachie*, Echo*, PERI- BUONO Parotite, Influenza*, Adeno* CARDICO Ricerca diretta degli antigeni virali con immunofluoresc. HSV SIERO Titolazione antic. SCARSO OSSERVAZIONI IgG, ricerca IgM Miocarditi Eziologia virale BIOPSIA MIOCARDICA CMV, EBV, Coxsachie*, Ricerca DNA PIV*, Influenza*, virale (PCR) Morbillo, Rosolia, SIERO Titolazione antic. OTTIMO SCARSO IgG, ricerca IgM Pericardite Eziologia batterica e E fungina Miocardite S.aureus, S. pyogenes, LIQUIDO PERCARDICO Esame BUONO colturale Candida spp., Aspergillus spp. BIOPSIA MIO-CARDICA Esame colturale Histoplasma capsulatum Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* BUONO La fase preanalitica deve garantire la conservazione dei microrganismi anaerobi. La richiesta di indagine microbiologica deve contenere le informazioni indispensabili ad inquadrare correttamente il caso clinico Allegato 01 Pag. 3 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 APPARATO CARDIOVASCOLARE (3) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE Nelle Tromboflebiti superficiali: Klebsiella spp., altri Trombo- batteri Gram negativi e CATETERE S. aureus, C. albicans, VENOSO INDAGINI Esame colturale VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI Attenzione ai batteri isolati che spesso sono multiresistenti in quanto di provenienza nosocomiale quantitativo BUONO (Cleri e Maky) Flebite Suppurativa Nelle TS pelviche: Bacterioides spp., Nelle TS pelviche SANGUE Emocoltura solo il 20-30% Streptococchi anaerobi, delle emocolture risulta E. coli, altri. Positivo. Le batteriemie Batteriemie di origine nosocomiali comunitaria: Enterobatteri (E. Coli), S.pneumoniae, St.aureus, Ca-MRSA,Streptococchi, Enterococchi,batteri aerobi. si distinguono in “PRIMITIVE” (in cui non è riconoscibile alcuna fonte di infezione) Emocoltura: prelievo Batteri di origine nosocomiale; Batteriemie SCN, S. aureus, enterococchi, enterobatteri ESBL, miceti, Ps.aeruginosa e batteri gram negativi non fermentanti SANGUE OTTIMO: interpretando criticamente i risultati ottenuti dalla coltura Batteriemie CVC correlate mediante unica venipuntura di 2 coppie di flaconi per anaerobi e aerobi Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* “SECONDARIE” A infezioni localizzate in altri distretti Allegato 01 Pag. 4 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI BATTERICHE E MICOTICHE DELLE VIE AEREE SUPERIORI INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI Nei bambini fra i 3 e 10 anni Agenti batterici: Di routine la S. pyogenes, ricerca colturale N. Gonorrhoeae, il 25% delle faringiti acute sono sostenute da S. pyog. di S. pyogenes. Streptococchi beta-emolitici ESSUDATO Mirata la ricerca dei gruppi C e G sono FARINGEO Faringite C. diphtheriae, A. haemolyticum, degli altri agenti OTTIMO per quanto raramente responsabili di acuta e altri (solo in caso di riguarda la presenza Faringiti. Tonsillite streptococchi sospetto clinico) degli agenti elencati. Sotto i 3 anni non è appropriato Beta-emolitici Esame Ha solo valore retrospettivo. (C e G), batteriologico Poiché tuttavia streptolisina associazioni in caso di sospetta angina di Vincent. O è prodotta anche da Streptococchi di gruppo C e G il titolo ASO ha significato Ricerca di anticorpi diagnostico anche per le fuso-spirillari (angina di SIERO Vincent) anti S. pyogenes infezioni sostenute da (ASO) questi agenti.. S. Pneumoniae e H. influenzae Esame microscopico sono in assoluto Sinusite Acuta gli agenti più MATERIALE e colturale del frequenti. OTTENUTO materiale di OTTIMO nel caso di Nei bambini discreta incidenza MEDIANTE aspirazione. Isolamento in carica ASPIRAZIONE elevata degli agenti di B. catarrhalis. DAL SENO elencati. Negli adulti discreta incidenza di batteri anaerobi e streptococchi. Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* Il tampone nasale non è consigliato in quanto i batteri isolati spesso non sono gli stessi responsabili dell’infezione Allegato 01 Pag. 5 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI BATTERICHE E MICOTICHE DELLE VIE AEREE SUPERIORI (2) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI S. Pneumoniae, MATERIALE H. influenzae, OTTENUTO Esame microscopico Otite OTTIMO nel caso di Colpisce con frequenza B. catarrhalis, MEDIANTE e colturale del isolamento in carica molto elevata bambini Media S. pyogenes, ASPIRAZIONE materiale di elevata degli agenti fino ai sei anni di età. Acuta batteri Gram DALL’ aspirazione. Elencati. Gram negativi ORECCHIO anaerobi. MEDIO S. aureus, MATERIALE Possibile interferenza Otite Candida spp., OTTENUTO Esame microscopico Esterna Aspergillus spp. MEDIANTE e colturale. P. aeruginosa, TAMPONE BUONO se il della flora residente del Prelievo è eseguito meato acustico. in modo accurato. Altri. Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* INFEZIONI VIRALI DELL’APPARATO RESPIRATORIO (VIE SUPERIORI E INFERIORI) EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI Rhino*, Adeno*, ESSUDATO/ Ricerca diretta BUONO: metodiche L’ eziologia virale è Influenza*, PIV*, TRASUDATO degli antigeni non disponibili per prevalente rispetto a Faringite Coxackie*, Echo*, FARINGEO virali con tutti gli antigeni virali. Quella batterica. Acuta EBV E NASO- immunofluorescenza Tonsillite HSV FARINGEO INFEZIONE SIERO Nei bambini piccoli con mononucleosi da EBV il Titolazione Scarso in generale Monotest può risultare anticorpi IgG e BUONO per EBV negativo. Ricerca IgM, Monotest Rhino*, Adeno*, ESSUDATO/ Ricerca diretta Influenza*, PIV*, TRASUDATO degli antigeni Orthomixovirus*, FARINGEO virali con Laringite Paramixovirus*, E NASO- immunofluorescenza acuta RSV. FARINGEO SIERO Titolazione Scarso in generale anticorpi IgG e BUONO per RSV ricerca IgM Allegato 01 Pag. 6 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI VIRALI DELL’APPARATO RESPIRATORIO (VIE SUPERIORI E INFERIORI) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI Otite Rhino*, Adeno*, media Influenza*, PIV*, TRASUDATO degli antigeni acuta RSV DALL’ virali con ORECCHIO immunofluorescenza VALORE DIAGNOSTICO Ricerca diretta BUONO MEDIO Tracheo- ESCREATO, Ricerca diretta bronchiti, BRONCO- degli antigeni ASPIRATO, virali con bronchiti Adeno*, RSV Acute, Influenza*, PIV*, riacutizzaz. Coxackie*, Echo*, di immunofluorescenza Titolazione Scarso in generale bronchiti anticorpi IgG e BUONO per RSV croniche ricerca IgM Bronchiolite SIERO ESSUDATO Ricerca diretta FARINGEO degli antigeni RSV(principale E NASO- virali con responsabile) FARINGEO immunofluorescenza Rhino*, Adeno*, ESCREATO, Influenza*, PIV*, ASPIRATO TRACHEALE, BRONCOASP. SIERO Scarso in generale BUONO per RSV Polmonite NEONATI: RSV, ESCREATO, Ricerca diretta BUONO: metodiche PIV*, Adeno*. ASPIRATO degli antigeni non disponibili per TRACHEALE, virali con tutti gli antigeni virali. ADULTI: BRONCOASP., immunofluorescenza Influenza* BAL, Ricerca DNA BUONO su BAL, BIOPSIA TRAS- virale con PCR. OTTIMO su LIQU. PL IMMUNODEPRE SSI: BRONCHIALE, CMV, HSV, VZV, BIOPSIA POLM, Titolazione POLMONARI. Adeno*, EBV, LIQU. PLEUR., anticorpi IgG e Scarso in generale RSV, Morbillo SIERO ricerca IgM BUONO per RSV BIOPSIE TRAS-BR, Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* OSSERVAZIONI Allegato 01 Pag. 7 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI BATTERICHE E MICOTICHE DELLE VIE AEREE INFERIORI INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI Tracheo- Origine virale per ESPETT., Esame colturale, BUONO I campioni di bronchiti, lo più. Pochi casi BRONCO- PCR espettorato composti Bronchiti da M. pneumoniae ASPIRATO, (M.pneumoniae) in prevalenza da saliva acute. E B. pertussis. Non vanno sottoposti SIERO Ricerca IgM, IgG Esame colturale BUONO a coltura. I campioni di espettorato Bronchite Eziologia incerta: ESPETT., Cronica S. pneumoniae, BRONCO- composti in prevalenza Riacutizzata H. influenzae, B. ASPIRATO, da saliva non vanno Polmonite di origine ESPETT., Esame Sottoposti a coltura. I campioni di espettorato COMUNITARIA: BRONCO- microscopico S. pneumoniae, ASPIRATO, e colturale. M. pneumoniae, BAL, PCR o IF H. influenzae, A. TRANS- (L. pneumophila, L. pneumofila,B.catarrhalis TRACHEALE P. carinii), L. pneumofila,B.catarrhalis BIOPSIA M. pneumoniae) Polmonite di origine POLMONARE catarrhalis. Polmoniti NOSOCOMIALE: Acute S aureus e P. aeruginosa, SANGUE altri batteri Gram Negativi OTTIMO val. diagn. per ricerche eseguite Su campioni prelevati con tecniche invasive. SIERO Emocolture OTTIMO in caso di (polmoniti batt.) positività Ric. Antic.specifici BUONO ma con IMMUNODEPRESSI (L. pneumophila, valore retrospettivo P. carinii,miceti(Aspergillus, M. pneumoniae, Mucorales, Candida, C. pneumoniae). C. neoformans), Antig. Di Aspergillus BUONA sens. E spec. Nocardia spp., S.aureus, P. aeruginosa e altri batteri URINA Antigeni urinari ELEVATA sens. E Gram Negativi non ferm., (L.pneumophila, specificità. Enterobatt. E S.pneumoniae) Polmonite TB complex ESPETT., Ricerca Tubercolare MOTT (M. avium-intrac., BRONCO- microscopica di M. kansasii): pazienti ASPIRATO, BAAR, coltura, immunodepressi. BAL ecc. PCR Pleurite e S. aureus, enterobatteri, ESSUDATO Empiema anaerobi,M. tubercolosis, miceti PLEURICO Esame microsc. (Gram, coloraz. per ricercaBAAR) colturale da saliva non vanno Sottoposti a coltura. Valutazione Q score non fermentanti, enterobatt Polmonite in pazienti composti in prevalenza OTTIMO Allegato 01 Pag. 8 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI BATTERICHE E MICOTICHE DELLE VIE AEREE INFERIORI INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI ESPETT. Esame colturale SCARSO Sono anche descritti Batteri anaerobi di (esclusa ricerca ascessi sostenuti origine nasofaringea anaerobi) da Nocardia spp., (B. melaninogenicus, Actinomyces spp., Ascessi F. nucleatum). ASPIRATO Esame microsc. E polmonari Neglia ascessi TRANS- colturale ( in specialmente in conseguenti a TRACHEALE, aerobiosi e in pazienti anaerobiosi) immunocompromessi. E’ evidente come il corretto campionamento in idonei contenitori conteneti sostanze riducendi (PORT a CUL) sia indispensabile . polmonite necrotizzante OTTIMO Prevalenza di Aspergillus spp., Enterobatteri e di S. aureus. SANGUE Emocolture OTTIMO in caso di (polmoniti batt.) positività Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* INFEZIONI DELLE VIE URINARIE (1) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO Infezioni spontanee: URINA OTTIMO valore Urinocoltura: 1. da mitto intermedio diagnostico, altri enterobatteri 2. da catetere applicando i corretti (Klebsiella spp., 3. da puntura criteri interpretativi E coli, Enterococchi, Proteus spp., sovrapubica. Providencia spp.), S. saprophyticus. Pielonefrite Portatori di catetere: e Enterobatteri ( E. coli, cistite Proteus spp., Providencia spp., Enterobacter, Serratia) SANGUE enterococchi, Emocoltura in pazienti Positività nel 40% febbrili delle pielonefriti P aeruginosa e altri ascendenti. batteri Gram negativi non fermentanti, lieviti S.aureus. BK Adenovirus* (Cistite Emorragica). URINA PCR OTTIMO OSSERVAZIONI Attenzione alle batteriurie asintomatiche che spesso vengono trattate con antibiotico in assenza di segni e sintomi di infezione Allegato 01 Pag. 9 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI DELLE VIE URINARIE (2) INFEZIONE EZIOLOGIA Enterobatteri (E. coli), enterococchi, S.aureus, C.trachomatis, N.gonorrhoeae MATERIALE INDAGINI Secreto prostatico Coltura VALORE DIAGNOSTICO La prova di MEARES STAMEY Prostatite Coltura differenziale e OSSERVAZIONI In caso di prostatite acuta l’esame può essere sostituito da spermiocoltura in quanto il massaggio prostatico puo’ causare batteriemia conta leucociti PCR per C. trachomatis Eziologia incerta: Sindrome E. Coli, uretrale S. saprophyticus 2 Urinocoltura 3 acuta ( 10 - 10 (donne) C. trachomatis* URINA CFU/ml) PCR (C. trachomatis) In presenza di Il 50% delle donne pazienti in età fertile con sintomi di sintomatiche, cistite sono affette da specialmente in presenza di sintomatologia questa sindrome. possono essere significative anche cariche microbiche pari a 102 UFC/ml. Ricerca microscopica Tubercolosi renale TB complex URINA BAAR, Coltura, PCR Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* E’ importante raccogliere una quantita’ idonea di campione: Tutta l’urina del mattino o in casi particolari l’urina delle 24 ore Allegato 01 Pag. 10 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI TRASMESSE PER VIA SESSUALE (1) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI ESSUDATO Ricerca microscopica La negatività non Nella lue primaria le da lesioni in campo oscuro del T. esclude l’infezione lesioni sono localizzate mucose o pallidum luetica. Nei genitali esterni, nella cutanee Ricerca anticorpi non False positività (a cavità orale, nella zona specifici (reagine): basso titolo e di anorettale. Nella lue di agglutinaz. Durata inferiore a secondaria l’eritema maculo- (RPR) con antigeni sei mesi) possono papuloso interessa vaste cardiolipinici. Aversi in corso di aree cutanee e mucose. Ricerca di anticorpi infezioni virali Nell’infezione naturale gli specifici antitreponema (epatite, parotite, gli anticorpi compaiono Test di emo- mononucleosi) da 2-3 sett. Dopo il contagio e agglutinazione (TPHA) Mycoplasma, da spesso affiancato al Chlamidia, malaria. Lue terziaria o dopo terapia test di screening VDRL False positività di appropriata. I test VDRL e o RPR. Maggiore durata in RPR vengono impiegati Test di immuno- tossicodipendenti, come test di screening e per fluorescenza diretta malattie autoimmuni, il monitoraggio della terapia. (FTA-ABS), il più usato lebbra. False attualmente positività molto rare Nell’infezione naturale gli (<1%quando è gli anticorpi compaiono usato come test di prima delle reagine (VDRL e conferma) possibili RPR) e permangono per in soggetti con LES. Sempre. La positività non Ricerca IgM specifiche Utile per la diagnosi viene influenzata dalla antitreponema con di lue congenita. Terapia. I test specifici SIERO Lue T. pallidum ondito a scomparire nella metodo di immuno- vengono impiegati per fluorescenza indiretta confermare la positività dei o ELISA. Test di screening e per la diagnosi della lue terziaria. LIQUOR TPHA Utile per la diagnosi di neurolue. Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* Allegato 01 Pag. 11 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI TRASMESSE PER VIA SESSUALE (2) MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI ESSUDATO Esame microscopico PRESUNTIVO Presenza all’esame URETRALE (Gram), (uomo), Ricerca colturale N. ESSUDATO gonorrhoeae, Infezioni ENDOC. Ricerca di sequenze Gono- (donna) nucleotidiche. INFEZIONE EZIOLOGIA cocciche N. (uretrale, gonorrhoeae. ESSUDATO microscopico degli essudati OTTIMO dei caratteristici diplococchi Gram Negativi all’interno OTTIMO dei granulociti. Nell’infezione urogenitale della donna è buona norma endo- ANO- cervicale, RETTALE Anorettale, (tampone o orofaringea) prelievo in Ricerca colturale N. eseguire la ricerca colturale gonorrhoeae, sia nel canale cervicale che in zona anorettale. anoscopia) ESSUDATO OROFARINGEO ESSUDATO Esame microscopico ARTICOLARE (Gram), Ricerca colturale N. gonorrhoeae. Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* Allegato 01 Pag. 12 di 22 Rev. 05 INFEZIONI TRASMESSE PER VIA SESSUALE (3) INFEZIONE EZIOLOGIA C. trachomatis Uretrite MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI Ricerca C. trachomatis OTTIMO La frequenza della UNG è in ESSUDATO mediante amplificaz. Di U urealyticum URETRALE, sequenze nucleotidiche non Rcerca colturale di U. gonococcica urealyticum. (UNG) T. vaginalis T.uretrale progressivo aumento, spesso in associazione con OTTIMO l’infezione da N.gonorrhoeae. BUONO (1° getto) Herpes Herpes Genitale simplex Siero Ricerca HSV con EIA BUONO (HSV) BIOPSIA della OTTIMO lesione Condilomi, HPV* papillomi Fondamentale effettuare la tipizzazione alto/basso cutanea, Ricerca e tipizzazione muco- DNA virale cutanea, (PCR) rischio. ESSUDATOTRASUDATO cervicale, uretrale, vaginale. Ulcera H. ducreyi molle MATERIALI Esame microscopico Diagnosi L’esame colturale presenta DA LESIONI previa coloraz. Di Gram. PRESUNTIVA notevoli difficoltà. MATERIALI* Ricerca di C. trachomatis mediante test di ibridazione BUONO in caso da LESIONI di positività. L’ UNG e la cervicite sono Linfogranuloma causati da immunotipi C. trachomatis diversi di C. trachomatis. Venereo SIERO Ricerca di anticorpi Valore (FC, IPA) retrospettivo. Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* del 01/10/2012 Allegato 01 Pag. 13 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI DELL’APPARATO GENITALE FEMMINILE INFEZIONE Vaginite INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI Patogeni Esame microscopico Valutazione prelim. La composizione della opportunisti (Gram) e determinazione flora batt. Vaginale flora microbica vaginale del pH. (lattobacilli), varia in relazioneall’età. Miceti(candida) Coltura leucociti e miceti. Patogeni opportunisti G. vaginalis Mobinculus, Trichomonas. Coltura,ricerca “clue cells” EZIOLOGIA MATERIALE (enterobatteri, stafilococchi ESSUDATO streptococchi, ecc.) miceti VAGINALE e G. vaginalis sono da Esame microscopico considerare probabili agenti a fresco. Eziologici di infez. Solo se predominanti e presenti in concentrazione elevata. Cervicite N.gonorrhoeae, Micoplasmi, HSV, C.trachomatis ESSUDATO CERVICALE (Gram); coltura, PCR*, BUONO amplificazione sequenze Salpingite, Neisseria MATERIALE nucleotidiche. gonorrhoeae, DA Ricerca anticorpi anti annessite C. trachomatis LAPARO- C. trachomatis. acuta, Enterobatteri, SCOPIA Ricerca anticorpi anti batteri anaerobi SIERO C. trachomatis. obbligati, OTTIMO La diagnosi eziologica è possibile solo su campioni OTTIMO ottenuti mediante tecniche di prelievo invasive. Le sedi RILEVANTE C. trachomatis. di infezione sono di regola sterili: I m.o. infettanti vi enterococchi, possono pervenire per via stafilococchi ascendente o per contiguità Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* Allegato 01 Pag. 14 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI DELL'APPARATO GENITALE FEMMINILE(2) EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO La presenza di OSSERVAZIONI La presenza di flora Enterobatteri MATERIALE Esame microscopico contaminanti polimicrobica ( aerobia e (E. coli), . ENDO- (Gram); coltura cervico-vaginali anaerobia) è assai frequente Endometrite S. pyogenes, METRIALE, talvolta rende in queste infezioni. puerperale S.aureus,batteri problematica e aborto anaerobi obbl. l'interpretazionedei settico ( C. perfrigens, INFEZIONE Bacteroides spp.) risultati microbiol,. SANGUE EMOCOLTURA OTTIMO in caso di positività. MATERIALE Esame microscopico Gli ascessi tuboovarici Neisseria ASCESSUALE (Gram); coltura sono spesso conseguenti a Ascesso gonorrhoeae, (prelievo amplificazione sequenze ripetuti episodi di salpingite pelvico C. trachomatis chirurgico) nucleotidiche. e sono sostenuti dalla Enterobatteri, MATERIALE Esame microscopico stessa flora microbica. Gli batteri anaerobi da CULDO- (Gram); coltura ascessi ovarici sono spesso obbligati, CENTESI conseguenti a rottura della enterococchi, PARA- tunica ovarica per cause stafilococchi CENTESI SANGUE iatrogene ( chirurgiche) o EMOCOLTURA Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* BUONO se positivo naturali). Allegato 01 Pag. 15 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI GASTROINTESTINALI (1) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI Salmonella spp. FECI, Coprocoltura BUONO (pazienti In pazienti sintomatici Shigella spp., SANGUE, Emocoltura (paz.febbr.) sintomatici/portat.) viene di regola eseguita Campylobacter jejuni, SIERO Sierodiagnosi di VALORE la ricerca dei patogeni Widal ( S. typhi) RETROSPETTIVO enterici più frequenti nel Campylobacter coli, Yersinia enterocolitica nostro contesto E. coli produttori di verocitotossina(STEC) Coprocoltura + test x epidemiologico: ricerca tossina (EIA) Salmonella spp., FECI Coprocoltura Shigella spp., Clostridium perfrigens FECI Ricerca quantitativa (tipo C) (alimenti) Vibrio cholerae Vibrioni non colerici Gastroenterite Campylobacter termofili. di C. perfrigens, La presenza dell' agente o della tossina ricerca enterotossina nell'alimento ha il si associa spesso ad un (EIA) massimo valore quadro di adenite diagnostico. mesenterica con Yersinia enterocolitica S. aureus enterotossico Alimenti Ricerca enterotossina Agenti virali: FECI Ricerca di antigeni sintomatologia virali di Adenovirus e Rotavirus (cromatografico). dolorosa localizzata Rotavirus, agente di Norwalk*, Adenovirus, alla fossa iliaca dx. Coronavirus,* E. coli STEC si associa Astrovirus* Parassiti: spesso alla presenza FECI Entamoeba histolytica, Ricerca forme di sangue nelle feci e vegetative mediante può essere causa di esame microsc a sindrome emolitica fresco su feci liquide uremica (HUS). appena emesse. La ricerca di ricerca di cisti dopo V. cholerae si esegue arricchimento. in caso di fondato sospetto clinico anamnestico (paz. provenienti da aree Giardia lamblia FECI Ricerca forme Più precoce e endemiche). SUCCO vegetative mediante sensibile la Rotavirus agenti più DUODENALE esame microsc.diretto o previo arricchimento diagnosi su aspirato frequentem. respons. duodenale. diarrea nei bambini fino a 2 anni, massima frequenza mesi invernali. Cryptosporidium FECI Ricerca antigeni Allegato 01 Pag. 16 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI GASTROINTESTINALI (2) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI E' il maggior respons. di Diarrea Clostridium difficile asociata a (ceppo produttore di Clostridium tossine A e/o B*) FECI L'isolamento in diarrea associata ad Ricerca diretta delle coltura di antibiotici con quadro tossine A e B* nelle C. difficile non è clinico variabile da forme feci. significativo di per lievi e autolimitanti a sé data la presenza di portatori di ceppi manifestazioni più gravi (colite pseudomembranosa). difficile. non tossinogenici patogeni enterici nosocomiali. La presenza di Tossina A e B in paziente asintomatico non necessita di isolamento. Nei neonati la presenza di Tossina a e B non deve allarmare in quanto non sono attivi i recettori della parete intestinale INFEZIONI ENDOADDOMINALI INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI E. Coli e altri enterobatt. ESSUDATO Esame microscopico BUONO Le peritoniti primitive enterococchi, batteri PERITON. (Gram), coltura (o spontanee) dell'infanzia sono sostenute da S.pneumoniae e da S.pyogenes anaerobi ( B. fragilis, Clostridium spp.), S. Peritonite pneumoniae, S. aureus; M. tubercolosis. Ricerca BAAR SCN, corinebatteri, DIALISATO MOTT nei soggetti in PERITON. dialisi peritoneale. BUONO Amplificazione sequenze nucleotidiche di TB complex. Per lo più secondari a interventi chirurgici sull' E. Coli e altri enterobatt. addome o, meno di frequ. Ascessi enterococchi, batteri MATERIALE Esame microscopico endo- anaerobi ( B. fragilis, ASCESSUALE (Gram), Addominali Clostridium spp.). coltura ad altre patologie(infezioni BUONO vie biliari, diverticolite) presentano spesso insorgenza subdola con scarsità di segni obiettivi che può rendere difficile la diagnosi e localizzaz. Allegato 01 Pag. 17 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI ENDOADDOMINALI(2) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI E. Coli e altri enterobatt. BILE Esame microscopico Colecistite enterococchi, batteri (INTRA- (Gram), acuta, anaerobi ( B. fragilis, OPERATORIA) coltura Colangite Clostridium spp.), acuta. streptococchi non VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI In circa il 30% dei casi BUONO non è dimostrabile l'eziologia batterica e si pensa a cause chimiche SANGUE EMOCOLTURA MATERIALE Esame microscopico da PRELIEVO (Gram), E. Coli e altri enterobatt. BIOPTICO coltura dell'infiammazione. emolitici. Importante nell'ascesso BUONO epatico la diagnosi differenziale tra eziologia enterococchi, batteri O DA batterica e amebica Ascesso anaerobi ( B. fragilis, DRENAGGIO (tests sierologici) Epatico Clostridium spp., CHIRURGICO Fusobacterium spp) streptococchi non SIERO Esame parassitologico emolitici. (ESSUDATO,ASCESSO/ E. histolitica, LIQUIDO CISTI) Echinococcus (cisti) Ricerca anticorpi antiameba e antiechinococco Gli ascessi retroperitoneali E. Coli e altri enterobatt. insorgono a seguito di Ascesso enterococchi, batteri L'emocoltura va pielonefriti, osteomieliti, retro- anaerobi ( B. fragilis, sempre eseguita infezioni di organi peritoneale, Clostridium spp., ed ha buon valore addominali. pancreatico, Fusobacterium spp) diagnostico in L'ascesso pancreatico è Splenico streptococchi non caso di positività. spesso associato ad SANGUE EMOCOLTURA emolitici. infezioni delle vie biliari. L'ascesso splenico è raro e di difficile diagnosi Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* Allegato 01 Pag. 18 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI BATTERICHE DEL SISTEMA NERVOSO CENTRALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO Neonati: Esame citologico: Differenziazione E. Coli, S. agalactiae(gr.B) conteggio totale e delle meningiti Bambini: differenziale dei batteriche dalle H. influenzae, N.meningitidis, leucociti (prevalenza non batteriche. S. pyogenes, S. pneumoniae di granulociti). Adulti: Dosaggio di glucosio INFEZIONE EZIOLOGIA S. pneumoniae,N.meningitidis, MATERIALE LIQUOR CS Diagnosi presuntiva proteine e LDH. OSSERVAZIONI La ricerca di batteri anaerobi è indicata nelle meningiti associate ad infezioni dell'orecchio medio, della mastoide, dei seni paranasali; ad più raram. Gram Negativi, E. microscopico (Gram) S. pyogenes, S.aureus. del citocentrifugato. Positività nell'80% dei casi iniziali non Portatori di shunt: Esame colturale. trattati. craniotomia, a neoplasie del capo e L. monocytogenes, Ricerca degli antigeni La ricerca degli del collo, a traumi Meningiti S. pneumoniae, S.aureus., di S. pneumoniae, antigeni batterici cranici. batteriche streptococchi, corinebatteri, S. agalactiae, Bacillus spp., enterobatteri, H. influenzae, nel liquor ha una discreta sensibilità. P. acnes, flora polimicrobica N.meningitidis. Frequentemente della cute. positiva nelle Pazienti immunodepressi: L. monocytogenes, interventi di meningiti febbrili. SANGUE EMOCOLTURE S. pneumoniae, P.aeruginosa, S. aureus, enterobatteri, streptococchi, C.neoformans. Pazienti sottoposti a traumi cranici o ad interventi di neurochirurgia: S. aureus, enterobatteri, P.aeruginosa, S. epidermidis, streptococchi. Esame citologico: conteggio totale e Meningiti Mycobacterium tubercolosis. LIQUOR batteriche differenziale dei leucociti (prevalenza di mononucleati).Dosaggio di glucosio, a liquor T. pallidum, Leptospire, limpido. B. burgdorferi. SIERO proteine e LDH. Coltura. .Ricerca di anticorpi specifici nel LCS e nel siero. Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* Il liquor si presenta per lo più di aspetto limpido. La localizz. meniongea è spesso solo un aspetto della malattia sistemica. Allegato 01 Pag. 19 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI VIRALI DEL SISTEMA NERVOSO CENTRALE(2) Miceti: Meningiti Criptococcus neoformans da altri Protozoi: agenti eziologici. LIQUOR E. microscopico a fresco La meningo- con inchiostro di china encefalite amebica che evidenzia lapresenza primaria (MAP) di miceti capsulati. SIERO sostenuta da Ricerca degli antigeni Positiva nel 70% T. gondii, Acanthamoeba spp C. neoformans dei casi. La N. fowleri si acquisisce per lo più B. burgdorferi. E. microscopico a fresco determinazione in seguito a (ameba) quantitativa ha balneazione in Ricerca di anticorpi anche valore acque dolci specifici nel LCS prognostico. contenenti i e nel siero. Batteri aerobi:streptococchi MATERIALE E. microscopico (Gram) protozoi. Il prelievo e l'analisi Ascesso non emolitici cavo oro-faring. ASCESSUALE Esame colturale. del liquor sono cerebrale S. aureus, enterobatteri, SIERO Ricerca degli antigeni Haemophilus spp, Nocardia, di Aspergillus sconsigliati per lo scarso val.diagnostico micobatteri. Ricerca di anticorpi dei risultati. Batteri anerobi: Bacteroides, specifici nel LCS e nel siero peptostreptococchi, Miceti, Parassiti LIQUOR Ricerca diretta del OTTIMO genoma virale (PCR) Encefaliti, HSV, VZV, CMV, EBV, BIOPSIA Ricerca diretta del meningo- morbillo, parotite, CEREBRALE genoma virale (PCR) encefaliti rosolia, adeno* coxackie* SIERO Titolazione anticorpi Non in tutti i casi di encefalite il virus è OTTIMO presente nel liquor. SCARSO IgG e ricerca IgM. Neonati e giovani adulti Meningiti LIQUOR Enterovirus* echovirus* Ricerca diretta del OTTIMO genoma virale (PCR) Coxackie* parotite BIOPSIA Ricerca diretta del Pazienti immunodepressi: CEREBRALE genoma virale (PCR) OTTIMO non sono validati SIERO Titolazione anticorpi SCARSO IgG e ricerca IgM. Nullo nei soggetti HSV, VZV, CMV, EBV, HHV6* Adeno, HIV, morbillo immunodepressi. Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* I metodi di indagine sierologica di routine su liquor. Pertanto si rimanda alle ricerche specifiche dell'agente microbiologico batterico o virale. I pazienti affetti presenta Allegato 01 Pag. 20 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI DELL'APPARATO OSTEOARTICOLARE INFEZIONE Osteomielite Artrite infettiva Artropatie EZIOLOGIA Ematogena: S. aureus, S. epidermidis, S. pyogenes (bambini), S. agalactiae (neonati) H. infuenzae (bambini<8aa.) enterobatteri (adulti), anaerobi M. tubercolosis, miceti. Da focolai contigui: S. aureus, S. epidermidis, enterobatteri, P. aeruginosa, batteri anaerobi, flora polimicrobica Da vasculopatie ischemiche: prevalgono le infez. polimicrobiche con presenza di anaerobi Neonato: S. agalactiae S. aureus, N. gonorrhoeae, enterobatteri, candida spp. Bambino: S. aureus, S. pyogenes, H. infuenzae Adulti: S. aureus, N. gonorrhoeae, S. agalactiae enterobatteri ( Salmonella spp.) Brucella spp., M. tubercolosis, P. multocida( in seguito a morsi di animali) B. burgdorferi morbillo, parotite, rosolia, parvovirus B19 MATERIALE INDAGINI SANGUE Emocoltura MATERIALE da: ASPIRAZIONE BIOPSIA, FERITA, DRENAGGIO E. microscopico (Gram) Coltura Ricerca BAAR (auramina-rodamina) Coltura per TB complex Amplificaz. Di sequ. nucleotidiche di TB complex. LIQUIDO ARTICOLARE LIQUIDO ARTICOLARE SANGUE SIERO LIQUIDO DA ARTROCENTESI SIERO Borsite infettiva S. aureus, S. pyogenes, LIQUIDO BORSALE Conteggio totale e differenziale dei leucociti E. microscopico (Gram) Coltura Ricerca antigeni di H. influenzae e S. pneumoniae Ricerca BAAR (auramina-rodamina) Coltura per TB complex Amplificaz. Di sequ. nucleotidiche di TB complex. Emocoltura Ricerca IgM e IgG specifiche. Ricerca diretta degli antigeni virali con immunofluorescenza Titolazione antic. IgG, ricerca IgM. Conteggio totale e differenziale dei leucociti E. microscopico (Gram) Coltura VALORE DIAGNOSTICO Positiva nel 50% delle forme ematogene. L'esame del materiale ottenuto per aspiraz. o biopsia dal focolaio infettivo fornisce le migliori indicaz. diagnostiche.Il mat. proven. da ferite o da drenaggi è spesso contaminato da germi saprofiti. L'esame del OSSERVAZIONI L'esecuzione dell'emoc.è sempre indicata prima dell'inizio della terapia antibiotica. In osteomieliti vertebrali e in tutti i casi cronici in cui si sospetta l'eziologia tubercolare è liquido artic. È utile quando l'artic.è coinvolta nel processo infettivo. consigliata la coltura di biopsie prima di iniziare la terapia antib. G:B.>10.000/mm3 indicativi di infez. Positivo in circa il 65% delle infez. batteriche. Utile nei paz.già tratt. con antib. Fra 15 e 40aa l'eziologia gonococcica è la più frequ. Le infez. delle protesi artic. sono spesso sostenute da SCN. Se vi è il sospetto clinico di infez. tubercolare. DISCRETO I test diretti possono essere negativi. DISCRETO BUONO Vedi artrite infett. L'infezione segue spesso traumi al ginocchio e al gomito. Allegato 01 Pag. 21 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI VIRALI IN PAZIENTE IMMUNOCOMPROMESSO(1) INFEZIONE EZIOLOGIA MATERIALE INDAGINI VALORE DIAGNOSTICO OSSERVAZIONI Infezione CMV Ric. diretta antigeni precoci pp65 OTTIMO Richiedibile in urgenza sistemica Infezione primaria LEUCOCITI SANGUE PERIF. Determinazione DNA virale OTTIMO (associata Riattivazione/ BIOPSIE TESS. (PCR) OTTIMO o meno a reinfezione da siti BAL localizzaz. di latenza SIERO BUONO Titolazione antic. IgG, ricerca IgM SCARSO d'organo) primaria. Sindrome linfoprolif. EBV LINFOCITI SANGUE PERIF. Determinazione DNA virale SIERO OTTIMO (PCR)* linfomi, leucemie, Titolazione anticorpi per EBV Discreto: valutare sarcoma (IgG e IgM anti VCA, EA, titolo anti EA. Kaposi. (EBNA) HHV-6* HHV-7* Aplasia CMV, EBV, HBV midollare HCV, HIV LINFOCITI SANGUE PERIF. SANGUE MIDOLL. Determinazione DNA virale SIERO Marcatori per HBV,HIV, HCV OTTIMO (PCR) OTTIMO Determinazione DNA virale Anemie Parvovirus B19 croniche Polmonite Valido per infezione SANGUE PERIF. SANGUE MIDOLL. (PCR) OTTIMO Titolazione antic. IgG, ricerca IgM BUONO ESCREATO, Ricerca dir.antigeni virali con BUONO: ASP.TRACH. immunofluorescenza. metodiche non BRONCOASP., Determinazione DNA virale disponibili per BAL,BIOPSIA (PCR) tutti gli antigeni CMV, HSV, EBV TRASBRONCH. virali.BUONO su RSV, O POLMONARE LIQUIDO PLEUR. BAL, OTTIMO su adeno, LIQU. PLEURICO, morbillo. BIOPSIA TRASBRONCH. O POLMONARE SIERO Titolazione antic. IgG, ricerca IgM SCARSO in generale, BUONO per RSV Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* Allegato 01 Pag. 22 di 22 Rev. 05 del 01/10/2012 INFEZIONI VIRALI IN PAZIENTE IMMUNOCOMPROMESSO(2) BIOPSIE CMV, HSV, HAV Epatite OTTIMO Marcatori per HAV, HBV, HCV OTTIMO Determinazione DNA virale OTTIMO HCV, HBV adeno SIERO CMV, HSV, EBV BIOPSIE TESS. (PCR) SIERO Titolazione antic. IgG, ricerca IgM SCARSO Determinazione DNA virale OTTIMO Infezioni Tratto Ricerca genoma virale (PCR) EPATICHE gastroEnterico Infezioni HSV, VZV,HHV6* SISTEMA HHV7* CMV, LIQUOR (PCR) NERVOSO EBV, HIV, JCV* SIERO Titolazione antic. IgG, ricerca IgM SCARSO CENTRALE BK Infezioni BK Urinarie Adeno Urine Ricerca DNA virale (PCR) OTTIMO Gli esami asteriscati non vengono eseguiti nel nostro laboratorio* RIFERIMENTI BIBLIOGRAFICI ESSENZIALI - Balows A, Hausler WJ Jr, Herrmann KL, Isenberg HD, Shadomy HJ (eds). Manual of Clinical Microbiology. 5th ed, American Society for Microbiology, Washington, 1991. - Braga A, Goglio A, Marchiaro G, Moro ML (eds). Sorveglianza e controllo delle infezioni ospedaliere. Edizioni Istituto Superiore di Sanità ISS - Associazione Microbiologi Clinici Italiani AMCLI, Biomedia srl, Milano, 1990. - Isemberg HD (ed). Clinical Microbiology Procedures Handbook. 5th ed, American Society for Microbiology, Washington, 1994. - Modalità di prelievo, conservazione ed invio dei campioni per ricerche microbiologiche. Quaderni di Microbiologia Medica. Associazione Microbiologi Clinici Italiani - AMCLI. Biomedia srl, Milano, 1993. - Scelta delle indagini microbiologiche in rapporto alla patologia. Quaderni di Microbiologia Medica. Associazione Microbiologi Clinici Italiani - AMCLI. Biomedia srl, Milano, 1993. - Elementi di diagnostica parassitologica. Quaderni di Microbiologia Medica. Associazione Microbiologi Clinici Italiani - AMCLI. Biomedia srl, Milano, 1993. - Mandell GL, Bennett JE, Dolin R. (eds). Mandell, Douglas and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 4th Edition, Churchill Livingstone, New York, 1995.