Ecologia microbica
-Biodiversità: isolamento identificazione e
quantizzazione dei microrganismi nei diversi
habitat;
-Attività microbica: studio di ciò che i
microrganismi fanno nel loro ambiente
Analisi delle comunità microbiche
-Metodi colturali: isolamento e coltivazione
delle diverse componenti di una comunità;
-Metodi
molecolari:
identificazione
e
quantizzazione delle diverse componenti di
una comunità senza coltivarli.
Coltura di arricchimento
Il terreno (i nutrienti) e l’insieme delle condizioni di
incubazione sono scelte in modo da essere selettive per
l’organismo desiderato e controselettive per gli
organismi non desiderati.
Fornisce informazioni solo sulla presenza di un
determinato microrganismo in un campione ambientale
ma non sulla sua importanza ecologica né sulla sua
abbondanza.
Esempio: isolamento del batterio azotofissatore Azotobacter
La colonna di Vinogradskij: ecosistema anossico miniaturizzato
(microcosmo) utilizzato per l’arricchimento e l’isolamento di:
- batteri fototrofi purpurei e verdi
- batteri solfato riduttori
- batteri anaerobi
(fotosintesi ossigenica)
(chemiolitotrofia)
(fotosintesi anossigenica)
CaCO3
(respirazione anaerobica)
Metodi per ottenere colture pure:
Metodo dello striscio:
Metodo delle diluizioni seriali in mezzo liquido o solido:
Metodi per ottenere colture pure:
Metodo della micromanipolazione con un raggio laser:
Analisi quantitativa di una comunità microbica:
colorazione e osservazione al microscopio
DAPI (4’,6-diamido-2-fenilindolo)
fluorocromo che lega gli acidi nucleici e non
reagisce con materiale inerte
LIVE/DEAD
Bac Light Bacterial Viability Stain
- Colorante verde: penetra in tutte le cellule
- Colorante rosso: penetra solo nelle cellule
morte
ANTICORPI
FLUORESCENTI
Microcolonie di
Sulfolobus acidocaldarius
GFP
(Green Fluorescent Protein)
Cellule di
Pseudomonas fluorescens
