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Titolo della ricerca
CARATTERIZZAZIONE MOLECOLARE GENOMICA ed EPIGENOMICA DI TUMORI SOLIDI (GIST)”
I tumori rari hanno un’incidenza pari a < 5 nuovi casi/100.000 abitanti/anno. I più frequenti sono
gastrointestinali stromali (GIST) caratterizzati in circa l’85% dei casi dalla presenza di mutazioni a
carico dei geni codificanti i recettori tirosin-chinasici KIT o PDGFRA. Circa il 10% dei pazienti non
presenta mutazioni e viene definito KIT/PDGFRA WT.
Con lo sviluppo delle tecniche di Next Generation Sequencing (NGS) si è arrivati ad oggi a poter
sequenziare l’intero genoma umano (Whole-Genome Sequencing) con tempi e costi relativamente
contenuti. Inoltre tramite NGS è possibile sequenziare anche l'intero esoma (Whole-Exome) ed il
trascrittoma (Whole-Transcriptome). Allo stato attuale il NGS promette di identificare ogni
alterazione genetica responsabile dello sviluppo dei tumori umani. Infatti in letteratura sono
presenti diversi studi che dimostrano le potenzialità del Whole-Transcriptome Sequencing nello
studio del cancro evidenziando come tale approccio sia un sensibile ed efficiente mezzo per
individuare anomalie genetiche (fusioni tra geni, inserzioni, delezioni, riarrangiamenti) per tutti i
geni espressi dalla cellula tumorale.
Inoltre il successo di questo approccio è stato già dimostrato anche dalla ricerca svolta dal GIST
Study Group del Centro Interdipartimentale di Ricerche sul Cancro (CIRC) dell’Università degli Studi
di Bologna. Al fine di identificare nuove mutazioni, è stato analizzato il trascrittoma di 2 casi di
GIST KIT/PDGFRA WT tramite sequenziamento paired-end (Illumina). L’analisi bioinformatica ha
identificato 9 geni alterati comuni in entrambi i pazienti, ma solo le mutazioni presenti nel gene
SDHA sono risultate essere Disease Related secondo il software SNPs&GO. Il successivo
sequenziamento delle subunità A, B, C, D del complesso SDH in una più grande casistica di
KIT/PDGFRA WT GIST, ha mostrato come circa il 26% dei casi presentasse mutazioni de novo e/o
germline in una delle quattro subunità, con prevalenza di mutazioni in SDHA. Tutte le mutazioni
individuate nel gene SDHA portano a una loss of function della proteina e la down-regolazione
dell’intero complesso SDH è stata rilevata anche a livello proteico. Nonostante tutto la maggior
parte dei GIST KIT/PDGFRA WT non presenta mutazioni in SDH, e il loro background genetico è
ancora sconosciuto.
Inoltre il medesimo approccio può essere traslato anche ad un latro tumore raro, i desmoidi o
fibromatosi aggressiva, che ad oggi non sono caratterizzati da un evento molecolare bersaglio di
possibili terapie innovative.
Scopo:
L’obiettivo principale del progetto è l’identificazione di eventi molecolari mutazioni puntiformi,
inserzioni, delezioni e traslocazioni, nei GIST ed desmoidi come possibili bersaglio di terapie di
nuova generazione e loro correlazione clinica con l’outcome della malattia.
Piano attività:
Analisi del sequenziamento massivo nei casi GIST KIT/PDGFRA WT SDH competenti e
implementare la casistica con prelievi di tessuto tumorale paraffinato. Completare le
analisi sullo stato di metilazione globale di questo sottogruppo GIST.
Analisi delle alterazioni acquisite durante la progressione tumorale tra il tumore primitivo e
le sue metastasi. Da aggiungere anche 3 casi con materiale paraffinato.
Clonaggio genico ed espressione in vitro di proteine chimeriche identificate tramite NGS
Sequenziamento massivo di 4 casi di Desmoidi in collaborazione con l’ Istituto Nazionale
dei Tumori (INT) di Milano.
