Bioinformatica
Dr. Giuseppe Pigola – [email protected]
Piano
Banche dati biologiche e sistemi di interrogazione;
Allineamento e ricerca di similarità in DB;
Gene Prediction e Backtranslation;
Predizione della struttura secondaria;
Microarray e Data Mining;
Predizione di Target di miRNA;
Linguaggi PERL e PHP;
Network Biologiche;
Algoritmi per la classificazione;
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Bioinformatica
Banche Dati
Banche dati Biologiche:
GenBank - (NCBI – National Center for Biotechnology Information - 1982);
EMBL - (EMBL – European Molecular Biology Laboratory - 1980);
DDBJ - (DNA Database of Japan - 1986);
Sistemi di Interrogazione:
Entrez (Sviluppato da NCBI);
SRS (Sviluppato da EMBL);
Altre Banche Dati (con relativi sistemi di interrogazione on line):
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Swissprot / Uniprot;
PIR – Protein Information resource;
Bioinformatica
Banche Dati
Banche dati specializzate:
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PDB: Banca dati di riferimento per i dati strutturali 3D di proteine;
OMIM: Contiene informazioni sui geni umani e sulle patologie ad ereditarietà
genetica nell'uomo;
SNP – Single Nucleotide Polymorphism (integrato in NCBI): Banca dati di
mutazioni;
GEO Gene Expression Omnibus (integrato in NCBI): Database di dataset e
espressioni geniche provenienti da esperimenti di microarray;
Genome (Integrato in NCBI): Browser genomico;
UCSC Genome Browser: Browser genomico;
ENSEMBL: Browser Genomico;
GO Gene Ontologies:Vocabolario unificato per la descrizione di tutte le
funzioni dei geni e dei prodotti genici in generale;
Bioinformatica
Banche Dati
Banche dati specializzate:
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BioSystems – Pathways (Integrato in NCBI);
KEGG Pathway Database;
Pathway Commons;
mirBase: microRNA Database;
TarBase: microRNA Database;
Mirò: Dati riguardanti target di miRNA predetti o validati corredati anche da
informazioni su processi, funzioni e malattie;
EST: Espressed Sequence Tag.
Bioinformatica
Allineamento e ricerca di similarità in DB
Matrici Dot-Plot:
DotLet;
Allineamento Pairwise:
Matrici di score;
EMBOSS;
BLAST;
FASTA;
Allineamento Multiplo:
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CLUSTAW;
T-COFFEE;
ANTICLUSTAL;
MUSCLE;
PROBCONS;
Bioinformatica
Gene prediction e backtranslation
Catene di Markov, Distribuzioni Stazionarie, Hasting
Metropolis, Gibbs Sampling, applicazioni;
Hidden Markov Models;
GenScan;
EasyBack;
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Bioinformatica
Predizione della struttura secondaria
MFOLD;
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Bioinformatica
Microarray
Introduzione ai microarray;
Tecniche di Data Mining;
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Bioinformatica
Predizione di target per miRNA
miRanda;
miRiam: Scansiona sequenze mRNA alla ricerca di binding
site per miRNA. Utilizza proprietà termodinamiche ed
empiriche;
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Linguaggi
Linguaggio PERL (bioperl);
Linguaggio PHP (in breve);
Entrez-Utilities;
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Network Biologiche
Cytoscape: Visualizzazione e analisi di network biologiche;
NetMatch: Ricerca di strutture in una network;
Mirscape: Annotazione di network biologiche con miRNA,
processi, funzioni;
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Classificazione
Support Vector Machine (SVM);
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Modalità di Esame
Prova Orale:
Un esercizio pratico al PC (Banche Dati, BLAST, allineamenti,
Tool vari);
Una domanda di carattere biologico;
Una domanda di carattere informatico;
Progetti (uno tra questi):
Seminario su una pubblicazione bioinformatica;
Realizzazione di un software per la Bioinformatica
(argomento di ricerca o implementativo);
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