Report genetico - Genica – Test Genetici
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BMR Genomics srl Campione xxxx Modulo ID 260 Rev. 1 02/12/16 Report analisi genetica pagina 1 di 4 Il presente documento riporta i risultati ottenuti dall'analisi dell'esoma clinico mediante sequenziamento del DNA di nuova generazione. Dati del richiedente Nome e Cognome Data di nascita Sesso Nazionalità Sospetto clinico Sindrome da QT lungo Clinico di riferimento Tipologia campione DNA genomico estratto da saliva Codice campione Sommario del risultato L'analisi genetica eseguita ha portato all'identificazione di una variante probabilmente patogena in un gene associato al sospetto clinico: KCNQ1: c.1077_1088delGAGGCAGAAGCA, p.Gln359_Lys362del Dati del test Metodica utilizzata Arricchimento del DNA genomico nelle regioni di interesse e successivo sequenziamento massivo in parallelo su piattaforma Illumina. Validazione delle varianti mediante sequenziamento Sanger. Geni indagati PLN, DES, LMNA, MYBPC3, MYH7, TNNT2, TNNI3, TPM1, TNNC1, MYH6, VCL, TAZ, LDB3, SCN5A, PSEN1, PSEN2, SGCD, ACTC1, ABCC9, DMD, ANKRD1, NEXN, CSRP3, TCAP, ACTN2, PRKAG2, MYOZ2, MYL2, MYL3, CACNA2D1, LAMP2, CASQ2, PKP2, DSP, DSG2, DSC2, JUP, TGFB3, CTNNA3, TMEM43, TTN, RYR2, KCNQ1, KCNH2, CAV3, ANK2, KCNE1, KCNE2, KCNJ2, CACNA1C, GPD1L, CACNB2, SCN1B, KCNE3, SCN3B, KCND3 Regioni geniche analizzate Esoni codificanti (+/-25 bp di regioni introniche fiancheggianti) Geni associati al sospetto clinico tra quelli indagati SCN5A, KCNQ1, KCNH2, CAV3, ANK2, KCNE1, KCNE2, KCNJ2, CACNA1C Detection Rate1 Circa 70% (Beckmann et al, 2013). 2 Copertura media sul target Basi con copertura >20X 1 2 3 3 677X 98,00% Per i geni associati al sospetto clinico Numero di volte in cui un nucleotide risulta coperto da una sequenza di buona qualità e allineata sul Genoma Umano di riferimento. La lista delle regioni con copertura inferiore a 20X è disponibile su richiesta. BMR Genomics s.r.l. - Sede legale: via Redipuglia 21/A – 35131, PADOVA, Italia Laboratorio: via Redipuglia 22 - 35131 PADOVA, Italia Tel. 049 0995752 - [email protected] – http://www.bmr-genomics.it/ C.F./P.I/R.I.-PD: 03888370289 REA: PD-345372 Cap. Soc € 80.000,00 i.v. BMR Genomics srl Campione xxxx Modulo ID 260 Rev. 1 02/12/16 Report analisi genetica pagina 2 di 4 Dettagli dei risultati Tabella 1. Varianti in geni associati al sospetto clinico Gene KCNQ1 Posizione genomica chr11:2606477del12 Localizzazione Esonica Esone/introne Ex.8 Nomenclatura HGVS Tipo di Variante dbSNPs ID Genotipo NM_000218: c.1077_1088delGAGGCAGAAGCA; NP_000209: p.Gln359_Lys362del InDelNonFrameshift Eterozigote Frequenza allelica Exome Variant Server - dbSNPs - ExAC Browser - Predizioni in silico SIFT (score) - (-) Polyphen2 (score) - (-) Classificazione Fenotipo associato Bibliografia Probabilmente patogenica Sindrome da QT lungo Crotti et al, 2012 Note Nel presente documento vengono riportate: le varianti di tipo non sinonimo in regioni codificanti e nei siti canonici di splicing di geni associati al sospetto clinico, con una frequenza allelica <1%, riportate in letteratura come patogene, probabilmente patogene, di significato clinico incerto o non descritte in letteratura alla data odierna. i polimorfismi funzionali descritti in letteratura come associati al sospetto clinico. le varianti di tipo non sinonimo in regioni codificanti e nei siti canonici di splicing di geni non associati al sospetto clinico con una frequenza allelica <1%, riportate in letteratura come patogene, probabilmente patogene, di significato clinico incerto o non descritte in letteratura alla data odierna. La lista di tutte le varianti identificate è disponibile su richiesta. Dettaglio delle varianti KCNQ1: c.1077_1088delGAGGCAGAAGCA, p.Gln359_Lys362del Si tratta di una delezione di 12 nucleotidi in eterozigosi (c.1077_1088delGAGGCAGAAGCA) identificata nell’esone 8 del gene KCNQ1, che codifica per la subunità del canale del potassio voltaggio-dipendente KVLQT1 ed è coinvolto nella sindrome del QT lungo (forma LQT1). Tale delezione comporta la perdita di 4 aminoacidi che occupano la posizione 359, 360, 361 e 362 della sequenza proteica. Alla data odierna questa delezione non è riportata nelle banche dati di frequenza ExAc Browser, dbSNP e Exome variant server, mentre è stata precedentemente riportata in letteratura (descritta come 1075_1086del, 359-362delQRQK) in un paziente affetto da sindrome del QT lungo (Crotti et al., 2012) Sulla base dei dati disponibili, attualmente la delezione identificata è da considerarsi una mutazione molto probabilmente associata al fenotipo patologico. BMR Genomics s.r.l. - Sede legale: via Redipuglia 21/A – 35131, PADOVA, Italia Laboratorio: via Redipuglia 22 - 35131 PADOVA, Italia Tel. 049 0995752 - [email protected] – http://www.bmr-genomics.it/ C.F./P.I/R.I.-PD: 03888370289 REA: PD-345372 Cap. Soc € 80.000,00 i.v. BMR Genomics srl Campione xxxx Modulo ID 260 Rev. 1 02/12/16 Report analisi genetica pagina 3 di 4 Considerazioni • Lo screening genetico dei familiari permette di identificare eventuali soggetti a rischio di sviluppare la malattia. Inoltre, l'analisi genetica dei membri della famiglia permette di valutare la co-segregazione delle varianti identificate con il fenotipo. • E' importante considerare le informazioni genetiche nel contesto dei dati clinici del paziente. Si suggerisce di sottoporre al proprio medico di riferimento i risultati di questa analisi. • La classificazione delle varianti identificate potrebbe cambiare nel tempo in seguito a nuove conoscenze. • L'identificazione di una o più varianti nei geni indagati non esclude la presenza di altre mutazioni in geni malattia non ancora identificati o in regioni genomiche non incluse nell'analisi (come regioni introniche e regolatrici). Limiti del test • Il metodo utilizzato per l'analisi non permette di individuare i riarrangiamenti strutturali del DNA, così come delezioni o inserzioni di grandi dimensioni. • La tecnologia utilizzata non permette di identificare variazioni di singolo nucleotide e piccole inserzioni/delezioni nelle regioni genomiche non adeguatamente coperte (copertura <20X) e/o non correttamente allineate. La lista di tali regioni è disponibile su richiesta. Bibliografia • Beckmann BM, Wilde AAM and Kääb S. Clinical utility gene card for: Long-QT Syndrome (types 1– 13). European Journal of Human Genetics 2013, 21. • Crotti L, Spazzolini C, Porretta AP, Dagradi F, Taravelli E, Petracci B, Vicentini A, Pedrazzini M, La Rovere MT, Vanoli E, Goosen A, Heradien M, Brink PA, George Jr AL, Schwartz PJ. Vagal reflexes following an exercise stress test: a simple clinical tool for gene-specific risk stratification in the long QT syndrome. J Am Coll Cardiol, 2012, 60(24): 2515–2524. BMR Genomics s.r.l. - Sede legale: via Redipuglia 21/A – 35131, PADOVA, Italia Laboratorio: via Redipuglia 22 - 35131 PADOVA, Italia Tel. 049 0995752 - [email protected] – http://www.bmr-genomics.it/ C.F./P.I/R.I.-PD: 03888370289 REA: PD-345372 Cap. Soc € 80.000,00 i.v. BMR Genomics srl Campione xxxx Modulo ID 260 Rev. 1 02/12/16 Report analisi genetica pagina 4 di 4 Appendice Protocollo generale Estrazione e Purificazione del DNA genomico da sangue intero. Preparazione di una libreria di DNA genomico arricchito nelle regioni di interesse. Sequenziamento paired-end delle regioni genomiche selezionate su piattaforma Illumina e analisi della qualità della corsa. Analisi Bioinformatica. Annotazione delle varianti utilizzando il software proprietario SNP-shot. Analisi dei dati. Validazione mediante tecnologia Sanger (ABI 3730XL) delle varianti riportate nel presente documento. Database Per la valutazione delle varianti sono stati consultati i seguenti Database: HGMD professional (2016.3): http://www.biobase-international.com/product/hgmd LOVD ARVD, Leiden University Medical Center: (http://grenada.lumc.nl/LOVD2/ARVC/home.php) LOVD Leiden Muscular Dystrophy (LMD), Leiden University Medical Center: (http://www.dmd.nl/nmdb2/home.php) LOVD ZJU-CGGM, Zhejiang University Center for Genetic and Genomic Medicine: http://www.genomed.org/lovd2/home.php LOVD Mendelian Genes: https://grenada.lumc.nl/LOVD2/mendelian_genes/ ARVD/C Genetic Variants Database, University Medical Center Groningen: http://www.arvcdatabase.info/ ClinVar: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/ Common dbSNPs (build 144): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ Exome Variant Server (EVS): http://evs.gs.washington.edu/EVS/ Exome Aggregation Consortium Browser (ExAC): http://exac.broadinstitute.org/ Nota: Il contenuto del rapporto di analisi non può essere riprodotto senza l'autorizzazione scritta di BMR Genomics. Referente Genetista Rappresentante Legale BMR Genomics BMR Genomics s.r.l. - Sede legale: via Redipuglia 21/A – 35131, PADOVA, Italia Laboratorio: via Redipuglia 22 - 35131 PADOVA, Italia Tel. 049 0995752 - [email protected] – http://www.bmr-genomics.it/ C.F./P.I/R.I.-PD: 03888370289 REA: PD-345372 Cap. Soc € 80.000,00 i.v.
