Definizioni di probabilita’. Tavole 2x2: eventi indipendenti, eventi
associati. Probabilita’ condizionata, formula di Bayes. Prevalenza e
incidenza di una malattia. Sensibilita’, specificita’, valori predittivi di
test diagnostici. Le curve ROC.
Il dataset
Ancora in riferimento al dataset tooth [1] nel quale l’attenzione è caduta sul possibile ruolo
svolto dalla Interleuchina-1 beta (IL-1β), una citochina che risulta essere un mediatore
della risposta infiammatoria, in un campione di 69 pazienti di cui consideriamo il genere
(gender), il fumo (smoke, per semplicità categorizzato in due livelli, low ed high) e la
risposta infiammatoria, intesa come una areainfl misurata geometricamente per mezzo
di un’immagine digitale.
Analisi statistica
Importate il dataset utilizzando i comandi che trovate sulla pagina web del corso, e
considerate le seguenti istanze:
• I caratteri gender e smoke vi sembrano associati oppure indipendenti?
• Create un grafico che visualizzi la tabella gender e smoke
• Quale è la prevalenza del livello ’alto’ di smoke in questo campione?
• All’interno del gruppo dei maschi, quale è la prevalenza del livello ’alto’ di smoke
in questo campione (probabilità condizionata)?
• dopo aver attivato la library(ROCR), usate questi comandi per provare a dedurre
se avere una ’grande’ area infiammatoria implica il fatto di essere un ’forte’ fumatore:
predizione <- prediction( areainfl, smoke )
risultato <- performance( predizione , "sens", "spec")
plot( risultato , colorize=TRUE , main = "smoke vs. area")
• Copiate ed incollate la funzione migliorecutoff che trovate in questa sezione.
Quale è la sensibilità e la specificità in termini percentuali di areainfl come predittore di smoke ?
Consegna degli elaborati
Inviate le vostre considerazioni e le vostre analisi statistiche in un documanto .pdf via mail
all’indirizzo:
1
[email protected]
indicando nell’oggetto la dicitura: arancione 2.
References
[1] De Iudicibus S., Stocco G., Castronovo G., Pico C., Racano R., Borelli M., Bevilacqua
L., Di Lenarda R., Bartoli F., Decorti G. (2013). Effect of periodontal therapy on the course
of cyclosporin-induced gingival overgrowth: role of ABCB1 and PAI-1 gene polymorphisms.
Quintessence Int., 44(3), 249-260.
[2] R Development Core Team (2009). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria.
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