esempio1 - Istituto di Scienze e Tecnologie dell`Informazione

Università degli Studi di Urbino
Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali
Biotecnologie
2003/2004
3URYDVFULWWDGL%LRLQIRUPDWLFD±(VHPSLR
Nome e cognome:
Numero di matricola:
Annerire la casella corrispondente ai quesiti ai quali si intende rispondere. Riportare le risposte direttamente su questo foglio. Nei quesiti a risposta
chiusa le risposte corrette possono essere una, più d’una o nessuna. Nel valutare l’esito della prova verrà assegnato punteggio 3 ad ogni quesito
risolto correttamente, punteggio –1 ad ogni quesito risolto in modo errato, punteggio intermedio a quesiti risolti parzialmente, punteggio 0 ad ogni
quesito irrisolto (con la casella sinistra non annerita). Tempo di consegna 1h .
‰ 4XHVLWRQuanti bit occorrono per rappresentare senza ambiguità 10 informazioni diverse?
La risposta si ottiene approssimando per eccesso il logaritmo base 2 di 10.
5LVSRVWDBBBBBB
‰ 4XHVLWRLa probabilità dell’ unione di due eventi disgiunti è uguale a:
‰
D. la differenza delle probabilità dei due eventi
‰
E. il prodotto delle probabilità dei due eventi
9
F.la somma delle probabilità dei due eventi
‰
G. la maggiore delle probabilità dei due eventi
La probabilità dell’ unione di due eventi disgiunti è uguale alla somma delle probabilità dei singoli eventi poichè
l’ evento unione si verifica ogni volta che si verifica almeno uno dei due eventi da cui è composto, e i due eventi non
si verificano mai insieme poichè sono disgiunti.
‰ 4XHVLWRQuali delle seguenti affermazioni sono vere?
D. La complessità di un algoritmo esprime il tipo di dipendenza funzionale del tempo di esecuzione dai dati 9
d’ ingresso
‰
E. Due algoritmi sono equivalenti se hanno la stessa complessità
9
F.Due algoritmi sono equivalenti se producono gli stessi risultati a fronte degli stessi dati d’ ingresso
9
G. Il tempo di esecuzione di un algoritmo può dipendere dai dati d’ ingresso
La prima è vera da definizione. La terza è vera da definizione, quindi la seconda è falsa. La quarta è vera, in accordo
con la definizione di complessità.
‰ 4XHVLWRCon riferimento alle matrici di sostituzione utilizzate dagli algoritmi di allineamento indicare quali delle
seguenti affermazioni sono vere:
D. Le matrici attribuiscono punteggi all’ allineamento di ogni coppia di simboli
E. Le matrici sono caratterizzate sulla base di sequenze di cui è noto l’ allineamento
F.La scelta della matrice da utilizzare dipende dal tipo di applicazione
G. La scelta della matrice da utilizzare non dipende dal tipo di applicazione
Le prime due sono vere senza commenti. La terza è vera (e quindi la quarta è falsa) poichè i punteggi hanno un
significato probabilistico che le rende dipendenti dai fenomeni che possono aver determinato le mutazioni
riscontrate tra le due sequenze. La natura e la probabilità di tali fenomeni dipende dall’ applicazione.
9
9
9
‰
‰ 4XHVLWRIn un allineamento di multiple sequenze, quali dei seguenti significati possono essere attribuiti a residui
in posizione omologa?
D. possono essere il risultato di divergenze da uno stesso residuo di un progenitore comune
E. possono occupare posizioni omologhe nella struttura tridimensionale delle rispettive molecole
F.compaiono con la stessa frequenza nelle rispettive sequenze G. devono occupare posizioni omologhe nella struttura tridimensionale delle rispettive molecole
Sono vere le prime due, che attribuiscono significato strutturale o evoluzionistico all’ allineamento. Non è vera la
terza, poichè l’ allineamento non si basa su statistiche del primo ordine (quali le frequenze relative). Non è vera la
quarta poichè l’ allineamento non garantisce l’ omologia strutturale, e quindi non la implica.
9
9
‰
‰
‰ 4XHVLWRCostruire un albero filogenetico basato sulla distanza lineare tra i punti rappresentativi degli organismi
in esame.
$%&'()*
L’ albero si ottiene a partire dalle foglie aggregando per prime le foglie tra loro più vicine, e poi aggregando tra loro
i cluster in base alla distanza dei loro baricentri. Il risultato è (((A,B),((C,D),E)),(F,G)).
‰ 4XHVLWR La PCR amplifica selettivamente un segmento di DNA compreso tra due primer forward e reverse.
Quali dei seguenti criteri vengono utilizzati per la scelta dei primer?
D. Terminale 5’ più stabile del terminale 3’
Firma:
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Università degli Studi di Urbino
Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali
Biotecnologie
2003/2004
‰
E. Terminale 3’ più stabile del terminale 5’
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F.Compatibilità tra le temperature di annealing dei due primer ‰
G. Complementarietà tra i primers
E’ vera la prima, poichè riduce la probabilità che il primer si leghi e replichi zone non perfettamente complementari.
E’ vera la terza poichè i primers devono funzionare nelle stesse condizioni.
E’ falsa la seconda perchè nega la prima.
E’ falsa la quarta perchè la complementarietà tra i primers favorirebbe la formazione di dimeri, che ridurrebbero
l’ efficienza delprocesso.
‰ 4XHVLWRIl valore cromatico convenzionalmente assegnato ad un pixel da uno scanner per microarray è calcolato
come:
D. Rapporto tra le intensità dei due marker
E. Rapporto tra le intensità normalizzate dei due marker
F.Logaritmo del rapporto tra le intensità normalizzate dei due marker G. Differenza tra le intensità normalizzate dei due marker
E’ vera la terza.
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‰ 4XHVLWRNel sequenziamento di un genoma, richiede più esperimenti di sequenziamento l’ approccio shot-gun o
l’ approccio walking?
5LVSRVWDBBBVKRWJXQBBB
Poichè richiede copertura ridondante per permettere l’ assemblamento delle sottosequenze.
‰ 4XHVLWRCosa si intende per Basecalling?
D. L’ allineamento di basi di due sequenze di DNA.
E. La generazione del consenso di un allineamento multiplo.
F.La determinazione della sequenza corrispondente ad un elettroferogramma. G. La generazione di un elettroferogramma.
Il Basecalling è l’ operazione che determina la sequenza a partire da un elettroferogramma, associando le basi ai
picchi.
Firma:
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