oldmedline

BANCHE DATI
PRIMARIE E SECONDARIE
PUBMED
Per Il Corso di Laurea Specialistica in
Scienze Infermieristiche ed Ostetriche
A cura di Laura Colombo
BANCHE DATI PRIMARIE
Indicizzano articoli originali pubblicati sulle
principali riviste biomediche.
(Es.: Medline, Cinahl, Embase, Banche Dati
Specialistiche)
BANCHE DATI SECONDARIE
Indicizzano prodotti della ricerca caratterizzati
dalla revisione critica con metodologia
appropriata degli studi primari (articoli originari)
relativi ad un determinato argomento.
(Es.: Cochrane Library, linee Guida, BD di analisi
economiche, etc. …)
PUBMED: http: www.pubmed.gov
Cos’è PubMed
Banca dati bibliografica prodotta dalla
National Library of Medicine.
Copre le discipline della medicine,
infermieristica, odontoiatria, medicina
veterinaria, organizzazione sanitaria,
scienze pre-cliniche, farmacia.
Presente gratuitamente online dal
1997.
Cosa contiene
Pubmed più che un database è un insieme
di diversi database, che possono essere
interrogati insieme o separatamente.
Il nucleo di Pubmed è Medline che forma
la parte più consistente delle citazioni
presenti.
Pubmed: l’interfaccia
Il portale Entrez,
Predisposto dal NCBI,
offre l’accesso non solo a
Pubmed, ma anche a
diversi altri databases.
Si tratta principalmente di
databases di ambito
biochimico e genetico.
Medline: selezione delle riviste
Include 17 milioni di citazioni derivate da
5197 riviste.
Le riviste vengono selezionate da un comitato
di esperti composto da medici, editori e
bibliotecari che esamina periodicamente
i nuovi titoli.
Alcune riviste sono indicizzate
completamente, altre in modo selettivo,
solo per gli articoli attinenti la medicina.
Medline: copertura geografica,
linguistica e temporale
Copertura geografica: vengono spogliate
riviste provenienti da tutto il mondo (Stati
Uniti e altri 70 paesi). Il 47% delle riviste sono
pubblicate negli USA.
Copertura linguistica: 53 lingue correnti.
Il 90% delle citazioni riguardano articoli
in inglese.
Copertura temporale: parte dal 1966 a oggi.
OLTRE MEDLINE…
OLDMEDLINE
Questo database contiene le citazioni tra il 1950 e il
1966.
Si tratta di citazioni pubblicate originariamente su
riviste cartacee, il Cumulated Index Medicus (CIM) e il
Current List of Medical Literature (CLML).
I dati vengono in seguito convertiti in formato
elettronico, ma non aggiunti a medline perché
differenti (in particolare, non sono indicizzati con i
MeSH ma con altri tipi di parole chiave), perciò sono
tenuti separati in un database chiamato OldMedline.
PREMEDLINE( O IN PROCESS)
“In process citations” sono citazioni di articoli
appena pubblicati inserite con i soli dati basilari e
ancora non completate dai catalogatori della
NLM. Una citazione viene indicizzata dopo 60
giorni entrando a far parte di medline. Ogni giorno
da martedì a sabato vengono aggiunte a Pubmed
nuove citazioni “in process”.
EPUB AHEAD OF PRINT
Citazioni di articoli elettronici, in attesa di essere
pubblicati su riviste cartacee.
Pubmed tutorial
Il tutorial ufficiale della National Library of Medicine,
accessibile dalla pagina iniziale di PUBMED:
http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/
aggiornato al 20/08/2005
(Consultato l’ultima volta 4/10/2007)
Wildcards PUBMED
Simboli di troncamento. Va usato l’asterisco (*)
PubMed utilizza le prime 150 variazioni del termine
troncato. Se una radice ha più di 150 variazioni
PubMed visualizza il messaggio:
"Warnings: Wildcard search for 'term*' used only the first
150 variations. Lengthen the root word to search for all
endings."
PubMed non trova le parole separate dallo spazio
Esempio: inserendo infection* troverà infections ma
non infection control.
Il troncamento disabilita l'automatic term mapping.
Come è fatto un record Pubmed
Ogni record di Pubmed è costituito da diversi
campi. Per visualizzare TUTTI i campi del
record è necessario scegliere tra le
visualizzazioni proposte il formato Medline.
Ogni campo è indicato da un TAG, scritto in
maiuscolo e tra parentesi quadre.
Es.: [AU] = Author
E’ possibile limitare la ricerca ai termini che si
trovano in un determinato campo scrivendo
accanto al termine di ricerca il tag relativo al
campo.
Un record Pubmed…
RICERCA CON LINGUAGGIO
CONTROLLATO e LIBERO
TERMINE CONTROLLATO
Ricavato da un Thesaurus/dizionario
controllato e inserito nel campo descrittori
(Mesh)
TERMINE LIBERO
Parola presente nel titolo, nell’ abstract,
in altri campi del record bibliografico,
nel MeSH, nei Subheadings.
FARE SEMPRE ENTRAMBE LE RICERCHE!
TERMINE
LIBERO
TERMINE
CONTROLLATO
Il MeSH
Per ottimizzare la pertinenza dei risultati di una ricerca
in una banca dati e’ bene utilizzare il suo thesaurus.
Il thesaurus di Pubmed è il MeSH (Medical Subject
Headings).
E’ prodotto dalla NLM che ne cura la manutenzione
continua.
Il MeSH ha una struttura ad albero. Si parte da
categorie molto ampie per arrivare a soggetti
(descrittori) sempre più specifici.
E’ possibile scegliere se “esplodere” nella ricerca ogni
termine anche ai termini sottostanti oppure limitare la
ricerca al termine più ampio.
COME FUNZIONA IL MESH
Dalla pagina iniziale selezionare il bottone
“MeSH Database”.
Scrivere il termine cercato nello spazio bianco for.
Il sistema propone uno o più MeSH.
Si può selezionare tutto il termine o uno o più
Subheadings.
Si può limitare la ricerca al Major Topic
(cliccando dal MeSh su Links).
Scegliere dal menù “Send To” e“Search Box with
AND”.
La ricerca viene portata in alto alla pagina.
Cliccare sul bottone “PubMed Search” per lanciare la
ricerca.
L’albero dei MeSH 2007
Anatomy [A]
Organisms [B]
Diseases [C]
Chemicals and Drugs [D]
Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment [E]
Psychiatry and Psychology [F]
Biological Sciences [G]
Natural Sciences [H]
Anthropology, Education, Sociology and Social Phenomena [I]
Technology, Industry, Agriculture [J]
Humanities [K]
Information Science [L]
Named Groups [M]
Health Care [N]
Publication Characteristics [V]
Geographicals [Z]
I Subheadings
Sono 83 (nel Mesh 2007) termini che qualificano
l’aspetto (punto di vista) del MeSH.
Spesso sostituiscono “somme” di MeSH.
Alcuni subheadings sono identici a descrittori MeSH
ma vengono utilizzati in contesti diversi.
Per un elenco dei qualificatori con i loro significati
vedi:
http://www.nlm.nih.gov/mesh/topsubscope2007.html
(Consultato l’ ultima volta il 5/10/2007)
La garanzia letteraria
I descrittori MeSH vengono revisionati ed
aggiornati annualmente sulla base
dell’evoluzione delle scienze biomediche
(criterio della garanzia letteraria)
Specialisti di ogni area della biomedicina
effettuano il monitoraggio della letteratura
scientifica e tengono sotto osservazione le
aree emergenti della ricerca .
Il Mesh in italiano
L’Istituto superiore di sanità offre una traduzione
italiana dei Mesh, disponibile previa registrazione al
sito
http://www.iss.it/site/Mesh/
La traduzione fa parte di un progetto per la creazione
di un thesaurus multilingue per la medicina che unifichi
i molteplici thesauri ora in uso. Si veda in proposito
http://www.nlm.nih.gov/research/umls/umlsmain.html
(Consultati l’ultima volta 4/10/2007)
LIMITS
La funzione “limits” serve per limitare i risultati
di una ricerca già fatta, utilizzando una serie di
possibili criteri.
Subsets
Sono dei gruppi di riviste costituiti in base all’area
disciplinare di cui le riviste si occupano.
Scegliere di limitare la ricerca ad un solo subset elimina
tutti gli articoli tratti da riviste che non fanno parte di
quel subset.
Molto utile il Subsets: NURSING JOURNALS.
I limiti di lingua (Languages)
Anche se gli articoli sono in lingue diverse dall’inglese,
il titolo e l’abstract saranno sempre dati in inglese.
Se il titolo dell’articolo è racchiuso tra parentesi
quadre [ ] la lingua originale non sarà l’inglese.
Tipi di pubblicazione
(Type of Article)
L’elenco dei tipi di pubblicazione presenti in Pubmed
si trova alla pagina web
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppu
bmed.table.pubmedhelp.T42
(consultati 4/10/2007)
Practice Guideline si usa per articoli che parlano di
linee guida solo se sono pubblicate su riviste.
Il posto più giusto per trovare linee guida sono i siti
governativi (v. incontro linee guida).
Tra i Publication Types non troviamo le systematic
review.
LA RICERCA LIBERA
La ricerca libera si effettua con il linguaggio
naturale.
Più termini vengono automaticamente combinati
con l’operatore AND.
I termini inseriti vengono cercati in tutti i campi.
E’ la ricerca da utilizzare per argomenti specifici e
quando il termine non è un MeSH.
RICORDARSI SEMPRE DI CONSIDERARE:
SINONIMI
Considerare tutti i sinonimi mettendoli tra l’ operatore
booleano OR
SINGOLARE / PLURALE
E’ possibile usare il carattere di troncamento * al termine
della parola singolare. Il troncamento disabilita
il “term mapping” e l’esplosione automatica del MeSH
quindi usarlo con cautela.
INGLESE / AMERICANO
Es. Tumor / Tumour; Haematology / Hematology
I suggerimenti automatici
Quando vengono immessi dei termini, il sistema
propone automaticamente delle forme alternative.
Questa funzionalità è utile quando non si conosce la
grafia esatta di un termine. Se viene immesso un
termine con errori ortografici, il sistema presenta
suggerimenti per forme alternative di ortografia.
La mappatura automatica
Quando si inseriscono dei termini di ricerca senza
specificare i campi o la sintassi, scatta la “mappatura
automatica dei termini” cioè una serie di automatismi
con cui PubMed interpreta la ricerca.
LIMITI del MeSH
E’ utilizzato solo sul subset Medline, non su
OldMedline o sulle citazioni “in process”.
Non trova articoli su argomenti nuovi, argomenti poco
studiati o poco consueti.
Non trova i record inseriti da poco nel database.
LIMITI della RICERCA LIBERA
Trova molti articoli non pertinenti.
ALTRI TIPI DI RICERCHE BASE
PMID
TITOLO
RIVISTA
CONTROLLA LA CITAZIONE
RICERCA PER
TITOLO DI RIVISTA
JOURNAL DATABASE
Contiene un archivio di titoli di riviste
biomediche completi di ISSN e rimandi alle
possibili abbreviazioni. Si usa spesso per
avere la forma completa di un titolo di cui si
conosce solo l’abbreviazione. Una volta
trovato il periodico si possono visualizzare
record relativi a tutti gli articoli pubblicati in
quel periodico.
RICERCA PER PMID
PMID : ogni record ha un suo identificativo
univoco (PubMed unique Identifier).
La ricerca per PMID e’ utile per recuperare
rapidamente un record già noto senza il
rischio di confonderlo con uno simile.
CONTROLLA LA CITAZIONE
Il “Single Citation Matcher” si usa per completare
una citazione di cui si hanno solo dati incompleti.
C’è il completamento automatico quindi è utile
quando non si è certi di come vada scritto un nome.
Utile per far la ricerca per AUTORE.
NB: PubMed indicizza fino a un massimo di 99
autori per articolo.
RICERCA AVANZATA
PREVIEW
HISTORY
VISUALIZZAZIONE
DEI RISULTATI
SALVARE I
RISULTATI
La funzione Preview/index
Questa funzione permette di avere subito il
sommario con il numero di risultati ottenuto.
Permette di raffinare la ricerca introducendo
un nuovo termine.
Permette di combinare più ricerche già fatte
utilizzando gli operatori booleani.
La visualizzazione dei risultati
Summary – E’ il formato standard, dal quale si
possono avere le informazioni essenziali e
l’indicazione della presenza dell’abstract e del full
text.
Abstract - Include: nome del periodico, link a
Comment/Correzioni, il titolo, lingua dell’articolo
(se non inglese), Autori, Corporate Author (enti),
Author Affiliation (istituzione di cui l’autore fa
parte), Abstract (se presente), il PMID e la
citazione sullo stato di indicizzazione.
DA IL PUBLICATION TYPES.
Citation - Questo formato include: Authors, Corporate
Authors, Titolo, nome del periodico, tipo di
pubblicazione, lingua dell’articolo (se non inglese),
l’annotazione "No abstract available“in caso di abstract
non disponibile, il PMID, i termini MeSH, Sostanze
chimiche, n. di identificazione corrispondente delle
banche dati secondarie di Pubmed, nome della persona
se soggetto di pubblicazione, i Grant numbers, il PMID e
la citazione sullo stato di indicizzazione .
DA I MeSH TERMS E I PUBLICATION TYPES
Medline – E’ il formato completo in assoluto, contiene
ogni tipo di campo: identificato dal nome del tag di ogni
specifico campo.
History e
combinazione delle ricerche
La funzione History permette di visualizzare
le ultime ricerche fatte e di combinarle tra
loro utilizzando gli operatori booleani.
Per combinare due ricerche è necessario
scrivere il loro numero preceduto dal
carattere #.
La History contiene fino a 100 ricerche per
un massimo di 8 ore.
Esempio di ricerca combinata
Combiniamo le ricerche
-assistenza infermieristica preoperatoria
-tumore alla prostata
Salvare i risultati: clipboard
Permette di salvare fino a 500 record per
un massimo di 8 ore (o fino alla chiusura
della sessione di ricerca).
Per salvare nella Clipboard:
selezionare i risultati che si desidera
salvare, poi selezionare “send to” e “clipboard”.
My NCBI
Richiede una registrazione e una password.
Permette di salvare i risultati in modo
permanente in una propria cartella.
Una volta selezionati i risultati da salvare,
dalla preview cliccare sul numero della ricerca
e selezionare “Save in My NCBI”.
Permette di avere aggiornamenti (Alert) sulla
ricerca fatta, direttamente al proprio indirizzo
email.
I RISULTATI DELLA RICERCA
E’ possibile selezionare gli articoli spuntandoli 9.
Cliccando sul bottone “Send to” e scegliendo Text, si
visualizzano gli articoli selezionati ed è possibile
stamparli.
Cliccando sulla singola citazione, si apre accanto o
sotto la citazione il bottone dell’ editore. Provare
sempre a cliccarlo se c’è scritto FREE.
Se l’ articolo è disponibile gratuitamente si aprirà il
full text.
Related Articles
Selezionando un articolo e poi “Related
Articles” PubMed ritrova gli articoli correlati
allo stesso, comparando le parole del
titolo, dell’abstract e dei termini MeSH.
Questo tipo di ricerca permette di partire
da un articolo particolarmente mirato
sull’argomento della ricerca per trovarne
altri correlati.
Links
Permette di accedere a collegamenti
con risorse esterne a Pubmed ma
correlate all’articolo.
La funzione “LinkOut” indica
documenti presenti su pagine web
esterne a PubMed.
Questi documenti non sono sempre
ad accesso libero.
NLM gateway
Medline Plus
http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/
Si può accedere tramite l’opzione “Consumer
Health” di PubMed.
E’ un sito curato dalla National Library of
Medicine con lo scopo di fornire al pubblico
informazione scientificamente valida, anche
se in forma semplificata per essere
accessibile a tutti.
E’ disponibile anche una versione in lingua
spagnola.
Health Topics include tutorial interattivi che usano
la grafica animata e il suono per spiegare le
condizioni e le procedure in un linguaggio
semplice.
Drug & Supplement per cercare farmaci.
Encyclopedia contiene immagini mediche e
4000 articoli.
Dictionary è un utile vocabolario medico.
News raccoglie le ultime novità della sanità.
ALTRE RISORSE
ClinicalTrials.gov, il database di sperimentazioni
Controllate (clinical trials) sponsorizzate principalmente
dal NIH ad uso del paziente.
DIRLINE, la directory di organizzazioni operanti nel
Settore della sanità.
Genetic Home Reference, sito per l’ informazione ai
consumatori sulle condizioni genetiche e i geni o
cromosomi responsabili di queste condizioni.
HSRProj, il database delle citazioni relative a progetti
di ricerca in progress nel settore delle tecnologie sanitarie
e dello sviluppo di linee guida per la pratica clinica.
Clinical Queries
Permette di cercare le prognosi delle
malattie, cosa che sfugge in pubmed.
-Trova citazioni corrispondenti a una
specifica categoria di studio clinica.
-Trova solo revisioni sistematiche.
-Trova citazioni di vari argomenti di
genetica medica.
Pubmed central
http://www.pubmedcentral.nih.gov/
E’ un archivio di articoli a testo pieno che
la NLM mette a disposizione gratuitamente
alla comunità scientifica. Il progetto è
partito nel 2000 e per ora il database
contiene qualche centinaio di migliaia di
articoli.
Gli editori partecipano al progetto su base
volontaria.