Università degli Studi di Siena XXI ciclo della Scuola di Dottorato di Ricerca in Scienze Chimiche Relazione I anno Studio cristallografico di complessi enzima-inibitore di timidilato sintasi La timidilato sintasi (TS) è un enzima chiave nell’ ambito della riproduzione cellulare in quanto catalizza uno step fondamentale nella sintesi degli acidi nucleici (DNA) ossia la reazione di metilazione della 2'-desossiuridina-5'monofosfato (dUMP) a 2'-desossitimidina-5'-monofosfato (dTMP). + 5,10metilentetra idrofolato -> + diidro folato La TS è pertanto considerata un ottimo target nella chemioterapia antitumorale e potenziale target nelle infezioni parassitarie e batteriche. Esistono molte molecole in grado di inibire questo enzima, come gli analoghi del cofattore folato e del substrato dUMP che però inducono fenomeni di resistenza (2). Pertanto composti che presentano attività di inibizione nei confronti di questo step metabolico sono dei potenziali farmaci antiproliferativi. Lo studio strutturale è rivolto a comprendere i meccanismi alla base dell'interazione tra la timidilato sintasi e alcuni potenziali inibitori. Inizialmente ci siamo concentrati sulla messa a punto del protocollo di cristallizzazione della proteina e dei complessi proteina+inibitore. Uno dei problemi che abbiamo notato è stato quello legato alla solubilità degli inibitori diversa da quella degli enzimi. Gli inibitori sono solubili in solventi organici, mentre l'enzima cristallizza in soluzioni acquose, perciò abbiamo dovuto trovare solventi organici totalmente o parzialmente solubili in acqua e determinare le loro concentrazioni massime tali da essere compatibili con i cristalli. Abbiamo preso in esame la timidilato sintasi di due batteri: Pneumocisti carini e Enterococcus faecalis. Per quanto riguarda TS da P. carini ho fatto uno screening per determinare le condizioni di cristallizzazione della apo-proteina e uno screening con la tecnica del seeding con tutti i potenziali inibitori che erano stati scelti, mantenendo fissa la concentrazione della proteina e variando la concentrazione di solvente organico nelle soluzioni di cristallizzazione usate. Anche nel caso di E. faecalis ho proceduto a determinare le condizioni di cristallizzazione ed in entrambi i casi si sono formati alcuni aggregati cristallini. Sicuramente per migliorare l'ottenimento dei cristalli sia della apo-proteina sia dei complessi proteina+inibitore dovremo concentrarci soprattutto sui metodi di cristallizzazione e cocristallizzazione e soaking. Bibliografia 1. Sandanayaka, V. P. & Prashad, A. S. (2002). Resistance to beta-lactam antibiotics: structure and mechanism based design of beta-lactamase inhibitors. Curr. Med. Chem. 9, 1145-1165. 2. Jackman, A.L. et al., Anti-cancer drug design, 10, 573-589, 1995.