Variabilità genetica La variabiltà della struttura genetica esistente nelle popolazioni è superiore a quella riconducibile alle differenze fenotipiche. Essa può essere misurata analizzando i polimorfismi della sequenza di DNA e individuando i diversi genotipi. Polimorfismo: proprietà di un gene di avere 2 o più alleli con frequenze maggiori dell’ 1%. Nella specie umana due individui differiscono in media per 3 milioni di nucleotidi (0.1 % del genoma) Polimorfismi e Marcatori genetici Tipo di marcatore N° di loci Caratteristiche Gruppi sanguigni 1910-1960 Circa 20 Genotipo non facilmente desumibile. Posizioni fisiche dei geni non note. Varianti mobilità elettroforetica proteine sieriche 1960-1975 Circa 30 Posizioni fisiche dei geni non note. Polimorfismo limitato Tipi HLA 1970- 1 Un solo gruppo di associazione RFLP del DNA 1975- > 105 potenzialmente 2 alleli/locus. Southern o PCR. Facile localizzazione fisica VNTR del DNA (minisatelliti) 1985- > 104 potenzialmente Molti alleli/locus. Southern. Più frequenti alle estremità dei cromosomi VNTR del DNA (microsatelliti) 1989- > 105 potenzialmente Molti alleli/locus. PCR automatizzata. Tutto il genoma. SNPs del DNA (minisatelliti) 1998- > 4.106 Arrays GENETICA DI POPOLAZIONI La genetica di popolazione studia la composizione dei geni all’interno di un gruppo di individui cioè le diverse forme alleliche e i diversi genotipi, le variazioni che interessano questi geni nel tempo e le differenze esistenti tra vari gruppi o popolazioni Frequenze genotipiche e frequenze alleliche di una popolazione In un sistema a due alleli, A e a: f(AA)= Num. di individui AA f(aa)= Num. di individui aa N N f(Aa)= Num. di individui Aa N p =f(A)= 2 x AA + Aa 2N q =f(a)= 2 x aa + Aa 2N Frequenze alleliche di un locus legato all’X In un sistema a due alleli, XA e Xa: p =f(XA)= 2 XAXA + XAa + XAY 2xfemm.+1xmaschi q =f(Xa)= 2 XaXa + XAa + XaY 2xfemm.+1xmaschi FREQUENZE GENOTIPICHE GRUPPO SANGUIGNO MN Population M/M M/N N/N Eskimo 0.835 0.156 0.009 Egyptian 0.278 0.489 0.233 Chinese Australian aborigine 0.332 0.486 0.182 0.024 0.304 0.672 Stratificazione della popolazione umana in Gruppi Etnici Effetto della riproduzione sessuale sulla variabilità. L’equilibrio di Hardy-Weinberg In una popolazione ampia, caratterizzata da accoppiamento casuale, ogni genotipo si accoppia in modo proporzionale alla sua frequenza. Quindi, le frequenze dei tipi di gameti A e a nella popolazione saranno p e q. A (p) a (q) A (p) a (q) A/A (p2) A/a (pq) A/a (pq) a/a (q2) Quindi, dopo un ciclo riproduttivo, le frequenze genotipiche nella popolazione saranno p2 per A/A, 2pq per A/a, and q2 per a/a. Quindi: p2 + 2pq + q2 = 1 Legge di Hardy-Weinberg • • Condizioni necessarie: 1. popolazione infinitamente grande. 2. accoppiamento casuale 3. assenza di mutazione, migrazione e selezione naturale Enunciato: Se queste condizioni sono rispettate le frequenze genotipiche non variano nel corso delle generazioni e dipendono dalle frequenze alleliche secondo l’equazione p2 + 2pq + q2 = 1 Frequenze genotipiche di un locus legato all’X In equilibrio di Hardy-Weinberg: femmine maschi f(XAXA)= p2 f(XAY)= p f(XaXa)= q2 f(XaY)= q f(XAXa)= 2pq Relazioni tra i genotipi e le frequenze alleliche Applicazione della legge 1. Verifica delle proporzioni di Hardy-Weinberg Locus Perossidasi degli alberi di Pino Ponderosa del Colorado Genotipi R2R2 R2R3 R3R3 Valori osservati 135 44 11 Sono in equilibrio ? Calcoliamo dapprima le frequenze alleliche p =f(R2)= 2 x R2R2 + R2R3 2N q =f(R3)= 2 x R3R3 + R2R3 2N = 2(135) +44 2(190) = 0.174 = 0.826 p+q=1 poi calcoliamo le frequenze genotipiche attese dall’equilibrio di Hardy-Weinberg: R2R2=p2=(0.826)2=0.683 R2R3=2pq=2(0.826)(0.174)=0.287 R3R3=q2=(0.174)2=0.03 moltiplicando queste frequenze attese per il numero totale di individui N si ottiene il valore numerico atteso per ogni genotipo: Valori attesi Valori osservati R2R2=0.683 x 190 = 129.8 135 R2R3=0.287 x 190 = 54.5 44 R3R3=0.03 x 190 = 5.7 11 Conclusione: è altamente improbabile che i genotipi siano in equilibrio di Hardy-Weinberg Esempi di popolazioni in equilibrio FREQUENZE GENOTIPICHE OSSERVATE FREQUENZE GENOTIPICHE ATTESE Population M/M M/N N/N M/M M/N N/N Eskimo 0.835 0.156 0.009 0.834 0.159 0.008 Egyptian 0.278 0.489 0.233 0.274 0.499 0.228 Chinese 0.332 0.486 0.182 0.331 0.488 0.181 0.024 0.304 0.672 0.031 0.290 0.679 Australian aborigine 2. Stima delle frequenze alleliche per mezzo della legge di HardyWeinberg. Es. Carattere autosomico recessivo: Fibrosi cistica Incidenza della malattia 1/2000 quindi q2 = 0.0005 q= 0.0005 = 0.02 p = 1-0.02= 0.98 f(Aa)= 2pq = 2 x 0.98 x 0.02 = 0.0392 4% portatori allele fibrosi cistica nella popolazione caucasica Fattori che alterano le frequenze alleliche • • • • • Mutazione Migrazione Accoppiamenti non casuali Selezione Eventi casuali che si verificano nelle piccole popolazioni (deriva genetica) La variabilità derivante da mutazione I tassi di mutazione spontanea sono molto bassi, tanto che la mutazione da sola (in assenza di selezione o deriva genetica) non può spiegare l’ evoluzione delle popolazioni e delle specie Point-Mutation Rates in Different Organisms Organism Gene Bacteriophage Host range Escherichia coli Phage resistance Zea mays (corn) R (color factor) Y (yellow seeds) Drosophila melanogaster Average lethal Mutation rate per generation 9 2.5 × 10 2 × 10 8 4 2.9 × 10 2 × 10 2.6 × 10 6 5 L’azione esercitata dalla mutazione è lenta µ sono necessarie 70000 generazioni per dimezzare la frequenza di p La variabilità derivante da migrazione La migrazione causa: • aumento delle dimensioni di una popolazione • riduce la divergenza tra popolazioni diverse • si oppone agli effetti della deriva genetica La selezione naturale •Selezione naturale: sopravvivenza e riproduzione differenziale dei genotipi caratterizzati da fitness diversa •Fitness darwiniana: valore che indica la probabilità relativa di sopravvivenza e di riproduzione media di un genotipo in un determinato ambiente Teoria dell’evoluzione (C. Darwin) 1. Principio della variabilità 2. Principio dell’ereditarietà 3. Principio della selezione C. Darwin Effetto della selezione di una mutazione vantaggiosa sulla frequenza allelica Esempio di selezione naturale e ruolo dell’ambiente Polimorfismo bilanciato (vantaggio dell’eterozigote) Si verifica quando la fitness dell’eterozigote non è intermedia ma più estrema rispetto a quelle degli omozigoti. In questo caso la selezione non porta alla scomparsa di un allele ma tende a raggiungere una frequenza allelica intermedia Anemia falciforme e malaria Distribuzione della malaria Distribuzione dell’allele HbS Un esempio di vantaggio dell’eterozigote è quello che ha causato l’espansione dell’anemia falciforme nelle zone in cui la malaria è endemica Deriva genetica. Variazione delle frequenze alleliche dovuta al caso Simulazione di Deriva genetica La Deriva genetica si osserva nelle popolazioni di piccole dimensioni E’ dovuta ad un errore di campionamento La deriva genetica causa: • La perdita di variabilità genetica all’interno delle popolazioni • la divergenza tra popolazioni diverse • la fluttuazione delle frequenze alleliche di una popolazione nel tempo Effetto del fondatore Isola di Tristan da Cuna Colonizzata da W. Glass nel 1817 Arrivo di marinai scampati a naufragio e donne trasferite da S. Elena Pololazione di 100 abitanti nel 1855 1856, Morte di Glass. Emigrazione e riduzione popolazione a 33 abitanti 1885, dopo espansione, nuova riduzione per morte di 15 uomini ed emigrazione delle vedove Attualmente, 300 abitanti. Elevata incidenza di asma. Effetto “collo di bottiglia” Incroci non casuali •Inbreeding o Inincrocio: accoppiamento tra consanguinei •Esoincrocio o Esogamia: accoppiamento preferenzialmente tra non consanguinei L’inincrocio aumenta l’omozigosità. L’esogamia aumenta l’eterozigosità. Riassunto degli effetti delle forze evolutive sulla variabilità genetica Esercizio La lana Bianca dipende da un allele B dominante e la lana nera dal suo allele recessivo b. Si supponga che un campione di 900 pecore abbia dato i seguenti risultati: 891 pecore con lana bianca e 9 pecore con lana nera. Si calcolino le frequenze degli alleli B e b e quelle dei tre genotipi BB, Bb e bb nella popolazione, supponendo che sia rispettato l’equilibrio di Hardy-Weinberg.