Scheda tecnica GD 314 Real IL28 GeneDia Ricerca del polimorfismo rs 8099917 nel gene IL28 mediante Real Time PCR DESTINAZIONE D’USO: Il dispositivo Real IL28 rs 8099917 è un test “in vitro” per l’identificazione del polimorfismo(rs8099917) nel gene codificante l’interleuchina a partire da DNA genomico. IL28, SIGNIFICATO CLINICO. Il gene IL28B è localizzato nel cromosoma 19 e codifica la citochina interferone l3 mentre altri due geni adiacenti IL29 e IL 28A che codificano l’interferone l2 e l’interferone l1, coinvolti nella soppressione della replicazione virale. Numerosi GWAS (Genome Wide Association Studies) hanno evidenziato il ruolo di alcuni SPNs (Short Nucleotide Polymorphism) in prossimità o in corrispondenza del gene IL28B, nella risposta terapeutica del paziente al trattamento antiHCV. Le linee guida pubblicate nel 2011 dalla European Medicines Agency “Guideline on clinical evaluation of medicinal products for the treatment of chronic hepatitis C” introducono il polimorfismo IL28B tra le determinanti del successo/insuccesso della risposta al trattamento con interferone. Le variazioni geniche dell’interleuchina 28 sono associate alla risposta virale al trattamento con PegInterferone-alfa-2a (PegIFN-alfa-2a) e ribavirina (RBV). L’espressione del polimorfismo SNP (Short Nucleotide Polymorphism) “rs12979860” sostituzione C/ T nella sequenza del promotore a monte del gene umano che codifica per la citochina “Interleuchina B” (IL28B ) localizzato sul cromosoma 19, è indotta ed attivata dalle infezioni virali. In letteratura è stato dimostrato come vi siano infatti genotipi favorevoli al trattamento (C/C) e genotipi non favorevoli (C/T e T/T).I pazienti con genotipo C/C hanno mostrato alta percentuale di risposta virologica sostenuta (SVR) del 55-80% rispetto al 20-40% per gli individui con il genotipo C/T o T/T. Un SNP, rs8099917, nella regione compresa tra il gene IL-28A e IL-28B, ha dimostrato di essere associato alla risposta alla terapia, l‘allele minore G di tale SNP è risultato essere predittivo di non risposta virologica alla terapia con una sensibilità del 57% e una specificità del 63%, con l‘associazione più forte osservata nei casi di omozigosi G/G. Studi di meta analysis, condotti nel 2012, suggeriscono che gli SNP di IL28B sono utili predittori per la risposta virologica nei pazienti con infezione da HCV con genotipo 1 o 4 durante il trattamento con PegIFN / RBV. Distribuzione del sesso per ogni genotipo suddivisi in base al tasso di clearance spontanea di HCV. Le barre rappresentano la percentuale totale di clearence spontanea HCV per alleli protettivi (TT per il polimorfismo rs 8099917 e CC per il polimorfismo rs 12979860) e non protettivi (GT e GG per l’rs 8099917 e CT e TT per l’rs 12979860). I numeri tra le barre indicano la percentuale di clearence spontanea dell’ HCV per maschi e femmine per ogni allele. Fonte: Gender and IL28 predict spontaneous HCV clearence by Van de Berg et at. in PlosOne vol.6 November 2011. PRINCIPIO DEL METODO Il dispositivo GD 314 Real IL28 rs8099917 consente la ricerca del polimorfismo (rs 8099917) per l’interleuchina 28 (IL28) in campioni contenenti DNA genomico estratto da sangue intero. La procedura analitica, eseguita in Real Time PCR, consente la genotipizzazione, mediante l’utilizzo di due probes allele specifici. SCHEDA TECNICA DISPOSITIVO GD 314 REAL IL28 REV. 1 DEL 02-07-2014 AMPLIFICAZIONE E RIVELAZIONE La reazione d’amplificazione utilizza due sonde allele specifiche che consentono la discriminazione allelica. La fluorescenza emessa dalle due sonde, in due canali distinti (FAM e JOE) durante la fase d’estensione permette al termine della reazione di determinare la presenza dell’allele ricercato. • La presenza di un segnale d’amplificazione nel canale del FAM è relativo all’allele G • La presenza di un segnale d’amplificazione nel canale del JOE è relativo all’allele T Completata la reazione d’amplificazione il software visualizza il segnale d’amplificazione per i due canali (FAM e JOE) e selezionando un campione per volta è possibile verificare la presenza dell’allele ricercato. Fig.1 Esempio di campione omozigote G/G Fig.2 Esempio di campione omozigote T/T Fig.3 Esempio di campione eterozigote T/G PLOT DI DISCRIMINAZIONE ALLELICA La normalizzazione dei due segnali d’amplificazione e la determinazione del Ciclo Soglia del campione, nei canali FAM e JOE, consente al software per la discriminazione allelica di fornire il genotipo del campione in esame. No. 1 Name Sample 1 •-----• •-----• 2 Sample 2 9 Sample 9 •------• Genotype ALLELE T Cycling A.Green Cycling A.Yellow No Reaction Reaction Heterozygous G/T Reaction Reaction ALLELE G Reaction No Reaction SVILUPPATO E PRODOTTO IN ITALIA DA: GeneDia S.R.L.: VIA LOMBARDA, 169/A – 55013 LAMMARI (LU) TEL./FAX +39(0)583 962672 – EMAIL [email protected] ; WWW.GENEDIA.IT GD 314 REAL IL28 APPLICABILITÀ Estratti di gDNA VOLUME DEL CAMPIONE Minimo 10 microlitri NUMERO DI TEST: 40 reazioni SPECIFICITÀ rs8099917 Bio-Rad: CFX96™- iQ™5. PROTOCOLLO VALIDATO PER STRUMENTAZIONE Qiagen: Rotor-Gene® Q- Rotor-Gene® 6000-Rotor-Gene® 3000. Applied Biosystems: 7500- 7300- 7000- StepOne™ e StepOnePlus™ CONSERVAZIONE: a -20°C (spedizione refrigerata) STABILITÀ: 24 mesi se correttamente conservato. REAGENTI RICHIESTI: Dispositivo per l’estrazione del gDNA da sangue periferico (GD 241 Spin blood mini kit). NON COMPRESI NEL KIT DISPOSITIVI CORRELATI GD 311 REAL IL28B APPLICABILITÀ Estratti di gDNA VOLUME DEL CAMPIONE Minimo 10 microlitri NUMERO DI TEST: 40 reazioni SPECIFICITÀ rs12979860 Bio-Rad: CFX96™- iQ™5. PROTOCOLLO VALIDATO PER STRUMENTAZIONE Qiagen: Rotor-Gene® Q- Rotor-Gene® 6000-Rotor-Gene® 3000. Applied Biosystems: 7500- 7300- 7000- StepOne™ e StepOnePlus™ CONSERVAZIONE: a -20°C (spedizione refrigerata) STABILITÀ: 24 mesi se correttamente conservato. REAGENTI RICHIESTI: NON COMPRESI NEL KIT Dispositivo per l’estrazione del gDNA da sangue periferico BIBLIOGRAFIA: • Thomas DL, Thio CL, Martin MP, et al. 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(2011) Importance of host genetic factors HLA and IL28B as predictors of response to pegylated interferon and ribavirin. Am J Gastroenterol 106: 1246–1254. SVILUPPATO E PRODOTTO IN ITALIA DA: GeneDia S.R.L.: VIA LOMBARDA, 169/A – 55013 LAMMARI (LU) TEL./FAX +39(0)583 962672 – EMAIL [email protected] ; WWW.GENEDIA.IT