Prof: Branca MEDICINA DI LABORATORIO: Microbiologia Clinica 06/04/06 ore:12.00-13.30 ESAME MICROBIOLOGICO PER I BATTERI, PER I VIRUS, PER I PARASSITI E PER I MICETI Per prima cosa la richiesta parte dal clinico che ha un preciso sospetto di una malattia e, conseguentemente, richiede al laboratorio un determinato esame; laddove possibile,si può cercare o l’agente infettivo o i suoi prodotti, oppure seguire la risposta anticorpale. L’ideale sarebbe avere tutte e due e cioè un riscontro dell’agente infettivo( batteri, parassiti, virus o miceti) e un riscontro del movimento anticorpale. Talvolta questo non è possibile; spesso perché l’agente infettivo, per poter essere isolato, permane poco: es: VIRUS EPATITE A: è un virus che da epatite alimentare, si elimina con le feci, dove però non permane a lungo, quindi è infruttuoso andarlo a ricercare in questa sede e si cercano di conseguenza gli anticorpi. GASTROENTERITE DA SALMONELLA: La salmonella permane nelle feci per un periodo breve,è più difficile isolarla. Quindi è difficile isolare alcuni microrganismi perché o non sono in grande numero o sono biofragili o non sono coltivabili; a questo punto ci aiuta la risposta anticorpale, cioè vedere se sono presenti nel sangue IGM,IGG; oppure ci possono essere dei microrganismi reperibili facilmente in un distretto ma che non danno una risposta anticorpale significativa perché hanno antigeni comuni ad altri microrganismi oppure perché danno un’infezione localizzata. Di conseguenza è difficile ricercare gli anticorpi. Tutto questo vale per i BATTERI, perché i virus, nella maggior parte dei casi, danno una viremia e quindi una risposta anticorpale più significativa.Per i batteri non c’è sempre una batteriemia seguita poi dalla scelta dell’organo da colonizzare, ma, in genere, esso arriva subito in quel distretto dove da infezione. Il medico sospetta una malattia infettiva Tessuti e campioni clinici devono essere prelevati I campioni devono essere successivamente inviati in laboratorio Il laboratorio, in base ai risultati, fa diagnosi di infezione MALATTIA SOSPETTA CAMPIONE CLINICO Faringite tampone Polmonite escreato,lavaggio bronco-alveolare, liquido pleurico o sangue (in caso di batteriemia o se si vogliono cercare anticorpi) Endocardite sangue:nelle infezioni a livello cardiaco si possono avere microrganismi nelle vv cardiache che vanno in circolo periodicamente. Infezioni delle vie urinarie alte urina, sangue( perché, nel caso di infezioni renali, i germi raggiungono il sangue attraverso la via linfatica). Infezioni basse vie urinarie ( cistiti ) urine Gastroenteriti, Enterocoliti feci Febbre enterica ( febbre tifoide ) feci, sangue, midollo ( qto è uno dei pochi casi in cui la diagnosi da infezione corrisponde alla diagnosi da malattia ). Febbre di origine sconosciuta feci, urine, liquor, sangue. Osteomielite midollo, sangue Meningite liquor, sangue Artrite settica liquido sinoviale In conclusione, se si ha un sospetto clinico, ci sono dei materiali che devono essere prelevati per vedere se è possibile ricercare l’agente eziologico.E questo vale per tutti i microrganismi, non solo per i batteri. VARI SITI DEI PROCESSI INFETTIVI -infezioni orofaringee -sepsi, endocarditi, partono dal cuore -gastroenteriti -peritoniti -polmoniti -inf.genitali e urogenitali -inf. Oculari -ascessi cerebrali ecc. Alla fine spetta al microbiologo ricercare i microrganismi che hanno dato infezione in quel distretto. La maggior parte dei microrganismi ha un tropismo particolare per un determinato organo. Es: -salmonella: intestino, quindi gastroenterite -Neisseria Meningitis: meningite Quindi, ci sono dei siti dove i microrganismi danno infezione e li noi possiamo ricercarli orientandoci solo su essi. Oppure ricerchiamo tutti i microrganismi che possono aver dato infezione in quel distretto. Il laboratorio di microbiologia, in base ai risultati ottenuti, da diagnosi da infezione. Deve anche fornire la prova di sensibilità agli antibiotici. Da quello detto fino ad ora si evince che il prelievo del campione è importante perché da esso parte poi tutta la nostra analisi; esso deve essere fatto con i criteri descritti precedentemente. I test di laboratorio sono effettuati per evidenziare un microrganismo e i suoi prodotti o per mettere in evidenza la risposta immune del paziente all’infezione ( produzione di anticorpi ). DIAGNOSI DIRETTA Esistono vari modi per identificare i microrganismi: 1. approccio al microscopio: è importante nei distretti sterili,altrimenti avremmo una moltitudine di microrganismi inutili da analizzare. È utile per lo studio di batteri e miceti. Es: esame di un liquor : è un ambiente sterile, per cui se in esso troviamo ad esempio un gram negativo abbiamo il sospetto che sia una “Neisseria Meningitis”. È possibile effettuare l’esame al microscopio: con colorazione semplice: evidenziano la morfologia dei batteri con colorazioni specifiche x determinati microrganismi: -colorazione GRAM + -colorazione GRAMEntrambe ci danno informazioni sulla struttura della parete cellulare e ci dicono quali sono gli antibiotici a cui sono positivi i gram+ e i gram-. -colorazione specifica x specifici microrganismi: es:DIFTERITE: è una malattia endemica in russia.La colorazione di “ Lefler” mette in evidenza il “ corinae bacterium difteriae “ TUBERCOLOSI: colorazione di “ Zihel-Neelson” . sistemi a fluorescenza: dal materiale clinico usiamo anticorpi fluorescenti, che legandosi ad un determinato batterio lo rendono fluorescente e visibile al microscopio a fluorescenza. È utile anche per saggiare la bontà del campione: es: FLOGOSI: ci sarà la presenza dei polimorfonucleati, altrimenti troveremo saliva. 2. microscopia al fresco: è utile per i parassiti. La differenza tra i parassiti e i batteri è che il parassita è strutturato all’interno ed è più grande del batterio.Al microscopio morfologicamente sono distinguibili. 3. microscopia elettronica: utile per i virus. IDENTIFICAZIONE DI UN MICRORGANISMO: a) Osservazione a occhio nudo: osservazione del microrganismo x i batteri e i miceti. b) Microscopia. c) Test di sensibilità agli antibiotici: x i batteri e i miceti ( l’antibiogramma o l’ antimicogramma). L’identificazione si può fare o identificando il microrganismo e classificandolo ( batterio, micete o virus) oppure identificando uno specifico prodotto microbico. IDENTIFICAZIONE DI UNO SPECIFICO PRODOTTO: a) Antigeni di parete b) Antigeni extracellulari ( tossine ) c) Sequenze geniche specifiche METODI: a) Agglutinazione: reazione antigene-anticorpo b) Immunoflorescenza c) Cromatografia d) Probes e) Amplificazione genica ESAME COLTURALE: identificazione e test di sensibilità agli antibiotici. L’esame colturale si può fare anche per i virus però i tempi di crescita per un virus sono molto lunghi ( 2-3 settimane) e poi vanno fatti in colture cellulari. Ci sono anche virus che non danno un effetto citopatico particolarmente evidente, con una difficoltà notevole ad identificarli. L’esame colturale è sempre il più importante della microbiologia clinica ma, laddove non possiamo fare questo andiamo a cercare gli anticorpi. L’identificazione batterica si basa, sia per i batteri che per i miceti, sull’utilizzazione di determinate sostanze da parte di questi microrganismi, sostanze che noi immettiamo nei terreni di coltura dove facciamo crescere il batterio; la risultante dell’utilizzo o meno viene vista con una variazione cromatica, avendo messo degli indicatori nel terreno di coltura che, al variare del ph ,che varia con l’utilizzazione o meno di una sostanza, faranno variare il colore. Es: zuccheri: sono una fonte di carbonio che i batteri li utilizzano.A seconda del pattern enzimatico che ogni batterio possiede, verranno consumati particolari zuccheri. PRINCIPALI PROVE BIOCHIMICHE X L’IDENTIFICAZIONE BATTERICA: a) b) c) d) e) f) g) h) i) Idrolisi zuccheri ( glucosio, saccarosio, lattosio ecc) Produzione della CATALASI ( es.streptococchi-, stafilococchi+ ) Utilizzazione del citrato come fonte energetica Produzione della coagulasi Produzione della decarbossilasi e deaminasi x la digestione di aa ( lisina, arginina) Produzione di H2S Produzione di nitrasi Produzione di ossidasi Produzione di ureasi SCHEMA Storia ed esaminazione ↓ Diagnosi differenziale ↓ Materiali clinici microscopio diagnosi trattamento coltura suscettibilità diagnosi trattamento ↓ Identific.microrganismo(con prove biochimiche,sierologiche) diagnositrattam. -fagi - batteriocine ( sostanze che producono e distruggono i batteri) -diagnostica molecolare ( nei casi in cui nn è poss. Identificare il microrganismo). sierologia. L’ultimo punto è la diagnosi di infezione, con cui viene preparata la risposta dell’esame. Serena Monaco