Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia Insegnamento: Biochimica I Anno accademico 2010-2011 Test di autovalutazione 14-09-2011 1-la produzione di tropocollagene richiede la disponibilita’ di una vitamina che supporta l’attivita’ di un enzima necessario alla modificazione post-trascrizionale della proteina. L’enzima e’ dotato di attivita’: a-proteolitica b-deidrogenasica c-ossidasica d-decarbossilasica 2-La struttura a beta foglietto viene stabilizzata da: a-interazioni di van der Waals tra le catene laterali degli amminoacidi b-legami ad idrogeno tra i gruppi CO e NH di amminoacidi di catene appaiate c-interazioni di tipo elettrostatico tra le catene laterali di amminoacidi contigui d-ponti disolfuro 3-Le proteine oligomere a-sono necessariamente dotate di struttura quaternaria b-Sono tutte dotate di attivita’ enzimatica c-hanno tutte struttura globulare d-vengono assemblate in ambiente extracellulare. 4-Una proteina regolata covalentemente a-e’ substrato di un enzima b-modifica la sua attivita’ in modo progressivo e modulare c-lega covalentemente il suo ligando d-catalizza reazioni di formazione o rottura di legami covalenti 5-In un sistema biologico costituito da un enzima e dal suo substrato (concentrazione costante di enzima e variabile di substrato) viene aggiunto un composto ad attivita’ incognita. Si osserva un aumento della Km. La diagnosi e’: a-la molecola si comporta da inibitore di tipo non competitivo b- la molecola si comporta da attivatore dell’enzima c-la molecola si comporta da inibitore di tipo competitivo d-Si tratta di un evidente artefatto dovuto ad errore sperimentale 6-Per conoscere le caratteristiche di un enzima l’approccio cinetico e’ molto informativo e di facile applicazione. Esso consiste in: a-purificazione dell’enzima e valutazione delle condizioni ottimali di reazione b- Studio del tipo di reazione che l’enzima catalizza e del suo meccanismo c-Misure della velocita’ di reazione in presenza di diverse concentrazioni di substato d-Misura della quantita’ di prodotto che l’enzima e’ in grado di formare quando sono presenti grandi quantita’ di substrato 7-Le membrane biologiche sono formate da un doppio strato lipidico, costituito per lo piu’ da glicerofosfolipidi, diversi tra loro per la natura chimica della cosi’ detta testa. Quali molecole possono andare a costituire la testa dei glicerofosfolipidi? a-……colina………………. b-……serina……………. c-……etanolammina… d-……glicerolo…………… e-……inositolo…………… f-……fosfatidilglicerolo…………… 8-Attribuire alle seguenti strutture il nome corretto: cisteina aspartato lisina triptofano 10-Il fenomeno di cooperativita’ positiva a-e’ tipico di enzimi che subiscono attivazione da molecole diverse dal substrato b-si manifesta solo se la proteina ha piu’ di un sito di legame per diversi ligandi c-puo’ essere quantificato e descritto dal coefficiente di Hill che puo’ assumere valori compresi tra 0 e n, dove n e’ il numero dei siti d-si osserva tra proteine che interagiscono nei processi di segnalazione cellulare. 11-Il ruolo del 2,3BPG e’ quello di: a-liberare calcio dai siti di accumulo intracellulari b-diminuire l’affinita’ dell’emoglobina per l’ossigeno c-aumentare la quantita’ di ossigeno che puo’essere legata a livello polmonare d-promuovere il legame di prooni a emoglobina 12-quando emoglobina si trova in presenza di ossigeno e monossido di carbonio in eguale concentrazione: a-i due gas si legano ad emoglobina in eguale quantita’ b-emoglobina puo’ legare solo ossigeno c-emoglobina ha maggiore affinita’ per il monossido di carbonio, che quindi viene legato in modo preferenziale. d- i due gas reagiscono tra loro, formano biossido di carbonio che si lega ad emoglobina in un sito diverso da quello dell’ossigeno. 13-La proteina mioglobina ha elevatissima affinita’ per l’ossigeno: questa sua proprieta’ e’ essenziale: a-per evitare i fenomeni di danno ossidativo ai tessuti b-per consentire ai tessuti caratterizzati da attivo metabolismo ossidativo di recuperare rapidamente l’ossigeno dai globuli rossi c-per permettere alle cellule di crearsi una riserva di ossigeno da usare al momento del bisogno d-per trasportare ossigeno tra cellule di diversi tessuti. 14-Le cellule sono dei minuscoli reattori nei quali avvengono migliaia di reazioni chimiche nello stesso momento. Qual’e’ il ruolo degli enzimi? Individua la risposta sbagliata: a-Modificare il percorso della reazione generando intermedi a piu’ basso contenuto energetico b-Accelerare le reazioni mediante una modificazione dello stato di equilibrio chimico della reazione c-Legare il o i reagenti generando effetti prossimita’ e orientamento d-ridurre lo stato entropico dei reagenti 15-gli enzimi che appartengono alla classe delle ossido reduttasi possono utilizzare come cofattore il NAD+. a-Qual’e’ la sua struttura? cfr testo di Biochimica b-In che forma vengono trasportati gli equivalenti riducenti? ioni H+ c-dove vengono legati? cfr testo di Biochimica d-da che vitamina origina il NAD+? vitamina B3 (niacina) 16-la vitamina K svolge un ruolo essenziale nel processo della coagulazione. Il suo meccanismo consiste: a-nella partecipazione alla cascata della coagulazione con il ruolo di attivatore di trombina b-nella prevenzione dell’ossidazione delle membrane fosfolipidi che che supportano l’attivazione dei fattori della coagulazione c-nella partecipazione alla reazione di gamma-carbossilazione dei fattori della coagulazione in sede epatica d-nel partecipare con ruolo di coenzima all’attivazione del fattor X in fattor Xa da parte del fattor IXa. 17-La struttura terziaria di una proteina descrive la forma nello spazio di una proteina monometrica. Quali interventi possono provocarne la denaturazione, possibilmente reversibile? Individua la risposta sbagliata. a-modificazione del pH b-innalzamento della temperatura c-abbassamento della temperatura d-uso di agenti riducenti 18-Le immunoglobuline di tipo G sono formate da: a-4 catene polipeptidiche b-2 catene polipeptidiche ciascuna IgG puo’ legare c-2 deteminanti antigenici d-4 determinanti antigenici 19-Individuare quale fattore, tra i seguenti, non influenza l’affinita’ dell’emoglobina per l’ossigeno a-temperatura b-pH c-anidride carbonica (CO2) d-cationi bivalenti 20-Il processo di assemblaggio sovra molecolare delle seguenti strutture e’ spontaneo. Individua la risposta sbagliata a-microfibrille collagene b-F-actina c-fibrina d-proteoglicani 21-La fosforilazione e’ per molte proteine, un evento regolatorio. In quale range ci attendiamo vada a cadere la variazione della attivita’ della proteina una volta fosforilata? a-10-30% b-50-60% c-100% d-30-60% 22-I glicolipidi sono un’importante componente delle membrane biologiche, essi infatti possono svolgere tutte le funzioni sotto riportate tranne una: a-recettoriale b-determinanti antigenici c-sito di ancoraggio per proteine associate alla membrana d-substrati per l’attivita’di chinasi coinvolti nella segnalazione cellulare 23-Nei ripiegamenti tra diversi domini strutturali/funzionali di una proteina (beta-turn) e’ sempre presente l’amminoacido a-serina b-prolina c-arginina d-lisina 24-Le proteasi a serina si avvalgono di una triade catalitica altamente conservata costituita dagli amminoacidi: a-Ser-Hys-Asp b-Gln-lys-Gly c-Asp-Gly-Treo d-Glu-Lys-Phe 25-Il legame peptidico e’ un legame molto forte perche’: a-e’ cooperativo b-e’ stabilizzato da legami idrogeno c-ha parziale carattere di doppio legame d-non e’ piu’ forte di tutti gli altri legami covalenti 26-La vitamina B12 contiene un atomo di metallo. Si tratta di: a-Fe b-Mg c-Co d-Cu 27-Quale variazione e’ attesa nei parametri cinetici fondamentali di un enzima regolatore in presenza di un inibitore competitivo? a-diminuzione di Vm b-dimiuzione di Km e di Vm c-Aumento di Km d-Aumento di Km e diminuzione di Vm 28-La protrombina, detta anche fattore II della coagulazione, viene attivata ad una velocita’ compatibile con l’arresto del flusso ematico grazie alla disponibilita’ : a-superfici fosfolipidiche cariche negativamente, Fattor IXa, Fattore VIII b- superfici fosfolipidiche cariche negativamente, Fattor IXa, Fattore V, ioni calcio c-vitamina K, fattor VII, superfici fosfolipidi che d-trombina, fattor V, ioni calcio 29-l’emoglobina fetale lega ossigeno con affinita’ maggiore rispetto a emoglobina adulta perche’: a-e’ formata da due catene globiniche invece di 4 b- contiene solo catene alfa c-e’ formata da catene alfa e gamma, incapaci di legare 2.3 BPG d-e’ formata da 4 gamma, quindi ha diversa struttura, piu’ affine all’ossigeno 30-La regolazione di una proteina allosterica e’ mediata da: a-modificazioni conformazionali della proteina stessa, provocate dal legame con l’effettore. b-modificazioni covalenti della proteina c-eventi di fosforilazione d-eventi di adenilazione 31- L’attivazione della fosfolipasi C a-comporta idrolisi di fosfatidilinositolo b-viene innescata da meccanismi che non richiedono consumo di energia c-e’ causata da interazione con una proteina G di tipo i d- causa produzione di IP3 e DAG 32-I canali per il calcio del reticolo endoplasmatico: a-sono canali voltaggio dipendenti b-vengono aperti con meccanismo cAMP-dipendente c-sono formati da quattro subunita’ d-vengono inattivati per fosforilazione 33-I domini SH2, presenti in molte proteine di segnalazione , permettono alla proteina di interagire con: a-sequenze proteiche ricche in cisteina b-sequenze proteiche ricche in prolina c-altre proteine contenenti lo stesso elemento strutturale d-proteine fosforilate in tirosina 34-Le variazioni della concentrazione di calcio intracellulare nella cellula stimolata con opportuna molecola segnale sono dell’ ordine di: a- 2-3 volte b- 5-10 volte c- 100 volte d- 1000 volte 35-I livelli di calcio intracellulare, innalzati in seguito a stimolazione, vengono riportati ai livelli basali principalmente grazie a: a-attivazione delle pompe Na/K ATPasi b-chiusura dei canali del calcio IP3-dipendenti c-attivazione delle pompe Ca2+ ATPasi d-legame del calcio a calmodulina 36- I domini proteici calcio leganti a-vengono definiti domini EF ed hanno struttura ad alfa elica b-sono caratterizzati da struttura globulare e ricchezza di amminoacidi acidi c-sono omologhi ai beta turn d-Sono caratteristici delle proteine leganti il DNA 37-La protein Kinasi C viene attivata dalla seguente combinazione di fattori: a-interazione con TRKR attivato tramite sequenza SH2 e fosforilazione in tirosina b-taglio proteolitico calcio dipendente e legame con il Ca c- interazione con ioni Ca e con il DAG d-interazione con il Ca e con PIP3 38-La proliferazione cellulare dipendente da attivazione di PKC e’ mediata da: a-attivazione della via delle MAP chinasi e di NF-kB b-attivazione di Sos c-attivazione di PI3K d-nessuno dei meccanismi sopra riportati e’ corretto 39-Le radiazioni luminose, colpendo i bastoncelli nella retina, provocano il seguente fenomeno: a-apertura dei canali Na/Ca con aumento della concentrazione intracellulare di calcio b-depolarizzazione della membrana del bastoncello c-aumento della concentrazione di cGMP d-chiusura dei canali ionici cGMP-dipendenti causata da diminuzione della concetrazione di cGMP 40-Un meccanismo di segnalazione paracrina e’ caratterizzato da: a-piccolo raggio d’azione b-attivazione di risposte carattere sistemico c-produzione di molecole segnale che si auto inattivano in tempi rapidi d-attivazione del ciclo cellulare nelle cellule target 41-Le proteine di segnalazione possono essere agganciate alla membrana grazie a modificazioni di tipo covalente che le rendono in grado di interagire tra loro con maggiore efficienza. Tali modificazioni possono consistere in a-eventi di fosforilazione in tirosina b- interazione con lipidi modificati da PLC e PI3K tramite sequenze PH c-fosforilazioni in serina e/o treonina d-palmitoilazione di un SH cisteinico 42-L’enzima adenilato ciclasi gode di tutte le proprieta’sottoriportate tranne una: a-viene attivata da Gs b-e’ una proteina dimerica integrale di membrana c-consuma ATP d-diviene attiva dopo essere stata fosforilata in serina 43-Le subunita’ βγ di una proteina G trimerica svolgono tutte le funzioni sotto riportate tranne una: a-controllano l’interazione della proteina G con il recettore b- attivano canali per il potassio c-attivano isoforme di PLC d-attivano canali per il calcio 44-Il meccanismo di attivazione di PKA da parte di cAMP prevede: a-il legame di cAMP alle 4 subunita’ catalitiche che divengono cosi’ attive b-il legame di due molecole di cAMP alle subunita’ regolatorie di PKA, dissociazione dalle 2 subunita’ catalitiche con conseguente loro attivazione c-legame covalente di cAMP a PKA che diviene adenilata ed attiva d-cAMP non attiva PKA ma PKC 45-La rodopsina e’ una molecola integrale di membrana contenente un gruppo prostetico derivato dalla vitamina: a-B2 b-E c-A d-acido ascorbico 46-Il meccanismo di inattivazione della rodopsina prevede: a-fosforilazione da parte di rodopsina chinasi e legame con arrestina b-internalizzazione del recettore e demolizione in vescicole fuse con lisosomi c-inattivazione da parte di βγ d-legame con transducina e ubiquitinazione 47-La segnalazione innescata dai recettori olfattivi e’ mediata da: a-attivazione di PKC che fosforila canali ionici provocandone l’apertura b-aumento di cAMP che attiva canali cAMP-dipendenti provocando un potenziale del recettore c-attivazione di PLC con aumento di calcio citosolico e quindi aumento del potenziale di membrana d-modificazioni nell’assetto del doppio strato lipidico nella regione dei lipid rafts. 48-Il recettore per il fattore di crescita PDGF , ingaggiato dal ligando, attiva fosfolipasi C-γ mediante: a-fosforilazione in tirosina b-interazione dell’enzima fosfolipasi C-γγ con specifica fosfotirosina recettoriale c-fosforilazione di fosfatidilinositolo di membrana, substrato di PLC-γ d-il recettore PDGF non attiva PLC-γ 49−La proteina Ras viene attivata da numerosi fattori di crescita. Quali fattori sono richiesti per la sua attivazione? a-PI3K e PDK1 b-Grb2 e Ras-GEF c-GTP Grb-2 e Ras-GEF d-ATP Grb2 e Ras-GEF 50-Ras attiva diversi effettori dotati di attivita’ enzimatica, inducendo nella cellula segnali di sopravvivenza e proliferazione. Quale evento molecolare viene utilizzato da Ras per attivare i suoi effettori? a-reclutamento e cambio conformazionale dell’effettore b-fosforilazione in tirosina c-fosforilazione in serina d-rimozione degli inibitori 51-La via delle MAP chinasi viene accelerata e resa specifica grazie a: a-associazione alla membrana plasmatica b-associazione alla membrana del reticolo c-associazione a proteine impalcatura d-disponibilita’ di ioni calcio 52-la PI3K genera fosfolipidi fosforilati, attivatori di ser-treo-chinasi. Scrivere la reazione catalizzata da questo enzima (con le formule di struttura). 53-La via di segnalazione PI3K-dipendente prevede il reclutamento in membrana di due proteine serina chinasi legate tra loro dalla seguente relazione: a-PKC , reclutata in membrana, fosforila CAMK b-Il prodotto dell’attivita’ catalitica di PI3K recluta in membrana NOS che attiva PKG c- si verifica reclutamento di PLC che viene attivata da PDK d-PKB viene reclutata in membrana, e’ attiva parzialmente: viene attivata per fosforilazione da PDK1 ,anch’essa reclutata in membrana. 54-La tirosina chinasi Src e’ una chinasi di massa molecolare 60 kD. Quale tra le seguenti affermazioni e’ sbagliata: a-Src e’ una chinasi citosolica. b-Src contiene domini SH2 , SH3 e tirosina chinasico c-Src inattiva non presenta alcuna tirosina fosforilata d-la proteina si attiva per autofoforilazione promossa da cambio conformazionale innescato da interaione di SH2 con fosfotirosine recettoriali 55-L’inattivazione dei recettori TRK e’ mediata da: a-fosforilazione del sito di legame per il ligando b-interazione con Cbl che innesca l’ubiquitinazione del recettore internalizzato c-inibizione del sito chinasico da parte di proteine scaffold inibitorie d-l’attivita’ chinasica perde progressivamente di efficienza:si legano alle P-tyr proteine inibitorie che bloccano la segnalazione. 56-eritropoietina e’ un citochina specifica per il differenziamento delle cellule staminali ematopoietiche in direzione eritrocitaria. La via di segnalazione accesa da questa citochina coinvolge: a-recettori di tipo TRK b-recettori a sette eliche c--produzione di NO d-reclutamento della chinasi citosolica JAK su TPO-R e fosforilazione della proteina STAT 57- Il recettore per TGF-β a-e’ un recettore nucleare b-e’ un recettore dotato di attivita’ serina-treonina chinasica c-e’ un recettore canale che attiva la cellula modificando la concentrazione del calcio intracellulare d-attivato, forma un omodimero che si attiva per transautofosforilazione 58-il cGMP viene prodotto da guanilato ciclasi, che, nella forma solubile, e’ a sua volta attivata da: a-NO b-proteina G trimerica c-aumento di calcio ioni d-reclutamento in membrana dopo formazione di PIP3 59-I recettori intracellulari sono dedicati al riconoscimento di segnali costituiti da molecole : a-molto abbondanti nell’organismo b-in grado di attraversare la membrana plasmatica c-che funzionano esclusivamente attraverso modificazioni del livello di espressione di geni target d-che potrebbero indurre nella cellula una risposta di tipo citotossico 60-le proteine adesive offrono alle cellule siti di attacco venendo riconosciute da una numerosa famiglia di recettori complessivamente definiti: a-glicocalice b-siti di adesione focale c-integrine d-citoadesine.