scheda tecnica GD 314 IT rev1

Scheda tecnica
GD 314 Real IL28
GeneDia
Ricerca del polimorfismo rs 8099917 nel gene IL28
mediante Real Time PCR
DESTINAZIONE D’USO: Il dispositivo Real IL28 rs 8099917 è un test “in vitro” per l’identificazione del
polimorfismo(rs8099917) nel gene codificante l’interleuchina a partire da DNA genomico.
IL28, SIGNIFICATO CLINICO.
Il gene IL28B è localizzato nel cromosoma 19 e codifica la citochina
interferone l3 mentre altri due geni adiacenti IL29 e IL 28A che codificano l’interferone l2 e l’interferone l1,
coinvolti nella soppressione della replicazione virale.
Numerosi GWAS (Genome Wide Association Studies) hanno evidenziato il ruolo di alcuni SPNs (Short
Nucleotide Polymorphism) in prossimità o in corrispondenza del gene IL28B, nella risposta terapeutica del
paziente al trattamento antiHCV.
Le linee guida pubblicate nel 2011 dalla European Medicines Agency “Guideline on clinical evaluation of
medicinal products for the treatment of chronic hepatitis C” introducono il polimorfismo IL28B tra le determinanti
del successo/insuccesso della risposta al trattamento con interferone.
Le variazioni geniche dell’interleuchina 28 sono associate alla risposta virale al trattamento con PegInterferone-alfa-2a (PegIFN-alfa-2a) e ribavirina (RBV).
L’espressione del polimorfismo SNP (Short Nucleotide Polymorphism) “rs12979860” sostituzione C/
T nella sequenza del promotore a monte del gene umano che codifica per la citochina “Interleuchina
B” (IL28B ) localizzato sul cromosoma 19, è indotta ed attivata dalle infezioni virali.
In letteratura è stato dimostrato come vi siano infatti genotipi favorevoli al trattamento (C/C) e genotipi non
favorevoli (C/T e T/T).I pazienti con genotipo C/C hanno mostrato alta percentuale di risposta virologica
sostenuta (SVR) del 55-80% rispetto al 20-40% per gli individui con il genotipo C/T o T/T.
Un SNP, rs8099917, nella regione compresa tra il gene IL-28A e IL-28B, ha dimostrato di essere associato alla
risposta alla terapia, l‘allele minore G di tale SNP è risultato essere predittivo di non risposta virologica alla
terapia con una sensibilità del 57% e una specificità del 63%, con l‘associazione più forte osservata nei casi di
omozigosi G/G.
Studi di meta analysis, condotti nel 2012, suggeriscono che gli
SNP di IL28B sono utili predittori per la risposta virologica nei
pazienti con infezione da HCV con genotipo 1 o 4 durante il
trattamento con PegIFN / RBV.
Distribuzione del sesso per ogni genotipo suddivisi in
base al tasso di clearance spontanea di HCV.
Le barre rappresentano la percentuale totale di clearence spontanea
HCV per alleli protettivi (TT per il polimorfismo rs 8099917 e CC
per il polimorfismo rs 12979860) e non protettivi (GT e GG per l’rs
8099917 e CT e TT per l’rs 12979860).
I numeri tra le barre indicano la percentuale di clearence spontanea
dell’ HCV per maschi e femmine per ogni allele.
Fonte: Gender and IL28 predict spontaneous HCV clearence by
Van de Berg et at. in PlosOne vol.6 November 2011.
PRINCIPIO
DEL
METODO Il dispositivo GD 314 Real IL28 rs8099917 consente la ricerca del
polimorfismo (rs 8099917) per l’interleuchina 28 (IL28) in campioni contenenti DNA genomico
estratto da sangue intero. La procedura analitica, eseguita in Real Time PCR, consente la genotipizzazione,
mediante l’utilizzo di due probes allele specifici.
SCHEDA
TECNICA
DISPOSITIVO GD 314 REAL IL28 REV. 1
DEL
02-07-2014
AMPLIFICAZIONE E RIVELAZIONE
La reazione d’amplificazione utilizza due sonde allele specifiche che consentono la discriminazione allelica.
La fluorescenza emessa dalle due sonde, in due canali distinti (FAM e JOE) durante la fase d’estensione
permette al termine della reazione di determinare la presenza dell’allele ricercato.
•
La presenza di un segnale d’amplificazione nel canale del FAM è relativo all’allele G
•
La presenza di un segnale d’amplificazione nel canale del JOE è relativo all’allele T
Completata la reazione d’amplificazione il software visualizza il segnale d’amplificazione per i due canali
(FAM e JOE) e selezionando un campione per volta è possibile verificare la presenza dell’allele ricercato.
Fig.1 Esempio di campione omozigote G/G
Fig.2 Esempio di campione omozigote T/T
Fig.3 Esempio di campione eterozigote T/G
PLOT DI DISCRIMINAZIONE ALLELICA
La normalizzazione dei due segnali
d’amplificazione e la determinazione
del Ciclo Soglia del campione, nei
canali FAM e JOE, consente al software
per la discriminazione allelica di fornire
il genotipo del campione in esame.
No.
1
Name
Sample 1 •-----•
•-----•
2
Sample 2
9
Sample 9 •------•
Genotype
ALLELE T
Cycling A.Green Cycling A.Yellow
No Reaction
Reaction
Heterozygous G/T
Reaction
Reaction
ALLELE G
Reaction
No Reaction
SVILUPPATO E PRODOTTO IN ITALIA DA: GeneDia S.R.L.: VIA LOMBARDA, 169/A – 55013 LAMMARI (LU) TEL./FAX +39(0)583 962672 – EMAIL [email protected] ; WWW.GENEDIA.IT
GD 314 REAL IL28
APPLICABILITÀ
Estratti di gDNA
VOLUME DEL CAMPIONE
Minimo 10 microlitri
NUMERO DI TEST:
40 reazioni
SPECIFICITÀ
rs8099917
Bio-Rad: CFX96™- iQ™5.
PROTOCOLLO VALIDATO PER STRUMENTAZIONE Qiagen: Rotor-Gene® Q- Rotor-Gene® 6000-Rotor-Gene® 3000.
Applied Biosystems: 7500- 7300- 7000- StepOne™ e StepOnePlus™
CONSERVAZIONE:
a -20°C (spedizione refrigerata)
STABILITÀ:
24 mesi se correttamente conservato.
REAGENTI RICHIESTI:
Dispositivo per l’estrazione del gDNA da sangue periferico
(GD 241 Spin blood mini kit).
NON COMPRESI NEL KIT
DISPOSITIVI CORRELATI
GD 311 REAL IL28B
APPLICABILITÀ
Estratti di gDNA
VOLUME DEL CAMPIONE
Minimo 10 microlitri
NUMERO DI TEST:
40 reazioni
SPECIFICITÀ
rs12979860
Bio-Rad: CFX96™- iQ™5.
PROTOCOLLO VALIDATO PER STRUMENTAZIONE Qiagen: Rotor-Gene® Q- Rotor-Gene® 6000-Rotor-Gene® 3000.
Applied Biosystems: 7500- 7300- 7000- StepOne™ e StepOnePlus™
CONSERVAZIONE:
a -20°C (spedizione refrigerata)
STABILITÀ:
24 mesi se correttamente conservato.
REAGENTI RICHIESTI:
NON COMPRESI NEL KIT
Dispositivo per l’estrazione del gDNA da sangue periferico
BIBLIOGRAFIA:
• Thomas DL, Thio CL, Martin MP, et al. Genetic variation in IL28B and spontaneous clearance of hepatitis C virus. Nature 2009;461:798–80.
• McHutchison JG, Thomson AJ, Jacobson IM, et al. Pharmacogenomic analysis reveals improved virologic response in all IL28B genotypes in naive genotype 1 chronic HCV patients treated
with GI-5005 therapeutic vaccine plus PEG-IFN/Ribavirin. J Hepatol 2010:52(Suppl):S457.
• Thio CL, Thomas DL. Interleukin-28b: a key piece of the hepatitis C virus recovery puzzle. Gastroenterology 2010;138: 1240–1243.
• Guideline on clinical evaluation of medicinal products for the treatment of chronic hepatitis C 20 January 2011 EMEA/CHMP/51240/2011 Committee for Medicinal Products for Human Use
(CHMP)
• Mangia A, Thompson AJ, Santoro R, Piazzolla V, Copetti M, et al. (2011) Limited use of interleukin 28B in the setting of response-guided treatment with detailed on-treatment virological
monitoring. Hepatology 54: 772–780.
• de Rueda PM, Lopez-Nevot MA, Saenz-Lopez P, Casado J, Martin-Casares A,et al. (2011) Importance of host genetic factors HLA and IL28B as predictors of response to pegylated interferon
and ribavirin. Am J Gastroenterol 106: 1246–1254.
SVILUPPATO E PRODOTTO IN ITALIA DA: GeneDia S.R.L.: VIA LOMBARDA, 169/A – 55013 LAMMARI (LU) TEL./FAX +39(0)583 962672 – EMAIL [email protected] ; WWW.GENEDIA.IT