Daniela Scala - Corso di Laurea in Informazione Scientifica sul

ESAME DI DOCUMENTAZIONE ED
INFORMAZIONE SCIENTIFICA
Docente: Prof.ssa Daniela Scala
Tutor: dott.ssa Barbara Andria
dott.ssa Maria Luisa Mazzella
dott. Santolo Cozzolino
dott.ssa Ilaria Uomo
Ricevimento
Martedì 15.00-16.00
Giovedì 15.00-16.00
c/o Centro di Biotecnologie
Ospedale Cardarelli
padiglione Y
Via Antonio Cardarelli, 9
Tel. 081 7473433/7472037
E-mail di riferimento:
[email protected]
[email protected]
Su internet troviamo un mare di informazioni…
...con strategie e percorsi
diversi possiamo
“pescare”quelle a noi utili
Gli obiettivi del corso
1) Presentare un focus
2) Produrre un abstract
3) Produrre un focus
1) Presentare un focus
Durata non superiore ai 7 minuti
2) Produrre un abstract
Nell’abstract
allo
studente
è
richiesto
di
descrivere
dettagliatamente la strategia di ricerca ed il percorso seguito
per il reperimento del materiale utilizzato per la produzione
della presentazione e del focus.
2) Produrre un abstract
L’abstract non dovrà avere una lunghezza superiore alle 700
parole e dovrà essere articolato come segue:
Introduzione: in cui lo studente introdurrà il lavoro che gli è
stato chiesto di svolgere;
Materiali e metodi: lo studente dovrà descrivere quali motori
di ricerca e quali banche dati ha consultato, quali sono le parole
chiavi, quali gli operatori booleani e quali le funzioni di Pubmed
utilizzate;
Risultati: in questa sezione dovranno essere riportati il numero
di documenti e di riferimenti bibliografici reperiti;
Conclusioni: lo studente dovrà brevemente riassumere i
risultati della sua ricerca
2) Produrre un abstract
3) Produrre un focus
Non più di dieci quesiti aperti con le relative risposte
corredato di immagini e bibliografia
Farmaci
Patologie
Dispositivi
• Lo studente dovrà allegare all’abstract una rassegna
bibliografica di tutti i riferimenti bibliografici presenti in
letteratura sull’argomento assegnato, riportando mimimo 10
full text.
• Al termine del corso saranno organizzate 2 o 3 sessioni
dedicate alla presentazione degli elaborati in Power Point ed
alla consegna del focus e dell’abstract. In alternativa gli
elaborati potranno essere presentati anche in sede di esame.
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
Prima…
dopo la prima lezione…
Le Fonti dell’Informazione Biomedica
Fonti orali
Il Collega esperto: lo specializzando più anziano, un docente
dell’Università, uno specialista noto a livello nazionale o
internazionale.
• E-mail
• Liste di discussione
• Forum
Fonti scritte
• Libri
• Trattati
• Atti di Congressi
• Enciclopedie mediche…
• Riviste
• Riviste scientifiche con revisori (“peer review”)
• Riviste istituzionali (di enti, associazioni, ministeri)
• Riviste a pubblicazione discrezionale
• Riviste mediche divulgative (“usa e getta”)
• Motori di ricerca
• Banche Dati
FONTI PRIMARIE
FORNISCONO INFORMAZIONI “NUOVE” PRESENTATE
COME ARTICOLO ORIGINALE.
Es.= le Riviste Scientifiche, il materiale prodotto dall’industria
L’Impact Factor (IF) indica l’impatto di una rivista sulla
comunità scientifica.
Esso misura quante volte degli articoli pubblicati su una data
rivista sono citati fra le voci bibliografiche di una grossa serie
di riviste indicizzate dall’ISI (Institute for Scientific
Information).
Dati 2003
Esercizio numero 1
Trovare l’IF relativo agli anni 2002, 2003 e 2004 delle
seguenti riviste a carattere scientifico e descrivere il
percorso seguito per la ricerca dei risultati, riportando
risultati ed eventuali commenti:
- The Lancet
- Cell
- Nature
- Neurosurgery
- Prostate
- Radiology
- Transplantation
- Focus
FONTI SECONDARIE
RIASSUNTI DI ARTICOLI
ARTICOLI INTERI (full text)
INDICI BIBLIOGRAFICI
REVIEWS
LINEE
GUIDA
EFFICACIA
BANCHE DATI
BASATE
SULLE
PROVE
DI
Evoluzione
dei
documenti
secondari:
dal
supporto cartaceo all’accesso elettronico
Anni ‘60: indici bibliografici e cataloghi sempre meno
accessibili a causa dell’enorme quantità di
informazioni che contengono
Anni ‘70: nascita degli archivi elettronici (banche dati
bibliografiche e cataloghi)
Anni ‘80: sviluppo delle banche dati su cd-rom
1992: nascita del web con il passaggio dall’accesso
locale all’informazione all’accesso remoto in qualsiasi
momento ed ovunque si trovi
Che cosa è l’abstract?
E’ una delle parti più consultate di un articolo.
Inserito prima del testo, permette al lettore di
comprendere subito il contenuto, entrando così nel
vivo dell’argomento trattato.
La lunghezza “ideale” si aggira intorno a 200-300
parole.
“ Non è che il racconto deve essere necessariamente
lungo, ma è troppo lungo abbreviarlo”
(Thoreau)
“ Ho scritto questa lettera più lunga del solito, perché
mi è mancato il tempo per abbreviarla”
(Pascal)
Di quali parti è composto?
1
2
3
4
Cosa non deve contenere?
• dati aggiuntivi rispetto al full text;
• tabelle, grafici e riferimenti diretti ad essi;
• descrizioni dettagliate degli esperimenti e delle
apparecchiature;
• riferimenti alla letteratura.
Che cosa è la review?
In italiano vuol dire recensione, critica, rassegna.
S’intende una sintesi critica dei lavori pubblicati su
uno specifico argomento.
E’ una revisione della letteratura finalizzata
all’aggiornamento.
Che cosa è la rassegna sistematica?
Essa si basa sull’analisi rigorosa delle evidenze
che scaturiscono dall’attenta valutazione della
migliore letteratura disponibile su un argomento,
secondo criteri di qualità ormai comunemente
condivisi.
E’ una rete internazionale, fondata nel 1993, di operatori
sanitari impegnati nella produzione e nella revisione periodica
di revisioni sistematiche sull’efficacia degli interventi medici.
Queste revisioni rappresentano una sintesi delle evidenze
scientifiche selezionate e validate con rigorosa metodologia
standardizzata (tutti utilizzano i medesimi strumenti).
I prodotti della Cochrane Collaboration sono raccolti e diffusi
in una pubblicazione elettronica denominata Cochrane Library,
che rappresenta un vero e proprio database aggiornato
trimestralmente. Attualmente la Cochrane Library contiene più
di 1160 revisioni sistematiche e più di 650 protocolli di
revisioni in corso. Inoltre è presente anche un’estesa
bibliografia di revisioni sistematiche pubblicate nella
letteratura scientifica.
Che cosa è l’editoriale?
È il punto di vista che il direttore di una rivista
(editor) esprime su un argomento di attualità
scientifica o il commento a un articolo originale
pubblicato all’interno dello stesso fascicolo.
Oggi
numerose
riviste
ne
affidano
la
preparazione anche a esponenti del comitato
editoriale o ad esperti qualificati chiamati ad
intervenire su invito della direzione del
periodico.
Che cosa è una recensione?
È un’operazione critica su un testo, frutto di
una lettura attenta, messa in relazione e a
confronto con un proprio bagaglio culturale,
fatto di altre letture ed esperienze.
Letteratura GRIGIA
Si tratta di:
Tutti quei documenti non convenzionali (dissertazioni,
report, atti di convegno, risultati non pubblicati,
comunicazioni informali e così via),
che sono scarsamente presenti nelle principali banche
dati e sono reperibili principalmente sui cataloghi
web delle principali biblioteche, sui siti governativi o
di università e scuole.
FONTI TERZIARIE
FORNISCONO NOTIZIE SU TEMI MOLTO AMPI,
MA
NON
AGGIORNATI,
DATI
I
TEMPI
NECESSARI ALLA LORO STESURA.
(es.= Testi di Farmacologia, Terapia, Formulari
Terapeutici, opinioni degli esperti,etc)
La valutazione delle Risorse
- Chiunque può accedere all’informazione biomedica in rete
- Chiunque può pubblicare siti web
La Qualità
deve essere
garantita
Servizi di recensione/revisione
dei siti biomedici:
OMNI
HEALTHWEB
…ecc.
Codici di Autoregolamentazione:
I principi del codice HON
http://www.hon.ch/home.html
Il codice HON (HONcode) é stato sviluppato dalla Health on
the Net Foundation (HON) e rappresenta un insieme di regole
standardizzate per la creazione di un sito medico.
Esso definisce un “codice di autoregolamentazione” che gli
autori suggeriscono a tutti gli sviluppatori di siti medici come
un marchio di qualitá del contenuto
Attualmente il codice HON è costituito da 8 principi base che
comprendono molti dei criteri individuati dal gruppo di
Vancouver. In particolare tendono a certificare l'accuratezza
del contenuto (inclusa la provata professionalitá dell'autore in
campo medico), la sua qualitá, la tempestivitá negli
aggiornamenti, e la garanzia di un supporto all'utente nel caso
di richiesta di chiarimenti.
Esercizio numero 2
Ricercare e riportare 3 siti che presentano il codice HON
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: i motori di ricerca
e la gestione dell’informazione biomedica
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
I MOTORI DI RICERCA
Che cosa è?
Un motore di ricerca è un archivio di dati (miliardi di
pagine Web) ed è sicuramente la risorsa più completa
a disposizione del navigatore.
Su internet troviamo un mare di informazioni…
L’eccesso di informazione nasconde
l’informazione utile e rende molto
facile l’accesso all’informazione
distorta.
...con strategie e percorsi
diversi possiamo
“pescare”quelle a noi utili,
cioè utilizzare una
metodologia scientifica di
gestione dell’informazione
biomedica.
Possiamo dire che i dati scientifici permettono di produrre
informazione
e
quando
questa
è
valida,
cioè
metodologicamente corretta, diventa evidenza scientifica.
Ma l’informazione deve essere disponibile, affidabile
e recuperabile
Ecco quindi che appare critica l’individuazione degli
strumenti e delle abilità necessarie per accedere e
recuperare l’informazione rilevante
SAPERE
CERCARE
L’INFORMAZIONE
BIOMEDICA (gestione dell’informazione biomedica
in termini di ricerca e recupero)
SAPERE
VALUTARE
L’INFORMAZIONE
BIOMEDICA (metodologia della ricerca)
SAPERE
IMPLEMENTARE
NELLA
PRATICA
L’INFORMAZIONE
BIOMEDICA
(metodologia
clinica, metodi gestionali e di miglioramento della
qualità)
Massima capacità di controllo dell’informazione
biomedica
Banche Dati di
revisioni sistematiche,
di linee guida, etc
Pubmed
Portali biomedici ed
internet
Facilità di accesso ad informazione biomedica di
qualità
Banche Dati di
revisioni sistematiche,
Portali biomedici ed di linee guida, etc
internet
Pubmed
Motori di ricerca in
Internet
L’uso dei motori di ricerca può sembrare a prima vista molto
semplice: basta inserire nell’apposito form la parola o parole da
ricercare, ma a questo punto la difficoltà maggiore sarà fare
una scelta tra le centinaia di siti che appariranno nell’elenco.
Metodo:
• identificare un concetto che riassuma i
contenuti della ricerca;
• identificare le corrette parole chiave
che riassumano il concetto.
www.arianna.it = oggi www.libero.it
www.google.it
il motore di ricerca, nato nel 1999 ad opera di 2 giovani
laureati dell’Universtà di Stanford, è oggi il motore più
utilizzato al mondo, con milioni di ricerche al giorno. Il suo
database
conta
milioni
di
siti
inseriti.
Documentazione e Informazione sul
Farmaco
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
Daniela Scala
[email protected]
La Società dell’Informazione e della
Comunicazione
La Società dell’Informazione e della
Comunicazione
Strumenti e contenuti sono
dunque i due aspetti cruciali
delle problematiche legate
all’informazione:
è indispensabile affrontarli in
parallelo per cercare una
soluzione all’impasse.
Strategie di Ricerca Biomedica in
Internet
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
Daniela Scala
[email protected]
Strategie di Ricerca Biomedica in
Internet
Il miglioramento della relazione tra
ricerca e pratica medica è proprio
una delle grandi rivoluzioni proposte
dalla Medicina Basata sulle
Evidenze, e risponde alla necessità
del medico di basare le proprie
decisioni cliniche sulle migliori prove
di efficacia e di tollerabilità.
Ricerca delle informazioni mediche in
Internet
Ricerca
Strategia
Ricerca
specifica
appropriata
sensibile
capace di
trovare solo
le risorse
che servono
capace di
trovare le
risorse
cercate
Ricerca delle informazioni
mediche in Internet
Risparmio di tempo
Ricerca delle informazioni
mediche in Internet
informazioni di
carattere generale
informazioni
bibliografiche
Informazioni di carattere generale
Possono essere utilizzati programmi
particolari, detti motori di ricerca, in grado
di trovare rapidamente quanto richiesto.
Motori di ricerca in Internet
Un motore di ricerca è archivio di dati (miliardi di
pagine Web) ed è sicuramente la risorsa più
completa a disposizione del navigatore.
Motori di ricerca in Internet
Esistono due tipi di motori di ricerca :
i più comuni motori generalisti della
rete, che cercano all’interno dell’intero mondo
Web i motori specializzati nella ricerca all’interno
di un settore particolare, ad esempio quello
medico.
Motori di ricerca in Internet
Questi ultimi hanno ovviamente il
vantaggio di una maggiore rapidità e
specificità nella ricerca, mentre i
primi
consentono
in
genere
di
trovare un numero molto maggiore
di siti.
Motori di ricerca in Internet
Due le strategie utilizzate da questi
programmi:
la ricerca per parole chiave (keywords),
che utilizza procedure automatizzate
(algoritmi) gestite da robot,
la ricerca per categorie o directory
( ad esempio Yahoo utilizza un’équipe di 80
redattori per ordinare gli indirizzi web).
Motori di ricerca in Internet
In linea di principio è preferibile utilizzare
una strategia per directory quando si cerca
una risorsa presumibilmente molto visitata (
ad esempio il sito di una società scientifica o
di una rivista medica) o si cerca qualcosa
intorno ad un argomento di carattere
generale.
Motori di ricerca in Internet
Anche se pressoché tutti i motori di ricerca
hanno caratteristiche comuni, ciascun
programma utilizza regole proprie per
ordinare (ranking) e presentare gli indirizzi
trovati, ed una sintassi diversa per
formulare le richieste.
Motori di ricerca in Internet
Pertanto è consigliabile acquisire
dimestichezza con non più di paio
di motori di ricerca.
Motori di ricerca in Internet
L’uso dei motori di ricerca può sembrare molto semplice:
basta inserire nell’apposito form la parola o parole da
ricercare, ma a questo punto la difficoltà maggiore sarà
fare una scelta tra le centinaia di siti che appariranno
Metodo:
nell’elenco.
identificare un concetto che
riassuma i contenuti della ricerca;
identificare le giuste parole che
riassumano il concetto .
www.arianna.it = oggi www.libero.it
www.altavista.it
Primi motori di
ricerca italiani
www.virgilio.it
il più importante portale italiano, che ha al suo interno un motore di
ricerca che nell’ultimo periodo offre i risultati della ricerca con la
collaborazione di Google.
www.google.it
il motore di ricerca, nato nel 1999 ad opera di 2 giovani laureati
dell’Universtà di Stanford, è’ oggi il motore più utilizzato al mondo, con
milioni di ricerche al giorno. Il suo database conta milioni di siti inseriti.
www.yahoo.com
Permette di ricercare siti web, immagini e video.
www.msn.it
aiuta a ottenere il massimo in poco tempo, grazie ad una combinazione di
nuovi strumenti. Inoltre è possibile personalizzare le proprie ricerche per
trovare informazioni, immagini e notizie specifiche.
www.yahoo.com
E’ una directory, ossia un elenco di siti web
suddiviso per argomento.
Altra peculiarità è che, a differenza dei search
engine veri e propri, che scandagliano il web per
aggiornare i loro archivi, Yahoo! classifica solo i siti
a lui segnalati manualmente attraverso una
specifica funzione sul sito.
www.google.it
Differente è invece il funzionamento che sta alla
base degli altri motori di ricerca: questi
censiscono i siti Web in base alla rilevanza delle
parole contenute in ogni pagina del sito,
evidenziando quelle riportate più spesso, che si
presume rappresentino l'argomento principale
della pagina stessa. Tra i primi ad applicare
questa tecnica e tuttora tra i più utilizzati,
segnaliamo Lycos, Excite e HotBot e Google,
quest'ultimo ritenuto quello con la miglior base
tecnologia anche oggi.
Gli operatori booleani
Operatori di base: OR, AND, NOT
Consentono di stabilire una relazione tra i termini da
ricercare
OR esprime la somma logica di due o più termini.
AND esprime il prodotto logico, cioè l’intersezione tra due
insiemi.
NOT esprime la differenza logica, cioè l’esclusione di un
concetto.
Gli operatori booleani
Altri operatori
IN si utilizza per restringere la ricerca a campi specifici, ad
es. in AU(autore), in Ti(titolo), ecc.
NEAR restringe il campo di ricerca , indica al motore che i
termini devono trovarsi a distanza di un certo numero di
parole, l'uno dall'altro.
ADJ è usato per ricercare documenti all'interno dei quali le
parole appaiono una vicina all'altra, in qualsiasi ordine.
Operatore booleano
OR
Per esempio, se si stanno cercando articoli sul college, si può decidere che
anche gli articoli contenenti il termine sinonimo “università” possono essere
importanti ai fini della ricerca.
Usando nella ricerca “college OR università.”, stiamo cercando gli articoli
contenenti sia la parola “college”, sia la parola “università”, sia entrambe le
parole.
COLLEGE OR UNIVERSITA’
* Il primo cerchio rappresenta tutti i record contenenti la parola “college.”
* Il secondo cerchio rappresenta tutti i record contenenti la parola
“università.”
* La parte sovrapposta rappresenta i record contenenti entrambe le parole.
Operatore booleano
AND
Per esempio, se si è interessati ad articoli che mettano in evidenza le
correlazioni esistenti tra crimine e povertà, basta digitare le parole:
POVERTA’ AND CRIMINE
* Saranno richiamati i record che conterranno ENTRAMBE le parole
“crimine” e “povertà”, come indicato nell’area di sovrapposizione dei due
cerchi.
** Non si possono richiamare i record che contengono o solo la parola
“crimine” o solo la parola “povertà”.
Operatore booleano
NOT
Se c’è bisogno di restringere il campo di ricerca, inserendo ad es.
ITALIA NOT PIZZA
Saranno richiamati i record che contengono
la parola “Italia”, ma non la parola “pizza”
Operatori booleani NEAR/FAR
Sono più potenti dell’operatore AND nel restringere il campo della ricerca.
Oltre a ricercare documenti che contengono
entrambe le parole, specifica che i due
termini si devono trovare entro un certo
numero di parole di distanza l'uno dall'altro.
Esempi di ricerca
combinata
(Italia AND pizza) OR spaghetti
Italia AND (pizza OR spaghetti)
www.medscape.com
Medscape è il principale sito multirisorsa che raggruppa un numero molto
elevato di servizi di alta qualità:
Medscape full-text article ,accesso a circa 25 000 articoli in full-text.;
Journal Room ,un servizio di journal club relativo agli articoli più rilevanti
usciti sulle principali riviste del settore scelto (per la cardiologia,
Circulation, JAMA e Journal of American College of Cardiology; Practice
Guidelines)
programma e un ampio riassunto delle principali relazioni presentate ai
maggiori congressi dell'area selezionata.
A volte fornisce anche interviste sonore o brevi filmati;
On-line Textbooks, vere e proprie monografie (che cambiano di
frequente), da leggere sullo schermo o da stampare;
Examination Room, ampia raccolta di casi clinici,ECG, domande a risposta
multipla ecc. per l'autovalutazione.
www.farmacovigilanza.org
Questo sito raccoglie la legislazione italiana, la modulistica, gli
aggiornamenti scientifici e i link relativi alla farmacovigilanza.
Una sezione contiene l'elenco dei farmaci recentemente
introdotti sul mercato italiano accompagnato, laddove
disponibile, da un riassunto delle caratteristiche del prodotto.
Il sito del Ministero della Salute è ricco di servizi utili:
informazioni sui farmaci, sulla farmacopea italiana,
potenziamento delle attività di farmacovigilanza. Per quanto
riguarda le sperimentazioni cliniche in Italia il medico che
naviga può consultare i registri dei Comitati etici, dei giudizi
di notorietà, il registro delle sperimentazioni ed il registro
dei centri privati.
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: portali
italiani di interesse farmaceutico
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
Portali italiani di
interesse farmaceutico
http://www.univadis.it/medical_and_more/Home
Tipologia: Portale tematico
Accesso: tramite registrazione e
gratuito
Lingua: Italiano
Produttore: Merck Sharp & Dohme
Contenuto:
Una
miniera
di
informazioni
e
servizi
utili
(immagini, articoli, linee guida,
schede tecniche) da consultare
quotidianamente per l’aggiornamento
professionale
e
gli
interessi
personali
http://www.giofil.it
http://www.giofil.it
Tipologia: Banca dati sanitaria farmaceutica
Accesso: tramite registrazione e a pagamento (varie tipologie
di accesso)
Lingua: Italiano
Contenuto: Informazioni sanitarie farmaceutiche regionali e
nazionali aggiornate quotidianamente dal 1927; 650,000
documenti.
www.farmacovigilanza.org
.
Tipologia: portale tematico
Accesso: libero e gratuito
Lingua: Italiano
Produttore: Società Italiana di Farmacologia e Fondazione
Gianfranco Ferro
Contenuto: Questo sito raccoglie la legislazione italiana, la
modulistica, gli aggiornamenti scientifici e i link relativi alla
farmacovigilanza. Una sezione contiene l'elenco dei farmaci
recentemente introdotti sul mercato italiano accompagnato,
laddove disponibile, da un riassunto delle caratteristiche del
prodotto
www.ministerosalute.it
http://www.trapianti.ministerosalute.it/
Esercizio numero 3
Entrare nel sito del Ministero della Salute e
scaricare il file “Attività donazione e trapianto –
dati preliminari al 30 novembre 2007”.
Descrivere il percorso svolto per la ricerca del file
richiesto, riportare risultati ed eventuali commenti
www.agenziafarmaco.it
www.agenziafarmaco.it
Bollettino
di
Informazione
sui
Farmaci, rivista bimestrale con l'obiettivo di
promuovere l'informazione e la crescita
professionale in campo sanitario e in
particolare nell'area dei farmaci.
La rivista viene distribuita gratuitamente per
posta ai 360.000 medici e farmacisti italiani
iscritti ai rispettivi ordini professionali.
Nella sua versione elettronica è interamente
scaricabile dal sito.
www.agenziafarmaco.it
Newsletter bimestrale interamente dedicata
alla farmacovigilanza, raccoglie informazioni
utili
all’aggiornamento
sul
rischio
di
determinate
aree
terapeutiche.
Sono
presenti, inoltre, degli spazi rivolti alla
comunicazione d’urgenza relativa ai rischi che
spesso vengono sovra- o sotto-dimensionati
dalla
stampa
specialistica
e
non.
Le copie sono inviate ai responsabili di
farmacovigilanza che provvedono a inviarla
agli operatori sanitari che aiutano a
raccogliere, codificare e interpretare i
segnali e gli eventi avversi legati all’utilizzo
dei medicinali.
www.agenziafarmaco.it
La Guida all’uso dei Farmaci è organizzata
in 17 capitoli, suddivisi in base al distretto
anatomico o alla condizione clinica e
fornisce le informazioni essenziali per una
corretta prescrizione e una corretta
dispensazione del principio attivo (per
esempio: tipo di ricetta, nota CUF,
indicazione
di
farmaco
generico,
interazioni
tra farmaci, avvertenze,
allattamento,
gravidanza).
E’ l’edizione italiana del British National
Formulary numero 48
Sito web: www.guidausofarmaci.it
www.sifoweb.it
www.sifoweb.it
La SIFO è un'associazione culturale e scientifica dei
farmacisti ospedalieri e dei servizi farmaceutici territoriali
delle Unità sanitarie locali.
Ad essa affluisce la quasi totalità dei farmacisti pubblici
dipendenti dal SSN e quelli dipendenti dalle strutture
ospedaliere private.
La SIFO è stata costituita nel 1952 e ha sede a Milano.
www.sifoweb.it
Il Bollettino è l'organo bimestrale ufficiale
della SIFO.
Oltre agli atti ufficiali della Società, pubblica
lavori sperimentali e compilativi e rubriche
per l'aggiornamento professionale.
Le parole-chiave che lo qualificano sono
sperimentazione, confronto, attenzione alla
realtà, formazione e attenzione al paziente.
Ricco di contributi sui dispositivi medici,
sull'allestimento degli antiblastici e sui
farmaci per la terapia del dolore, così come
sulla continuità ospedale-territorio, i comitati
etici, i prontuari terapeutici, la ricerca in
rete.
www.bollettinosifo.it
www.sifoweb.it
Giornale Italiano di Farmacia Clinica
Pubblica lavori selezionati e qualificati
riguardanti argomenti di farmacologia
clinica, protocolli di terapia, osservazioni su
farmacocinetica clinica, interazioni ed
effetti collaterali di farmaci, analisi di
farmacovigilanza, farmacoepidemiologia e
farmacoeconomia, resoconti di esperienze di
terapia farmacologica in ospedale e sul
territorio, rassegne in tema di metodologia
della ricerca.
Esercizio numero 4
Trovare nella sezione del sito della SIFO dedicata al
Giornale Italiano di Farmacia Clinica tutti gli articoli
presenti dedicati al seguente argomento:
Dolore severo e trattamento con
analgesici/oppioidi.
Trovare nella sezione del sito SIFO dedicata al Bollettino
SIFO tutti gli articoli presenti dedicati all’
Analisi costo-efficacia
Descrivere il percorso seguito, riportare risultati ed
eventuali commenti
.
L’informazione in Internet
I PRINCIPALI MOTORI DI RICERCA
Che cosa è?
Un motore di ricerca è un archivio di dati (miliardi
di pagine Web) ed è sicuramente la risorsa più
completa a disposizione del navigatore
Ogni motore di ricerca si basa su 4 fondamentali
fattori:
• ricerca dei dati nella Rete grazie a software (spider)
• database che accolgono i dati raccolti
• algoritmi che guidano il percorso attraverso gli elementi
raccolti dallo spider
• un’interfaccia di ricerca semplice da usare
Un notissimo algoritmo è il PageRankTM, che ordina le
pagine web sulla base della popolarità di ognuna presso
gli stessi utenti della Rete
• L'algoritmo di PageRank è
stato brevettato dalla Stanfort
University
• Il nome PageRank è un
marchio di Google
Larry Page
Co-fondatore e Presidente
Products Google
Sergey Brin
Co-fondatore e presidente
del settore tecnologico Google
“Chi vince un Nobel viene citato in diecimila
paper differenti: vuol dire che il tuo lavoro è
significativo, visto che altra gente ha
pensato che valesse la pena citarlo…”
Su internet troviamo un mare di informazioni…
L’eccesso di informazione nasconde
l’informazione utile e rende molto
facile l’accesso all’informazione
distorta
Dati richiamati
Rumore
Dati potenzialmente
utili
Informazione
utile
Dati non
richiamati
...con strategie e percorsi
diversi possiamo
“pescare”quelle a noi utili,
cioè utilizzare una
metodologia scientifica
di gestione
dell’informazione
biomedica
Possiamo dire che i dati scientifici permettono di
produrre informazione e, quando questa è valida, cioè
metodologicamente
corretta,
diventa
evidenza
scientifica
Ma l’informazione deve essere disponibile,
affidabile e recuperabile
Ecco quindi che appare critica l’individuazione degli
strumenti e delle abilità necessarie per accedere e
recuperare l’informazione rilevante
SAPERE
CERCARE
L’INFORMAZIONE
BIOMEDICA
(gestione
dell’informazione
biomedica in termini di ricerca e recupero)
SAPERE
VALUTARE
L’INFORMAZIONE
BIOMEDICA (metodologia della ricerca)
SAPERE IMPLEMENTARE NELLA PRATICA
L’INFORMAZIONE BIOMEDICA (metodologia
clinica, metodi gestionali e di miglioramento
della qualità)
Massima capacità di controllo della qualità
dell’informazione biomedica
Siti di società
scientifiche, di linee
guida, etc
Pubmed
Portali biomedici ed
internet
Facilità di accesso all’informazione biomedica
Siti di società
scientifiche, di linee
guida, etc
Portali biomedici ed
internet
Pubmed
La valutazione delle risorse
- Chiunque può accedere all’informazione biomedica in rete
- Chiunque può pubblicare siti web
La Qualità
deve essere
garantita
Codici di Autoregolamentazione:
I principi del codice HON
http://www.hon.ch/home.html
Servizi di recensione/revisione
dei siti biomedici:
OMNI
HEALTHWEB
• Il codice HON (HONcode) é stato sviluppato dalla Health
on the Net Foundation (HON) e rappresenta un insieme di
regole standardizzate per la creazione di un sito medico
• Esso definisce un “codice di autoregolamentazione” che gli
autori suggeriscono a tutti gli sviluppatori di siti medici
come un marchio di qualitá del contenuto
• Attualmente il codice HON è costituito da 8 principi base
che comprendono molti dei criteri individuati dal gruppo di
Vancouver
Ed adesso tocca a voi….
Ricercare e riportare 3 siti che aderiscono ai principi del
codice HON
Motori di ricerca in Internet
L’uso dei motori di ricerca può sembrare a prima vista
molto semplice: basta inserire nell’apposito form la parola o
parole da ricercare, ma a questo punto la difficoltà
maggiore sarà fare una scelta tra i centinaia di siti che
appariranno nell’elenco
Metodo:
• identificare un concetto che riassuma
i contenuti della ricerca
• individuare le corrette parole chiave
che riassumano il concetto
www.arianna.it = oggi www.libero.it
www.google.it
Il motore di ricerca, nato nel 1998 ad opera di 2 giovani
laureati dell’Università di Stanford, è oggi il più utilizzato
al mondo, con milioni di ricerche al giorno. Il suo
database conta milioni di siti inseriti.
• Interfaccia web presente in oltre 100 lingue
• Numero di utenti: 77.000 (nel 1998) - > 1 miliardo (oggi)
• Numero di ricerche effettuate/mese: > 7 miliardi (feb
2008)
Ed adesso tocca a voi (parte II)….
Ipotizziamo di dovere fare una ricerca sulla gestione del
paziente infartuato
• Scelta della parola chiave
I PORTALI DI INFORMAZIONE
MEDICO SCIENTIFICA
http://www.univadis.it
www.farmacovigilanza.org
.
www.pensiero.it
http://www.pensiero.it/vapensiero/index.asp
http://dottprof.com
http://www.ceveas.it
www.paginemediche.it
www.dica33.it/
www.farmacista33.it/
www.jove.com
www.ospedalecardarelli.it/
I SITI WEB DELLE
ORGANIZZAZIONI
SCIENTIFICHE NAZIONALI ED
INTERNAZIONALI
www.ministerosalute.it
www.trapianti.ministerosalute.it
www.agenziafarmaco.it
www.epicentro.iss.it/
www.emea.europa.eu
www.fda.gov
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: le banche
dati
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
LE BANCHE
DATI
Che cosa è una banca dati?
È un contenitore di dati, è un archivio elettronico
interrogabile in modo dinamico
I dati possono essere diversi a seconda dello scopo
della Banca dati
Indicizzare vuol dire catalogare, ossia assegnare uno
o più caratteri di riconoscimento o di recupero ad un
documento.
Un Comitato di professionisti presso il Produttore
indicizza le riviste, fa lo spoglio degli articoli estraendo i
dati principali: autori, titolo, parole chiave, riassunto
(abstract), fonte bibliografica completa di titolo della
rivista, anno, volume, pagine.. ed altre informazioni.
Gli indicizzatori sono prevalentemente bibliotecari, come
nel caso di Pubmed prodotto dalla National Library of
Medicine, la Biblioteca Nazionale di Medicina degli USA,
ma in alcuni casi essi sono medici specialisti del settore,
come nel caso di Embase, BD prodotta da Elsevier.
PMID
è
un
acronimo
per
PubMed
Identifier
o
più
specificamente PubMed Unique Identifier, che è il numero
unico assegnato ad ogni citazione in Pubmed nel processo di
indicizzazione.
Un po’ di terminologia!!!!
Banca Dati e Database non sono sinonimi:
una banca dati può contenere al proprio
interno diversi database…
Il database viene inteso quindi come un
archivio
elettronico
nel
quale
sono
memorizzate delle informazioni, secondo
un'organizzazione, una struttura interna del
database stesso che ne consente il recupero
tramite l'interrogazione in linea.
Tipologie di Banche Dati in base al
supporto
• Su supporti fisici, ormai desueti (cassette a
nastro magnetico, floppy)
• Su CD-ROM (o DVD-ROM, nel caso degli archivi
più grandi)
• Online (i dati risiedono su server remoti e
l’accesso avviene tramite internet)
Tipologie in base al contenuto
• Banche dati a testo completo: possono contenere
il testo completo di riviste, libri, normativa,
normativa tecnica, brevetti, biografie di particolari
categorie di persone.
• Banche dati fattuali: possono contenere serie
storiche di dati statistici, nominativi di aziende,
proprietà di sostanze pericolose, formule chimiche
e strutture molecolari, fatturati aziendali,
immagini, suoni, filmati.
Tipologie in base al contenuto
• Banche dati monografiche: contengono monografie,
cioè scritti su un argomento scientifico, letterario,
storico o artistico che tratta un solo argomento, un
singolo autore o una sola opera, analizzandola secondo
un
rapporto
di
causa-effetto
"sviscerandola" fino al più profondo.
e,
quindi,
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: le banche
dati monografiche
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
LE BANCHE DATI
MONOGRAFICHE
Banche dati monografiche
Micromedex
Cochrane
Offre più di 50 prodotti tra
banche dati e servizi
informativi, tra cui:
• Drugdex;
• Martindale;
revisioni di studi clinici
randomizzati, identificati tramite
la ricerca esaustiva su tutte le più
importanti riviste mediche
pubblicate nelle diverse lingue;
meta-analisi
• Reprorisk;
• Physicians' Desk
Reference; etc
Che cosa è una meta-analisi?
E’ una fonte secondaria, il cui scopo è quello di riassumere i
dati provenienti da diverse fonti primaria, in particolare
dagli studi clinici.
È un approccio più quantitativo della review sistematica in
quanto consiste in una serie di metodi matematici e
statistici per integrare i risultati di diversi studi clinici ed
ottenere un unico indice quantitativo di stima che permetta
di trarre conclusioni più forti di quelle tratte sulla base di
ogni singolo studio.
La Banca Dati
monografica
MICROMEDEX
MICROMEDEX® Healthcare Series è una banca dati
monografica ed è considerata una delle più autorevoli
fonti a disposizione nell’ambito dell’informazione sui
farmaci.
• contiene database (full-text) su sostanze chimiche e
biologiche e prodotti farmaceutici utilizzati nella pratica
clinica;
• riguarda aspetti come la teratogenicità, la tossicologia,
la medicina alternativa, la farmacologia;
• include review, linee guida, review cliniche e informazioni
sui farmaci;
• comprende dosaggi, effetti
identificazione del farmaco.
collaterali,
interazioni,
Database: Drugdex
Database
Martindale: The Complete Drug Reference
E’ la versione
Pharmacopoeia.
elettronica
della
British
Extra
Martindale contiene informazioni sui farmaci utilizzati
nella pratica clinica in tutto il mondo, incluso farmaci
sperimentali e veterinari, prodotti erboristici, eccipienti
farmaceutici, vitamine e supplementi nutrizionali, vaccini,
radiofarmaci, mezzi di contrasto e agenti diagnostici, gas
medicinali, sostanze di abuso e tossiche, disinfettanti e
pesticidi.
Martindale contiene:
• 5300 monografie di farmaci;
• 70000 preparazioni;
• 6000 industrie;
• 600 review;
• 200 monogafie di prodotti erboristici;
• 5000 preparazioni erboristiche.
Database
PDR® (Physicians’ Desk Reference)
E’ un sistema integrato che include farmaci approvati
dall’FDA (dispensati e non con ricetta medica) e prodotti
specialistici di tipo oftalmologico.
Comprende informazioni su componenti, interazioni
farmacologiche, effetti collaterali, dosaggi raccomandati,
farmacologia clinica, usi pediatrici, controindicazioni e
forme farmaceutiche disponibili
Databases
Alternative Medicine (AltMedDex®)
Reprorisk®
Fornisce informazioni riguardanti i rischi riproduttivi
legati all’assunzione di farmaci e all’esposizione ad agenti
chimici, fisici ed ambientali.
Databases
Poisindex®
Risorsa basata sulla EBM (medicina basata sulle evidenze)
che fornisce un aiuto per l’identificazione, il management
e il trattamento dell’esposizione a sostanze tossiche.
Databases
Diseasedex®
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SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: le banche
dati bibliografiche la struttura
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
LE BANCHE DATI
BIBLIOGRAFICHE
Tipologie in base al contenuto
• Banche dati bibliografiche: sono archivi digitali che
raccolgono riferimenti bibliografici di articoli
pubblicati nelle riviste nazionali ed internazionali.
Che cosa è un riferimento bibliografico?
1) Xu SS, Shenm WL, Ouyang SY
autori
2) Inhibition of transfected PTEN on
human colon cancer
3) World J Gastroenterol. 2004
10 (24)
titolo
dell’articolo
3670-3673
volume
pagine di
riferimento
titolo del periodico
anno di
pubblicazione
(fascicolo)
Banche dati bibliografiche
Pubmed
(Medline)
Embase
Biosis
Archivio digitale gratuito
per gli articoli di ricerca del
settore biomedico.
Contiene + di 13 mln totali di
record bibliografici a partire dal
1969 da più di 5000 fonti
internazionali.
Topics biologici e biomedici
Contiene 7 mln di record
da 4500 journals
pubblicati in 70 paesi dal
1975 ad oggi.
Rispetto a Medline,
Embase è molto più
farmacologico e
recensisce riviste
europee.
Struttura
campi
campi
• BD
chiave
record
Struttura
Unità fondamentale di una banca dati bibliografica = record, =
riferimento bibliografico.
Ogni record è composto da categorie di informazioni
descrittive = campi.
I campi sono la parte identificativa del record.
I diversi campi del record sono contraddistinti da tag, che ne
qualificano le varie parti e permettono un recupero puntuale
delle informazioni.
Au – Xu SS
Ti – Inhibition of transfected PTEN on human colon cancer
So – World J Gastroenterol. 2004; 10(24): 3670-3673
Quando e perché effettuare una ricerca
bibliografica
•
•
•
Per la ricerca di base, clinica, farmacologica
Come supporto alla pratica clinica
Per la risoluzione di casi clinici
Per ridurre i costi di cura
Per migliorare la comunicazione
Per l’aggiornamento professionale mirato e continuo
Per poter effettuare una ricerca bibliografica è necessario:
• definire il bisogno informativo
• conoscere gli strumenti
• individuare le fonti
I vantaggi rispetto alla ricerca nei
repertori cartacei
• la possibilità di eseguire la ricerca su più annate
contemporaneamente
• ricerche più veloci
• ricerche da varie postazioni anche contemporaneamente da
parte di più utenti
• ricerche più precise (grazie alla possibilità di incrociare più
criteri di ricerca)
• la possibilità di esportare e rielaborare i risultati della
ricerca con strumenti informatici
Gli svantaggi
• uso di una lingua straniera (software di ricerca, parole chiave
e materiale indicizzato principalmente in inglese)
• solo le banche dati più sofisticate sono fornite di un
thesaurus (indice controllato di parole chiave); il più delle volte
si hanno semplicemente liste di parole chiave ricavate dai
documenti.
• Ogni banca dati ha le sue particolarità che devono essere
verificate leggendo il manuale allegato oppure la guida in linea
(chiamata spesso help), presente nella maggior parte dei casi,
talvolta in forma contestuale
• i periodici italiani sono raramente indicizzati
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: il
linguaggio della ricerca
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
Il linguaggio della ricerca
La
ricerca
nei
cataloghi
e
nelle
banche
dati
elettroniche richiede la conoscenza del linguaggio
proprio dell’information retrieval system (= tecnica di
recupero dell’informazione).
Fondamentale è la conoscenza dei principi della logica
booleana, che permette di definire le relazioni tra i
termini di ricerca utilizzati.
Gli operatori booleani
Gli operatori booleani o operatori logici si riferiscono
ad un sistema logico sviluppato dal matematico inglese
George Boole e permettono di combinare in vario
modo più concetti nella stessa ricerca stabilendo una
relazione tra di essi.
Operatori di base: OR, AND, NOT
OR esprime la somma logica di due o più termini.
AND esprime il prodotto logico, cioè l’intersezione tra due
insiemi.
NOT esprime la differenza logica, cioè l’esclusione di un
concetto.
Altri operatori
IN si utilizza per restringere la ricerca a campi specifici, ad es. in
AU(autore), in Ti(titolo), ecc.
NEAR restringe il campo di ricerca, indica al motore che i termini devono
trovarsi a distanza di un certo numero di parole, l'uno dall'altro.
ADJ è usato per ricercare documenti all'interno dei quali le parole appaiono
una vicina all'altra, in qualsiasi ordine.
La ricerca booleana: AND
• Es: scuola AND università
• Abbiamo due insiemi: i documenti che trattano di scuola e i
documenti che trattano di università; INTERSECANDOLI,
solo una parte dei documenti parleranno sia di scuola che di
università.
• Questa ricerca limita i risultati ai documenti che contengono
entrambi i termini di ricerca (la parte colorata):
università
scuola
La ricerca booleana: OR
• Es: scuola OR università
• Abbiamo due insiemi: i documenti che trattano di scuola e i
documenti che trattano di università; UNENDOLI, avremo
tutti i documenti che parleranno di scuola oppure di
università o di entrambi.
• Questa ricerca espande i risultati della ricerca (la parte
colorata):
università
università
scuola
La ricerca booleana: NOT
• Es: scuola NOT università
• Abbiamo due insiemi: i documenti che trattano di scuola e i
documenti che trattano di università; ESCLUDENDO i
secondi dai primi, avremo tutti i documenti che parleranno di
scuola, ma non di università.
• Questa ricerca limita i risultati a tutti i documenti che
contengono il termine di ricerca che precede l’operatore, ma
non quello che lo segue (la parte colorata):
università
scuola
scuola
Esempi di ricerca combinata
(Italia AND pizza) OR spaghetti
Italia AND (pizza OR spaghetti)
Esercizio num.5
Indicare il numero di riferimenti bibliografici che si
ottengono inserendo nella query box Pavlica P, Barozzi
L uniti dagli operatori booleani AND, OR e NOT.
Spiegare i motivi delle differenze evidenziate.
Descrivere sempre il percorso seguito per la ricerca,
riportare risultati ed eventuali commenti
Esercizio num.6
Quale di queste ricerche troverà più articoli?
1. Vaccine AND vaccination
2. Vaccine OR vaccination
3. Vaccine NOT vaccination
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SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: tipologie
di ricerca bibliografica
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
La ricerca bibliografica
Il problema linguistico
complessità del linguaggio naturale e alla
varietà di modi esistenti per
rappresentare un concetto.
La ricerca bibliografica
Neoplasia
Cancro
Tumore
possono essere usati dall’autore di un articolo sull’argomento
Per reperire quell’articolo esistono due possibilità:
utilizzare tutti e tre i termini
saper quale dei tre è stato adottato dal produttore
della bd per descrivere il contenuto dell’articolo, cioè per
indicizzarlo con un soggetto.
La ricerca bibliografica
Il problema informatico è legato al modo in
cui funziona un archivio elettronico.
Una semplice variante ortografica, come la
coppia ou/o nell’ortografia rispettivamente
inglese e americana, non sarà riconosciuta dal
sistema se non attraverso un comando
simbolico che significhi “accetta sia la dizione
ou che la dizione o” all’interno della parola.
La ricerca bibliografica
Tumour
o
Tumor ?
Il controllo della ricerca.
livello zero o assenza di
controllo
Né a livello linguistico, cioè di
rappresentazione del contenuto, né a livello
informatico, cioè in rapporto alla struttura
dell’archivio, viene attivata alcuna forma di
controllo nell’input e di conseguenza
nell’output.
Ricerca libera
effetto rumore o silenzio.
Il controllo della ricerca.
Parola-chiave
livello intermedio di
controllo
Termine significativo rispetto al contenuto
di un testo, ne rappresenta un aspetto
centrale del contenuto. Riportato al contesto
degli archivi elettronici, può essere soggetto
a malintesi e condurre a risultati non del
tutto soddisfacenti.
Il controllo della ricerca.
Autore
Indica
all’editore le
parole-chiave
dell’articolo
Produttore
L’indicizzatore
può usare le
parole-chiave
indicate
dall’autore o può
aggiungerne
nuove o
modificarle
Utente
Ha un proprio bagaglio di
conoscenze e non può
sempre avere la certezza
che le parole chiave che
intende usare siano le più
corrette
Il controllo della ricerca.
Autore
Produttore
Utente
In ogni caso perché le citazioni pertinenti possano
essere recuperate, è necessario che i termini
considerati parole-chiave coincidano per tutti e tre i
soggetti.Questo non necessariamente avviene.
Il controllo della ricerca
Un thesaurus è un insieme di termini collegati tra di loro
secondo relazioni di vicinanza o appartenenza; un
soggettario, dove un concetto viene sempre ricondotto
ad un unico termine, un descrittore MeSH (Medical
Subject Heading) indipendentemente dalle varianti
linguistiche che gli autori potrebbero utilizzare per
rappresentarlo.
I termini possono essere ricercati in un indice
alfabetico (Permuted Index) oppure visualizzabili nella
posizione da
essi occupata all’interno della
struttura gerarchica ad
albero. Questa parte
dalle aree concettuali più ampie per arrivare a
soggetti più specifici.
Il controllo della ricerca
I MeSH possono essere major a secondo
della loro rilevanza nell’articolo
indicizzato. I subheadings sono
qualificatori più specifici che applicati ad
un determinato descrittore ne
chiariscono l’ambito d’uso
Informazioni di carattere bibliografico
Quale banca dati?
La scelta dipende dal tipo di quesito cui vogliamo
trovare risposta .
Sicuramente la principale e più famosa banca dati è
Medline, offerto gratuitamente dalla National Library
of Medicine di Bethesda nel Maryland. Essa è la scelta
consigliabile per rispondere ad esigenze di studio, di
ricerca o semplice curiosità professionale.
Ricerca bibliografica
Esistono diversi metodi di base per effettuare una ricerca
bibliografica:
• libera: i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi.
• per campi: al termine si fa seguire il tag corrispondente ai
campi di interesse ([au]=autore, [ti]=titolo, [so]= titolo della
rivista.
• per frase: racchiudendo due o più termini tra virgolette (“
“) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase.
• per autore: cognome + iniziali (es.: Bach FH)
• per parola-chiave : permette di effettuare la ricerca con
“keywords” e dà l’opzione di combinare diverse “keywords”
usando gli operatori logici.
Troncamento = *: posto in coda alla parola indica di ricercare
tutte le possibili variazioni della parola stessa
Operatori Booleani = AND (&), OR ( ), NOT
Parentesi per stabilire un ordine di priorità per ricerche con
più termini.
Limiti per campo, tipologia di pubblicazione (editoriale,
lettera, metanalisi, linee guida, ecc.), età del gruppo di studio,
data di pubblicazione, lingua, solo citazioni con abstract,
uomo/animale, subset (AIDS, bioetica, tossicologia, ecc.) e
sesso.
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SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: Pubmed
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
Pubmed
rappresenta, con tutti i database
disponibili, il sistema di ricerca
bibliografica in campo biomedico
Pubmed è un’interfaccia web accessibile gratuitamente,
sviluppata dal National Center for Biotechnology
Information (NCBI), istituito dal 1988, presso la
National Library of Medicine (NLM),a sua volta parte
del National Institute of Health (NIH) di Bethesda
(USA).
E’accessibile dal seguente indirizzo:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi
Altri fornitori di Pubmed gratuiti
Fornitore
URL
Science direct http://www.sciencedirect.com/
HealthGate
http://www.healthgate.com
Infotrieve http://www3.infotrieve.com/medline/infotrieve/
Medscape
http://www.medscape.com
Sifo
http://www.sifoweb.it/sifo_ntw/dome.asp
Per affinare la ricerca
Maschera per ricercare
Accesso a servizi
aggiuntivi e strumenti
utili
PubMed
È il sistema di riferimento quando si intende
effettuare una ricerca bibliografica via Entrez
ENTREZ è il sistema integrato per la ricerca ed il
recupero dell’informazione usato da NCBI per le
principali banche dati. Entrez è un sistema che
integra la banca dati Pubmed con archivi sulla
biologia molecolare.
Il sistema Entrez + MEDLINE è stato incorporato
dall’NCBI con il nome di PubMed
Pubmed: Cosa contiene?
4 database
• MEDLINE
citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH;
aggiornamento settimanale;
• OLDMEDLINE
con citazioni dal 1951 al 1965 , no abstract, no MESH
• PREMEDLINE (In Process citations)
per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ;
aggiornamento giornaliero
• PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS
per citazioni ricevute via elettronica direttamente
dall’editore, non ancora pubblicate in cartaceo
Componenti del sistema
Documenti primari
Articoli originali
Database (producers)
National Library of Medicine (NLM), con sede a Bethesda USA
Banche Dati (vendors)
Terminali (users)
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SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: Medline
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
MEDLINE
Medline è il più importante
database di Pubmed e copre
svariati settori scientifici
Origini: nasce come l’equivalente elettronico dell’Index
Medicus, ma include citazioni anche di altri indici a stampa.
Tipologia: fonte bibliografica di tipo secondario con rimando,
cioè, alle fonti primarie.
Il Medline: la storia
1836: nasce la National Library of Medicine (NLM)
1865: un giovane chirurgo militare, John Shaw Billings, fu
mandato a Washington con l'incarico di occuparsi della
biblioteca.
1880: Billings pubblicò il primo volume dell'"Index-Catalogue
of the Library of the Surgeon General's Office".
1956: la NLM diventò un ente del Public Health Service
statunitense
Il Medline: la storia
1962: la libreria viene trasferita nel campus del National
Institute of Health a Bethesda, Maryland.
'60: iniziò il progetto MEDLARS, cioè la progressiva
digitalizzazione delle informazioni contenute nell'Index
Medicus.
1971: MEDLars on LINE (MEDLINE). Il sistema di ricerca
online ebbe un tale successo che vennero creati numerosi
databases quali CANCERLIT, TOXLINE e altri.
1976: il MEDLARS conteneva più di 3,5 milioni di citazioni.
Il Medline: la storia
1988: alla NLM venne istituito il National Center for
Biotechnology Information (NCBI) con lo scopo di sviluppare
nuove tecnologie a supporto dei ricercatori in campo
biomedico e genetico.
Pubmed è il servizio accessibile
gratuitamente, offerto dal
National Center for Biotechnology
Information (NCBI).
Database della National Library of Medicine
1. ELHILL Databases
AIDSDRUGS
AIDSLINE
AIDSTRIAL
AVLINE
BIOETHICSLINE
SERLINE
CANCERLIT
CATLINE
CHEMID
DIRLINE
DOCUSER
SPACELINE
HEALTHSYSTEM
HISTLINE
HSRPROJ
MEDLINE
MESHVOCABULRY
TOXLINE
OLDMEDLINE
PDQ
POLINE
PREMEDLINE
SDILINE
2.TOXNET Files
CCRIS
DART
TRIFACT
EMIC
ETICBACK
GENE-TOX
HSDB
TRI
RTEX
Caratteristiche di Medline
Origini: nasce come l’equivalente elettronico dell’Index Medicus, ma
include citazioni anche di altri indici a stampa.
Tipologia: fonte bibliografica di tipo secondario con rimando, cioè, alle
fonti primarie.
Settori
di
interesse:
medicina, infermieristica, odontoiatria,
medicina veterinaria, sistema sanitario, scienze precliniche.
Contiene circa 15 mln di citazioni di articoli scientifici dagli anni ’50 ad
oggi. Gli abstract sono presenti per il 76% degli articoli.
Permette l’accesso ai full text gratuitamente on line, negli altri casi
collega direttamente al sito della rivista.
Riviste indicizzate: circa 4600 tra quelle pubblicate negli USA (52%)
ed in altri 70 paesi.
Anno di inizio: 1966- solo citazioni, dal 1975- citazioni ed abstracts.
Aggiornamenti: settimanali con un incremento di circa 7000 nuove
citazioni.
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
2. scomposizione dell’argomento;
3. traduzione in inglese;
esecuzione della ricerca
4. individuazione dei termini MeSH;
5. selezione dei subheadings;
6. combinazione dei termini attraverso gli operatori booleani;
7. valutazione dei risultati.
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
“Cerco articoli che parlino del sangue dal naso in
rapporto all’ipertensione”
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
2. scomposizione dell’argomento;
Dividi il soggetto in concetti essenziali (es: sangue
dal naso, ipertensione)
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
3. traduzione in inglese;
epistaxis, hypertension
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
2. scomposizione dell’argomento;
3. traduzione in inglese;
esecuzione della ricerca
4. individuazione dei termini MeSH;
5. selezione dei subheadings;
6. combinazione dei termini attraverso gli operatori booleani;
7. valutazione dei risultati.
Per visualizzare i risultati della ricerca
Titolo
Rivista
Autori
Come visualizzare i risultati
Use the print function of your Web browser
Tipologie di ricerca: semplice o complessa
RICERCA SEMPLICE:
• per cercare gli articoli più recenti;
• quando si ha un solo termine di ricerca;
• per cercare i riferimenti bibliografici corrispondenti ad
un autore;
• per cercare i record con il titolo del periodico.
La ricerca semplice può essere:
LIBERA
PER CAMPI
Livelli di controllo dei termini della ricerca
Ricerca libera
• la maschera di ricerca consente di inserire liberamente i
termini, che vengono così ricercati in tutti i campi.
• assenza di controllo linguistico ed informatico.
• spesso si ottiene un eccessivo “effetto rumore” o “effetto
silenzio”
Dati richiamati
Rumore
Dati potenzialmente
utili
Informazione
utile
Dati non
richiamati
Ricerca per campi
per limitare i termini di una ricerca si fa seguire ogni termine
dal tag corrispondente al campo di interesse.
Casi specifici di ricerca per campi:
Ricerca per frase : l’immissione di più termini nella maschera di
ricerca è interpretata da Pubmed effettuando una ricerca sui singoli
termini.
Breast tumors e “breast tumors” o breast tumor (tw)
Ricerca per titolo di rivista : di solito Pubmed riconosce il titolo; per
escludere equivalenti verbali in altri campi si può usare il tag (ta).
Ricerca per autore : il formato è cognome + lettera/e iniziale/i del
nome, prive di troncamento + eventualmente il tag (au).
Esercizio num.7
Cercare i riferimenti bibliografici di Stevens J. sia
usando che non usando il tag (AU), e descrivere la
differenza, cioè quanti riferimenti bibliografici sono
stati trovati nell’uno e nell’altro caso.
Descrivere sempre il percorso seguito per la ricerca,
riportare risultati ed eventuali commenti
Esercizio num.8
Indicare il numero dei riferimenti bibliografici che
contengono
articoli
pubblicati
sulla
rivista
Transplantation negli ultimi 5 anni.
Descrivere sempre il percorso seguito per la ricerca,
riportare risultati ed eventuali commenti
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: il
vocabolario MeSH
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
Livelli di controllo dei termini della ricerca
Ricerca per parola chiave : livello intermedio di controllo.
Uso di key-words significative collocate in particolari campi del record.
Ricerca tramite Dizionario-Thesaurus dei Sinonimi: elevato livello di
controllo.
Un thesaurus è un insieme di termini, collegati tra loro da relazioni
gerarchiche in cui ogni concetto è ricondotto ad un unico termine (MeSH Medical Subject Heading).
I termini MESH sono attribuiti all’articolo dall’indicizzatore al momento
dello spoglio e della soggettazione dell’articolo stesso e rendono tale
articolo rintracciabile nella Banca Dati, indipendentemente dai termini
sinonimi e dalle definizioni usate dall’autore nel testo dell’articolo.
I termini mesh riguardano le parole chiave che permettono di
individuare il o gli argomenti trattati da una specifica citazione
bibliografica, quindi sono le classiche keywords o parole chiave.
Queste parole chiave, facendo parte di un vero e proprio
vocabolario, possono molto facilitare la ricerca, permettendo
all’utente di indirizzarla verso un’elevata specificità e
precisione.
Queste parole chiave sono organizzate con una struttura ad
albero (Mesh Tree Structure), in base ad una struttura
gerarchica che premette di orientare la ricerca verso vari
livelli di specificità.
Per una ricerca più potente è possibile associare ai MeSH
selezionati dei qualificatori (subheading).
La funzione MeSH
Termini MESH
Esercizio num.9
Selezionare
il
vocabolario
Mesh,
ricercare
papillomavirus,
cliccare
sul
termine
Mesh
“papillomavirus
Vaccines”
ed
indicare
quanti
riferimenti
bibliografici
contengono
informazioni
sull’uso terapeutico dei vaccini vs Papillomavirus.
Descrivere il percorso seguito per l’esecuzione della
ricerca, riportare risultati ed eventuali commenti
Esercizio num.10
In relazione alla precedente ricerca, limitare la
ricerca ai riferimenti bibliografici degli ultimi due
anni, a quelli che riguardano l’uomo e non l’animale ed
alle review.
Indicare
il
numero
di
riferimenti
bibliografici
trovati.
Descrivere il percorso seguito per l’esecuzione della
ricerca, riportare risultati ed eventuali commenti
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: le funzioni
avanzate di Pubmed
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
RICERCA COMPLESSA
Quando si utilizza più di un concetto e bisogna combinare più
termini o più ricerche usando gli operatori booleani
Funzioni avanzate:
•Single Citation Matcher: serve per trovare rapidamente una
specifica citazione bibliografica di cui si conoscano almeno
alcuni elementi.
Single Citation Matcher:
Funzioni avanzate:
Index – permette di costruire stringhe di ricerca utilizzando
gli operatori booleani.
Preview – visualizza il numero di record risultanti da una
ricerca prima di mostrare le citazioni, permettendo così di
aggiustare la strategia.
Esercizio num.12
Usando le funzioni Preview e Index per unire tra di
loro le parole chiave Helicobacter Pylori e omeprazole
(subheading: adverse effects) fino a trovare 242
records.
Descrivere il percorso seguito per l’esecuzione della
ricerca, riportare risultati ed eventuali commenti
Funzioni avanzate:
History: memorizza entro 1 ora fino a 100 ricerche e consente
di conservare le strategie di ricerca e i risultati numerandole
e ponendole nell’ordine in cui sono state eseguite
Funzioni avanzate:
Funzioni avanzate:
Funzioni avanzate:
Funzioni avanzate:
Esercizio num.13
Indicare il numero dei riferimenti bibliografici che
corrispondono
alla
ricerca
nella
query
box
di
osteoporotic bone con e senza virgolette.
Spiegare anche i motivi di questa differenza.
Descrivere sempre il percorso seguito per la ricerca,
riportare risultati ed eventuali commenti
Esercizio num.14
Quanti riferimenti bibliografici nella banca dati
PubMed contengono la parola Bioinformatics nel
titolo? Prova a limitare la ricerca agli anni 1990, 1995,
2000 e 2003. Che cosa osservi?
Descrivere il percorso svolto, riportare risultati ed
eventuali commenti
Funzioni avanzate:
Clipboard – permette di conservare fino a 500 voci
bibliografiche per decidere solo in un secondo momento quando
conservarle o stamparle o altro. Si svuota dopo 8 ore di
inattività.
Funzioni avanzate:
Related articles
permette di cercare articoli su argomenti simili, in ordine di
somiglianza. Vengono visualizzati in base alla rilevanza.
LinkOut
Visualizza i link
esterni della
citazione, dal full
text ai libri, alle
biblioteche che
possiedono il
periodico e alle
ulteriori risorse
online
Esercizio num.16
Fate una ricerca semplice cercando gli articoli scritti da Maria
B. Grant.
Quali dei seguenti riferimenti è nel vostro risultato della ricerca ?
a. Grant MB, et al. The contribution of adult hematopoietic stem cells to
retinal neovascularization. Adv Exp Med Biol. 2003;522:37-45. Review.No
abstract available.
b. Grant BM, et al. Use of intraoral cassettes for dental xeroradiography.
Oral Surg Oral Med Oral Pathol. 1978 Nov;46(5):717-20.
c. Needham CW. In response to Dr. Maria Lenaz's letter to the editor,
"Ethics in managed care". Conn Med. 1998 Feb;62(2):108-9. No abstract
available.
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SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: alcune
domande su Pubmed…
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
La ricerca bibliografica
Una ricerca bibliografica è un processo strutturato che
implica l’elaborazione di un metodo.
La ricerca va impostata tenendo conto degli:
Aspetti linguistici
vari modi di esprimere un concetto
Aspetti informatici funzionamento del database
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
2. scomposizione dell’argomento;
3. traduzione in inglese;
esecuzione della ricerca
4. individuazione dei termini MeSH;
5. selezione dei subheadings;
6. combinazione dei termini attraverso gli operatori booleani;
7. valutazione dei risultati.
Come restringere la ricerca?
• mettere più a fuoco la ricerca scomponendo ulteriormente
l’argomento;
• utilizzare i MeSH;
• utilizzare subheading specifici;
• usare i limiti;
• usare i campi (tag).
Come ampliarla?
• esplosione dei termini MeSH;
• eliminare alcuni o tutti i subheadings;
• utilizzare la funzione “trova citazioni simili”;
• selezionare un termine MeSH padre;
• utilizzare termini di troncamento (*,$,?).
• Come cerco in PubMed?
Identificare innanzitutto le parole chiave. Eventualmente uso
“..”, *, tag oppure operatori booleani
(es. dna [mh] AND crick [au] AND 1993 [dp])
• Come cerco se conosco l’autore?
Un primo approccio potrebbe essere cognome + iniziale del
nome (senza punteggiatura). Oppure: cognome [au], [fau] per
distinguere il nome completo dalle iniziali (es. peterson
do[fau]); con la virgola prima del nome se ha 2 cognomi
(Garcia Algar, Oscar); in caso di più di un autore si mette il
tag [au] per ognuno; se conosco il 1° autore uso il tag [1au].
• Come cerco per data?
Introdurre un range in questo modo: es. per un articolo pubblicato
nel 2000,
2000:2000[dp]
• Quanti risultati?
visualizzate 20 citazioni per pagina, in ordine temporale; se passo
sul titolo della rivista abbreviato ottengo il titolo completo.
• Come cercare per rivista?
Prima il titolo della rivista (o l’abbreviazione) poi eventuali altre
citazioni; ISSN number; se il titolo è confondibile: [ta] (es. Cell[ta]);
L'ISSN (International Standard Serial Number) è il numero internazionale
che identifica pubblicazioni in serie come quotidiani e periodici stampati o
elettronici, e permette di standardizzare le classificazioni
• Come cerco la citazione se conosco il titolo?
Introduco il titolo più il tag [ti]
• Come vedo l’abstract della citazione?
Cliccando con il mouse sul nome dell’autore
•Come ottengo copia dell’articolo?
Attraverso l’abstract
•Come espando la ricerca se ho avuto troppe poche
citazioni?
Uso la funzione RELATED ARTICLES, elimino termini troppo
specifici, uso sinonimi (antimicrobial antibiotic),
uso la funzione DETAILS per vedere come sono state
utilizzate le abbreviazioni. Utilizzare links sulla destra della
citazione.
•Come stampo la citazione?
Seleziono la citazione e poi SEND nel menù a tendina e TEXT
opppure SEND TO FILE .
•Come salvo la ricerca?
Per salvare per 8 ore su Clipboard: dalla tendina SEND
selezionare CLIPBOARD;
per vederle cliccare su CLIPBOARD
•Come spedire le citazioni via mail?
Selezionare le citazioni, andare nella opzione SEND – E-mail
Scegliere il formato e mettere un indirizzo.
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SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA
“A.O.R.N. A.CARDARELLI”- NAPOLI
LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL
SETTORE BIOMEDICO: è meglio
Google o Pubmed?
Prof.ssa Daniela Scala
Dott.ssa Barbara Andria
E’ MEGLIO…
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
…o…
Chi vuole fruire di informazione di qualità
deve stare molto attento alle fonti da
consultare!
Sia Google sia PubMed sono utili per le
ricerche perché entrambi sono degli utili
strumenti per ricercare informazioni
mediche
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
Quando è utile Google?
• se si vogliono trovare delle informazioni in poco
tempo o navigare in Internet velocemente.
• Google è un potente strumento per la ricerca di
brevi note informative quali indirizzi o definizione di
termini tecnici, oppure di materiali che vengono
continuamente modificati quali i piani vaccinali per i
viaggiatori, di immagini (Google images), e di siti di
educazione e informazione per il paziente..
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
Quando è utile Google?
• quando si vuole consultare materiale informativo in
vari formati quali pdf, power point, excel, word etc.
che preludono a testi in extenso a volte utili per un
rapido approfondimento o per la preparazione di una
lezione.
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
Svantaggi di Google
• una ricerca su Google ha insito il pericolo di un eccesso di
informazione che porta inevitabilmente alla selezione di
informazione di scadente qualità.
Per questi motivi, internet ed i motori di ricerca generici come
Google sono catalogati tra gli ultimi posti sia in termini di
affidabilità di recupero dell'informazione che di facilità di
accesso a informazione biomedica di qualità
• offre una panoramica limitata della letteratura
• l’indicizzazione non è completa
• i siti più popolari e spettacolari, come pure quelli commerciali,
" salgano" in cima alla lista dei risultati della ricerca
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
Che cos'è Google Scholar?
Google Scholar offre un modo semplice per effettuare
un'ampia ricerca sulla letteratura accademica. Fonti:
documenti approvati per la pubblicazione, tesi, libri, abstract e
articoli di case editrici accademiche, ordini professionali,
database di studi non ancora pubblicati, università e altre
organizzazioni accademiche.
Svantaggi:
• non è esaustivo
• non permette di usare i termini MeSH
• non è dotato di strumenti per filtrare e selezionare la
letteratura di interesse offerti invece da PubMed.
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
E Pubmed?
PubMed è sicuramente lo strumento necessario ed
indispensabile per la ricerca di letteratura scientifica
• è più completo, accurato e con un approccio evidence-based
alla medicina
• punta a mettere a disposizione gli ultimi report aggiornati
della ricerca biomedica al suo vasto pubblico, che include
ricercatori di scienza di base, politici, pazienti, e anche
giornalisti e legali.
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
Svantaggi di Pubmed
• la quantità di materiale (16 milioni di citazioni e un database in
continua crescita) rende difficile ottenere una ricerca altamente
specifica e contenuta.
• il materiale ricercato deve essere riassunto e compreso prima di
poterlo applicare al caso del singolo paziente o al problema specifico
• molti lo utilizzano e pochi lo conoscono. Lo strumento è
estremamente potente, ma la sua potenza è proporzionale alla
complessità di utilizzo: bisogna conoscerlo a fondo e spesso non
basta l'autoapprendimento!!!!!
• è necessaria una conoscenza dei concetti di base della gestione
dell'informazione biomedica, quali gli operatori Booleani, che
precludono, a volte, la strada ad un approfondimento fruttuoso,
anche ai più volenterosi
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
CONCLUSIONI (1)
• il solo modo per cercare le pubblicazioni di maggior rilievo per
la vostra ricerca medica è utilizzare PubMed. Google non potrà
mai rimpiazzarlo.
• PubMed è lo strumento per cercare la letteratura scientifica;
ad ogni modo, questa deve essere valutata criticamente una
volta recuperata.
Google è uno strumento utile, ma con funzioni differenti da
quelle che la domanda presuppone.
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
CONCLUSIONI (2)
Deve essere considerato che, tuttavia, possono esserci delle
situazioni in cui né Google né PubMed risultano utili.
Ad esempio, quando si ha l'esigenza di recuperare i dati di una
sperimentazione clinica, i contenuti di una linea-guida o, più in
generale, un'informazione medica che risiede codificata e
strutturata in appositi database.
In questi casi è consigliabile l'uso di specifici strumenti
disponibili sul web come ClinicalTrials.gov e il National
Guideline Clearinghouse.
“Conoscere e usare Pubmed", Il Pensiero Scientifico Editore, 2007
bibliotecari
Quante sono le fonti?
Embase
Medical Subject Headings
Primarie, secondarie e terziarie
AND
Micromedex
Cosa è il sistema HON?
banca dati
Cosa contiene un riferimento bibliografico?
Cosa è
Per valutare la qualità delle informazioni sui siti medico/scientifici
Micromedex
Titolo, autori, rivista, anno di pubblicaz, etc
Indice che valuta l’impatto di una rivista sulla comunità
scientifica
bibliotecari
Quante sono le fonti?
Embase
Medical Subject Headings
Primarie, secondarie e terziarie
AND
Micromedex
Cosa è il sistema HON?
banca dati
Cosa contiene un riferimento bibliografico?
Cosa è
Per valutare la qualità delle informazioni sui siti medico/scientifici
Micromedex
Titolo, autori, rivista, anno di pubblicaz, etc
Indice che valuta l’impatto di una rivista sulla comunità
scientifica
Documentazione e Informazione sul
Farmaco
Riepilogo Medline e Pubmed
Daniela Scala
daniela.scala@ospedalecarda
relli.it
La ricerca bibliografica
Il problema linguistico
complessità del linguaggio
naturale e alla varietà di modi
esistenti per rappresentare un
concetto.
La ricerca bibliografica
Neoplasia
Cancro
Tumore
possono essere usati dall’autore di un articolo
sull’argomento
Per reperire quell’articolo esistono due possibilità:
utilizzare tutti e tre i termini
saper quale dei tre è stato adottato dal produttore
della bd per descrivere il contenuto dell’articolo, cioè per
indicizzarlo con un soggetto.
La ricerca bibliografica
Il problema informatico è legato al modo in cui
funziona un archivio elettronico.
Una semplice variante ortografica, come la coppia
ou/o nell’ortografia rispettivamente inglese e
americana, non sarà riconosciuta dal sistema se non
attraverso un comando simbolico che significhi
“accetta sia la dizione ou che la dizione o” all’interno
della parola.
La ricerca bibliografica
Tumour
o
Tumor ?
Il controllo della ricerca.
livello zero o assenza di
controllo
Né a livello linguistico, cioè di
rappresentazione del contenuto, né a livello
informatico, cioè in rapporto alla struttura
dell’archivio, viene attivata alcuna forma di
controllo nell’input e di conseguenza
nell’output.
Ricerca libera
effetto rumore o silenzio.
Il controllo della ricerca.
Parola-chiave
livello intermedio di
controllo
Termine significativo rispetto al contenuto
di un testo, ne rappresenta un aspetto
centrale del contenuto. Riportato al contesto
degli archivi elettronici, può essere soggetto
a malintesi e condurre a risultati non del
tutto soddisfacenti.
Il controllo della ricerca.
Autore
Indica
all’editore le
parole-chiave
dell’articolo
Produttore
L’indicizzatore
può usare le
parole-chiave
indicate
dall’autore o può
aggiungerne
nuove o
modificarle
Utente
Ha un proprio bagaglio di
conoscenze e non può
sempre avere la certezza
che le parole chiave che
intende usare siano le più
corrette
Il controllo della ricerca.
Autore
Produttore
Utente
In ogni caso perché le citazioni pertinenti possano
essere recuperate, è necessario che i termini
considerati parole-chiave coincidano per tutti e tre i
soggetti.Questo non necessariamente avviene.
Il controllo della ricerca
Un thesaurus è un insieme di termini collegati tra di loro
secondo relazioni di vicinanza o appartenenza; un
soggettario, dove un concetto viene sempre ricondotto
ad un unico termine, un descrittore MeSH (Medical
Subject Heading) indipendentemente dalle varianti
linguistiche che gli autori potrebbero utilizzare per
rappresentarlo.
I termini possono essere ricercati in un indice
alfabetico (Permuted Index) oppure visualizzabili nella
posizione da
essi occupata all’interno della
struttura gerarchica ad
albero. Questa parte
dalle aree concettuali più ampie per arrivare a
soggetti più specifici.
Il controllo della ricerca
I MeSH possono essere major a secondo
della loro rilevanza nell’articolo
indicizzato. I subheadings sono
qualificatori più specifici che applicati ad
un determinato descrittore ne
chiariscono l’ambito d’uso
Informazioni di carattere bibliografico
Quale banca dati?
La scelta dipende dal tipo di quesito cui vogliamo
trovare risposta .
Sicuramente la principale e più famosa banca dati è
Medline, offerto gratuitamente dalla National Library
of Medicine di Bethesda nel Maryland. Essa è la scelta
consigliabile per rispondere ad esigenze di studio, di
ricerca o semplice curiosità professionale.
Il Medline
Il più importante database bibliografico
della National Library of Medicine (NLM).
Il Medline: la storia
1836: nasce la National Library of Medicine (NLM)
1865: un giovane chirurgo militare, John Shaw Billings, fu
mandato a Washington con l'incarico di occuparsi della
biblioteca.
1880: Billings pubblicò il primo volume dell'"Index-Catalogue
of the Library of the Surgeon General's Office".
1956: la NLM diventò un ente del Public Health Service
statunitense
Il Medline: la storia
1962: la libreria viene trasferita nel campus del National
Institute of Health a Bethesda, Maryland.
'60: iniziò il progetto MEDLARS, cioè la progressiva
digitalizzazione delle informazioni contenute nell'Index
Medicus.
1971: MEDLars on LINE (MEDLINE). Il sistema di ricerca
online ebbe un tale successo che vennero creati numerosi
databases quali CANCERLIT, TOXLINE e altri.
1976: il MEDLARS conteneva più di 3,5 milioni di citazioni.
Il Medline: la storia
1988: alla NLM venne istituito il National Center for
Biotechnology Information (NCBI) con lo scopo di sviluppare
nuove tecnologie a supporto dei ricercatori in campo
biomedico e genetico.
Pubmed è il servizio accessibile
gratuitamente, offerto dal
National Center for Biotechnology
Information (NCBI).
Database della National Library of Medicine
1. ELHILL Databases
AIDSDRUGS
AIDSLINE
AIDSTRIAL
AVLINE
BIOETHICSLINE
SERLINE
CANCERLIT
CATLINE
CHEMID
DIRLINE
DOCUSER
SPACELINE
HEALTHSYSTEM
HISTLINE
HSRPROJ
MEDLINE
MESHVOCABULRY
TOXLINE
OLDMEDLINE
PDQ
POLINE
PREMEDLINE
SDILINE
2.TOXNET Files
CCRIS
DART
TRIFACT
EMIC
ETICBACK
GENE-TOX
HSDB
TRI
RTEX
Caratteristiche di Medline
Origini: nasce come l’equivalente elettronico dell’Index Medicus, ma
include citazioni anche di altri indici a stampa.
Tipologia: fonte bibliografica di tipo secondario con rimando, cioè, alle
fonti primarie.
Settori
di
interesse:
medicina, infermieristica, odontoiatria,
medicina veterinaria, sistema sanitario, scienze precliniche.
Contiene circa 15 mln di citazioni di articoli scientifici dagli anni ’50 ad
oggi. Gli abstract sono presenti per il 76% degli articoli.
Permette l’accesso ai full text gratuitamente on line, negli altri casi
collega direttamente al sito della rivista.
Riviste indicizzate: circa 4600 tra quelle pubblicate negli USA (52%)
ed in altri 70 paesi.
Anno di inizio: 1966- solo citazioni, dal 1975- citazioni ed abstracts.
Aggiornamenti: settimanali con un incremento di circa 7000 nuove
citazioni.
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
2. scomposizione dell’argomento;
3. traduzione in inglese;
esecuzione della ricerca
4. individuazione dei termini MeSH;
5. selezione dei subheadings;
6. combinazione dei termini attraverso gli operatori booleani;
7. valutazione dei risultati.
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
“Cerco articoli che parlino del sangue dal naso in
rapporto all’ipertensione”
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
2. scomposizione dell’argomento;
Dividi il soggetto in concetti essenziali (es: sangue
dal naso, ipertensione)
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
3. traduzione in inglese;
epistaxis, hypertension
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
2. scomposizione dell’argomento;
3. traduzione in inglese;
esecuzione della ricerca
4. individuazione dei termini MeSH;
5. selezione dei subheadings;
6. combinazione dei termini attraverso gli operatori booleani;
7. valutazione dei risultati.
Come impostare la ricerca
Utilizzare il thesaurus MeSH che permette di:
ridurre la dispersione dei record sotto sinonimi,
di essere molto selettivi (con l'utilizzo delle sottovoci)
ridurre al minimo il "rumore" che si otterrebbe lavorando
solo con la parola libera (che viene infatti rintracciata in ogni
campo del record).
MeSH Database
Subheadings
MeSH Tree
Limits
Lo strumento "Limits" (Filtri)
permette di orientare la
ricerca solo su alcuni campi.
(per es. tipo di pubblicazione,
History
Results
Results
Ricerca complessa
Ricercare "complications associated with
hypertension" tramite l'Indice
Ricerca complessa
•scegliere "MeSh Terms" dal menu a
tendina
Ricerca complessa
•cliccare su "Index"
Ricerca complessa
•Selezionare "hypertension/complications" dalla
lista e evidenziarlo. Quindi cliccare sul
pulsante AND che permetterà di aggiungere il
termine sulla striscia di ricerca.
Ricerca complessa
Si può continuare a cercare altri termini in questo
modo e aggiungerli alla striscia di ricerca anche con
OR o NOT
Alla fine cliccare su “Go”
Ricerca complessa
“Cerco articoli che parlino degli effetti negativi
dell’uso dei sedativi”
Le parole chiave saranno: “sedatives” e “negative
effects”
Per raffinare la nostra ricerca possiamo usare il
MeSH Database
Ricerca complessa
Uso il termine “Sedatives”, ma dal momento che non è un
termine MeSH, il programma mi mostrerà i termini simili e
anche dei suggerimenti (suggestions). Cliccare sul termine più
rilevante per la ricerca, in questo caso Hypnotics and
Sedatives. Si apre la pagina che mi mostra, oltre alla
definizione del termine, la struttura ad albero dei vari
concetti e i subheading (cioè i vari aspetti relativi a quel
concetto).
Ricerca complessa
Ricerca complessa
Ricerca complessa
Documentazione e Informazione sul
Farmaco
La rivista scientifica
Daniela Scala
[email protected]
La Società dell’Informazione
e della Comunicazione
La Società dell’Informazione e della
Comunicazione
La Società dell’Informazione e della
Comunicazione
Troppe informazioni =
nessuna informazione
Le riviste scientifiche
La pubblicazione della ricerca
Peer review (revisione tra pari)
pubblicati o rifiutati e generalmente inviati ad
un'altra rivista.
Altmann DG. The scandal of poor medical research. BMJ 1994;308:283-4.
Kassirer JP, Campion EW. Peer review. Crude and understudied, but indispensable. JAMA 1994;272:96-97.
Le riviste scientifiche
Il processo di revisione tra pari non è scevro da difetti:
◊studi condotti in maniera adeguata non sopravvivano alla
peer review
◊viene pubblicata ricerca di scarsa qualità o che
addirittura riporta risultati errati.
Altmann DG. The scandal of poor medical research. BMJ 1994;308:283-4.
Kassirer JP, Campion EW. Peer review. Crude and understudied, but indispensable. JAMA 1994;272:96-97.
Le riviste scientifiche
La pubblicazione della ricerca
•Hwang WS, Roh SI, Lee BC, Kang SK, Kwon DK, Kim S, Kim SJ,
Park SW, Kwon HS, Lee CK, Lee JB, Kim JM, Ahn C, Paek SH,
Chang SS, Koo JJ, Yoon HS, Hwang JH, Hwang YY, Park YS,
Oh SK, Kim HS, Park JH, Moon SY, Schatten G. Patientspecific embryonic stem cells derived from human SCNT
blastocysts. Science. 2005 Jun 17;308(5729):1777-83.
Retraction in: Kennedy D. Science. 2006 Jan
20;311(5759):335.
• Hwang WS, Ryu YJ, Park JH, Park ES, Lee EG, Koo JM, Jeon
HY, Lee BC, Kang SK, Kim SJ, Ahn C, Hwang JH, Park KY,
Cibelli JB, Moon SY. Evidence of a pluripotent human
embryonic stem cell line derived from a cloned
blastocyst.Science. 2004 Mar 12;303(5664):1669-74.
Retraction in: Kennedy D. Science. 2006 Jan
20;311(5759):335.
•Kawasaki H, Taira K Induction of DNA methylation and gene silencing by short
interfering RNAs in human cells. Nature. 2004 Sep 9;431(7005):211-7. Retraction in:
Taira K. Nature. 2006 Jun 29;441(7097):1176.
Le riviste scientifiche
Come è possibile che riviste
accreditate di fama mondiale
pubblichino delle bufale?
Come garantire la riproducibilità
dell'esperimento, quale verifica
di validità scientifica?
Dalla ricerca all'informazione
biomedica
Nature ha aperto un dibattito online e ha lanciato un esperimento
per testare un nuovo sistema di revisione: la open peer review.
Le riviste scientifiche
Rigore scientifico e tecnico dei lavori
referee
Originalità e valore
lettori dopo la pubblicazione.
Le riviste scientifiche
Tutta la comunità scientifica, non solo
professori di fama ma anche studenti
di dottorato e ricercatori a contratto,
spesso la parte più vivace e più attenta
alle innovazioni la eserciterà il controllo
delle pubblicazioni
Dalla ricerca all'informazione
biomedica
La dimensione open
access della rete sembra
essere la carta vincente
per garantire il
collettivismo nella
crescita del sapere
scientifico come pure
nella revisione della
validità e della
riproducibilità dei
risultati.
SCHEDA DI VALUTAZIONE DEGLI ARTICOLI SCIENTIFICI
Titolo .....................................................................................................……..
Autori.........................................................................................................…..
Istituzione........................................................................................................
Fonte letteraria (rivista o altro) ...............................……………………………
Data della pubblicazione…………………………………………………………
Obiettivo dello studio ...............................………………………………………
Materiali e Metodi (Pazienti: numero e tipo) .......................……..……..…….
Principali esiti misurati ..................................................................…………..
Risultati .........................................................................................................
Conclusioni ..................................................................……………………….
Valutazioni critiche ...............................…................................………………
Giudizio finale ..................................................................…………………….