L`importanza della scelta del tessuto per le analisi di biologia

H/E
IHC
FISH
Mutazione
?
1
Si vuole valutare la presenza del virus, e tipizzarlo
Il protocollo prevede
- l’estrazione del DNA
- l’amplificazione con primer specifici, sia per il DNA umano
(controllo interno), sia il DNA virale
- l’ibridazione in situ per la tipizzazione
- si valuta solo la presenza
- non necessario delimitare l’area, si possono anche unire 2 blocchi
differenti (purchè dello stesso paziente, ovviamente!)
- attenti alle contaminazioni: nuova lama del bisturi
(non è sufficiente la pulizia, anche se accurata, con alcool)
Si vuole valutare la presenza di un riarrangiamento, che è oncogenico
Non è importante quale riarrangiamento sia, l’importante è che sia dominante:
questo è indice della presenza di una popolazione cellulare dominante sulle altre
(“neoplastica”)
Le dimensioni del riarrangiamento costituiscono la “firma” di quelle cellule
neoplastiche
FR2-JH
FR3-JH
2
Frammento FR2
Frammento FR3
1998: linfonodo
cute
1999: linfonodo
milza
2007: linfonodo cervicale destro
Frammento V1-8
Si vuole valutare la presenza di mutazioni, che sono oncogeniche
- si valuta la presenza di un riarrangiamento dominante
Le mutazioni sono presenti solo nelle cellule neoplastiche (non è detto in tutte!)
Il protocollo prevede
- non necessario delimitare l’area, a meno di rare cellule positive dopo IHC
l’estrazione del DNA
l’amplificazione con primer specifici
purificazioni e sequenziamento
Il protocollo non è in grado di distinguere tra un frammento con la mutazione
e un frammento wild-type
- si valuta la presenza di una mutazione, presente solo nelle cellule neoplastiche.
- bisogna evitare il piu’ possibile che cellule sane contaminino l’analisi.
- la macrodissezione è fondamentale nei casi in cui il tessuto sano e quello
tumorale sono frammisti
3
4