I catalizzatori della cellula: gli ENZIMI LA CATALISI ENZIMATICA E’ NECESSARIA PER PERMETTERE A MOLTE REAZIONI BIOCHIMICHE DI PROCEDERE AD UNA VELOCITA’ CONVENIENTE IN CONDIZIONI BIOLOGICHE UNA REAZIONE CHE RICHIEDESSE MOLTE ORE, NON SAREBBE METABOLICAMENTE UTILE PER UN BATTERIO CHE DEVE DUPLICARSI IN 20 MINUTI LA CELLULA SFRUTTA CATALISI SPECIFICHE PER INDIRIZZARE LE SOSTANZE VERSO PERCORSI METABOLICI UTILI, INVECE CHE IN REAZIONI COLLATERALI CHE SAREBBERO SOLO DI SPRECO Un CATALIZZATORE è appunto una sostanza (proteica) che aumenta la velocità di una reazione chimica senza subire trasformazioni durante l’intero processo Da una serie di reazioni termodinamicamente possibili la cellula sceglie quali devono procedere a velocità più elevata attraverso la catalisi di Enzimi Mentre i dati termodinamici relativi alle reazioni sono fissati, la cellula può modificare i processi metabolici variando le proprietà e la quantità dei catalizzatori Caratteristica importante degli ENZIMI è che essi possono subire una regolazione e per tale motivo sono considerate unità funzionali del metabolismo cellulare Agiscono in sequenze organizzate e catalizzano centinaia di reazioni attraverso le quali un sostanza può essere degradata, l’energia chimica può essere trasformata e conservata e le macromolecole vengono sintetizzate a partire da precursori semplici LA MAGGIOR PARTE DEI CATALIZZATORI BIOLOGICI SONO PROTEINE DETTE ENZIMI Alcuni enzimi non hanno bisogno per la loro attività di altri gruppi chimici se non quelli dei loro residui amminoacidici Altri necessitano di componenti chimici addizionali chiamati COFATTORI Questi ultimi possono essere ioni inorganici (Fe2+, Mg2+, Mn2+ o Zn2+) oppure molecole organiche o metalloorganiche chiamate COENZIMI OLOENZIMA: ENZIMA CATALICAMENTE ATTIVO CON TUTTI I SUOI COENZIMI O IONI METALLICI LA PARTE PROTEICA DI UN ENZIMA E’ DETTA APOENZIMA Ad oggi sono stati classificati 4300 diversi enzimi e per evitare una classificazione arbitraria si è ricorsi ad una CLASSIFICAZIONE SISTEMATICA degli enzimi Enzima Tipi di reazione 1.Ossidoriduttasi Ossido-riduzioni, trasferimento di elettroni 2. Transferasi Trasferimento di gruppi funzionali da una molecola all’altra 3. Idrolasi Idrolisi di legami con l’ausilio di molecole di acqua 4. Liasi Rimozione o aggiunta di un gruppo a un doppio legame o altre scissioni che comportano riarrangiamenti elettronici 5. Isomerasi Modificazione di isomeri strutturali o ottici 6. Ligasi Fusione di due o più molecole La Commissione Internazionale degli Enzimi ha stabilito per ogni enzima un numero composto da 4 parti ESEMPIO: TRIOSO-FOSFATO-ISOMERASI - E.C. 5.3.1.1. 5 = isomerasi 3 = terza sottoclasse, cioè enzimi che catalizzano un’ossidazione in una parte della molecola ed una riduzione in un’altra parte della stessa molecola) 1 = prima sotto-sottoclasse, cioè enzimi che interconvertono gli aldosi in chetosi 1 = primo della serie (di 19), cioè di questo raggruppamento Ad ogni classe appartengono importanti sottoclassi. CLASSE 1: deidrogenasi, ossidasi, perossidasi, reduttasi, monossigenasi, diossigenasi CLASSE 2: C1-transferasi, aminotransferasi, fosfotransferasi glicosil-transferasi, CLASSE 3: esterasi, glicosidasi, peptidasi, amidasi CLASSE 4: C-C liasi, C-O liasi, C-N liasi, C-S liasi CLASSE 5: epimerasi, cis-trans isomerasi CLASSE 6: C-C ligasi, C-O ligasi C-N ligasi, C-S ligasi Modelli di catalisi enzimatica A B Reazione irreversibile; in senso contrario, da B ad A, la reazione procede con una velocità infinitamente bassa Viene definita velocità di reazione (V) ad ogni istante l’andamento della formazione di prodotto in funzione del tempo, in questo caso di B: V = d[B]/dt Le unità di misura della velocità sono moli L-1 s-1 A mano a mano che le molecole di A vengono consumate diminuisce il numero delle molecole da trasformare e decresce anche la VELOCITA’ con il procedere della reazione Le reazioni di ordine zero si verificano in generale nello stadio iniziale delle reazioni enzimatiche, quando la concentrazione della sostanza da trasformare è così grande in confronto alla concentrazione dell’enzima da potersi considerare costante L’andamento è lineare Reazioni di ordine zero In queste reazioni la velocità è data da dx/dt = K0 cioè la quantità trasformata per unità di tempo risulta costante La velocità è indipendente dalla concentrazione Andamento di una reazione di ordine zero Reazioni del primo ordine Con il procedere della reazione enzimatica, aumenta la concentrazione x della sostanza trasformata e quindi diminuisce quella da trasformare a-x (dove a è la concentrazione iniziale) Le molecole dell’enzima non possono più reagire con lo stesso numero di molecole del substrato in tempi uguali La velocità della reazione segue l’equazione del 1° ordine, secondo la quale ad un dato istante, risulta proporzionale alla quantità di sostanza che si deve ancora trasformare Sarà quindi: dx/dt = K1 (a-x) Dove K1 (costante di velocità) esprime il progredire più o meno rapido della reazione. In forma di logaritmo: K1 = 1/t . log a / (a-x) . 2,3 Andamento di una reazione del 1° ordine e calcolo grafico del semiperiodo di trasformazione Si definisce semiperiodo di trasformazione di una reazione il tempo necessario perché la concentrazione della sostanza inizialmente presente si riduca a metà Il suo valore si ricava graficamente oppure nel caso delle reazioni del 1° ordine, sostituendo ad x, nella espressione generale della velocità di reazione, a/2 Si ha allora: K1 = 1/t.ln a/ (a-a/2) = 1/t.ln2 da cui: = ln2/ K1 = (log2.2,3)/ K1 = 0,693/ K1 Reazioni del secondo ordine Quando l’enzima ha trasformato gran parte della sostanza iniziale, è possibile che la velocità della reazione subisca anche l’influenza dei prodotti formati che rendono più difficile l’incontro efficace delle molecole dell’enzima con quelle del substrato residuo Calcolo grafico della quantità iniziale a a t1 t2 t La velocità di reazione può allora seguire una equazione del 2° ordine, cioè: dx/dt = K2 (a-x)(b-x) che integrata dà : K2 = 1/[ t(a-b) ].ln[ (a-x)/(b-x) ].b/a STATI DI REAZIONE E VELOCITA’ DI REAZIONE CHE COSA DETERMINA LA VELOCITA’ DI UNA REAZIONE CHIMICA? La termodinamica non fornisce alcuna informazione sulla velocità della reazione Possiamo notare che l’energia libera standard dei prodotti è più bassa di quella dei reagenti Ciò che maggiormente influenza la velocità della reazione è ciò che accade nella TRANSIZIONE dai reagenti ai prodotti In una reazione di 1° ordine una molecola raggiunge solo occasionalmente lo stato energetico nel quale il processo può avvenire In una di 2° ordine non tutte le collisioni fra molecole possono essere produttive, in quanto alcune non producono energia sufficiente Queste considerazioni hanno portato all’idea che esista un BARRIERA ENERGETICA per la reazione ed al concetto di STATO ATTIVATO o STATO DI TRANSIZIONE S P Durante il passaggio da S a P è necessario superare quasi sempre una barriera energetica, chiamata BARRIERA ENERGETICA DI ATTIVAZIONE Infatti la rottura e riformazione dei legami chimici deve essere proceduta da una torsione e stiramento dei legami esistenti creando lo STATO DI TRANSIZIONE con un’energia libera più elevata dei reagenti e dei prodotti (DA NON CONFONDERE CON UN INTERMEDIO DELLA REAZIONE) G°’ è la variazione complessiva di energia libera che si ha passando da A a B Le barriere di attivazione sono particolarmente importanti per la stabilità delle biomolecole Se non esistesse questa barriera, nella cellula infatti le biomolecole decadrebbero rapidamente in forme più semplici a bassa energia e questo comprometterebbe la continuità e organizzazione della vita In presenza di un enzima specifico, la velocità di reazione da A a B può essere milioni di volte più elevata di quella della reazione non catalizzata. L’enzima non viene consumato durante il processo: una molecola di enzima può quindi convertire molte molecole di A in B GLI ENZIMI AGISCONO COME CATALIZZATORI ABBASSANDO LA BARRIERA ENERGETICA TRA REAGENTE E PRODOTTO L’ENERGIA DI ATTIVAZIONE (G+) necessaria per superare la barriera energetica potrebbe essere fornita ai reagenti sotto forma di calore, cosa ovviamente non realistica nelle cellule Gli enzimi legano le molecole allo stato di transizione, abbassando in questo modo l’energia di attivazione e quindi accelerando la reazione La relazione tra G+ e la velocità di reazione ha un andamento esponenziale per cui anche piccole diminuzioni di G+ determinano un aumento molto grande della velocità GLI ENZIMI COME CATALIZZATORI: PRINCIPI ED ESEMPI La funzione del catalizzatore è quella di diminuire il G0+ facilitando la formazione dello stato di transizione L’enzima lega una molecola del substrato al suo SITO ATTIVO Il sito attivo è frequentemente una tasca o una fenditura delimitata da catene laterali di residui di amminoacidi che partecipano al legame del substrato mentre altre sono coinvolte nella catalisi Questa teoria (Fisher, 1894) prevede per la catalisi enzimatica un modello a CHIAVE-SERRATURA e spiega la specificità degli enzimi. Questo modello però non ha chiarito la comprensione sui principi della catalisi in quanto la serratura non ha alcun effetto sulla chiave In seguito fu elaborata l’ipotesi dell’ADATTAMENTO INDOTTO, secondo il quale una molecola del substrato è indotta ad assumere una conformazione che si avvicina allo stato di transizione L’enzima non si limita a ricevere il substrato; esso richiede anche che il substrato venga distorto in una forma simile allo stato di transizione E’ presumibile che l’adattamento coinvolga distorsione sia del substrato che dell’enzima la Riassumendo un enzima deve essere in grado di: a. Legare uno o più substrati b. Abbassare l’energia dello stato di transizione c. Promuovere direttamente l’evento catalitico Quando il processo è completato esso deve rilasciare il o i prodotti e ritornare al suo stato originale Quindi: E + S ES ES E + P dove ES = complesso enzima-substrato Gli enzimi sono quindi molto efficienti e le cause di ciò sono riconducibili a 6 meccanismi fondamentali attraverso i quali gli enzimi accelerano le reazioni chimiche 1) CATALISI ACIDO-BASICA: il sito attivo dell’enzima fornisce una cavità specializzata con gruppi R di opportuni aminoacidi orientati in modo da poter donare o accettare protoni con facilità. Catalisi estremamente potente in soluzione acquosa 2) CATALISI COVALENTE: alcuni enzimi sono in grado di formare un legame covalente con il substrato formando un complesso ES molto instabile, che va incontro ad ulteriori trasformazioni molto più rapidamente che in reazioni non catalizzate enzimaticamente 3) CATALISI FAVORITA DA IONI METALLICI: le proprietà di alcuni metalli forniscono funzioni accessorie all’enzima che vengono utilizzate nella catalisi a livello del sito attivo (vedi COENZIMI) 4) CATALISI ELETTROSTATICA il legame del substrato al sito attivo può escludere le molecole di acqua alterando la polarità del sito che diviene un solvente organico rendendo così le interazioni elettrostatiche molto più forti la distribuzione della carica può contribuire alla stabilizzazione degli stati di transizione 5) CATALISI FAVORITA DA EFFETTI DI PROSSIMITA’ E DI ORIENTAMENTO : l’enzima coordina il substrato in modo tale che il legame suscettibile di catalisi non solo si trova vicino ai gruppi responsabili della catalisi ma anche con orientamento corretto aumentando la possibilità che il complesso ES entri nello stato di transizione 6) CATALISI FAVORITA DAL LEGAME PREFERENZIALE DEL COMPLESSO DELLO STATO DI TRANSIZIONE: il legame del substrato è in grado di modificare la struttura tridimensionale dell’enzima ed in tal modo il sito attivo risulta modificato ed in grado di provocare distorsioni a livello della struttura del substrato favorendo la formazione del complesso ES (modello chiave-serratura) PARAMETRI CINETICI DELLA CATALISI ENZIMATICA L’attività dell’enzima può essere valutata mediante misure della velocità di reazione che prendono il nome di CINETICHE ENZIMATICHE Importante la loro conoscenza per comprendere la catalisi e poterla regolare L’EQUAZIONE DI MICHAELIS-MENTEN L’equazione più semplice per descrivere una reazione a un substrato ed un prodotto catalizzata da un enzima è la seguente: k1 k2 E + S ES E + P k-1 La velocità di questa reazione e cioè la velocità di formazione del prodotto, è data da: V = k2[ES] IL TERMINE [ES] NON E’ FACILMENTE MISURABILE PER CUI OCCORE TROVARE UNA ESPRESSIONE ALTERNATIVA Ciò che non possiamo MISURARE è la concentrazione del substrato (o del prodotto) e la concentrazione TOTALE dell’enzima [Et] (somma di quello libero e quello legato) [Et] = [Elibero] + [ES] Le velocità di formazione e di demolizione del complesso ES sono governate dalle costanti di velocità k1 (formazione) e k-1+k2 (demolizione): Velocità di formazione di ES: k1([Et]-[ES])[S] Velocità di demolizione di ES: k-1[ES]+k2[ES] Occorre a questo punto fare un’assunzione importante: LA VELOCITA’ INIZIALE DELLA REAZIONE RIFLETTE UNO STATO STAZIONARIO IN CUI [ES] E’ COSTANTE IN QUESTO CASO LA VELOCITA’ DI FORMAZIONE DI [ES] DIVENTA UGUALE A QUELLA DI DEMOLIZIONE ALLO STATO STAZIONARIO QUINDI LE PRECEDENTI EQUAZIONI POSSONO ESSERE DESCRITTE COME: K1([Et] – [ES])[S] = K-1[ES] + K2[ES] DA CUI: K1[Et][S] – [ES][S] = (K-1 + K2)[ES] AGGIUNGENDO K1[ES][S]: K1[Et][S] – K1[ES][S] +K 1[ES][S] = (K-1 + K2)[ES] +K 1[ES][S] SEMPLIFICANDO: K1[Et][S] = (K1[S] +K-1 + K2)[ES] RISOLVENDO PER [ES]: [ES] = [Et][S])/[S]+(K2+K-1)/K1 IL TERMINE (K2 + K-1)/K1 E’ DETTO COSTANTE DI MICHAELIS-MENTEN Km SOSTITUENDO: [ES] = ([Et][S])/[S]+ Km ALL’EQUAZIONE ORIGINALE V = K2[ES] PUO’ VENIRE SOSTITUITA V = K2[Et][S]/Km + [S] POICHE’ LA VELOCITA’ MASSIMA VIENE RAGGIUNTA QUANDO L’ENZIMA E’ STATO SATURATO CON IL SUBSTRATO E QUINDI [ES] = [Et]: Vmax = K2[Et] SOSTITUENDO: V = Vmax[S]/Km + [S] EQUAZIONE DI MICHAELIS-MENTEN QUESTA EQUAZIONE ESPRIME UNA RELAZIONE QUANTITATIVA TRA LA VELOCITA’ INIZIALE, LA VELOCITA’ MASSIMA INIZIALE E LA CONCENTRAZIONE INIZIALE DEL SUBSTRATO CORRELANDOLI CON LA COSTANTE Km DA QUESTA EQUAZIONE EMERGE UN’ALTRA IMPORTANTE RELAZIONE, NEL CASO IN CUI V SIA ESATTAMENTE UGUALE AD 1/2Vmax Vmax/2 = Vmax[S]/Km + [S] DIVIDENDO PER Vmax: 1/2 = [S]/Km + [S] RISOLVENDO PER Km: 1/2 = [S]/Km + [S] Km = [S] QUESTO SIGNIFICA CHE QUANDO LA VELOCITA’ INIZIALE E’ UGUALE AD ½ DELLA VELOCITA’ MASSIMA LA Km E’ UGUALE ALLA CONCENTRAZIONE DEL SUBSTRATO NOTA BENE: LA Km VIENE QUINDI ESPRESSA IN Moli/L LA COSTANTE DI MICHAELIS-MENTEN RACCHIUDE UN CONCETTO BIOLOGICO IMPORTANTE L’AFFINITA’ DELL’ENZIMA PER IL SUBSTRATO INFATTI QUANTO PIU’ PICCOLA E’ LA Km QUANTO MAGGIORE E’ L’AFFINITA’ DEL SUBSTRATO PER L’ENZIMA VICEVERSA VALORI DI Km ELEVATI SIGNIFICANO SCARSA AFFINITA’ DEL SUBSTRATO PER QUELL’ENZIMA IL CONCETTO E’ LEGATO AL FATTO CHE PICCOLI VALORI DI Km SIGNIFICANO CHE SONO SUFFICIENTI BASSE CONCENTRAZIONI DEL SUBSTRATO PER RAGGIUNGERE 1/2 DELLA Vmax L’equazione di Michaelis-Menten può essere riarrangiata algebricamente in una forma più utile per analizzare i dati sperimentali. Una delle trasformazioni più comuni è ricavata facendo il reciproco di entrambi i termini dell’equazione: 1/V = (Km + [S]) Vmax[S] Separando i componenti del numeratore: 1/V = Km / Vmax[S] + [S]/Vmax[S] Semplificando : 1/V = (Km / Vmax)[S] + 1/Vmax EQUAZIONE DI LINEWEAVER-BURK o GRAFICO DEI DOPPI RECIPROCI INIBIZIONE ENZIMATICA MOLTE MOLECOLE INIBISCONO L’AZIONE DI UN ENZIMA CON MODALITA’ DIVERSE: a.INIBIZIONE REVERSIBILE, implica un legame non covalente dell’inibitore e può sempre essere rimossa allontanando l’inibitore b.INIBIZIONE IRREVERSIBILE, una molecola si lega covalentemente o molto stabilmente all’enzima e lo inattiva -REVERSIBILI: - Competitive - Non competitive - Incompetitive -IRREVERSIBILI INIBIZIONE REVERSIBILE COMPETITIVA Supponiamo l’esistenza di una molecola che abbia una struttura chimica molto simile a quella del substrato e che l’enzima sia in grado di ospitarla nel suo sito attivo Se la molecola viene trasformata dall’enzima, essa rappresenta semplicemente un substrato alternativo Se invece la molecola legata al sito attivo non può andare incontro al processo catalitico, essa BLOCCA l’attività dell’enzima e viene definita INIBITORE COMPETITIVO Infatti, compete con il substrato per il sito attivo dell’enzima e la reazione non può avvenire se si lega l’inibitore •Gli inibitori competitivi ricordano molto il substrato e si combinano con l’enzima formando il complesso EI • L’inibizione competitiva può essere rimossa aumentando la concentrazione del substrato • Vmax rimane invariata, ma aumenta la Km apparente • Nel diagramma di Lineweaver-Burk, la retta di una reazione inibita interseca sull’asse delle ordinate la retta di una reazione non inibita INIBIZIONE REVERSIBILE NON COMPETITIVA Si verifica quando una molecola o uno ione si possono legare ad un secondo sito sulla superficie dell’enzima (diverso dal sito attivo) in modo tale da modificare la costante di catalisi Ad esempio può determinare la distorsione dell’enzima in modo tale che la catalisi sia meno efficiente. Quindi, quando l’inibitore non competitivo si lega all’enzima quest’ultimo è inattivo sia che il substrato sia presente che assente L’inibitore non competitivo riduce la concentrazione di enzima attivo nella reazione quindi riduce anche la Vmax, e nel caso più semplice, Km non è modificata (non cambia l’affinità del substrato per l’enzima) • Nel diagramma di Lineweaver-Burk, la retta di una reazione inibita interseca sull’asse delle ascisse la retta di una reazione non inibita Anche gli inibitori incompetitivi si legano ad un sito diverso da quello del substrato, ma si legano soltanto al complesso ES a differenza dell’inibitore che si lega sia all’enzima libero che al complesso ES Il valore di Vmax quindi diminuisce così come il valore della km perché la reazione E + S ES viene spinta verso destra dell’inibitore al complesso ES dal legame Nell’ambito degli inibitori non competitivi si annoverano anche gli INIBITORI SUICIDI, rappresentati da composti analoghi al substrato che contengono un gruppo fortemente reattivo i legano all’enzima in modo reversibile e formano un legame covalente con gruppi dell’enzima presenti nel sito attivo Uno per tutti è rappresentato dalla PENICILLINA, che agisce su un enzima indispensabile per la sintesi della parete cellulare di alcuni batteri La penicillina è ovviamente simile al substrato di questo enzima e si lega al suo sito attivo Il legame peptidico molto reattivo della penicillina reagisce con un residuo serinico dell’enzima formando un intermedio acil-enzima molto stabile. La mancanza dell’enzima bloccato dalla penicillina causa la formazione di pareti instabili e porta alla morte del batterio INIBITORI ENZIMATICI IRREVERSIBILI Questi si legano in modo forte agli enzimi: solitamente vengono formati legami covalenti con gli aminoacidi nelle proteine o legami forti con il coenzima L’inibitore è quasi sempre una sostanza tossica e la maggior parte di essi reagiscono con alcuni gruppi funzionali del sito attivo dell’enzima rendendolo inaccessibile al substrato o inattivandolo completamente Essi impediscono al substrato di legarsi all’enzima oppure che avvenga la trasformazione in prodotti del complesso enzima-substrato L’aumento della concentrazione del substrato non fa superare l’inibizione perché non vi è competizione tra il substrato e l’inibitore per il legame con l’enzima Regolazione dell’attività enzimatica E’ un processo essenziale per il corretto mantenimento dell’omeostasi, per il coordinamento dei processi metabolici, per rispondere ai cambiamenti dell’ambiente circostante e per permettere alla cellula di crescere e differenziarsi in modo ordinato GLI ENZIMI ALLOSTERICI Necessità nella cellula di coordinare e regolare le vie metaboliche. Tra i diversi esempi si hanno: a. Controllo a livello del substrato b. Regolazione a feedback c. Enzimi allosterici Controllo a livello del substrato E’ un meccanismo semplice di regolazione tramite un’interazione dei substrati e dei prodotti Più elevata è la concentrazione del substrato più rapidamente avviene la reazione perlomeno sino a che l’enzima non è saturato Al contrario alte concentrazioni del prodotto, esso stesso in grado di legarsi all’enzima, inibiscono la trasformazione del substrato nel prodotto Ad esempio l’enzima ESOCHINASI catalizza la reazione da glucosio a glucosio-6-fosfato nella GLICOLISI. Se questa è bloccata, si accumula glucosio-6-P che inibirà l’attività dell’ESOCHINASI Regolazione a feedback Molte vie metaboliche ricordano montaggio di un’industria E1 E2 E3 le catene di E4 A B C D E Il prodotto finale della via è normalmente utilizzato in un’altra via metabolica e analogamente anche il substrato di partenza può essere utilizzato in altri processi metabolici Se ad esempio E si accumula e tuttavia A continua ad essere trasformato, la catena non sarebbe più efficiente. E’ necessario un dispositivo che rallenti la catena Il sistema più efficiente per rallentare la produzione di E è quello di agire sul primo passaggio della catena cioè la trasformazione di A in B Questo è un processo a FEEDBACK o meglio a FEEDBACK NEGATIVO in quanto l’aumento di E determina la riduzione della sua velocità di formazione Esiste ovviamente anche la regolazione a feedback positiva GLI ENZIMI ALLOSTERICI Gli enzimi allosterici agiscono mediante il legame reversibile di un metabolita regolatore chiamato MODULATORE Legano i loro effettori in siti diversi dal sito attivo (siti di regolazione) Il diagramma della velocità in rapporto alla concentrazione del substrato dà origine a una curva sigmoidale