BMR Genomics srl
Campione xxxx
Modulo ID 260 Rev. 1
02/12/16
Report analisi genetica
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Il presente documento riporta i risultati ottenuti dall'analisi dell'esoma clinico mediante
sequenziamento del DNA di nuova generazione.
Dati del richiedente
Nome e Cognome
Data di nascita
Sesso
Nazionalità
Sospetto clinico
Sindrome da QT lungo
Clinico di riferimento
Tipologia campione
DNA genomico estratto da saliva
Codice campione
Sommario del risultato
L'analisi genetica eseguita ha portato all'identificazione di una variante probabilmente patogena in un
gene associato al sospetto clinico:
KCNQ1: c.1077_1088delGAGGCAGAAGCA, p.Gln359_Lys362del
Dati del test
Metodica utilizzata
Arricchimento del DNA genomico nelle regioni di interesse e successivo
sequenziamento massivo in parallelo su piattaforma Illumina. Validazione delle
varianti mediante sequenziamento Sanger.
Geni indagati
PLN, DES, LMNA, MYBPC3, MYH7, TNNT2, TNNI3, TPM1, TNNC1, MYH6, VCL,
TAZ, LDB3, SCN5A, PSEN1, PSEN2, SGCD, ACTC1, ABCC9, DMD, ANKRD1,
NEXN, CSRP3, TCAP, ACTN2, PRKAG2, MYOZ2, MYL2, MYL3, CACNA2D1,
LAMP2, CASQ2, PKP2, DSP, DSG2, DSC2, JUP, TGFB3, CTNNA3, TMEM43,
TTN, RYR2, KCNQ1, KCNH2, CAV3, ANK2, KCNE1, KCNE2, KCNJ2, CACNA1C,
GPD1L, CACNB2, SCN1B, KCNE3, SCN3B, KCND3
Regioni geniche analizzate
Esoni codificanti (+/-25 bp di regioni introniche fiancheggianti)
Geni associati al sospetto
clinico tra quelli indagati
SCN5A, KCNQ1, KCNH2, CAV3, ANK2, KCNE1, KCNE2, KCNJ2, CACNA1C
Detection Rate1
Circa 70% (Beckmann et al, 2013).
2
Copertura media sul target
Basi con copertura >20X
1
2
3
3
677X
98,00%
Per i geni associati al sospetto clinico
Numero di volte in cui un nucleotide risulta coperto da una sequenza di buona qualità e allineata sul Genoma Umano di riferimento.
La lista delle regioni con copertura inferiore a 20X è disponibile su richiesta.
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Laboratorio: via Redipuglia 22 - 35131 PADOVA, Italia
Tel. 049 0995752 - [email protected] – http://www.bmr-genomics.it/
C.F./P.I/R.I.-PD: 03888370289 REA: PD-345372 Cap. Soc € 80.000,00 i.v.
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Dettagli dei risultati
Tabella 1. Varianti in geni associati al sospetto clinico
Gene
KCNQ1
Posizione genomica
chr11:2606477del12
Localizzazione
Esonica
Esone/introne
Ex.8
Nomenclatura HGVS
Tipo di Variante
dbSNPs ID
Genotipo
NM_000218: c.1077_1088delGAGGCAGAAGCA;
NP_000209: p.Gln359_Lys362del
InDelNonFrameshift
Eterozigote
Frequenza allelica
Exome Variant Server
-
dbSNPs
-
ExAC Browser
-
Predizioni in silico
SIFT (score)
- (-)
Polyphen2 (score)
- (-)
Classificazione
Fenotipo associato
Bibliografia
Probabilmente patogenica
Sindrome da QT lungo
Crotti et al, 2012
Note
Nel presente documento vengono riportate:
le varianti di tipo non sinonimo in regioni codificanti e nei siti canonici di splicing di geni associati al sospetto clinico,
con una frequenza allelica <1%, riportate in letteratura come patogene, probabilmente patogene, di significato
clinico incerto o non descritte in letteratura alla data odierna.
i polimorfismi funzionali descritti in letteratura come associati al sospetto clinico.
le varianti di tipo non sinonimo in regioni codificanti e nei siti canonici di splicing di geni non associati al sospetto
clinico con una frequenza allelica <1%, riportate in letteratura come patogene, probabilmente patogene, di
significato clinico incerto o non descritte in letteratura alla data odierna.
La lista di tutte le varianti identificate è disponibile su richiesta.
Dettaglio delle varianti
KCNQ1: c.1077_1088delGAGGCAGAAGCA, p.Gln359_Lys362del
Si tratta di una delezione di 12 nucleotidi in eterozigosi (c.1077_1088delGAGGCAGAAGCA) identificata
nell’esone 8 del gene KCNQ1, che codifica per la subunità del canale del potassio voltaggio-dipendente
KVLQT1 ed è coinvolto nella sindrome del QT lungo (forma LQT1). Tale delezione comporta la perdita di 4
aminoacidi che occupano la posizione 359, 360, 361 e 362 della sequenza proteica.
Alla data odierna questa delezione non è riportata nelle banche dati di frequenza ExAc Browser, dbSNP e
Exome variant server, mentre è stata precedentemente riportata in letteratura (descritta come
1075_1086del, 359-362delQRQK) in un paziente affetto da sindrome del QT lungo (Crotti et al., 2012)
Sulla base dei dati disponibili, attualmente la delezione identificata è da considerarsi una mutazione molto
probabilmente associata al fenotipo patologico.
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Considerazioni
•
Lo screening genetico dei familiari permette di identificare eventuali soggetti a rischio di sviluppare la
malattia. Inoltre, l'analisi genetica dei membri della famiglia permette di valutare la co-segregazione
delle varianti identificate con il fenotipo.
•
E' importante considerare le informazioni genetiche nel contesto dei dati clinici del paziente. Si
suggerisce di sottoporre al proprio medico di riferimento i risultati di questa analisi.
•
La classificazione delle varianti identificate potrebbe cambiare nel tempo in seguito a nuove
conoscenze.
•
L'identificazione di una o più varianti nei geni indagati non esclude la presenza di altre mutazioni in
geni malattia non ancora identificati o in regioni genomiche non incluse nell'analisi (come regioni
introniche e regolatrici).
Limiti del test
•
Il metodo utilizzato per l'analisi non permette di individuare i riarrangiamenti strutturali del DNA, così
come delezioni o inserzioni di grandi dimensioni.
•
La tecnologia utilizzata non permette di identificare variazioni di singolo nucleotide e piccole
inserzioni/delezioni nelle regioni genomiche non adeguatamente coperte (copertura <20X) e/o non
correttamente allineate. La lista di tali regioni è disponibile su richiesta.
Bibliografia
•
Beckmann BM, Wilde AAM and Kääb S. Clinical utility gene card for: Long-QT Syndrome (types 1–
13). European Journal of Human Genetics 2013, 21.
•
Crotti L, Spazzolini C, Porretta AP, Dagradi F, Taravelli E, Petracci B, Vicentini A, Pedrazzini M, La
Rovere MT, Vanoli E, Goosen A, Heradien M, Brink PA, George Jr AL, Schwartz PJ. Vagal reflexes
following an exercise stress test: a simple clinical tool for gene-specific risk stratification in the long
QT syndrome. J Am Coll Cardiol, 2012, 60(24): 2515–2524.
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Appendice
Protocollo generale
Estrazione e Purificazione del DNA genomico da sangue intero.
Preparazione di una libreria di DNA genomico arricchito nelle regioni di interesse.
Sequenziamento paired-end delle regioni genomiche selezionate su piattaforma Illumina e analisi della qualità
della corsa.
Analisi Bioinformatica.
Annotazione delle varianti utilizzando il software proprietario SNP-shot.
Analisi dei dati.
Validazione mediante tecnologia Sanger (ABI 3730XL) delle varianti riportate nel presente documento.
Database
Per la valutazione delle varianti sono stati consultati i seguenti Database:
HGMD professional (2016.3): http://www.biobase-international.com/product/hgmd
LOVD ARVD, Leiden University Medical Center: (http://grenada.lumc.nl/LOVD2/ARVC/home.php)
LOVD Leiden Muscular Dystrophy (LMD), Leiden University Medical Center:
(http://www.dmd.nl/nmdb2/home.php)
LOVD ZJU-CGGM, Zhejiang University Center for Genetic and Genomic Medicine:
http://www.genomed.org/lovd2/home.php
LOVD Mendelian Genes: https://grenada.lumc.nl/LOVD2/mendelian_genes/
ARVD/C Genetic Variants Database, University Medical Center Groningen: http://www.arvcdatabase.info/
ClinVar: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
Common dbSNPs (build 144): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
Exome Variant Server (EVS): http://evs.gs.washington.edu/EVS/
Exome Aggregation Consortium Browser (ExAC): http://exac.broadinstitute.org/
Nota:
Il contenuto del rapporto di analisi non può essere riprodotto senza l'autorizzazione scritta di BMR Genomics.
Referente Genetista
Rappresentante Legale BMR Genomics
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