Rinnovo assegno di ricerca periodo 01/01/2011 – 31/12/2011
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Attivazione assegno di ricerca periodo 01/05/2012 – 31/04/2013 Titolo: Progettazione e sintesi di peptidi per la mappatura epitopica di proteine di interesse diagnostico Settore scientifico-disciplinare: CHIM/08 Chimica Farmaceutica Responsabile Scientifico: Prof. Paolo Rovero Per “epitope mapping” si intende il processo che porta all’identificazione dei siti di legame degli anticorpi sui loro antigeni bersaglio di natura proteica. L’identificazione e la caratterizzazione di tali regioni di legame può essere utile sia nella ricerca che nello sviluppo di nuovi farmaci o vaccini, sia nel campo della diagnostica. Gli epitopi (ovvero i siti di legame per gli anticorpi presenti sulle proteine) possono essere di due tipi: lineari o conformazionali Gli epitopi lineari sono formati da aminoacidi adiacenti, mentre gli epitopi conformazionali sono costituiti da regioni aminoacidiche discontinue che vengono portate in vicinanza all’interno della struttura tridimensionale della proteina. La maggior parte delle interazioni antigene-anticorpo avviene mediante epitopi conformazionali [1]. I peptidi sintetici sono in grado di mimare in maniera efficiente epitopi sia di tipo lineare che conformazionale. Eseguire un epitope mapping su antigeni complessi è spesso problematico, perché tali antigeni sono difficoltosi da esprimere e purificare. A questo proposito, un metodo efficace è basato sullo scanning di peptidi sintetici (metodica chiamata pepscan analysis). Questa tecnica utilizza una libreria di sequenze peptidiche costituita da segmenti sovrapposti della proteina target e testa la loro capacità di legare gli anticorpi di interesse tramite opportune metodiche, ad es. saggi immunoezimatici su piastra (ELISA). Il metodo è rapido, piuttosto economico e particolarmente adatto per effettuare l’identificazione di epitopi riconosciuti su una particolare proteina bersaglio da parte di diversi anticorpi. La mappatura di epitopi conformazionali può essere effettuata con alta affidabilità e precisione combinando sequenze peptidiche non adiacenti presenti in zone differenti della proteina bersaglio ed imponendo la rigidità conformazionale sulla struttura così ottenuta (peptidi conformationally constrained). Sulla base di quanto detto, questo programma di ricerca sarà basato sul disegno e sulla sintesi di peptidi da utilizzare per l’epitope mapping di proteine d’interesse diagnostico, come ad esempio proteine di origine batterica. Sarà necessario analizzare sia semplici peptidi lineari (epitopi lineari) che peptidi conformazionalmente vincolati (mimetici di epitopi conformazionali). Riferimenti 1. Westwood MR., Hay. FC. (2001). Epitope Mapping: a practical approach. Oxford, Oxfordshire. Oxford University Press.
