biochII - Università degli Studi di Roma "Tor Vergata"

Universita' degli Studi di Roma "Tor Vergata"
Corso di Laurea in Ingegneria Medica
BIOCHIMICA II
TUTTE LE DOMANDE DI ESAME DIVISE PER CAPITOLO
PARTE IV:
DINAMICA DELLA VITA: ENERGIA, BIOSINTESI E UTILIZZO DEI PRECURSORI
Domande sul Capitolo 13
DOMANDA N.1: Processo di deramificazione nel catabolismo del glucosio (pag 473).
DOMANDA N.2: Metabolismo dei disaccaridi (senza formule) (pag 470).
DOMANDA N.3:La regolazione allosterica della fosfofruttochinasi (pag 464).
DOMANDA N.4: Digestione di amido e glicogeno (pag 471).
DOMANDA N.5:Attivazione a "feedforward" della piruvato chiansi da parte del fruttosio-1,6bisfosfato (con formule) (pag 465).
DOMANDA N.6: Metabolismo del glicerolo (con formule) (pag 470).
Domande sul Capitolo 14
DOMANDA N.1: Prima decarbossilazione ossidativa del ciclo di Krebs (con formule) (pag 496).
DOMANDA N.2: Reazione 8 del ciclo di Krebs: rigenerazione dell'ossalacetato (con formule) (pag
500).
DOMANDA N.3: Prima decarbossilazione ossidativa del ciclo di Krebs (pag 496).
DOMANDA N.4: Ossidazione del piruvato (pag 485).
DOMANDA N.5: Sintesi del malato a partire dal gliossilato (pag 509)
DOMANDA N.6: Passaggio n.6 (succinatofumarato) del ciclo di Krebs (o dell'acido citrico) con
formule (pag 499).
DOMANDA N.7: Fase ossidativa della via dei pentosi fosfati (con formule) (pag 511).
DOMANDA N.8: Formula e funzione della tiamina pirofosfato (TPP) (pag 486).
DOMANDA N.9: Principali fattori che controllano la piruvato deidrogenasi e il ciclo dell'acido
citrico (pag 501).
DOMANDA N.10: Passaggio n.2 del ciclo dell'acido citrico: isomerizzazione del citrato (con
formule) (pag 494).
DOMANDA N.11: Formula e funzione della lipoammide (pag 489).
DOMANDA N.12: Conversione del piruvato ad acetil-CoA (con formule) (pag 485).
DOMANDA N.13: Sintesi dell'ossalacetato a partire dal piruvato (con formule) (pag 504).
DOMANDA N.14: Riduzione dei perossidi da parte del glutatione (con formule) (pag 516).
**DOMANDA N.15: Carbossilazione del piruvato (con formule). (pg 504)
DOMANDA N.16: Reazioni del ciclo di gliossilato (senza formule). (pg 507)
Domande sul Capitolo 15
DOMANDA N.1: Meccanismo di azione dell'ATP sintasi F1(pag 543).
DOMANDA N.2: Resa energetica totale del metabolismo ossidativo (glicolisi, piruvato
deidrogenasi e ciclo dell'acido citrico) (pag 547).
DOMANDA N.3: Meccanismi di protezione cellulari nei confronti del danno ossidativo
(pag 551).
DOMANDA N.4: Meccanismo della fosforilazione ossidativa: l'accoppiamento chemiosmotico
(pag 539).
DOMANDA N.5: Breve descrizione della NADH deidrogenasi (pag 528).
DOMANDA N.6: L'efficienza della fosforilazione ossidativa: il rapporto P/O (pag 535).
DOMANDA N.7: Formula del glutatione (-Glu-Cys-Gly) e ruolo antiossidativo della glutatione
perossidasi (pag 551).
**DOMANDA N.8: Trasporto vettoriale dei protoni da parte dei complessi della catena
respiratoria. (pg 524)
DOMANDA N.9: Dimostrare che la sintesi di tripalmitina ( glicerolo + 3 ac. palmitico) richiede 7
molecole di ATP (la reazione deve passare per glicerolo 3 P e per 3 molecole di palmitilCoA).
DOMANDA N.10: Strategia generale della via dei pentoso fosfati.
DOMANDA N.11: Assumendo che per ogni NADH si producano 2.5 ATP e per ogni FADH 2 1.5
ATP, calcolare esattamente gli ATP prodotti in totale dall'ossidazione completa di 1 molecola di
linoleilCoA.
Domande sul Capitolo 16
DOMANDA N.1: Metabolismo dell'etanolo nel fegato (senza formule)(pag 562).
DOMANDA N.2: Biosintesi della glucosammina-6-fosfato (con formule)(pag 573).
DOMANDA N.3: Ciclo di Cori (pag 560).
DOMANDA N.4: Formula dell'AMP ciclico e suo ruolo nella regolazione della glicogeno sintasi
(pag 570).
DOMANDA N.6: Equazione bilanciata per l'ossidazione mitocondriale del NADH(pag 536).
**DOMANDA N.7: Il processo di ramificazione nella sintesi del glicogeno (pg 568)
Domande sul Capitolo 17
DOMANDA N.1: Processi fondamentali della fotosintesi (pag 589).
Domande sul Capitolo 18
DOMANDA N.1: Resa energetica dell'ossidazione degli acidi grassi (pag 637)
DOMANDA N.2: Ossidazione degli acidi grassi a numero dispari di carbonio (con formule) (pag
640).
DOMANDA N.3: Attivazione degli acidi grassi (pag 632).
DOMANDA N.4: Ossidazione degli acidi grssi insaturi (con formule).(pag 638).
DOMANDA N.5: Ciclo della carnitina (pag 634).
DOMANDA N.6: Formula della carnitina e suo ruolo nel trasporto degli acil-CoA all'interno del
mitocondrio (pag 634).
DOMANDA N.7: Formula dell'AMP ciclico e suo ruolo nell'attivazione della triacilglicerolo lipasi
(pag 631).
DOMANDA N.8: Formazione dell'Acil-Carnitina a partire dall'Acil-CoA e dalla Carnitina (pag
634).
DOMANDA N.9: Sintesi del Malonil-CoA (con formule) (pag 645).
** DOMANDA N.10: Ossidazione degli acidi grassi a numero dispari di atomi di carbonio. (pg
640)
Domande sul Capitolo 20
DOMANDA N.1: Piridossal fosfato: formule e ruolo.(pag 711).
DOMANDA N.2: Produzione dell'urea a partire dall'arginina (pag 719).
DOMANDA N.3:Biosintesi della glutammina mediante glutammina sintetasi (con formule)(pag
705).
DOMANDA N.4: Transaminazione (pag 711).
DOMANDA N.5 Struttura e ruolo del piridossal fosfato nella transaminasi (pag 711).
DOMANDA N.6: Trasporto dell'ammoniaca al fegato (pag 720).
DOMANDA N.7: Reazione complesiva del ciclo dell'urea (pag 720).
DOMANDA N.8: Coenzimi della vitamina B 12 (pag 729).
DOMANDA N.9: Aminazione riduttiva dell'-chetoglutarato (con formule) (pag 704).
DOMANDA N.10: Meccanismo e ruolo della ubiquitinazione (pag 715).
DOMANDA N.11: Reazione di transaminazione tra il glutammato e un
formule) (pag 711).
 -chetoacido (con
DOMANDA N.12: Formula di struttura e ruolo del piridossal fosfato nella transaminazione(pag
711).
DOMANDA N.13: Trasporto dell'ammoniaca dal muscolo al fegato(pag 721).
DOMANDA N.14: Sintesi e formula del carbammil fosfato(pag 709).
DOMANDA N.15: Ubiquitinazione e velocita' di ricambio proteico (pag 715).
Domande sul Capitolo 21
DOMANDA N.1: Biosintesi degli ormoni tiroidei T3 e T 4 .(pag 759).
DOMANDA N.2: Riduzione dello zolfo inorganico (pag 743).
DOMANDA N.3: Aminoacidi e loro metaboliti come neurotrasmettitori e regolatori biologici
(senza formule) (pag 773).
DOMANDA N.4: Utilizzo della tirosina nella sintesi degli ormoni tiroidei (pag 759).
DOMANDA N.5: Sintesi della 3'-fosfoadenosina-5'-fosfosolfato (PAPS) (con formule) (pag 743).
DOMANDA N.6: L'arginina come precursore dell'ossido di azoto (con formule) (pag 740).
Domande sul Capitolo 23
DOMANDA N.1: Effetti biochimici e fisiologici dell'adrenalina.(pag 824)
DOMANDA N.2: Dosaggi radioimmunologici (RIA).(pag 858)
DOMANDA N.3: Effetti biochimici e fisiologici del glucagone (pag 824).
DOMANDA N.4: Azioni dell'insulina (pag 824).
DOMANDA N.5: Ruolo delle proteine G nella trasduzione del segnale (pag 838).
DOMANDA N.6: Schema di funzionamento generale delle proteine G (pag 839).
DOMANDA N.7: Caratteristiche e ruolo del glucagone (pag 825).
DOMANDA N.8: Schema della regolazione della glicemia a opera della secrezione di insulina
e glucagone (pag 825).
DOMANDA N.9: Natura gerarchica dell'azione ormonale (pag 834).
PARTE V: INFORMAZIONE
Domande sul Capitolo 24
DOMANDA N.1: Struttura della DNA polimerasi I (pag 876).
DOMANDA N.2: Forcella replicativa di DNA (pag 867).
DOMANDA N.3: Modello di Okazaki nella replicazione del DNA (pag 865)
DOMANDA N.4: Descrizione sommaria del replicone (pag 874).
DOMANDA N.5: Struttura del DNA polimerasi I (pag 876).
DOMANDA N.6: Reazione a catena della polimerasi (PCR) (pag 903).
DOMANDA N.7: Natura sequenziale della replicazione del DNA (pag 871).
DOMANDA N.8: Schema di replicazione dei genomi retrovirali (pag 899).
DOMANDA N.9: Ruolo della DNA ligasi (pag 882).
DOMANDA N.10: Differenze di azione tra le topoisomerasi di tipo I e di tipo II (DNA girasi) (pag
886).
DOMANDA N.11: Come agisce l'uracil-DNA-N-glicosilasi sul DNA per rimuovere l'uracile?
DOMANDA N.12: Nei batteriofagi a singolo filamento quale è il filamento più e quale il
filamento meno?
DOMANDA N.13: Uracil DNA N- glicosilasi: descrivere il meccanismo di azione
DOMANDA N.14: Quale proteina di inizio si lega a Ori C per iniziare la replicazione di
E. Coli?
DOMANDA N.14: Quale è la differenza nel meccanismo di azione delle topoisomerasi di tipo
I e di tipo II?
DOMANDA N.15: Quale è la forma chimica dell’innesco nella replicazione del DNA?
DOMANDA N.16: Quali sono le proteine presenti nella forca replicativa?
DOMANDA N.17: Quali sono le caratteristiche generali della replicazione del DNA?
DOMANDA N.18: Che accade quando un frammento di Okazaki raggiunge il 5' del
frammento di Okazaki seguente?
DOMANDA N.19: Quali sono i nomi e le funzioni conosciute delle DNA polimerasi
eucariotiche
DOMANDA N.20: Nomi e funzioni conosciute delle DNA polimerasiche eucariotiche.
DOMANDA N.21: Quali sono i passaggi nella replicazione di E.Coli diretta da OriC?
Domande sul Capitolo 25
DOMANDA N.1: Metilazione del DNA (pag 907).
DOMANDA N.2: Dimeri di pirimidine e fotoriattivazione (pag 916).
DOMANDA N.3: Dimeri di timina (con formule) e azione della fotoliasi (pag 916).
DOMANDA N.4: Come funziona l’ O6-alchilguanina alchiltransferasi nella riparazione del DNA
in E. Coli?
DOMANDA N.5: Nella riparazione di DNA non correttamente appaiati come fa E. Coli
a identificare il corretto filamento da riparare?
DOMANDA N.6: Quante classi di enzimi di restrizione esistono? Illustrare brevemente
le differenze.
DOMANDA N.7: Quali sono i possibili tipi di taglio delle endonucleasi di restrizione?
DOMANDA N.8: Quale è la base principalmente metilata nel DNA dei procarioti e in
che modo?
DOMANDA N.9: Cosa riconosce il complesso uvrA-uvrB nel DNA di E. Coli?
DOMANDA N.10: Quali sono i possibili tipi di taglio dopo taglio con gli enzimi
di restrizione?
DOMANDA N.11: Quali geni di E. Coli sono coinvolti nel meccanismo di riparazione
per excisione?
DOMANDA N.12: Quali geni di E.Coli partecipano nella riparazione degli appaiamenti non
complementari?
DOMANDA N.13: Quale proteina di riparazione E.Coli è necessaria sia nella riparazione per
ricombimazione che nella risposta SOS? Descrivere il meccanismo di azione di questa
proteina.
DOMANDA N.14: Quale gene si trova nella classe II e III dei trasposoni batterici ma non nella
classe I?
DOMANDA N.15: Quali processi biologici fondamentali coinvolgono la metilazione del
DNA?
DOMANDA N.16: Quale è la caratteristica comune dei trasposoni compositi?
DOMANDA N.17: Quale è l'enzima che il batteriofago usa per la ricombinazione sito specifica?
DOMANDA N.18: Quali sono le endonucleasi di restrizione maggiormente usate nella
tecnologia del DNA ricombinante? Perché?
DOMANDA N.19: Quale ruolo gioca il FADH2 nel meccanismo di fotoriattivazione?
DOMANDA N.20: Quale sequenza è comunemente metilata nel DNA di E.Coli?
DOMANDA N.21: Quali sono i tre geni comunemente trovati nei retrovirus?
DOMANDA N.22: Quali sono le due proteine richieste per l'integrazione sito-specifica del
batteriofago l nel genoma di E. Coli?
DOMANDA N.23: In quale tipo di ricombinazione di E. Coli è coinvolta la proteina recA?
DOMANDA N.24: Perché le mutazioni GC verso AT sono più frequenti rispetto ad altre
mutazioni?
DOMANDA N.25: Quali e quanti sono i sistemi di correzione degli errori nel DNA?
DOMANDA N.26: Quanti tipi di elementi trasponibili esistono? Quali sono?
DOMANDA N.27: Classificazione degli elementi genetici trasponibili.
DOMANDA N.28: Come si svolge la replicazione dei retrovirus? Che tipo di innesco utilizzano?
Domande sul Capitolo 26
DOMANDA N.1: RNA polimerasi DNA-dipendente (pag 960).
DOMANDA N.2: Terminazione fattore-indipendente della trascrizione nei batteri (pag 971).
DOMANDA N.3: Mutagenesi sito-specifica (pag 955).
DOMANDA N.4: Maturazione del t-RNA (pag 995).
DOMANDA N.5: Funzione della polinucleotide fosforilasi e della RNA polimerasi DNAdipendente (pag 960).
DOMANDA N.6: Da quale estremità inizia la degradazione dell' RNA messaggero batterico?
DOMANDA N.7: Spiegare come trova l'RNA polimerasi batterica il promotore?
DOMANDA N.8: Quali sono le tre fasi della trascrizione?
DOMANDA N.9: Quali e quante sono le subunità dell'RNA polimerasi di E. Coli?
DOMANDA N.10: Quale è la direzione della trascrizione?
DOMANDA N.11: Quale è la relazione tra le sequenze consenso delle regioni -35 e -10 dei
promotori batterici e l'efficienza dell'inizio della trascrizione?
DOMANDA N.12: Descrivere la struttura dell'RNA polimerasi di E.coli.
DOMANDA N.13: Che caratteristiche presenta il primo nucleotide di una molecola di RNA?
DOMANDA N.14: Quale subunità dell'RNA polimerasi di E. Coli è essenziale per legare
l'enzima al promotore?
DOMANDA N.15: Quali due proteine sono implicate nella correzione degli errori di
trascrizione di E. Coli?
DOMANDA N.16: Quali due tipi di terminazione della trascrizione possono avvenire in
E. Coli?
DOMANDA N.17: Quali sono i passaggi della maturazionedi un tRNA in E.Coli?
DOMANDA N.18: Come funziona la terminazione r-indipendente?
Domande sul Capitolo 27
DOMANDA N.1: Struttura di ribosomi procariotici (pag 1013).
DOMANDA N.2: Velocità ed energetica della traduzione nei procarioti (pag 1026).
DOMANDA N.3: Ridondanza del codice genetico (pag 1005).
DOMANDA N.4: Processo di allungamento nella traduzione procariotica (pag 1021).
DOMANDA N.5: Struttura degli mRNA procariotici e sequenze di Shine-Dalgarno (pag 1007).
DOMANDA N.6: A che estremità si attacca l'aminoacido attivato al tRNA?
DOMANDA N.7: Come è rilasciato il polipeptide dal ribosoma alla fine della traduzione?
DOMANDA N.8: Quanti aminoacil tRNA sintetasi sono presenti in E. Coli?
DOMANDA N.9: Quali sono le basi modificate comunemente trovate nei tRNA?
DOMANDA N.10: Quali sono i tre passaggi della traduzione?
DOMANDA N.11: Quali fattori sono richiesti per la formazione del complesso di inizio della
traduzione nei procarioti?
DOMANDA N.12: Quale è il segnale per terminare la traduzione nei procarioti?
DOMANDA N.13: Che cosa è la Shine Dalgarno? A che serve?
DOMANDA N.14: Quale rRNA contiene la sequenza complementare alla sequenza di Shine
Dalgarno presente negli mRNA procariotici?
DOMANDA N.15: Quali sono i passaggi nell'inizio della traduzione dei procarioti?
DOMANDA N.16: Quali sono i passaggi nella fine della traduzione dei procarioti?
Domande sul Capitolo 28
DOMANDA N.1: Dopo il nucleosoma quali sonoi livelli strutturali successivi della
cromatina?
DOMANDA N.2: Come fanno a compensare le cellule eucariotiche la dimensione più
grande del genoma con la velocità di replicazione più bassa delle DNA polimerasi?
DOMANDAN.3: Come riesce la telomerase ad allungare le estremità lineari dei cromosomi
eucariotici?
DOMANDA N.4: Nella trascrizione in cosa differisce l’RNA polimerasi II eucariotica
dall’RNA polimerasi procariotica?
DOMANDA N.5: Che cosa è il Cap presente negli mRNA eucariotici?
DOMANDA N.6: Che cosa sono i “grani” della cromatina osservati nella microscopia
elettronica?
DOMANDA N.7: Quali sono le fasi della mitosi?
DOMANDA N.8: Quale zona del cromosoma ha una più alta concentrazione di DNA
satellite?
DOMANDA N.9: Tra le proteine non-istoniche quali classi di proteine possiamo trovare?
DOMANDA N.10: Sotto che forma possiamo trovare il DNA eucariotico?
DOMANDA N.11: Che ruolo ha il cap nella traduzione?
DOMANDA N.12: Che differenze aminoacidiche possiamo trovare se compariamo la
traduzione dei procarioti con quella degli eucarioti?
DOMANDA N.13: Nel complesso di inizio della trascrizione oltre all’RNA polimerasi che
altre proteine si trovano?
DOMANDA N.14: Come è chiamata l’unita ripetitiva della cromatina? Descrivere.
DOMANDA N.15: Quale è il segnale nel pre-mRNA usato per specificare la poliadenilazione?
DOMANDA N.16: Quale ruolo gioca nella “giuntatura” o “splicing” l’ snRNA?
DOMANDA N.17: Quali sono le due principali caratteristiche che distinguono un mRNA
eucriotico di uno procariotico?
DOMANDA N.18: Dove avviene la poliadenilazione, il “capping” e la giuntatura dell’mRNA
eucariotico? A cosa servono questi processi?
DOMANDA N.19: Quali istoni si ritrovano nell’ottamero nucleosomico? Che caratteristiche
presentano?
DOMANDA N.20: Perché i telomeri eucariotici sono più corti?
DOMANDA N.21: Perché la eplicazione degli eucarioti è più lenta che nei procarioti?
DOMANDA N.22: Come sono classificate le proteine che si legano alla cromatina?
DOMANDA N.23: Quali sono i passaggi di inizio nella trascrizione degli eucarioti?
DOMANDA N.24: Quali sono i passaggi di terminazione nella trascrizione?
DOMANDA N.25: Descrivere brevemente le fasi del meccanismo di “giuntatura”.
DOMANDA N.26: Cosa è un plasmide e quale è un suo possibile utilizzo nelle tecniche del
DNA ricombinante?