L'attività di ricerca di biofisica computazionale del gruppo guidato dal Prof. Paolo
Ruggerone si collocano nell’ambito di progetti nazionali/internazionali finanziati e
prevedono una forte interazione con gruppi sperimentali.
Lo studio dei sistemi di efflusso batterici è motivato dal continuo aumento della
resistenza batterica agli antibiotici. Sono proprio tali sistemi che contribuiscono alla
sopravvivenza di ceppi batterici sempre più resistenti. La comprensione a livello
microscopico dei meccanismi fisico-chimici alla base del loro funzionamento
rappresenta un prezioso aiuto per la sintesi di composti capaci di limitare, evitare, o
inibire l’azione di tali sistemi.
Il secondo filone di ricerca riguarda proteine essenziali per il virus Ebola, virus
caratterizzato da una estrema mortalità per l’uomo. Lo scopo è di identificare
possibili inibitori di tali proteine, partendo dalle conoscenze microscopiche. Anche
in questo caso lo studio computazionale dei meccanismi di interazione proteinamolecola costituisce un complemento all'indagine sperimentale.
Il terzo filone nasce dall’esigenza di avere tecniche computazionali sempre più
attendibili per affrontare i problemi sopradescritti. In particolare ci occuperemo di
sviluppare un protocollo basato su tecniche di dinamica molecolare per aumentare
il potere predittivo di tecniche di docking molecolare, ampiamente utilizzate per
prevedere le conformazioni e l'energetica nell'interazione fra piccole molecole a
macromolecole (proteine, DNA, etc).
A questo filone è legato un quarto (svolto in collaborazione con il Prof. Matteo
Ceccarelli e il Dr. Andrea Bosin) che riguarda la modellizzazione e la
caratterizzazione fisico-chimica di piccole molecole di interesse medico, e in
particolare composti antimicrobici.
Contatti
Paolo Ruggerone: [email protected]
Attilio Vittorio Vargiu: [email protected]
Giuliano Malloci: [email protected]
