Esercitazione 21 Maggio 2009
Cognome
Nome
1. Predire la struttura tridimensionale della sequenza indicata dall’accession number AJ311925
mediante SWISSMODEL.
Scrivere il codice PDB della proteina usata come riferimento nel modellamento:
Scrivere il nome della proteina usata come riferimento nel modellamento:
Scrivere la risoluzione della struttura usata come riferimento nel modellamento:
Indicare come è classificata questa struttura in CATH e come in SCOP:
Scrivere lo Z-score calcolato da Prosa per il modello ottenuto e per la struttura usata come
riferimento nel modellamento.
Scrivere il valore di RMSD calcolato tra il modello ottenuto e la struttura usata come riferimento.
2. Quale programma possiamo usare per predire la struttura secondaria di molecole di RNA?
Fare la predizione di struttura secondaria per la seguente sequenza:
5’- AAGAUGCUAAUGUGAUGCAUCA -3’
3. Valutare dove la mioglobina di carpa è localizzata nella cellula mediante PSORT II.
4. Ricercare il file PDB 1ITB.
Scrivere il numero di residui della catena A che interagiscono con la catena B ed il nome del
programma usato:
Scrivere il numero di residui della catena B che interagiscono con la catena A ed il nome del
programma usato:
Scrivere l’energia di binding tra la catena A e la catena B ed il nome del programma usato:
Scrivere il numero di legami ad idrogeno all’interfaccia tra le catene A e B:
Scrivere il numero di ponti salini all’interfaccia tra le catene A e B:
Scrivere l’ASA all’interfaccia tra le catene A e B:
5. Dato il seguente gene:
gtactcgccgacaagtatcagtaccag
Scrivere la traduzione di questa sequenza in una sequenza amminoacidica:
6. Data la seguente sequenza nucleotidica, predire il numero di geni contenuti in essa.
AGCAGCTTTGGCACAAGGGGAAACTGGACAGAGAACCACAGACCTTCAACCAGCAGCAGCACCTTTGCAGCGCTGACGCT
GACCTCCTCAGAGCTGTTCTCCCTGGAGCTCAGCTCCCACACGTAGAGGCCCGTATCCCCGCGCTGCAGGTCCGACACGC
TCACGTTGACCTGCGGGGAGCGCAACCCACCGTGGAGCTGCAGACGCCCCCTGTGCTGCGGATTGACCTTTGGCTCCGCC
CCTTCCGCCATAGACAGCAGGGTGGTCTGCGTCTGGCCGCCGCGGTGGTAAAGGTGTAGACCTGTGGGTGGACCCTGCTG
CTCCCGGAGTGGACAAGAGAGCTGCAGGGACTGTCCCTCTGCCAGCTGCCTGAAGATCAACTCTGCACACGCTGGAGGAG
GGTAAACGCCAGTTAGTCGAGCCACCTGTGAGCGACAGCGCGAGGACGCCAACTCCTCTCACCTTCAAAGAGCTGGATGG
AAACGAGAAGGCTCGTCAGCGTCGTCCTCATGGCCTCGGTTTGATCAGAGAAGCACGGAGACGAACCAACGCGGAGTCAC
CCCTCCCATTTCCTCCAGCGTTGTGAGACTCTGCAGGATGCTTCGCTCTTTTCACCCCGCTGCACATCGGGGCAGGAAGA
GCGGTTCAAAGAGAAAGAGAAGTGCTGTTAAACCGCTGCTGCAGAGCAGATCAGCCCAAAACGTTCTCGGAATGAGCACA
AGCACAAGGTCCAAGAACCCCCTCCAACCTGAAAACTGCTGTTTCTACAGCACCTCATGATGGAAGCTGAAGGAATCCGC
CCCTACAAAGAGGGGAAAAGAACCCCACTCTCATGTGTCTCAGACATCTACCTCATTAAAACCTAAAATGCAGATCTGTT
CTGAGGACCCATTCACAGCTTTGAGTCACAATCACTCAAACCTGCGCCGAGTTTCCGCTTGACGAGCTCGTCGGCCTCGG
CTGTGTTGATTGTCCGCTGCATAAAGTTGCCCCCCCCCCAGGTTCCTCAGTAGTGCTGCTGACACAGACTGGTGTGTCGG
TGTTTCGGGACAAAGTTGCTGCTTAGTGTTGCATTAACGGCGCCTTTGTGTCTCAGGATGACCCCCCTGGTTTGGCTCCT
GGCGTTGTCTGTTGGATGGTGTTCTGCTGTCCCTCCCAACCTTTTTGGTGGGAAGGCGGGGGGACGTGACGTGCACAAAG
GCTGGAAGACCCCGGAGGTGGAGCCGGAGCGGGTGAAGACTGTGGAAGTGAGCTGCCACCCCAACTCTCTGGAGATCACT
GTGAAGGCGGACATGTTCGAGGTCGGCGCCCCAGTTTACAGCGACGAGCTGCGCCTGGGAGTGGATCAGCAGGATTACAA
CTGTCAAGCCCAAGCCTCTCCGGGAGACGAGTACACCATCCTGGGTCGGACTNNNGGCTNNGGCACCAAACACTGGGTAA
GTGTGGAACGAGCTGCTCCTCGGGACACGGTGATGTCATCTAAACGCTCCTGTTCCTCAGGTAACTGAAGAGTCTCTGGT
CTACACAAACCTCCTCATATTCTCACCTCGAGTGACTCAGGACGGGCTCATTCGAATGGACGAAGCCGTCATTCCGATCG
AGTGCCAGTATGAAAGGTGCTTCTCCTGTCTATTAAATTCAAAGACGCCTCTGCTGCCGCTCACGTGTACCATGTCTCCT
CAGGAAGTACAGCCTGTCCAGCGGCTCCCTCAAGCCCACCTGGATCCCTTTCATGTCCACCCAAGCTGCGGTGGAAAACC
TGTCCTTTGACATGAAGCTTGTGTCGGGTGAGTTTTTGGCTGGCCTTAAACACTTGCTCAAACTGTACACGCCAACTACT
CCTGTTTCAGATGACTGGAACTACGAAAGAGGCTCCAACGTGTTTCACCTGGGGACCTCATCCCTGTGGAGGCCTCGGTC
AGAGTTGGGCACCACCTGGGCCTCCGGGTGTTTGTGAGCAGCTGCACGGCCACGCTTTCCCCGGACGCCCTCTCCCATC
CCAGACACGTCTTCATCGAAAATGGGTAAACGTCAGCTTGGCTCCCAGTGTTGTGGTCTGAATCTGGGGGAGGAGCTTGT
GAGGACTGAACTGTCAGGTTTGAGGTTCTTGACCCATTTCTGGCTCTTGTCGTAGGTGCTTCACTGACTCTCAGCTTCCA
GATTCAAAGTCTCAGTTCTTCCCGAGGATTCAGGATGAGAAGCTCCACATGGTCATCGGCGCCTTCAGGTTCCATAACCA
GGACAGCGGCGAGGTTTGACTCGGTTTGGTAAATCTCTCCCAGCTGTGTCTCCCTCATAAAGGCACGACCCGTCTCTCCC
GCAGCTCTACATCACATGTCACCTGACCGCTGTACCAACCAATGACCCAGAGGCACTGCCTAAGGCCTGCACATTTATGA
ACGGAAGGCAAGTGGCGCGTTGGAGACATCATTTTTAAACGGACTCGGAATAAAACTATCTATTTCCAGGTGGCGTTCGG
CCGACGGCAACGATTACTCGTGTGCCAACTGTCAGACCCACGGCGGCGCCGGTCACACCAGTCACACGAAACCCAGCACT
CCAGCCAAGTTTGGCCCTCGTGGCTTCGGGAAGCCAGAAAAACCGTGGAAGAGCATCGCCAAGACAAAAATGCGTAAGTT
CAATGACGCC
Scrivere il numero di geni predetti ed il programma usato:
