TECNICHE DELLA
RICERCA NELLE
BANCHE DATI ONLINE
Gaetano Grillo
Biblioteca “Rosmini” dei Corsi di Laurea Professioni Sanitarie
<[email protected]>
Corso di formazione Tutoriale – 1° ed.
Torino, 6 marzo 2008
Il Programma di oggi
• Breve introduzione
• Medline (OVID)
• Cinahl (OVID)
• Embase (OVID)
• The Cochrane Library (OVID)
• Reperire la letteratura trovata
Le esigenze informative di
partenza
- Tenermi aggiornato
su un argomento?
- Tesi di laurea o altro
lavoro scientifico?
- Relazione per un
esame?
- Descrizione o gestione
di casi clinici?
- Relazione sulla
propria attività o su
quella del reparto?
- altro… ?
I tipi di documento:
-libri monografici
(trattati, manuali,
raccolte di saggi)
- periodici
- linee guida
- atti di congressi
- immagini (fisse e in
movimento)
- documenti
multimediali
altro...?
I formati
possono essere:
-Cartacei
- elettronici con
accesso locale (CDROM, Floppy disk,
…)
- elettronici con
accesso remoto (CDROM in rete, siti
Internet, fulltext
online)
Strumenti di ricerca
- Database bibliografici
- Cataloghi
- Subject gateways
- Motori di ricerca
- Mailing list e rispettivi archivi
- Forum di discussione
- Siti di associazioni professionali
Le fonti per la ricerca bibliografica online in ambito biomedico:
<http://www.lib.unito.it/web/tutorial/fonti.html>
I database: definizione
La gestione dell’informazione è lo
scopo principale di un database
Esso è un insieme di descrizioni
standard, strutturate e organizzate,
accessibile all'utenza attraverso
interfacce che ne permettano
l'interrogazione e il recupero di dati
Una tabella di database
Sono visibili i campi (colonne) in verticale
e i record (righe) in orizzontale
Relazione tra tabelle
Esempio di database relazionale, in cui le
tabelle sono collegate tra loro
Ricercare in un database
bibliografico
Vanno distinti:
- la struttura del database
- il software di IR
(= information retrieval,
recupero dell’informazione)
Cosa sono i database
bibliografici?
In un database bibliografico i dati sono divisi in
campi e record.
I record rappresentano le citazioni bibliografiche
(che derivano dallo spoglio di articoli di riviste
prese in considerazione dal database)
Per ogni articolo viene prodotta una citazione
bibliografica che comprende una serie di elementi
(metadati). Questi riferimenti bibliografici sono
relativi alla letteratura biomedica
(prevalentemente periodici)
Le singole citazioni bibliografiche sono
organizzate in campi (Autore, titolo, rivista …)
MEDLINE: La NLM
MEDLINE
• MEDLINE è la più importante banca dati bibliografica
mondiale di argomento biomedico e contiene citazioni e abstract
di più di 5000 riviste biomediche (in 37 lingue) pubblicate negli
Stati Uniti e in altri 80 paesi
• Prodotto dalla National Library of Medicine in lingua inglese
• Argomenti: Medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina
veterinaria …
• Contiene oltre 17.000.000 di riferimenti bibliografici di articoli
pubblicati su riviste dal 1950 a oggi
• Aggiornamento quotidiano
E‘ gratuita tramite l‘interfaccia di Pubmed dal 1997
Caratteristiche di MEDLINE
• Tipo di documenti indicizzati: articoli di rivista
(gli atti di congresso compaiono solo se
pubblicati su riviste).
• Copertura geografica: circa il 50% degli articoli
appartiene a riviste pubblicate negli Stati Uniti,
il restante 50% a riviste pubblicate in 80 altri
Paesi
• Copertura linguistica: il 78% degli articoli
indicizzati in MEDLINE è scritto in lingua
inglese, ma questa percentuale sale all’89% per
gli articoli inseriti tra 2000 e 2003
Caratteristiche di MEDLINE
• Lingua d’interrogazione è l’inglese, anche
per reperire riferimenti ad articoli pubblicati in
lingue diverse (il titolo dell’articolo, in questi
casi, è tradotto in inglese)
•Presenza di abstract: tutti i riassunti presenti
sono in inglese, indipendentemente dalla
lingua in cui è scritto l’articolo
•Frequenza di aggiornamento? Quotidiana;
ogni giorno vengono aggiunti 2000 – 4000
nuovi record. Nel 2006, sono stati aggiunti
623.000 nuovi record
Caratteristiche di MEDLINE
Quali tipi di studio si trovano?
Tendenzialmente tutti quelli pubblicati sulle riviste:
• lettere che esprimono opinioni
• report di casi singoli o di più casi
• studi qualitativi
• sperimentazioni non controllate
• studi di eziologia, studi prospettici
• sperimentazioni precliniche e cliniche
controllate:
studi caso-controllo, sperimentazioni randomizzate
controllate, ecc.
• Revisioni narrative e sistematiche
• Linee guida
MEDLINE IN OVID
Esistono diverse piattaforme per
interrogare il database MEDLINE:
Gratuite : Entrez PUBMED
A pagamento: OVID
In OVID e in PUBMED sono interrogabili anche altre
banche dati.
OVID è accessibile da tutti i PC aziendali e universitari
Da casa: tramite il proxy (Nome utente e password sono gli stessi
usati per l'accesso al servizo di posta elettronica dell'Ateneo)
Struttura di una citazione / 1
I record (le singole citazioni
bibliografiche) sono organizzati in
campi. Ecco i principali:
• autore (fino a 25 cognomi);
• titolo dell'articolo (e parole del titolo);
• descrittori di soggetto (sono detti
MeSH, ovvero "Medical Subject
Headings") e rappresentano l'argomento
di ogni singolo articolo;
• abstract (riassunto);
Struttura di una citazione / 2
• fonte bibliografica (titolo della
rivista in forma abbreviata, anno,
volume, fascicolo, pagine);
• ente di appartenenza e indirizzo
del primo degli autori dell'articolo;
• lingua originale in cui l'articolo è
stato pubblicato;
• tipo di pubblicazione (ad es. lettera,
editoriale, rassegna).
I descrittori di soggetto:
I MeSH, ("Medical Subject Headings")
MESH è l'acronimo di Medical
Subject Headings, ovvero intestazioni
di soggetto per la medicina e servono
ad identificare i termini più appropriati
per la ricerca.
Ne esistono circa 24,767 (ott. 2007) e
sono scelti da specialisti di ogni area
della biomedicina.
I descrittori di soggetto:
I MeSH, ("Medical Subject Headings")
Si tratta di un tesauro… (Thesaurus = vocabolario controllato).
I suoi descrittori fanno parte di una struttura gerarchica che permette di
ricercare a vari livelli di specificità.
Gli articoli sono indicizzati utilizzando questo tesauro e quindi:
i termini sono in forma normalizzata (tutti i sinonimi sono ricondotti ad un unico
termine accettato. Es: tumor, neoplasm, cancer, cancers… “Neoplasms”)
i termini sono collegati con una rete di rinvii.
In particolare:
“vedi”: rinvio da voce non accettata a voce accettata: es.: “cancer” vedi
Neoplasms
“Vedi anche”: per i termini, entrambi accettati, che hanno una
relazione importante. es.: Surgery, operative vedi anche
intraoperative complications operating rooms
i termini sono disposti in una gerarchia “ad albero”, in cui i “broader
terms” (termini più generali) contengono i “narrower terms”, termini più ristretti)
Conoscere la struttura dei MeSH può essere molto utile
per elaborare una ricerca efficace
Le 16 categorie principali del MeSH :
1. Anatomy [A]
2. Organisms [B]
3. Diseases [C]
4. Chemicals and Drugs [D]
5. Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment [E]
6. Psychiatry and Psychology [F]
7. Biological Sciences [G]
8. Natural Sciences [H]
9. Anthropology, Education, Sociology and Social Phenomena [I]
10. Technology, Industry, Agriculture [J]
11. Humanities [K]
12. Information Science [L]
13. Named Group [M]
14. Health Care [N]
15. Publication Characteristics [V]
16. Geographicals [Z]
I MeSH : accorgimenti
I MeSH non sono disponibili su:
• premedline
• “record as supplied by publisher”
I MeSH non vengono creati per argomenti
che ricorrono raramente
I MeSH non esistono ancora per i termini
“nuovi”
N.B. In tutti questi casi usare la ricerca
libera con operatori logici.
I MeSH
RIASSUMENDO:
Ogni articolo indicizzato riceve un certo numero di
descrittori MeSH che definiscono il suo intero contenuto
semantico
Alcune voci di soggetto hanno una particolare rilevanza
(indicate, nei record bibliografici, con l'asterisco (*)).
Queste voci si ricercano specificando come qualificatore
[MAJR].
PRIMA DI INIZIARE LA
RICERCA FORMULARE IL
QUESITO USANDO IL PICO
Patient group(s) (paziente)
Il quesito riguarda chi o che cosa (problema)?
Intervention (intervento)
Che cosa è stato fatto o succede ai pazienti?
Comparison(s) (comparazione)
Che cosa potrebbe essere fatto in alternativa?
Outcome(s) (esito)
Come influisce l’intervento sulla
popolazione/pazienti?
Ricerca di base
Ricerca avanzata
decubitus
Inserisco un nuovo termine per la ricerca
il DB suggerisce a quali termini MeSH si lega,
e seleziono il termine che mi interessa
Termine libero
L’albero
MeSH
I SUBHEADINGS
Le "sotto-intestazioni" rappresentano un aspetto
particolare del singolo descrittore MeSH a cui si
applicano. Sono utili per rendere efficace una strategia
di ricerca.
Se cerchiamo, ad esempio, una sostanza farmacologica,
potremmo essere interessati a circoscrivere i risultati della
ricerca all'aspetto tossicologico, oppure agli effetti collaterali,
al suo uso diagnostico o terapeutico, al suo assorbimento e
metabolizzazione da parte dell'organismo, agli avvelenamenti,
alla posologia, e via dicendo.
Non tutti i subheadings sono applicabili a tutti i MESH
Subheading:
visualizzazione dettagliata
Come limitare una
ricerca: i “Limits”
Conviene partire sempre da una ricerca più
ampia e restringerla, ad es. per:
• gruppi d’età (attenzione alle
definizioni!)
• data di pubblicazione dell’articolo
• data d’inserimento del record nel
database (Entrez date, per le novità)
I limiti metodologici
Indicano il tipo di pubblicazione, es.:
• Clinical Trial
• Editorial
• Randomized Controlled Trial
Servono a individuare il livello di
evidenza presentato in uno studio
Lista rapida: sotto “limits”
L’uso degli operatori
boleani: AND, OR, NOT
• Per una buona strategia di ricerca utilizzando i
MeSH è necessario l’uso metodico degli
operatori logici boleani.
• La combinazione di AND, OR e NOT per
associare più termini nella stessa ricerca,
permette di risolvere il problema dei risultati
con troppi record (è sbagliata l’idea che tanti
articoli recuperati equivalgano ad una buona
ricerca)
Come si impiegano gli
operatori boleani?
Per comprendere l'"algebra" booleana
(AND, OR e NOT) si tengano presenti le
seguenti relazioni grafiche:
L'AND "restringe" l'insieme ai risultati
comuni ad un secondo insieme
a AND b
l'OR lo "allarga" sommandovi il secondo insieme
a OR b
il NOT elimina dal primo quanto appartiene anche al
secondo. a NOT b
In pratica:
• l’AND equivale ad un'intersezione;
• l'OR ad una sommatoria;
• il NOT ad una sottrazione.
CINAHL : che cosa contiene?
CINAHL
Il Cumulative Index to Nursing & Allied Health è un database
comprendente riferimenti bibliografici da pubblicazioni
appartenenti alle discipline infermieristiche e alle scienze alleate
Le varie specialità
dell’infermieristica:
Discipline collaterali:
Chirurgia
Chirurgia plastica
Fisioterapia e riabilitazione
Gastroenterologia
Ginecologia
Nutrizione e dietetica
Oncologia
Assistenza medica
Optometria
Pediatria
Pronto soccorso
Servizio sociale
nella cura della salute
Tecnica radiologica
Terapia occupazionale
Tecnica chirurgica
http://www.cinahl.com/prodsvcs/cinahldb.htm
CINAHL: un po’ di storia
• E’ tra i più vecchi e completi repertori
bibliografici delle scienze infermieristiche
• Prodotto dall’American Nurses
Association e dalla National League for
nursing
• Nato nel 1961 (indicizzando 35
periodici) con il nome di CINL vede la
sua veste definitiva nel 1977, integrato
con la letteratura di discipline collaterali
CINAHL: contenuti
Copertura temporale: dal 1982 in poi
Copertura geografica: Africa, Asia, Australia, Canada, Europa, Sud
America, Regno Unito e Irlanda, Stati Uniti
Indicizza 2,593 riviste, di cui 1,798 includono il riassunto
dell’autore;
inoltre: tesi, linee guida (a volte in testo completo), atti di congressi, materiali
audiovisivi, software e libri
Sono presenti 1,328,745 record (dato dic. 2006)
Il database è indicizzato con un tesauro. Il 70% del CINAHL
subject headings (12,414 ) corrisponde ai MeSH del MEDLINE; gli
altri termini sono specifici per l’infermieristica e le scienze alleate
Embase: che cosa contiene?
http://www.info.embase.com/embase_suite/about/
EMBASE
•Banca Dati bibliografica che copre i
settori della medicina, con particolare
riguardo alla farmacologia e alla
tossicologia
•Piú di 11.000.000 records a partire dal
1974 (nella versione OVID dal 1988)
•5000 riviste, di prevalenza europea
•aggiornamenti giornalieri
•Europa
•Thesauro: EMTREE (52,500 termini)
•A pagamento
Paragone tra EMTREE e MeSH
The Cochrane Library
La Cochrane Library é una pubblicazione
elettronica finalizzata a rendere disponibile la
migliore evidenza per le domande terapeutiche
E’ il principale prodotto della Cochrane
Collaboration e raccoglie tutte le sue revisioni
sistematiche (RS) prodotte ed i protocolli delle
revisioni in corso.
“Si tratta di un'efficiente e valida fonte di
informazione per professionisti impegnati in
scelte di governo clinico, utili nell'orientare le
attività mediche ed infermieristiche,
nell'educazione continua e nell'organizzazione dei
servizi”
http://cochrane.it/it/clib.html
Cochrane Database of Systematic
Reviews (Cochrane Reviews)
Le revisioni Cochrane sono esclusivamente revisioni di studi
clinici randomizzati, identificati su tutte le più importanti riviste
mediche pubblicate nelle diverse lingue. L’inclusione o
l’esclusione degli studi è basata su espliciti criteri di qualità in
modo da ridurre gli errori sistematici.
Spesso i dati vengono combinati statisticamente (con le metaanalisi) per raggiungere risultati più affidabili ( a volte i singoli
studi includono casistiche troppo piccole).
Nuove revisioni sono rese disponibili ad ogni edizione della
Cochrane Library con l'obiettivo finale di coprire tutte le aree
della assistenza sanitaria.
Database of Abstracts of Reviews of Effectiveness (DARE)
Il DARE contiene 5758 abstract strutturati di revisioni sistematiche
pubblicate sulle maggiori riviste mediche e analizzate qualitativamente
da esperti del NHS Centre for Reviews and Dissemination della
University of York, Inghilterra.
The Cochrane Centre Register of Controlled Trials
(CENTRAL)
E’ una bibliografia di 479.462 trial clinici identificati dai membri
della Cochrane Collaboration tramite la ricerca manuale delle
riviste biomediche internazionali. Lo scopo finale è creare una
banca dati esaustiva degli studi clinici controllati.
CENTRAL si basa sull'esame sistematico di atti dei congressi e su
molte altre fonti non incluse in MEDLINE o in altre banche
bibliografiche.
Health Technology Assessment Database (HTA)
Questa banca dati, prodotta dal NHS Centre for Reviews and
Dissemination della University of York, raccoglie informazioni in
merito a studi internazionali di health technology assessment.
Contiene 4733 record riferibili a studi già completati o in corso. I
riassunti provengono dall’International Network of Agencies for
Health Technology Assessment (INAHTA) ed hanno un carattere
più descrittivo che analitico. Non riportano valutazioni critiche del
contenuto.
NHS Economic Evaluation Database (NHS EDD)
L’ NHS Centre for Reviews and Dissemination della University of
York produce questa banca dati di 19.722 riassunti sulla valutazione
economica degli interventi sanitari.
I DB della Cochrane Library
Record Counts
Database
Total Records
Cochrane Database of Systematic Reviews
(CDSR; Cochrane Reviews) *
5171
Database of Abstracts of Reviews of Effects
(DARE; Other Reviews)
7048
Cochrane Central Register of Controlled
Trials (CENTRAL; Clinical Trials)
527,885
Cochrane Methodology Register (CMR;
Methods Studies)
10,191
Health Technology Assessment Database
(HTA; Technology Assessments)
7177
NHS Economic Evaluation Database
(NHSEED; Economic Evaluations)
About The Cochrane Collaboration (About;
Cochrane Groups) †
22,978
92
Un po‘ di storia
1972 Archie Cochrane (Epidemiologo)
sosteneva l‘importanza di creare un registro
centrale internazionale di studi clinici in
particolare quelli Randomizzati, i soli che
erano il più possibile esenti da “bias”.
Egli scriveva:“E' davvero una critica giusta
quella che viene fatta alla nostra professione,
di non aver organizzato un sommario critico,
specialità per specialità, aggiornato
periodicamente, di tutti gli Studi
Randomizzati Controllati rilevanti”.
Alcuni anni dopo la sua morte questa
riflessione portò alla creazione della
Cochrane Collaboration
La „Cochrane Collaboration“
La Cochrane Collaboration é una rete internazionale di
scienziati e medici. Il fine di questa istituzione é di
produrre revisioni sistematiche per poter valutare terapie,
tenerle aggiornate e diffonderle
La Cochrane Collaboration è un organizzazione senza
scopo di lucro
Le revisioni vengono prodotte da diversi gruppi di
revisione
Esempi di gruppi di revisione
Anaesthesia Group
Back Group
Bone, Joint and Muscle Trauma Group
Breast Cancer Group
Childhood Cancer Group
Colorectal Cancer Group
Consumers and Communication Group
Cystic Fibrosis and Genetic Disorders Group
Dementia and Cognitive Improvement Group
Depression, Anxiety and Neurosis Group
Developmental, Psychosocial and Learning Problems Group
Drugs and Alcohol Group
Riassumendo :
La Ricerca avviene in modo tematico
Ad ogni articolo viene assegnato un certo numero
di soggetti, che descrivono il suo contenuto
Esistono Major und Minor Subjects
Major subject: si riferiscono al tema centrale dell‘articolo
Minor Subjects: il tema viene solo accennato
Le "sotto-intestazioni“ (subheadings) rappresentano
un aspetto particolare del singolo descrittore
Medline
(in OVID)
CINAHL
(in OVID)
EMBASE
(in OVID)
CHOCHRANE
LIBRARY
(in OVID)
17.000.000
dal 1950
1.328.000
dal 1982
11.000.000
dal 1988
594.559
5.000 riviste
2.600 riviste
5.000 riviste
Fonti diverse
angloamericana
internazionale
europea
internazionale
MeSH
CINAHL headings
EMTREE
keywords
Parola libera
Articoli di riviste
Articoli di riviste,
libri, tesi,
audiovisivi
Articoli di
riviste
Revisioni
sistematiche, studi
clinici
Biomedicina,
infermieristica,
odontoiatria,
medicina
veterinaria
Infermieristica e
scienze affini
Biomedicina,
farmaci e
farmacologia
Terapie
Linee Guida
per la pratica clinica
NGC - National Guideline Clearinghhouse
• E’ un database di linee guida americane
• Tutte hanno un abstract strutturato
• Di alcune esiste anche il full text
• Una certa quantità *non* si trova in PubMed (non sono
pubblicate su riviste)
• Navigabili per:
Disease/Condition
Treatment/Intervention
Organization
Usare la “detailed search”
Altre risorse: NELH's Guidelinesfinder (FT gratuito)
Programma Nazionale Linee Guida
Linee Guida
per la pratica clinica
Guidelines.gov
• E’ un database di linee guida americane
• Tutte hanno un abstract strutturato
• Di alcune esiste anche il full text
• Una certa quantità *non* si trova in PubMed (non sono
pubblicate su riviste
• Navigabili per:
Disease/Condition
Treatment/Intervention
Organization
Usare la “detailed search”
OVID: manuali online
•In OVID ho la possibilità di
accedere a 41 libri in versione
elettronica, di cui 22 hanno
pertinenza infermieristiche
I cataloghi delle biblioteche
Come recuperare la documentazione scientifica
selezionata?
Nei cataloghi cartacei e in linea delle biblioteche
biomediche trovo principalmente i riferimenti
bibliografici a libri, periodici cartacei ed
elettronici
Attraverso il sito:
<http://www.lsmolinette.unito.it/biblioteca/biblioteca
.htm/> accesso a: Catalogo periodici e dei libri della
Biblioteca del Rosmini, al Catalogo periodici
Biblioteche biomediche Università di Torino
(OCAP) e TROVA@unito (per le riviste disponibili
in formato elettronico dell‘Ateneo di Torino)
I cataloghi delle biblioteche
Ulteriori strumenti di recupero dell’informazione:
CATALOGO ITALIANO DEI PERIODICI
(ACNP) <http://acnp.cib.unibo.it/cgiser/start/it/cnr/fp.html>
LibrinLinea (SBN - Catalogo collettivo delle
biblioteche della Regione Piemonte)
<http://www.regione.piemonte.it/opac/index.htm>
SBN-ONLINE nazionale
<http://sbnonline.sbn.it/zgw/homeit.html>
I Periodici elettronici
Il periodico elettronico, in alternativa al formato
cartaceo, fornisce il testo completo di un
documento (solitamente per leggere a video un
articolo è preferibile usare il formato HTML e per
la stampa il formato PDF)
Strumento utile per reperire i loro siti è la lista
alfabetica del PEB (Periodici Elettronici
Biomedici) creata da bibliotecari biomedici
http://www.aib.it/aib/commiss/cnur/peb/peb.htm3
I Periodici elettronici
Possibilità d’accesso al full-text (testo integrale):
Free - es.BMJ (Vedi lista dei periodici elettronici biomedici ad accesso gratuito
Free Medical Journal <http://www.freemedicaljournals.com/htm/index.htm>)
A pagamento con licenza o abbonamento*
Nella nostra realtà è disponibili la lista:
delle riviste elettroniche biomediche disponibili attraverso licenze con gli
editori e della condivisione dei periodici elettronici in abbonamento
<http://biblio.med.unito.it/periodici.shtml> [link presente nel sito della
Biblioteca del Rosmini alla voce “Riviste online”]
* Per accedere ai FT dei periodici elettronici occorre andare in
biblioteca, oppure consultarli dai computer dell’Università e
dell’Azienda Molinette o utilizzare la piattaforma e-learning (accesso
al testo integrale solo di OVID FULL TEXT) o tramite l’ impostazioni
del proxy per consultazione Banche Dati
RISORSE INTERNET
SELEZIONATE
ELISIR :Electronic Library of
International Selected Internet Resources
<http://www.lib.unito.it/database/elisir.html
>
(Catalogo italiano di risorse Internet
biomediche, creato da bibliotecari, con
copertura anche dei siti infermieristici (70
c.a.), selezionati dalla biblioteca del Rosmini).
Queste risorse sono state riversate nel nuovo
catalogo di Ateneo PREFERITO
