METALLOPROTEINE COME CATALIZZATORI BIOLOGICI Alla realizzazione di questo progetto concorreranno cinque Unità Operative, in cui sono localizzati i gruppi di ricerca con competenze specifiche e complementari, in particolare: Unità Operativa dell’Università di Roma Tor Vergata, Unità Operativa dell’Università di Pavia, Unità Operativa dell’Università di Firenze, Unità Operativa dell’Università di Napoli “Federico II”, Unità Operativa dell’Università di Roma “La Sapienza”. Unità Operativa dell’Università di Roma Tor Vergata L’Unità Operativa dell’Università di Roma Tor Vergata intende svolgere il suo progetto sulle seguenti direttrici: - Perossidasi di origine vegetale ed animale - Folding/unfolding di emoproteine - Metalloproteinasi e metallopeptidasi Perossidasi di origine vegetale ed animale L’indagine intende focalizzarsi sull’espressione della forma ricombinante dell’eosinofilo perossidasi (EPO) umana sia nella forma “wild type” che di mutanti sito-specifici. Tale proteina è di estrema importanza funzionale, in quanto svolge un ruolo di antibatterico durante i processi infiammatori, ossidando dei substrati naturali molto comuni, quali cloruri (producendo ipocloriti), bromuri (producendo ipobromiti) e tiocianati (producendo ipotiocianiti) (1). Inoltre, essa sembra essere coinvolta, tramiti questi prodotti, nell’attivazione di enzimi della matrice extracellulare, che oltre a processare molecole coinvolte nei processi infiammatori, quali citochine e chemochine, sono coinvolti in processi angiogenetici (2). Tale proteina, che agisce insieme alla mieloperossidasi (MPO), anch’essa disponibile al nostro gruppo, viene attualmente espressa in Pichia pastoris, ma si intende caratterizzare le proprietà funzionali e strutturali di questa proteina ricombinante, che noi abbiamo espresso per primi, e di caratterizzarne meglio il ruolo in sistemi cellulari modello, quali neutrofili e linfociti. In questo ambito, si prevede di effettuare un’indagine sull’evoluzione temporale di alcuni metaboliti cellulari, mediante HPLC, a seguito dell’induzione dell’attività perossidasica. Inoltre, si intende proseguire nella caratterizzazione di perossidasi fungine, di cui sono disponibili anche dei mutanti sito-specifici (3). Su tali molecole si intende completare lo studio del ruolo funzionale dei residui aminoacidici dell’intorno dell’eme. Folding/unfolding di emoproteine Si intende effettuare una serie di indagini sui processi di folding/unfolding di mioglobina e di citocromo c sia in soluzione che in matrice sol-gel. In particolare, per quanto riguarda la mioglobina, si intende indagare sull’effetto del pH, della forza ionica e di un denaturante quale la guanidina-idrocloruro sulle cinetiche di unfolding della oloproteina sia in soluzione che in sol-gel. Per quanto riguarda il citocromo c, invece l’attenzione sarà posta sulle cinetiche di “refolding” in soluzione attraverso la diluizione del denaturante o il salto di pH. Inoltre, la possibilità di avere frammenti del citocromo c e mutanti sito-specifici permetterà di indagare sul ruolo di specifici residui o domini strutturali sulla dinamica di “refolding” della proteina, così da chiarire meglio il ruolo di leganti alternativi dell’eme durante il processo di “refolding” (4). 1 Metalloproteinasi e metallopeptidasi Le MetalloProteinasi e MetalloPeptidasi sono coinvolte in molti processi sia fisiologici che patologici. In particolare, vogliamo focalizzarci su: 1) MetalloProteinasi di matrice coinvolte nei processi metastatici ed angiogenetici Le MetalloProteinasi di matrice (MMPs) sono una famiglia di enzimi coinvolti in numerosi processi fisiologici e patologici concernenti la matrice extracellulare (ECM), quali lo sviluppo, l’infiammazione, la crescita e l’invasività tumorale. Attualmente, sono state identificate 22 MMPs umane (5), le quali presentano le seguenti omologie strutturali: un peptide segnale, un dominio propeptidico, un dominio catalitico (contenente l’atomo di Zn++ catalitico coordinato a 3 His) ed un dominio emopessina-simile (collegato al dominio catalitico da una regione a cerniera). L’azione enzimatica delle MMPs è cruciale per l’attuarsi della crescita ed invasione tumorale e per qualsiasi forma di infiammazione acuta e/o cronica (6). Le MMPs sono secrete in quantità particolarmente elevata da parte delle cellule tumorali di un’ampia varietà di tumori maligni (7) e, in misura minore, anche da cellule non neoplastiche. Tuttavia, alcune MMPs, quali la MMP-13, MMP-14 e MMP-7, sono secrete solo da cellule trasformate (8), quindi sono dei marcatori specifici di trasformazione neoplastica, e la MMP-2, la cui secrezione è in genere associata ad una prognosi infausta in molti processi tumorali (9). Nel caso delle gelatinasi, sia la MMP-2 che la MMP-9 sono associate allo sviluppo angiogenetico necessario per la diffusione metastatica (10,11). Il processo di attivazione della (pro)MMP-2 si attua attraverso la formazione di un composto ternario tra la (pro)MMP-2, il TIMP-2 (un inibitore naturale delle MMPs) e la MMP-14 (12). In tale interazione il TIMP-2 funge da ponte fra la (pro)MMP-2, il cui dominio emopexinico lega il dominio C-terminale del TIMP-2 (13) e la MMP-14, che interagisce con il dominio N-terminale del TIMP-2 (14). L’attività angiogenetica della MMP-2 attivata è fortemente inibita dall’endostatina (15) e questo permette di correlare l’attività angiogenetica della MMP-2 e quella antiangiogenetica dell’endostatina (16). L’endostatina viene prodotta dal processamento del Collagene XV e del Collagene XVIII e possiede caratteristiche antiangiogenetiche molto simili a quelle dell’angiostatina (17), la quale viene prodotta dal processamento del plasminogeno. Questi processamenti sono effettuati da proteasi sia a serina che metalloproteasi; in particolare, la produzione di angiostatina da plasminogeno avviene principalmente da parte della metalloelastasi MMP-12 (18). Quindi, il processo angiogenetico è il risultato di un bilanciamento positivo e negativo fra l’attività di diverse metalloproteinasi. L’interazione fra queste metalloproteinasi e le proteine che le attivano o che fungono da substrati è estremamente importante per comprendere la regolazione e l’evoluzione dell'angiogenesi. La nostra Unità Operativa dedicherà la sua attività alla comprensione delle interazioni fra (pro)MMP-2, TIMP-2 e MMP-14 (MT1-MMP), al fine di chiarire i meccanismi di modulazione di queste interazioni nel processo di attivazione della MMP-2. Si intende investigare tali interazioni, seguendo il segnale di fluorescenza correlato al processamento di substrati sintetici fluorogenici. Lo studio prevede la determinazione dei parametri termodinamici e cinetici di tali interazioni in funzione del valore di pH in un ambito fisiologicamente ragionevole tra 5 e 10, utilizzando sia un fluorimetro che l’apparato di mescolamento rapido (stopped-flow), che sono già disponibili all’Unità. Una volta ottenute informazioni concernenti l’interazione dei complessi binari (pro)MMP-2:TIMP-2 e MMP-14:TIMP-2 si passerà all’analisi termodinamica e cinetica della formazione del complesso ternario, necessario per l’attivazione della MMP-2. Lo studio, che verrà effettuato in diverse condizioni di pH e temperatura, consisterà nel far reagire un complesso binario con il terzo componente rispettivamente (cioè (pro)MMP-2:TIMP-2 + MMP-14, MMP-14:TIMP-2 + (pro)MMP-2 e (pro)MMP-2:MMP-14 + TIMP-2), seguendo poi il processo interattivo sempre tramite la fluorescenza collegata al processamento di substrati sintetici fluorogenici. Una volta 2 ottenute le necessarie informazioni funzionali sulla formazione del complesso ternario in soluzione, si prevede anche l’estensione alla successiva attivazione di (pro)MMP-2 a MMP-2 attivata. Inoltre, si intende studiare dal punto di vista termodinamico e cinetico l’interazione, in funzione di pH e temperatura, di angiostatina ed endostatina sia con MMP-2 che con MMP-14, al fine di determinare i parametri funzionali ed il meccanismo con cui tali molecole interferiscono con l’attività delle MetalloProteinasi, inibendo il processo angiogenetico connesso con l’attività di MMP-2. Tali misure, che verranno inizialmente effettuate utilizzando substrati sintetici fluorogenici, verranno quindi estese a substrati naturali, quali collagene I, collagene IV, fibronectina, laminina V e vitronectina, in modo da evidenziare meglio su quali processi enzimatici tali molecole vanno ad interferire. 2) MetalloPeptidasi cerebrali La carnosina è un dipeptide costituito dall’unione fra β-alanina ed istidina, è localizzato ubiquitariamente con particolare abbondanza nel muscolo e nel cervello, dove può raggiungere concentrazioni fino a 20 mM (19,20). La carnosina non deriva dall’idrolisi di precursori proteici o peptidici a più alto peso molecolare, ma viene sintetizzata dall’enzima carnosin-sintetasi (21) e degradata dall’enzima carnosinasi (22). Questo enzima, che appartiene alla classe delle metalloproteinasi, è sintetizzato in due isoforme, una presente inmolti tessuti non cerebrali, ed una, che ha una specificità quasi totale per la carnosina, che è sintetizzata solo nei tessuti cerebrali (23,24). Assai recentemente si è sequenziato il cDNA dei due geni che codificano le due isoforme della carnosinasi (25), permettendo la determinazione della sequenza aminoacidica delle due proteine. Si sono così definitivamente mostrate le caratteristiche strutturali che permettono di assegnare con certezza l’appartenenza della carnosinasi alla classe delle metalloproteinasi. Infine, si intende studiare l’attività di questo enzima nei confronti della carnosina, al fine di caratterizzarne i parametri catalitici in varie condizioni di pH e temperatura. Unità Operativa dell’Università di Pavia Enzimologia di metalloproteine Nel corso del prossimo triennio verranno espansi gli studi su eme proteine e rame proteine condotti nel triennio scorso, la ricerca verrà in generale indirizzata sempre di più verso aspetti che possono avere rilevanza in campo medico o farmacologico. Come prosecuzione degli studi sulla nitrazione di proteine prodotta da specie reattive all’azoto si esaminerà la nitrazione della mioglobina umana, la cui espressione in E. coli è stata già messa a punto nel nostro laboratorio, e di suoi mutanti. Come è noto, la mioglobina umana differisce dalle altre per la presenza di un residuo di cisteina, che è esposto e può quindi essere implicato nella reazione di nitrazione. Il sistema di nitrazione studiato dal nostro gruppo si basa sulla coppia nitrito/perossido di idrogeno, che in seguito ad attivazione da parte del gruppo ferro-eme, in reazioni di tipo perossidasico, produce come specie nitranti, a seconda delle condizioni, biossido di azoto o un perossinitrito legato (26,27). La capacità nitrante viene esibita sia verso substrati esogeni sia, in assenza o a basse concentrazioni di questi, verso il gruppo eme e residui proteici quali tirosine e triptofani (26-28). Lo studio verrà esteso anche alla emoglobina umana, esaminando in particolare il comportamento delle singole catene alfa e beta che formano il tetramero. Sempre nell’ambito della chimica delle eme proteine, l’attuale studio sui mutanti della mioglobina ricostituiti con gruppi eme modificati, che incrementano in modo apprezzabile l’attività catalitica ossidativa (29,30) verrà esteso alla ricostituzione della proteina con nuovi derivati eminici, in grado di amplificare ulteriormente la capacità catalitica e gli effetti di stereoselettività nelle reazioni verso substrati esterni. Verrà infine aperto un nuovo filone di indagine sulle eme proteine, con la 3 produzione di mutanti del citocromo c da lievito, la cui espressione in E. coli è ormai disponibile nel nostro gruppo. Si vuole verificare se l’ingegnerizzazione del citocromo c, con un diverso folding rispetto alle globine, sia potenzialmente più adatta ad ottenere proteine con attività catalitica. Come è consuetudine nel nostro gruppo, gli studi sulle eme proteine verranno accoppiati a indagini su sistemi modello, che in questo caso si basano su complessi eme-peptidici sintetici o ricavati dalla digestione controllata del citocromo c (31,32). Nel campo dello studio dei rame enzimi si intende approfondire il meccanismo molecolare di azione della tirosinasi, del quale non si ha alcuna evidenza diretta. A questo scopo ci si propone di effettuare studi a temperature criogeniche in solvente misto acquoso-organico. Verranno esaminate varie miscele solventi criogeniche scegliendo quella che garantisce un optimum di funzionamento dell’enzima. Quindi si effettueranno misure spettroscopiche a basse temperature (fino a -80 °C) sulle varie forme dell’enzima (ossigenata, ossidata) in presenza e in assenza di substrati fenolici e catecolici. In queste condizioni l’attività enzimatica dovrebbe essere parzialmente o completamente bloccata, ma comunque sufficientemente lenta da consentire l’osservazione dei complessi enzimasubstrato. Queste indagini saranno accoppiate a studi paralleli, condotti nelle stesse condizioni, su sistemi modello della tirosinasi costituiti da complessi binucleari di rame con leganti poliazotati, che tradizionalmente sono uno dei punti di forza dell’attività del nostro gruppo (33-35), che dovrebbero consentire di caratterizzare in modo più dettagliato, anche a livello strutturale, il modo di legame dei substrati. Un nuovo campo di indagine che si intende aprire utilizzando la tirosinasi è quello sulla modificazione di residui di proteine da parte dei derivati chinonici prodotti dalla reazione di ossidazione della dopammina e del suo precursore L-dopa. Questo tipo di modificazione può avvenire a carico dei residui polari di lisina, istidina, cisteina, serina, tirosina e triptofano esposti della proteina bersaglio e può indurre modificazioni conformazionali locali e globali di questa, causandone l’inattivazione. Si ritiene che questa modificazione possa contribuire ai processi di misfolding e fibrillazione di alcune proteine coinvolte in patologie neurodegenerative quali i morbi di Alzheimer e di Parkinson. Per caratterizzare gli addotti chinonici delle proteine si sfrutterà inizialmente l’ossidazione enzimatica dei fluorofenoli, che risulta più facilmente controllabile a causa del sostituente fortemente elettron attrattore presente sul nucleo aromatico, la quale è stata studiata in dettaglio recentemente dal nostro gruppo (36). In alternativa alla tirosinasi altri enzimi possono partecipare alla formazione di derivati chinonici da substrati catecolici, particolarmente le eme perossidasi, in condizioni di stress ossidativo, e la ceruloplasmina. Anche in questo caso studi su modelli di basso peso molecolare potranno servire a chiarire aspetti meccanicistici e strutturali delle reazioni di modificazione delle proteine. Unità Operativa dell’Università di Firenze Il Laboratorio di Chimica Bioinorganica del Dipartimento di Chimica dell’Università di Firenze è coinvolto da svariati anni nello studio ed utilizzo di sistemi enzimatici ossidativi coinvolti in processi biodegradativi di sostanze aromatiche: ossigenasi ed ossidasi. Questi enzimi, isolati e purificati da microrganismi quali Pseudomonas, Alcaligenes, Rhodococcus, Streptomyces, Acinetobacter, Pleurotus, svolgono un ruolo chiave nella biodegradazione di sostanze xenobiotiche; ad esempio, ossigenasi idrossilanti trasformano composti aromatici in dioli rendendo l’anello aromatico suscettibile al successivo attacco di ossigenasi “ring cleaving” che aprendo l’anello determinano la completa detossificazione di una grande varietà di composti altamente nocivi per l’ambiente (37-40). La nostra unità operativa è coinvolta nella caratterizzazione strutturale e meccanicistica di alcuni di questi enzimi mediante tecniche cinetiche, spettroscopiche e cristallografiche, fondamentale per la comprensione dei meccanismi di biodegradazione e bioconversione di composti organici e per l’ottimizzazione di tali processi. 4 Oltre ad un forte interesse per le problematiche legate al disinquinamento ambientale mediante tecniche biologiche, ha recentemente assunto particolare rilevanza il possibile utilizzo dei sistemi enzimatici ossigenanti presenti in questi microorganismi nella produzione di “fine chemicals” di difficile sintesi chimica. Quest’ultimo aspetto e’ principalmente legato al fatto che questi sistemi enzimatici catalizzano la trasformazione di una varietà di sostanze aromatiche in composti chirali ad alta purezza enantiomerica di estremo valore per la sintesi asimmetrica ed utili per la produzione di una varietà di nuove molecole di interesse farmaceutico ecc. (41). Molti nostri studi sono stati focalizzati sull’ottimizzazione di reattori microstrutturati che hanno permesso di ottenere alte velocità di conversione ed alte rese finali per i prodotti ossigenati da svariati idrocarburi quali naftalene, antracene, fenantrene, toluene, xileni ecc utilizzando ceppi batterici naturali o geneticamente modificati esprimenti le ossigenasi d’interesse. Tali sistemi hanno consentito di misurare con alte riproducibilità e precisione l’influenza di ciascun fattore che controlla il processo (concentrazione delle cellule, loro vitalità, livello di espressione enzimatica, concentrazione del substrato ecc.) e quindi ottimizzare il valore di ciascun parametro. Si è inoltre evidenziato e razionalizzato l’effetto protettivo di vari tensioattivi non ionici nei confronti della documentata tossicità di molti idrocarburi aromatici sui microrganismi investigati (42). Un secondo gruppo di enzimi, le ossidasi fungine, posseggono, in termini di capacità ossidative, proprietà catalitiche complementari a quelle delle ossigenasi batteriche (43). Sono coinvolte in una moltitudine di processi di biotrasformazione che spaziano dalla conversione di una varietà di molecole tossiche in composti utili (a tossicità altamente ridotta) a processi di detossificazione coinvolgenti la formazione di polimeri stabili. L’utilizzazione di ossidasi (in particolare le ossidasi fungine) per la biodegradazione di pesticidi, fenoli, coloranti ecc. è un argomento di crescente interesse. Recenti studi del nostro laboratorio sono tesi ad ottimizzare processi che sfruttano l’uso combinato di laccasi fungine da Pleurotus ostreatus e monoossigenasi batteriche in sistemi microcompartimentalizzati per biodegradazioni ad ampio spettro di azione. Unità Operativa dell’Università di Napoli “Federico II” Gli obiettivi di questo programma di ricerca sono : 1) progettazione, sintesi e caratterizzazione di peptidi/peptidomimetici capaci di interferire con il riconoscimento molecolare tra MMP-2, TIMP-2 e MMP14; 2) progettazione, sintesi e caratterizzazione di peptidi/peptidomimetici capaci di interferire con il riconoscimento molecolare tra MMP-2 (e/o MMP-14) e angiostatina (e/o endostatina); 3) progettazione, sintesi e caratterizzazione di peptidi/peptidomimetici carnosina-simili; 4) caratterizzazione strutturale in soluzione (NMR) e/o allo stato solido (diffrazione di raggi x) dei complessi binari e/o ternari tra MMP-2, TIMP-2 e MMP14; 5) caratterizzazione strutturale in soluzione (NMR) e/o allo stato solido (diffrazione di raggi x) dei complessi tra MMP-2 (e/o MMP-14) e angiostatina (e/o endostatina); 6) caratterizzazione strutturale in soluzione (NMR) e/o allo stato solido (diffrazione di raggi x) dell’enzima carnosinasi; 7) caratterizzazione strutturale in soluzione (NMR) e/o allo stato solido (diffrazione di raggi x) dei complessi tra i peptidi sintetici ed i loro target. La ricerca sarà articolata nelle seguenti fasi I Fase Nella prima parte inizierà la progettazione delle molecole peptidiche per quei sistemi molecolari di cui sono disponibili in letteratura i dati strutturali e funzionali. In particolare, verrà analizzato il riconoscimento molecolare tra MMP-2, TIMP-2 e MMP14 al fine di determinare le proprietà strutturali e chimico-fisiche delle proteina target, dei suoi inibitori naturali e sintetici, e 5 dell’interfaccia di riconoscimento proteina-proteina. Queste informazioni permetteranno di definire diverse famiglie di sequenze peptidiche e di costruire i corrispondenti modelli molecolari. Questi ultimi verranno raffinati mediante cicli di minimizzazione energetica e dinamica molecolare, in solvente in presenza del recettore, così da verificare la tenuta conformazionale delle nuove molecole. Contemporaneamente inizierà lo studio dei sistemi MMP-2 (e/o MMP-14) e angiostatina (e/o endostatina). La prima serie di composti per il sistema MMP-2/TIMP-2/MMP14 verranno, quindi, sintetizzate in fase solida. La strategia sintetica verrà opportunamente modificata rispetto alle procedure standard qualora si dovessero sintetizzare sequenze che causano l’aggregazione del peptide in crescita sulla resina o nel caso in cui gli accoppiamenti siano particolarmente difficili. I peptidi verranno analizzati e purificati mediante HPLC a fase inversa e l’identità verrà accertata mediante spettrometria di massa MALDI-ToF. Le molecole con promettente attività biologica saranno sintetizzate in quantità sufficienti per effettuare gli studi di tipo strutturale. Per quei sistemi di cui non è nota la struttura tridimensionale, eventualmente, si cercherà di ottenere dei modelli tridimensionali teorici a bassa risoluzione, ricorrendo a metodiche di homology modeling, che permetteranno di formulare delle ipotesi per il riconoscimento molecolare. II Fase In questo periodo verranno sintetizzati i peptidi angiostatina- ed endostatina-simili progettati nella fase precedente. I vari peptidi sintetizzati saranno preliminarmente caratterizzati in soluzione mediante tecniche spettroscopiche come dicroismo circolare e spettrofluorimetria. In particolare, il dicroismo circolare potrà fornire informazioni sulla conformazione assunta dalle varie molecole in soluzione. Se l’interazione tra macromolecola e il peptide avviene con una variazione conformazionale sarà possibile eseguire delle titolazioni per determinare le costanti di legame. Analogamente l’interazione potrà essere monitorata mediante spettrofluorimetria se avviene con variazione della fluorescenza di cromofori intrinseci. In questa fase si prevede di iniziare gli studi strutturali in soluzione (NMR) ed allo stato solido (diffrazione di raggi x). In soluzione saranno effettuati esperimenti in diversi sistemi solvente, sulle proteine purificate e marcate con 15N e/o 13C, mettendo anche a punto sequenze mono e bidimensionali. La caratterizzazione strutturale allo stato solido sarà eseguita effettuando esperimenti di cristallizzazione in condizioni controllate di pH e di temperatura in vari sistemi tampone. Una volta effettuato lo screening ed ottenuto cristalli di dimensioni adatte saranno eseguite raccolte di dati di diffrazione di raggi-X anche a bassa temperatura, utilizzando un diffrattometro quattro cerchi o un diffrattometro anodo rotante con image plate in dipendenza della complessità della molecola studiata. Quindi, si procederà alla risoluzione della struttura con diverse tecniche ed approcci metodologici e al successivo raffinamento deidati. In tutti i casi in cui non sarà sufficiente per la raccolta dei dati la potenza fornita dal generatore ad anodo rotante si utilizzerà il tempo macchina presso la linea di luce di sincrotrone ELETTRA, Trieste, cui questa unità ha accesso. Gli studi strutturali saranno effettuati anche sul sistema MMP-2 (e/o MMP-14) e angiostatina (e/o endostatina). Analogamente, saranno effettuate le cristallizzazioni dei complessi delle molecole di natura peptidica, per i quali è stata dimostrata la formazione di addotti stabili, con i propri target proteici. I risultati dell’ indagine strutturale insieme alle informazione di carattere biologico forniranno la base per modificare le molecole bioattive, permettendo sia di migliorare la capacità di binding sia di variare le proprietà chimico-fisiche (solubilità, stabilità in vivo) lasciando inalterate le proprietà biologiche. III Fase Nell’ultima fase di questo progetto verranno progettati e sintetizzati dei nuovi peptidi carnosina-simili. Se possibile si cercherà di cristallizzare l’enzima carnosinasi. In questa fase si completerà la caratterizzazione strutturale in soluzione e/o allo stato solido dei complessi tra i peptidi sintetizzati ed i loro target. Per quei sistemi peptidici per i quali fossero 6 disponibili le informazioni strutturali e/o funzionali si procederà alla fase di ottimizzazione del ligando e quindi di sintesi delle nuove molecole in modo che siano più specifiche e che abbiano una maggiore affinità. In tale fase le molecole bioattive saranno modificate, sulla base delle informazioni di tipo strutturale e dei saggi biologici, utilizzando amminoacidi non naturali, sintetizzando derivati ciclici, ramificati, retroinversi e peptidi in cui il legame peptidico è modificato. Unità Operativa dell’Università di Roma “La Sapienza” Sistemi Tetraazoporfirinici come Modelli per Studi di Problematiche attinenti alla Biochimica E’ da lungo tempo che il gruppo si occupa dello studio di sistemi macrociclici tetrapirrolici ad alta delocalizzazione elettronica quali le porfirine ed analoghi tetraazaporfirinici (ftalocianine, porfirazine, etc.). Una delle linee di lavoro di maggiore interesse attuale, che fa seguito a sviluppi già presenti nella letteratura più e meno recente (44), è quello di avere nuovi sistemi macrociclici che abbiano buone proprietà di solubilità in acqua, premessa necessaria per poter affrontare processi di tipo biochimico per i quali il mezzo acquoso costituisce la sede naturale di svolgimento. Il gruppo di lavoro si è di recente interessato alla costruzione in laboratorio di molecole macrocicliche di tipo tetraazaporfirinico che per la loro struttura di base permettono di subire trasformazioni chimiche adatte a renderle solubili in acqua. Un esempio di molecola di recente studiata in modo approfondito è l’ottapiridinotetrapirazinoporfirazina, I, una macromolecola che è costituita da un sistema centrale tetrapirazinoporfirazinico ad alta delocalizzazione elettronica con anelli piridinici agganciati all’esterno. Attraverso processi di quaternarizzazione degli N atomi piridinici si è potuto giungere alla specie supercarica ottacationica II. Sia la specie I che la specie II (M = 2H), come i loro derivati metallici di metalli bivalenti di transizione e non, sono state approfonditamente studiate in termini di stabilità come materiali solidi ed in soluzione; ne è stato esaminato il comportamento spettroscopico UV-visibile per una interpretazione della loro struttura elettronica ed è stato compiuto un approfondito studio del loro comportamento elettrochimico (quest’ultimo solo per la specie I e relativi metallo-derivati). Della specie II e suoi metalloderivati è prevista a breve un’indagine elettrochimica per evidenziare un comportamento redox che sarà interessante confrontare con quello dei corrispondenti prodotti non quaternarizzati. N N N N N H3C H3C N N N N N + N N N N N N N + N I CH3 N N N N CH3 N M N N NH N N N N + N N HN N+ H3C N N N N CH3 N + N N N N + N N N + N CH3 H3C + N II Le specie quaternarizzate acquosolubili sono molto interessanti per una prossima programmazione di studi di possibili forme di contatto con biomolecole quali le metalloproteine o gli acidi nucleici. E’ in corso uno studio preliminare per una rappresentazione completa di ciò che 7 è stato fatto in letteratura al riguardo, limitatamente ai sistemi porfirinici o ad analoghi macrocicli porfirazinici. E’ recente un’indagine condotta su un sistema supercarico di tipo porfirazinico, il 2,3,7,8,12,13,17,18-ottakis(N-metil-4-piridiniumil)porfirazina (45), ed il suo binding al double stranded calf thymus (CT) DNA (46), studi nei quali è stato messo in evidenza un forte legame del macrociclo supercarico con lo stesso DNA. Nell’esperienza del gruppo di lavoro rientrano anche progetti riguardanti la sintesi di cosiddetti “sistemi a bassa simmetria “, dei quali è riportato un esempio qui di seguito. + N CH 3 + H3C N N N N + N CH3 N N N M N CH3 + N N N N N + H3C N N N N N N Se N + CH3 III I tentativi di giungere alla sintesi di questo macrociclo sono stati iniziati già da tempo. Da essi emerge una grande difficoltà nell’isolamento e purificazione della corrispondente specie non quaternarizzata, la tris(dipiridinopirazino)mono(seleno-diazolo)porfirazina. Il superamento delle difficoltà di purificazione possono aprire la strada al processo di deselenazione dell’anello selenodiazolico, con formazione di un gruppo esterno di tipo cis-diamminico in grado di coordinare PtCl2 con l’ottenimento di un sistema di tipo cis-platino. Il successivo processo di quaternarizzazione dei sei anelli piridinici esterni a dare la specie III, avente caratteristiche di solubilità in H2O, risulterebbe nella formazione di una specie rappresentata schematicamente qui di seguito (IV, M = 2H o metallo bivalente). Tale specie potrebbe essere adatta ad affrontare alcune problematiche legate all’esame della sua risposta biochimica come agente anticancro. N N N N N M N N NH 2 N H2N Pt Cl Cl (IV) 8 Il gruppo di lavoro si propone altresì, nell’arco del triennio 2005-2007, di verificare la possibilità di sviluppare una chimica innovativa legata alla presenza dei gruppi cis-diamminici sul macrociclo porfirazinico per la preparazione di ulteriori specie macrocicliche solubili nel mezzo acquoso. L'uso della Spettroscopia d'Assorbimento dei raggi X (XAS) come mezzo utile ed unico per la caratterizzazione strutturale di metalloproteine o proteine attivate da metallo e di composti modello correlati. La caratterizzazione strutturale e l'accurata determinazione delle proprietà geometriche dei siti attivi delle proteine sono fondamentali per la comprensione della funzione e del meccanismo catalitico presente. Per le metalloproteine o per i composti biologici attivati da metalli è importante descrivere le correlazioni tra lo stato di coordinazione del metallo, lo stato elettronico del metallo e la funzione della proteina o macromolecola. Con campioni cristallini la Diffrazione a raggi X (XRD) può lasciare ambiguità sulla coordinazione del metallo, specialmente alla presenza di piccole molecole leganti, o non legate o parzialmente legate, e non può provare lo stato redox del metallo. L'uso della Radiazione di Sincrotrone (SR) ha permesso la determinazione delle strutture XRD di proteine a risoluzione atomica (dove i legami C-C sono visibili), ma è difficile l'applicazione della XRD a studi conformazionali legati a fattori redox, di pH, di solvente, ed allosterici. Con campioni non cristallini, tuttavia, è difficile estrarre accurate informazioni sui dettagli strutturali dello stato di coordinazione anche con le usuali spettroscopie. Infatti, la spettroscopia UV/Vis può essere poco sensibile alla presenza di una simmetria assiale e l'interpretazione strutturale è dipendente dalla temperatura a causa delle vibrazioni nucleari. La correlata spettroscopia di Risonanza Elettronica Paramagnetica (EPR) può rilevare dettagli strutturali solo a bassa temperatura. La Spettroscopia di Risonanza Raman può essere molto sensibile all'intorno del metallo, ma le frequenze Raman di stretching e bending metallo-legante ed i loro shifts solo in pochi casi sono stati assegnati e correlati, senza ambiguità, con i legami e con variazioni della loro lunghezza. La Spettroscopia d'Assorbimento dei raggi X (XAS) è un'importante tecnica di SR che con lo studio dello spettro d'assorbimento consente di investigare la struttura locale dei centri metallici nei materiali. XAS comprende sia la spettroscopia XANES (X-ray Absorption Near Edge Structure), che studia lo spettro d'assorbimento X della soglia fino a 50-100 eV, sia la spettroscopia EXAFS (Extended X-ray Absorption Fine Structure), che analizza un'estesa regione d'energia sopra la soglia. L'estensione della regione d'energia degli spettri XAS da 50-100 eV è limitata dal rapporto segnale-rumore dei dati raccolti. Le proprietà della sorgente di SR sono uniche e rendono la spettroscopia XAS unica. Di seguito sono riportate le proprietà del mezzo XAS. 1) XAS è adoperabile in ogni stato fisico del campione. 2) XAS è adoperabile in qualsiasi condizione di intorno. 3) XAS può essere applicata a qualsiasi elemento (in principio) ed è elemento-specifica. 4) Elementi, silenti o difficili per le spettroscopie UV/Vis o EPR e NMR, sono accessibili a XAS. 5) XAS è sensibile allo stato redox dell'elemento. 6) XAS è molto sensibile ai dettagli strutturali (coordinazione, simmetria complessiva, distanze ed angoli di legame) ed è un indicatore di strutturale locale. 7) Gli spettri XAS alla soglia (regione XANES) non hanno diretta dipendenza dalla temperatura (nessun effetto di vibrazione nucleare). 9 Per tutte queste ragioni XAS può essere applicata per studiare sia la struttura geometrica ed elettronica sia il comportamento dinamico di molti sistemi biologici e di composti modello correlati. L'approccio XAS permette di determinare la struttura dei centri metallici a risoluzione subatomica e permette di distinguere lo stato redox del centro metallico. Cambiando le condizioni di intorno, differenti conformazioni del metallo modulate da stati d'equilibrio possono essere caratterizzate. Dall'analisi dei dati sperimentali della regione EXAFS e maggiormente dalla regione XANES, essendo le strutture XANES indicatori dell'ossidazione e dello stato di spin del metallo e della struttura locale metallo-legante, è possibile ottenere la struttura geometrica del sito assorbitore entro 5-6 Å. Molti dei primi studi EXAFS sono stati condotti con l'approccio dell'approssimazione a singola diffusione (single scattering, SS), una teoria che è stata dimostrata essere errata specialmente nel caso di siti attivi circondati da istidine. Per questo motivo negli anni sono apparse delle difformità tra i risultati EXAFS e XRD. Il recente sviluppo di nuovi approcci analitici, basati sulla teoria a diffusione multipla (multiple scattering, MS) di onde sferiche, permette di migliorare lo studio degli spettri XAS e, oggi, parecchi avanzati programmi sono capaci di analizzare la regione EXAFS degli spettri in modo soddisfacente (47-54). Lo studio della regione XANES è difficile, dal momento che piccole differenze nella geometria di coordinazione (cioè differenti conformazioni legate a variazioni d'angoli di legame o movimenti di legante assiale attorno al centro metallico) possono produrre importanti cambiamenti nella forma e nell'intensità delle strutture di soglia. Quindi, per razionalizzare quantitativamente i segnali XAS nella regione di soglia degli spettri sperimentali d'assorbimento è necessario usare la teoria di MS completo. Le difficoltà di un'analisi quantitativa completa degli spettri XANES derivano, principalmente, dall'approssimazione teorica usata per il potenziale. Per questo motivo l'analisi XANES è stata usata, in modo qualitativo, come un supporto agli studi EXAFS e correlata a composti a struttura nota. Negli ultimi anni calcoli MS nella regione di soglia sono stati resi possibili da differenti programmi di calcolo. L'abilità di analizzare in modo quantitativo o semiquantitativo la parte XANES di uno spettro XAS permette di ottenere una rappresentazione strutturale completa del campione determinandone i dati strutturali come gli angoli di legame che sono molto difficili da ottenere con l'EXAFS ed ad una risoluzione paragonabile a quella degli studi di XRD. Molte applicazioni d'analisi XAS, con entrambi gli approcci EXAFS e XANES, sono state presentate in questi anni (55-60). Tuttavia solo recentemente con una nuova procedura di calcolo, chiamata MXAN (61), è stato possibile ottenere un completo fit geometrico anche per questa regione in tempi di calcolo ragionevoli. Recentemente abbiamo considerato e risolto alcuni aspetti fondamentali del sito binucleare a rame di tipo 3 per i derivati met- e met-azide d'emocianine (Hcs) da Octopus vulgaris (mollusco) e Carcinus aestuarii (artropode) a pH 7.5 (cioè corretti valori delle distanze Cu-Cu, distorsione assiale se presente al sito a rame, presenza e tipo di gruppi a ponte) (62). In quel lavoro abbiamo riportato risultati EXAFS di SS con il metodo a filtro di Fourier per la prima shell e risultati parziali di un'analisi EXAFS di MS dell'intero spettro. Per confermare l'analisi della regione EXAFS è stato anche riportato un approccio XANES qualitativo. L'accuratezza dell'analisi dei dati è stata testata con i correlati composti modello dei sistemi leganti a poli(benzoimidazolo) 2-BB (63), L-5,5 e L6,6 (64), mononucleari e binucleari rispettivamente. Per il problema biologico connesso alla caratterizzazione strutturale di questi derivati di Hcs e per le implicazioni biofisiche dei risultati XAS ottenuti si rimanda a quello studio. In un lavoro in pubblicazione (65) abbiamo presentato e focalizzato l'attenzione sui calcoli MS che sono stati usati per raggiunger i risultati EXAFS delle forme met-Hc dei due phyla a pH 7.5 e sulle possibilità aperte dai calcoli MS nella regione XANES (66). Per rifinire la modulazione EXAFS dello spettro d'assorbimento abbiamo utilizzato un approccio composito ed avanzato con il cui è stato possibile superare alcuni complessi problemi dovuti sia alla presenza di due atomi assorbitori sia al fatto che nello spettro il contributo metallo-metallo si sovrappone ai segnali Cu- 10 His. Con calcoli XANES di MS è possibile estrarre informazioni quantitative dalla zona di soglia dello spettro in modo da rifinire la struttura del sito anche nel caso di un centro binucleare. Alla luce dei risultati attenuti con le simulazioni XANES di MS sulle forme met-Hc (65), abbiamo iniziato ad usare il programma MXAN per ottenere il fit della regione XANES dello spettro sperimentale della forma met-Hc da O. vulgaris a partire dalla struttura 1LL1 del codice PDB. I risultati preliminari dei fit geometrico della regione XANES di questo spettro sono stati pubblicati (67). Questi dati preliminari sono il primo tentativo di ottenere risultati quantitativi con la spettroscopia XANES applicata al sito binucleare a rame di tipo 3 di una forma met-Hc da O. vulgaris. Il raffinamento del best-fit dei due centri a Cu(II) della forma met-Hc da O. vulgaris è in corso, ma è importante rilevare che le due minimazzioni (ottenute con procedure differenti) portano a due differenti strutture per i due siti a Cu(II) ma allo stesso minimo per la distanza Cu-Cu. Ciò è in accordo con il fatto che l'applicazione di questo codice di calcolo a parecchi casi-test ha mostrato che la soluzione di best-fit è indipendente dalle condizioni di partenza e dalla strategia di minimizzazione. Prima di iniziare questa serie di fits, abbiamo testato l'accuratezza dell'applicazione dell'analisi con MXAN sullo spettro del complesso cationico mononucleare [Cu(2BB)-N3]+ (63) con dati XRD (dati da pubblicare). Una simile procedura di best-fit è anche in corso per la forma met-Hc di C. aestuarii a pH 7.5. Le simulazioni XANES MS ed i fits saranno estesi ai derivati met- e met-azide di Hcs degli stessi phyla a pH 5.5 ed ai composti modello binucleari dei leganti L-5,5 e L-6,6 (64) da noi considerati (62). Partendo dai calcoli MS (dati da pubblicare) che sono stati usati per ottenere i risultati EXAFS per questi siti binucleari a rame 3 (62), vogliamo raggiungere, con l'applicazione della spettroscopia XANES MS, un'accurata determinazione quantitativa dei contributi strutturali locali e quindi la caratterizzazione della struttura fine del sito. I derivati met- delle proteine manifestano un'effettiva interazione di superscambio tra i centri metallici vicini (no EPR). Per i complessi bis(idrosso)- dei leganti L-5,5 e L-6,6 (64) che sono dei buoni modelli di queste forme delle proteine Hcs, lo spettro NMR di protone è osservabile. In alcuni casi sono stati osservati segnali stretti, indicativi di un effettivo forte accoppiamento antiferromagnetico, in altri casi dai segnali NMR relativamente stretti si può supporre la presenza di gruppi a ponte tra i due ioni metallici. Le caratteristiche XANES dei complessi bis(idrosso)- e bis(aquo)- sono molto diverse (62) e, quindi, si possono ipotizzare diversità nella disposizione degli orbitali magnetici del rame. Con calcoli MS nella regione di soglia, sarà possibile dedurre per la struttura dello stato fondamentale lo stato (tripletto o singoletto) della polarizzazione di spin e la separazione energetica tra i due stati. Nel caso degli addotti con azide, tramite la caratterizzazione XAS della struttura e la descrizione, in termini di spin polarizzazione, del modo specifico di legame dell'azide si può arrivare ad un'interpretazione delle proprietà magnetiche della loro unità binucleare. L'esperienza maturata sarà messa a disposizione dei ricercatori delle unità del CIRCMSB qualora siano interessati a risolvere, quantitativamente, la coordinazione e la geometria di centri metallo-leganti in sistemi biologici ed in composti modello correlati. 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