CHROMOSOME 22q11.21 DUPLICATION IN A PATIENT WITH

CHROMOSOME 22q11.21 DUPLICATION IN A
PATIENT WITH CONGENITAL HEART
DEFECT
CEINGE-Biotecnologie Avanzate
e
Dipartimento di Medicina Molecolare e
Biotecnologie Mediche, Università degli Studi di
Napoli “Federico II”, Napoli, Italy
CASO CLINICO
 R.E. ♀ 2,5 anni;
A 2 mesi di vita diagnosticata una stenosi della valvola polmonare per il riscontro di un
soffio cardiaco;
A 2 anni effettuata valutazione presso il Dipartimento di Pediatria AOU “Federico II”;
 Peso: 13.8 Kg (73° pc);
 Lunghezza: 86 cm (57° pc);
 Circonferenza cranica: 47 cm (35° pc);
 Normocefalia; esotropia bilaterale, naso insellato, narici anteverse;
 Cavo orale nella norma, palato intatto. Assenza di masse del collo;
 Torace di forma normale; Soffio sistolico 1/6 al mesocardio.
Metodologia di screening per identificare alterazioni
genomiche
Array-Comparative Genomic Hybridization (a-CGH)
a-CGH
Elevato potere risolutivo rispetto ad un cariotipo
standard;
Analisi dell’intero genoma in un unico
esperimento;
Possibilità di progettazione di vetrini custom;
Impossibilità di identificare alterazioni
bilanciate e bassi livelli di mosaicismo.
FLOW-CHART a-CGH
 Estrazione del DNA del paziente
 Digestione del DNA
 Marcatura
 Purificazione
 Ibridazione dei campioni
 Lavaggi
 Scansione ed estrazione dei dati
PIATTAFORMA a-CGH AGILENT
4x180K
Richiesta d’indagine per:
 Autismo
 Ritardo mentale
 Disturbi del comportamento e
del linguaggio
 2009-2014: 847 campioni
analizzati
PIATTAFORMA a-CGH AGILENT
4x180K
 4 array/slide
 ~ 180.000 oligonucleotidi lunghi 60
mers sintetizzati in situ sul vetrino
 1.714 geni analizzati con copertura
per ogni singolo esone
 Spaziatura media delle sonde 13 kb
 Molti geni associati a ritardo mentale,
epilessia, autismo e difetti cardiaci
 Copertura completa del genoma
mitocondriale
Analisi: WORKBENCH software
Chr View
Aberration View
Gene View
Gene Tab
RISULTATO a-CGH
L’analisi ha evidenziato una duplicazione di ̴ 2.56 Mbp sul
chr 22q11.21 (18,894,835- 21,454,721)
DGCR6, PRODH, DGCR5, DGCR9, DGCR10, DGCR2,
DGCR11, DGCR14, TSSK2, GSC2, SLC25A1, CLTCL1,
HIRA, MRPL40, C22orf39, UFD1L, CDC45L, CLDN5,
LOC150185, SEPT5, GP1BB, TBX1, GNB1L, C22orf29,
TXNRD2, COMT, ARVCF, C22orf25, MIR185, DGCR8,
MIR1306, TRMT2A, RANBP1, ZDHHC8, LOC150197,
RTN4R, MIR1286, DGCR6L, PI4KAP1, RIMBP3, ZNF74,
SCARF2, KLHL22, MED15, POM121L4P, TMEM191A,
PI4KA, SERPIND1, SNAP29, CRKL, AIFM3, LZTR1,
THAP7, FLJ39582, MGC16703, P2RX6, SLC7A4, P2RX6P,
LOC400891
TBX1
 Fattore di trascrizione coinvolto
nella formazione di tessuti e
organi
 Il gene più importante nella
Sindrome di DiGeorge
 Iperespressione comporta quadri
clinici simili a quelli causati da
aploinsufficienza
Phenotypic heterogeneity in a family with a small atypical microduplication of chromosome 22q11.2
involving TBX1.
Weisfeld-Adams JD. Eur J Med Genet. 2012 Dec;55(12):732-6.
SINDROME DA MICRODUPLICAZIONE 22q11.2
Più di 50 casi descritti in letteratura
Sindrome complementare alla sindrome di DiGeorge
Quadro clinico estremamente variabile
Alcuni pazienti possono essere addirittura normali
• Sequenze ripetute a basso numero di copie (LCR)
• Ricombinazione omologa non allelica (NAHR)
Molecular Mechanisms And Diagnosis Of Chromosome 22q11.2 Rearrangements.
Emanuel BS. Dev Disabil Res Rev. 2008;14(1):11-8
CONCLUSIONI
 Duplicazione di ̴ 2.56 Mbp 22q11.21 in un paziente con
difetto cardiaco congenito;
 La sindrome da duplicazione 22q11.2 è una sindrome
emergente con fenotipo variabile;
 a-CGH come indagine di primo livello in patologie
congenite;
 Combinazione tra a-CGH e NGS: potente ed efficiente
strumento diagnostico per difetti cardiaci congeniti.
Lucio Pastore
Barbara Lombardo
FrancescoVerdesca
Andrea Vitale
Carmela Fabbricatore
Luca Di Leo
Angela Saraiello
ESTRAZIONE DEI DATI
Feature Extraction
Genomic Workbench
jpg
pdf
txt
Intensità della fluorescenza DNA probando (Cy5)
LogRatio =
Intensità della fluorescenza DNA controllo (Cy3)
(Log2)