1 Denominazione dell’Esame TERMODINAMICA E MODELLISTICA MOLECOLARE 2 4 Numero totale di crediti dell’esame Tipologia esame 4 Corso monodisciplinare 7 8 9 10 11 12 13 Settore scientifico di riferimento Tipologia attività formativa Anno di corso Periodo didattico Numero totale di crediti dell’unità didattica Carico di lavoro globale (espresso in ore) Carico di ore da attribuire a: CHIMICA FISICA 14 14 Nome del docente Obiettivi formativi 15 16 Prerequisiti Contenuto del corso B = attività caratterizzante Non disponibile Secondo Ciclo Semestrale 4 39 h 24 h teorico 15 h laboratorio G. Gilli Nozioni fondamentali di (1) termodinamica statistica classica (distribuzione canonica, funzione di partizione canonica e molecolare, calcolo di osservabili termodinamiche); (2) termodinamica statistica nello spazio di configurazione (meccanica e dinamica molecolare, metodi Monte Carlo ed esempi di applicazione alla modellizzazione di sistemi molecolari semplici e complessi). Termodinamica classica. Termodinamica Statistica Classica. Ipotesi ergodica e limite termodinamico. Insiemi microcanonico, canonico, macrocanonico e isotermo-isobaro. Sistemi, insiemi, configurazioni e pesi statistici. Il metodo del serbatoio. Il metodo della distribuzione più probabile. Legge di distribuzione canonica. Funzione di partizione canonica e funzione di partizione molecolare. Approssimazione di Born-Oppenheimer. Calcolo della funzione di partizione molecolare: funzioni di partizione traslazionale, rotazionale, vibrazionale ed elettronica. Calcolo delle grandezze termodinamiche dalla funzione di partizione canonica. Termodinamica statistica dei gas reali: integrale di configurazione. Applicazioni: equipartizione dell'energia, capacità termiche, entropia residua nei cristalli e costanti di equilibrio. Funzione di partizione molecolare a diverse 17 Testi di riferimento: 18 19 Modalità didattica Modalità esame temperature da calcoli quantomeccanici vibrazionali. Termodinamica Statistica nello Spazio di Configurazione. Gradi di libertà, spazio di configurazione, traiettorie, scatola computazionale, condizioni di periodicità al contorno. Campi di forza intramolecolari ed intermolecolari. Il metodo Monte Carlo (MC). Meccanica e dinamica molecolare (MM e DM). Simulated annealing (SA). Restrained simulated annealing (R-SA). Applicazioni di base su liquidi, cristalli liquidi, mesofasi, stati critici. Modello di Ising mono- e bidimensionale. Analisi conformazionale. Applicazioni speciali: Fitting e docking molecolare e predizione delle strutture cristalline con tecniche SA. Applicazione di tecniche RSA all'affinamento della struttura di macromolecole proteiche da dati di raggi X nei cristalli o da dati NMR in soluzione. Esempi di studio di meccanismi di reazione enzimatici con tecniche QM-MM. (a) R.L. Rowley - "Statistical Mechanics for Thermophysical Property Calculations" - PTR Prentice Hall, Englewood Cliffs, NJ, 1994. (b) P.W. Atkins - "Chimica Fisica", Zanichelli, BO (qualsiasi edizione). (c) P.W. Atkins - "Physical Chemistry", Oxford, UK (any edition). (d) W.J. Moore - "Physical Chemistry", Longman, London, 1972. (e) Dispense del corso convenzionale orale Nella scheda che verrà messa a disposizione dei docenti il punto 2, 3, 4 e 5 per i corsi monodisciplinari non 1 Title of course MOLECULAR THERMODYNAMICS AND MOLECULAR MODELING 2 4 Total examination credits Tipology of examination 4 monodisciplinary course 7 Scientific field of reference CHIM/02 8 9 10 11 12 13 Tipology of reference educational activity Year of degree course Semester Credits total amount Global workload (in hours) Time distribution B = characterizing activity 14 15 Teacher’s name Educational Goals 16 17 Prerequisites Course syllabus G. Gilli Fundamentals of (1) classical statistical thermodynamics (canonical distribution, canonical and molecular partition function, evaluation of thermodynamic quantities); (2) statistical thermodynamics in the configuration space (molecular mechanics and dynamics, Monte Carlo methods and applications to the modeling of simple and complex molecular systems). Classical thermodynamics. Classical Statistical Thermodynamics. Ergodic hypothesis and thermodynamic limit. Microcanonical, canonical, grandcanonical and isothermal-isobaric ensembles. Systems, ensembles, configurations and statistical weights. Canonical distribution by the methods of the heath-bath and of the dominating configuration. Canonical and molecular partition functions. Born-Oppenheimer approximation. Computing the molecular partition function: translational, rotational, vibrational and electronic partition functions. Evaluation of thermodynamic quantities from the canonical partition function. Statistical thermodynamics of real gases: configuration integral. Applications: equipartition theorem, heat capacities, residual crystal entropy, equilibrium constants. Computing the molecular 2 4 39 h lectures 24h practice 15h 18 Reference books 19 20 Theaching activities Exams partition function from vibrational quantum-mechanical calculations. Statistical Thermodynamics in the Configuration Space. Degrees of freedom, configuration space, trajectories, computational box, periodic boundary conditions. Intramolecular and intermolecular force fields. The Monte Carlo method (MC). Molecular mechanics and dynamics (MM e MD). Simulated annealing (SA). Restrained simulated annealing (R-SA). Basic applications to liquids, liquid crystals, mesophases and critical states. Monoand two-dimensional Ising model. Conformational analysis. Special applications: molecular fitting and docking. Prediction of crystal structures by SA methods. Application of R-SA methods to the structure of proteic macromolecules from X-ray crystal data and NMR data in solution. Enzymatic reaction mechanisms as studied by QMMM methods. (a) R.L. Rowley - "Statistical Mechanics for Thermophysical Property Calculations" - PTR Prentice Hall, Englewood Cliffs, NJ, 1994. (b) P.W. Atkins - "Chimica Fisica", Zanichelli, BO (qualsiasi edizione). (c) P.W. Atkins - "Physical Chemistry", Oxford, UK (any edition). (d) W.J. Moore - "Physical Chemistry", Longman, London, 1972. Lectures' notes. conventional oral